Our current understanding of whether B cell involvement in the tumor microenvironment benefits the patient or the tumor - in distinct cancers, subcohorts and individual patients - is quite limited. Both statements are probably true in most cases: certain clonal B cell populations contribute to the antitumor response, while others steer the immune response away from the desired mechanics. To step up to a new level of understanding and managing B cell behaviors in the tumor microenvironment, we need to rationally discern these roles, which are cumulatively defined by B cell clonal functional programs, specificities of their B cell receptors, specificities and isotypes of the antibodies they produce, and their spatial interactions within the tumor environment. Comprehensive analysis of these characteristics of clonal B cell populations is now becoming feasible with the development of a whole arsenal of advanced technical approaches, which include (1) methods of single-cell and spatial transcriptomics, genomics, and proteomics; (2) methods of massive identification of B cell specificities; (3) methods of deep error-free profiling of B cell receptor repertoires. Here we overview existing techniques, summarize their current application for B cells studies and propose promising future directions in advancing B cells exploration.
- MeSH
- B-lymfocyty MeSH
- lidé MeSH
- nádorové mikroprostředí MeSH
- nádory * MeSH
- podskupiny B-lymfocytů * MeSH
- receptory antigenů B-buněk MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- přehledy MeSH
Somatic hypermutation (SHM) drives the genetic diversity of Ig genes in activated B cells and supports the generation of Abs with increased affinity for Ag. SHM is targeted to Ig genes by their enhancers (diversification activators [DIVACs]), but how the enhancers mediate this activity is unknown. We show using chicken DT40 B cells that highly active DIVACs increase the phosphorylation of RNA polymerase II (Pol II) and Pol II occupancy in the mutating gene with little or no accompanying increase in elongation-competent Pol II or production of full-length transcripts, indicating accumulation of stalled Pol II. DIVAC has similar effect also in human Ramos Burkitt lymphoma cells. The DIVAC-induced stalling is weakly associated with an increase in the detection of ssDNA bubbles in the mutating target gene. We did not find evidence for antisense transcription, or that DIVAC functions by altering levels of H3K27ac or the histone variant H3.3 in the mutating gene. These findings argue for a connection between Pol II stalling and cis-acting targeting elements in the context of SHM and thus define a mechanistic basis for locus-specific targeting of SHM in the genome. Our results suggest that DIVAC elements render the target gene a suitable platform for AID-mediated mutation without a requirement for increasing transcriptional output.
- MeSH
- aktivace lymfocytů MeSH
- Burkittův lymfom genetika imunologie MeSH
- cytidindeaminasa genetika MeSH
- genetická transkripce MeSH
- imunoglobuliny genetika metabolismus MeSH
- kur domácí MeSH
- lidé MeSH
- mutace genetika MeSH
- mutageneze cílená MeSH
- podskupiny B-lymfocytů imunologie MeSH
- ptačí proteiny genetika metabolismus MeSH
- RNA-polymerasa II genetika metabolismus MeSH
- rozmanitost protilátek MeSH
- somatická hypermutace imunoglobulinových genů MeSH
- zesilovače transkripce genetika MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Research Support, N.I.H., Extramural MeSH
Achieving fast immunosuppression blood exposure after kidney transplantation is key to abrogating both preformed and de novo anti-donor humoral and cellular alloresponses. However, while tacrolimus (TAC) is the cornerstone immunosuppressant inhibiting adaptive alloimmunity, its blood exposure is directly impacted by different single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in CYP3A TAC-metabolizing enzymes. Here, we investigated how functional TAC-CYP3A genetic variants (CYP3A4*22/CYP3A5*3) influence the main baseline clinical and immunological risk factors of biopsy-proven acute rejection (BPAR) by means of preformed donor-specific antibodies (DSAs) and donor-specific alloreactive T cells (DSTs) in a large European cohort of 447 kidney transplants receiving TAC-based immunosuppression. A total of 70 (15.7%) patients developed BPAR. Preformed DSAs and DSTs were observed in 12 (2.7%) and 227 (50.8%) patients, respectively. According to the different CYP3A4*22 and CYP3A5*3 functional allele variants, we found 4 differential new clusters impacting fasting TAC exposure after transplantation; 7 (1.6%) were classified as high metabolizers 1 (HM1), 71 (15.9%) as HM2, 324 (72.5%) as intermediate (IM), and 45 (10.1%) as poor metabolizers (PM1). HM1/2 showed significantly lower TAC trough levels and higher dose requirements than IM and PM (p < 0.001) and more frequently showed TAC underexposure (<5 ng/ml). Multivariate Cox regression analyses revealed that CYP3A HM1 and IM pharmacogenetic phenotypes (hazard ratio (HR) 12.566, 95% CI 1.99-79.36, p = 0.007, and HR 4.532, 95% CI 1.10-18.60, p = 0.036, respectively), preformed DSTs (HR 3.482, 95% CI 1.99-6.08, p < 0.001), DSAs (HR 4.421, 95% CI 1.63-11.98, p = 0.003), and delayed graft function (DGF) (HR 2.023, 95% CI 1.22-3.36, p = 0.006) independently predicted BPAR. Notably, a significant interaction between T-cell depletion and TAC underexposure was observed, showing a reduction of the BPAR risk (HR 0.264, 95% CI 0.08-0.92, p = 0.037). Such variables except for DSAs displayed a higher predictive risk for the development of T cell-mediated rejection (TCMR). Refinement of pretransplant monitoring by incorporating TAC CYP3A SNPs with preformed DSAs as well as DSTs may improve current rejection-risk stratification and help induction treatment decision-making.
- MeSH
- cytochrom P-450 CYP3A * genetika imunologie metabolismus MeSH
- hodnocení rizik MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus MeSH
- lidé MeSH
- paměťové B-buňky * imunologie MeSH
- T-lymfocyty * imunologie MeSH
- takrolimus * farmakologie terapeutické užití MeSH
- transplantace ledvin * MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Tumor Necrosis Factor Receptor 2 (TNFR2) expression is increasingly being linked to tolerogenic immune reactions and cells with suppressor function including a subset of T-regulatory cells. B-regulatory cells play an important role in control of T-cell responses and inflammation. Recently, we described TNFR2 as a marker for IL-10-producing B cells, a hallmark of this cell subset. Here, we demonstrate that proliferation of T cells is reduced in the presence of TNFR2 positive human memory B cells generated with TLR9 ligand, while TNFR2- and TNFR2+CD27- B cells display costimulatory activity. Our data further reveal that IL-10 secretion is characteristic of IgM+ naïve and memory B cells but suppressive activity is not restricted to IL-10: (i) the inhibitory effect of TNFR2+ switched memory B cells was comparable to that exerted by TNFR2+ IgM+ memory B cells although IL-10 secretion levels in the cocultures were lower; (ii) supernatants from TNFR2+ memory B cells failed to suppress T-cell proliferation. Based on our findings, we propose that formation of Breg is a specific characteristic of human memory B cells undergoing terminal differentiation. Our data further corroborate that TNFR2 represents a viable marker for identification of memory B cells with regulatory function.
- MeSH
- aktivace lymfocytů genetika imunologie MeSH
- B-lymfocyty imunologie metabolismus MeSH
- běžná variabilní imunodeficience etiologie metabolismus MeSH
- buněčná diferenciace imunologie MeSH
- cytokiny metabolismus MeSH
- imunologická paměť * MeSH
- imunomodulace genetika MeSH
- interleukin-10 metabolismus MeSH
- lidé MeSH
- mezibuněčná komunikace imunologie MeSH
- receptory TNF - typ II genetika metabolismus MeSH
- regulace genové exprese * MeSH
- regulační B-lymfocyty imunologie metabolismus MeSH
- studie případů a kontrol MeSH
- T-lymfocyty imunologie metabolismus MeSH
- toll-like receptor 9 metabolismus MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Terapie v neurologii ; prosinec 2021
4 strany ; 30 cm
Sborník prací prezentovaných na kongresu, který se zaměřil na léčbu roztroušené sklerózy pomocí anti-CD20 monoklonálních protilátek. Určeno odborné veřejnosti.
- MeSH
- antigeny CD20 terapeutické užití MeSH
- farmakoterapie MeSH
- humanizované monoklonální protilátky terapeutické užití MeSH
- podskupiny B-lymfocytů účinky léků MeSH
- roztroušená skleróza farmakoterapie MeSH
- Publikační typ
- kongresy MeSH
- sborníky MeSH
- zprávy MeSH
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- neurologie
- NLK Publikační typ
- brožury
Závěrečná zpráva o řešení grantu Agentury pro zdravotnický výzkum MZ ČR
Nestr.
Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is the most common adult leukemia in the West, biologically and clinically heterogeneous with varying clinical outcome, and currently incurable. Remarkably, highly similar, or stereotyped, B cell receptors can be identified in one out of three CLL patients – leading to their inclusion in subsets of cases, or CLL subsets, with intriguing homogeneity in clinical presentation and outcome as well as biological features. Our bioinformatics-heavy proposal is to design, populate, analyse, ‘equip’, and share the Encyclopedia of CLL Subsets. It has the ambition to guide research, development, and application of CLL subsets in a linkable and comparable way, becoming a much-needed reference point for the field. And by connecting new CLL cases to an encyclopedia rich with up-to-date knowledge, it will eventually enable personalised biomedical applications, such as the use of novel predictive biomarkers and treatment targets, and the design of effective therapy – with an impact on many tens of thousands of patients.
Chronická lymfatická leukémie (CLL) je nejběžnější formou leukemie u dospělé populace v západním světě. Jde o biologicky heterogenní onemocnění s různorodým klinickým dopadem, které je v dnešní době neléčitelné. Překvapivě, až u třetiny pacientů s CLL je možno identifikovat velice podobné B-buněčné receptory, které lze využít k rozdělení případů do podskupin (CLL podskupin). Případy mají v rámci jedné podskupiny nečekaně homogenní klinický průběh i biologické znaky. Majoritní častí naší bioinformatické práce by bylo navrhnout, zaplnit, analyzovat, „vybavit“ a sdílet encyklopedii CLL podskupin. Měla by za cíl komplexním a opakovatelným způsobem provázet vývojem, výzkumem a klinickou aplikací CLL podskupin, stala by se potřebným referenčním bodem v celém oboru. Díky možnosti porovnávání nových CLL případů s touto znalostní databází by encyklopedie našla využití v aplikacích personalizované medicíny, jako je návrh nových biomarkerů nebo výběr konkrétní efektivní léčby, což by mělo přímý dopad na desítky tisíc pacientů.
- MeSH
- chronická lymfatická leukemie diagnóza klasifikace MeSH
- databáze faktografické MeSH
- individualizovaná medicína metody MeSH
- lidé MeSH
- nádorové biomarkery MeSH
- podskupiny B-lymfocytů MeSH
- prognóza MeSH
- výpočetní biologie metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- onkologie
- knihovnictví, informační věda a muzeologie
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR
The knowledge of mechanisms of regulation of IL-10 production by B cells remains still very limited. We show here that highly purified mouse B cells stimulated with LPS produce significant levels of IL-10, but Bregs in our model do not express detectable level of either Foxp3 or GATA-3. Nevertheless, IL-10 production by B cells is regulated by cytokines. In activated B cells, IL-10 production was significantly enhanced by IFN-γ and decreased in the presence of IL-4 or TGF-β. These findings are in sharp contrast with the observations in T cells, where IL-10 production correlates with GATA-3 or FoxP3 expression, and the cytokines regulate IL-10 production in a reverse manner than in activated B cells. These results thus show that the production of IL-10 by Bregs is regulated by cytokines independently of the expression of GATA-3 and FoxP3, which is clearly different from GATA-3-dependent IL-10 production by activated Th2 cells and FoxP3 expression in IL-10-producing Tregs.
- MeSH
- aktivace lymfocytů imunologie MeSH
- faktor 1 indukovatelný hypoxií - podjednotka alfa imunologie MeSH
- forkhead transkripční faktory metabolismus MeSH
- interferon gama imunologie MeSH
- interleukin-10 biosyntéza MeSH
- interleukin-4 imunologie MeSH
- kultivované buňky MeSH
- lipopolysacharidy imunologie MeSH
- myši inbrední BALB C MeSH
- myši MeSH
- regulační B-lymfocyty imunologie MeSH
- regulační T-lymfocyty imunologie MeSH
- Th2 buňky imunologie MeSH
- transformující růstový faktor beta imunologie MeSH
- transkripční faktor GATA3 metabolismus MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- myši MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
We aimed to evaluate in vivo effects of abatacept on phenotypes of T and B cells in the circulation of myositis patients in a sub-study of the ARTEMIS trial. Twelve patients with paired frozen PBMCs before and after 6-month abatacept treatment were included in this sub-study where mass cytometry (CyTOF) was chosen as a technology to be tested for its utility in a real-life clinical immune monitoring setting. Using CyTOF, the peripheral T cell phenotypes demonstrated considerable variation over time and between individuals precluding the identification of treatment-specific changes. We therefore conclude that studies of patient cohorts displaying wide clinical heterogeneity using mass cytometry must be relatively large in order to be suited for discovery research and immune monitoring. Still, we did find some correlations with functional muscle outcome, namely positive correlations between the ratio of CD4+ T cells and CD8+ T cells (CD4/CD8) in peripheral blood samples both at baseline and after treatment with muscle endurance improvement as assessed by the functional index-2 (FI-2) test. Our data suggest that the CD4/CD8 ratio in circulation at time of active disease may be a predictor of treatment efficacy in myositis patients.
