Východiska:Cílená biologická léčba založená na blokování receptorů růstových faktorů a inhibici signálních drah navozujících nádorové bujení je novou terapeutickou možností pro pacienty s kolorektálním karcinomem. Standardními přípravky této terapie jsou monoklonální protilátky zacílené na receptor epidermálního růstového faktoru (EGFR). Negativním prediktorem léčebné odpovědi jsou aberace v genech účastnících se signálních kaskád spouštěných EGFR. V současné době je podmínkou pro indikaci cílené anti-EGFR terapie průkaz nemutovaného genu KRAS, doporučena je i mutační analýza genu BRAF. Cílem práce bylo srovnat výsledky našeho pracoviště s publikovanými údaji a ověřit využitelnost standardních laboratorních metod ve srovnání s diagnostickými soupravami. Soubor pacientů a metody: Pro analýzu KRAS (kodon 12 a 13) a BRAF (kodon 600) u 132 pacientů byly použity standardní metody na principu PCR a přímé sekvenace a dvě diagnostické soupravy. Výsledky: Mutace KRAS byly prokázány u 45 pacientů (34 %), mutaci V600E genu BRAF neslo 9 pacientů (7 %). Přítomnost obou mutací u stejného pacienta nebyla detekována. U 33 pacientů byl dostupný jak primární tumor, tak metastatická tkáň. V 13 případech byla v tomto souboru zachycena mutace KRAS. U 9 pacientů byla detekovaná KRAS mutace v tumoru a v metastatické tkáni shodná, v jednom případě se typ mutace lišil. Ve 3 případech byla KRAS mutace zachycena pouze v jednom materiálu. Mutace BRAF byla u 4 pacientů detekována v obou materiálech. Nízký podíl nádorových buněk ve vzorku 17 pacientů neumožnil provést standardní mutační analýzu a vyšetření bylo provedeno diagnostickou soupravou s pozitivním nálezem u 6 pacientů. Závěr: Frekvence mutací KRAS a BRAF v analyzovaném souboru odpovídá publikovaným údajům, potvrdilo se, že vzhledem k heterogenitě nádoru je vhodné vyšetřovat i metastatickou tkáň, je-li dostupná. Mutační analýza KRAS vyžaduje komplexní metodický přístup s ohledem na sníženou kvalitu DNA a rozdílné zastoupení nádorových buněk ve vzorku. Z tohoto důvodu představují komerční diagnostické soupravy vhodný doplněk standardních postupů.
Background:Targeted biological therapy based on blocking growth factor receptors and inhibition of cancer-inducing signaling pathways is a new treatment facility for patients with colorectal cancer (CRC). Therapeutic agents are monoclonal antibodies targeting epidermal growth factor receptor (EGFR). Gene aberrations in the EGFR-induced pathways are negative predictors of therapeutic response. Determination of non-mutated KRAS is a requirement for the indication of targeted anti-EGFR therapy in the present time, BRAF mutation analysis is recommended. Comparison of our results with published data and verification of routine laboratory methods in relation to diagnostic kits were the purposes of this study. Patients and Methods: In addition to routine methods based on PCR, direct sequencing as well as two diagnostic kits for KRAS (codon 12 and 13) and BRAF (codon 600) mutation analysis were used for 132 patients. Results: KRAS mutations were detected in 45 patients (34%), V600E mutation of the BRAF gene in 9 patients (7%). Both mutations simultaneously were not detected. Tissues from primary tumor and metastases were available from 33 patients. KRAS mutation was detected in 13 cases of this group. KRAS mutations in tumor and metastasis were of the same type in 9 patients; types of mutation in both tissues were different in one case. KRAS mutation only in one tissue was detected in 3 cases. BRAF mutation in both tissues was detected in the 4 patients. A low percentage of tumor cells in 17 patients’ specimen did not allow performance of routine analysis and diagnostic kit was used. Conclusion: The frequency of KRAS and BRAF mutations in our cohort of patients corresponds to published data. The suitability of metastatic tissue analysis due to tumor heterogeneity was confirmed. KRAS analysis requires a comprehensive methodological approach with regard to reduced DNA quality and different percentage of tumor cells in tissue. For this reason, commercial diagnostic kits constitute a suitable supplement to standard methods.
- Klíčová slova
- cílená terapie,
- MeSH
- DNA nádorová genetika MeSH
- erbB receptory genetika MeSH
- geny erbB-1 genetika MeSH
- geny ras * genetika MeSH
- individualizovaná medicína MeSH
- kodon genetika MeSH
- kolorektální nádory * genetika patologie MeSH
- lidé MeSH
- molekulární biologie metody MeSH
- monoklonální protilátky genetika terapeutické užití MeSH
- mutace genetika MeSH
- mutační analýza DNA statistika a číselné údaje MeSH
- nádorové biomarkery genetika MeSH
- protoonkogenní proteiny B-raf * genetika MeSH
- ras proteiny genetika MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Cíl Přesný prognostický význam mutace genu TP53 je stále nejasný, stejně tak jako její začlenění do léčebných schémat pro chronickou lymfocytární leukémii (chronic lymphocytic leukemia, CLL). Rozhodli jsme se defi novat význam mutace TP53 u CLL. Pacienti a metody Pomocí vysokovýkonné kapalinové chromatografi e (high-performance liquid chromatography, HPLC) jsme hodnotili mutace TP53 (exony 2 až 11) u pacientů zařazených do prospektivní randomizované studie (n = 375), s dobou sledování 52,8 měsíce (German CLL Study Group CLL4 trial; fludarabin [F] vs. F + cyklofosfamid [FC]). Výsledky Nalezli jsme mutaci TP53 u 8,5 % pacientů (28 z 328 pacientů). Žádný pacient s mutací TP53 nedosáhl léčbou kompletní remise. Pacienti s mutací TP53 měli ve srovnání s pacienty bez mutace TP53 statisticky signifi kantně zkrácenou (p < 0,001) dobu do progrese (progression-free survival, PFS; 23,3 vs. 62,2 měsíce) i celkové přežití (overall survival, OS; 29,2 vs. 84,6 měsíce). Mutace TP53 byla nalezena v případě absence delece 17p u 4,5 % pacientů. PFS a OS byly obdobné u pacientů s delecí 17p i u pacientů s mutací TP53 bez delece 17p. Dle mnohorozměrné analýzy byla mutace TP53 nejsilnějším prognostickým faktorem ovlivňujícím PFS (poměr rizik [hazard ratio, HR] = 3,8; p < 0,001) a OS (HR = 7,2; p < 0,001). Ostatními nezávislými prediktory pro OS byly stav mutace IGHV (HR = 1,9), delece 11q (HR = 7,2), delece 17p (HR = 2,3) a léčba kombinací FC (HR = 0,6). Závěr Pacienti s CLL s mutací TP53, nezávisle na přítomnosti delece 17p, mají špatnou prognózu, pokud jsou léčeni chemoterapií založenou na fl udarabinu. Proto by měla být zahrnuta analýza mutace TP53 do celkového zhodnocení před zahájením léčby pacientů s CLL. U pacientů s mutací TP53 byly měly být zvažovány jiné možnosti léčby.
- MeSH
- chromozomální delece MeSH
- chronická lymfatická leukemie farmakoterapie genetika MeSH
- cyklofosfamid aplikace a dávkování MeSH
- financování organizované MeSH
- lidé MeSH
- lidské chromozomy, pár 17 genetika MeSH
- multivariační analýza MeSH
- mutační analýza DNA statistika a číselné údaje MeSH
- nádorový supresorový protein p53 genetika MeSH
- přežití po terapii bez příznaků nemoci MeSH
- prognóza MeSH
- proporcionální rizikové modely MeSH
- protokoly antitumorózní kombinované chemoterapie terapeutické užití MeSH
- vidarabin analogy a deriváty aplikace a dávkování MeSH
- výsledek terapie MeSH
- vysokoúčinná kapalinová chromatografie metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- randomizované kontrolované studie MeSH
V predloženej práci autori nadviazali na problematiku zisťovania molekulárnej podstaty fenylketonúrie na Slovensku. Zaviedli a optimalizovali metódu DHPLC pre skríning všetkých 13 exónov PAH génu. Analyzovali DNA 48 jedincov postihnutých fenylketonúriou, u ktorých bola po priamej DNA diagnostike (zisťovanie 11 najčastejších typov mutácii v kaukazoidnej populácii) identifikovaná mutácia len na jednom PKU chromozóme alebo nebola identifikovaná žiadna mutácia. Identifikovali 16 nových mutácií (Q20X, F39L, R68S, F233I, R176X, P281L, R270I, T278N, R243X, A300S, I306V, W326X, L348V, S349P, E390G, Y387X), ktorých výskyt nebol zatiaľ v slovenskej populácii popísaný. Jednotlivé mutácie priradili k fenotypovým kategóriám fenylketonúrie a stanovili ich frekvencie. Rutinnú diagnostiku uvedených mutácií bude možné zaviesť do DNA diagnostickej praxe. Popri kauzatívnych mutáciách autori v intrónoch, ale aj v exónoch detegovali množstvo polymorfizmov. Uvedeným postupom sa im v slovenskej populácii podarilo identifikovať 84,3 % PKU alel, identifikovanie postihnutia zvyšných 15,7 % alel si vyžaduje ďalšie práce.