- MeSH
- abatacept terapeutické užití MeSH
- dermatomyozitida krev farmakoterapie imunologie MeSH
- dospělí MeSH
- imunosupresiva terapeutické užití MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- podskupiny B-lymfocytů účinky léků MeSH
- polymyozitida krev farmakoterapie imunologie MeSH
- T-lymfocyty - podskupiny účinky léků MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- randomizované kontrolované studie MeSH
Základnou vlastnosťou imunitného systému je jeho schopnosť rozlíšiť vlastné molekuly buniek, tkanív a orgánov od nevlastných, vlastné tolerovať a cudzie likvidovať. V minulosti sme sa zameriavali najmä na rôzne mechanizmy, akými imunitný systém rozpozná a zničí vonkajšieho narušiteľa integrity organizmu. Neskôr sme sa zamerali na spôsoby, akým imunitný systém toleruje vlastné antigény, resp. ako reguluje rozsah prebiehajúcich reakcií, aby nevyústili do autoimunitných či alergických procesov. Ďalej, ukázalo sa, že imunitný systém je síce vynikajúcim bojovníkom proti nádorovým bunkám, ale na druhej strane je aj príčinou, prečo tieto svojej záhube unikajú. V oboch uvedených procesoch zohrávajú dôležitú úlohu imunosupresívne mechanizmy, medzi ktorými jedni znajvýznamnejších patria tie, ktoré zabezpečjú regulačné T- aB-lymfocyty. Cieľom predkladanej práce je podať aktuálnu informáciu o uvedených bunkách, ktoré zabezpečujú jemnú rovnováhu medzi prozápalovou odpoveďou, ktorá je potrebná na zdolanie infekcie a imunosupresívnou odpoveďou, aby sa zabránilo chronickému zápalu a poškodeniu tkaniva. Navyše sa v článku poukazuje na možnosť využitia týchto buniek v liečbe niektorých autoimunitných chorôb.
Základnou vlastnosťou imunitného systému je jeho schopnosť rozlíšiť vlastné molekuly buniek, tkanív a orgánov od nevlastných, vlastné tolerovať a cudzie likvidovať. V minulosti sme sa zameriavali najmä na rôzne mechanizmy, akými imunitný systém rozpozná a zničí vonkajšieho narušiteľa integrity organizmu. Neskôr sme sa zamerali na spôsoby, akým imunitný systém toleruje vlastné antigény, resp. ako reguluje rozsah prebiehajúcich reakcií, aby nevyústili do autoimunitných či alergických procesov. Ďalej, ukázalo sa, že imunitný systém je síce vynikajúcim bojovníkom proti nádorovým bunkám, ale na druhej strane je aj príčinou, prečo tieto svojej záhube unikajú. V oboch uvedených procesoch zohrávajú dôležitú úlohu imunosupresívne mechanizmy, medzi ktorými jedni znajvýznamnejších patria tie, ktoré zabezpečjú regulačné T- aB-lymfocyty. Cieľom predkladanej práce je podať aktuálnu informáciu o uvedených bunkách, ktoré zabezpečujú jemnú rovnováhu medzi prozápalovou odpoveďou, ktorá je potrebná na zdolanie infekcie a imunosupresívnou odpoveďou, aby sa zabránilo chronickému zápalu a poškodeniu tkaniva. Navyše sa v článku poukazuje na možnosť využitia týchto buniek v liečbe niektorých autoimunitných chorôb.