This work continues previous studies to detect molecular basis of phenylketonuria in Slovak patients. DHPLC screening for all 13 exons of the PAH gene was introduced and optimized. DNA samples from 48 subjects with biochemically proven phenylketonuria were analyzed in whom direct DNA diagnostics (detection of 11 most frequent mutations) allowed to identify mutations on only one or none PKU chromosome. In this study, 16 new mutations were detected, (Q20X, F39L, R68S, F233I, R176X, P281L, R270I, T278N, R243X, A300S, I306V, W326X, L348V, S349P, E390G, Y387X), which were not known in this population as yet. Individual mutations were allocated to the appropriate phenotypic categories of phenylketonuria. The present results will be applied for routine diagnostic practice of PKU in this country. In addition to causative mutations, several genetic polymorphisms were detected in introns, but also in the exons of the PAH gene. Up to date, 84,3% of Slovak PKU alleles are already identified, detection of the remaining 15,7 % needs additional studies and investigational approaches.
- MeSH
- fenylketonurie diagnóza genetika MeSH
- financování organizované MeSH
- lidé MeSH
- longitudinální studie MeSH
- mutace genetika MeSH
- mutační analýza DNA metody statistika a číselné údaje využití MeSH
- polymorfismus genetický genetika MeSH
- protein 1 přenášející organické anionty genetika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Slovenská republika MeSH
- MeSH
- antitumorózní látky škodlivé účinky toxicita MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- financování organizované MeSH
- fluorouracil škodlivé účinky terapeutické užití toxicita MeSH
- geny MeSH
- lidé MeSH
- mutace účinky léků MeSH
- mutační analýza DNA statistika a číselné údaje MeSH
- nežádoucí účinky léčiv genetika MeSH
- pyrimidiny metabolismus MeSH
- sloučeniny fluoru MeSH
- testy toxicity MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- MeSH
- chromatografie metody MeSH
- dítě MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- klinické laboratorní techniky statistika a číselné údaje MeSH
- kyselina methylmalonová krev moč MeSH
- lidé MeSH
- methylmalonyl-CoA-mutasa genetika krev metabolismus MeSH
- mutační analýza DNA metody statistika a číselné údaje MeSH
- nedostatek vitaminu B12 MeSH
- spektrofotometrie metody MeSH
- vitamin B 12 aplikace a dávkování metabolismus MeSH
- vrozené poruchy metabolismu diagnóza etiologie MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- lidé MeSH
- MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- genetická predispozice k nemoci genetika MeSH
- hemochromatóza genetika MeSH
- histokompatibilita - antigeny třídy I genetika MeSH
- lidé MeSH
- membránové proteiny genetika MeSH
- mutační analýza DNA statistika a číselné údaje MeSH
- novorozenec MeSH
- novorozenecký screening MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- novorozenec MeSH
- MeSH
- dospělí MeSH
- elektrokardiografie normy statistika a číselné údaje MeSH
- iontové kanály genetika MeSH
- lidé MeSH
- mutační analýza DNA metody statistika a číselné údaje MeSH
- referenční hodnoty MeSH
- rodokmen statistika a číselné údaje MeSH
- srdeční arytmie etiologie MeSH
- syndrom dlouhého QT diagnóza genetika MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- MeSH
- dědičné nepolypózní kolorektální nádory diagnóza epidemiologie genetika MeSH
- DNA nádorová analýza fyziologie MeSH
- dospělí MeSH
- fenotyp genetika MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mikrosatelitní repetice MeSH
- mutační analýza DNA statistika a číselné údaje MeSH
- oprava DNA MeSH
- populační genetika MeSH
- senioři MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Geografické názvy
- Slovenská republika MeSH
