OBJECTIVES: Genome-wide meta-analyses of clinically defined gout were performed to identify subtype-specific susceptibility loci. Evaluation using selection pressure analysis with these loci was also conducted to investigate genetic risks characteristic of the Japanese population over the last 2000-3000 years. METHODS: Two genome-wide association studies (GWASs) of 3053 clinically defined gout cases and 4554 controls from Japanese males were performed using the Japonica Array and Illumina Array platforms. About 7.2 million single-nucleotide polymorphisms were meta-analysed after imputation. Patients were then divided into four clinical subtypes (the renal underexcretion type, renal overload type, combined type and normal type), and meta-analyses were conducted in the same manner. Selection pressure analyses using singleton density score were also performed on each subtype. RESULTS: In addition to the eight loci we reported previously, two novel loci, PIBF1 and ACSM2B, were identified at a genome-wide significance level (p<5.0×10-8) from a GWAS meta-analysis of all gout patients, and other two novel intergenic loci, CD2-PTGFRN and SLC28A3-NTRK2, from normal type gout patients. Subtype-dependent patterns of Manhattan plots were observed with subtype GWASs of gout patients, indicating that these subtype-specific loci suggest differences in pathophysiology along patients' gout subtypes. Selection pressure analysis revealed significant enrichment of selection pressure on ABCG2 in addition to ALDH2 loci for all subtypes except for normal type gout. CONCLUSIONS: Our findings on subtype GWAS meta-analyses and selection pressure analysis of gout will assist elucidation of the subtype-dependent molecular targets and evolutionary involvement among genotype, phenotype and subtype-specific tailor-made medicine/prevention of gout and hyperuricaemia.
- MeSH
- ABC transportér z rodiny G, člen 2 genetika MeSH
- celogenomová asociační studie * MeSH
- dna (nemoc) epidemiologie genetika MeSH
- fenotyp MeSH
- genetická predispozice k nemoci etnologie MeSH
- genetické lokusy MeSH
- genotyp MeSH
- hodnocení rizik MeSH
- incidence MeSH
- lidé MeSH
- mitochondriální aldehyddehydrogenasa genetika MeSH
- nádorové proteiny genetika MeSH
- prognóza MeSH
- referenční hodnoty MeSH
- studie případů a kontrol MeSH
- stupeň závažnosti nemoci MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- metaanalýza MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Japonsko MeSH
Lung cancer has several genetic associations identified within the major histocompatibility complex (MHC); although the basis for these associations remains elusive. Here, we analyze MHC genetic variation among 26,044 lung cancer patients and 20,836 controls densely genotyped across the MHC, using the Illumina Illumina OncoArray or Illumina 660W SNP microarray. We impute sequence variation in classical HLA genes, fine-map MHC associations for lung cancer risk with major histologies and compare results between ethnicities. Independent and novel associations within HLA genes are identified in Europeans including amino acids in the HLA-B*0801 peptide binding groove and an independent HLA-DQB1*06 loci group. In Asians, associations are driven by two independent HLA allele sets that both increase risk in HLA-DQB1*0401 and HLA-DRB1*0701; the latter better represented by the amino acid Ala-104. These results implicate several HLA-tumor peptide interactions as the major MHC factor modulating lung cancer susceptibility.
- MeSH
- Asijci genetika MeSH
- běloši genetika MeSH
- frekvence genu MeSH
- genetická predispozice k nemoci etnologie genetika MeSH
- genotyp MeSH
- HLA antigeny genetika MeSH
- hlavní histokompatibilní komplex genetika MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mapování chromozomů * MeSH
- nádory plic etnologie genetika MeSH
- peptidy genetika MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Research Support, N.I.H., Extramural MeSH
OBJECTIVE: The aim of the study was to analyse the frequencies of rs1229984 genotypes within the alcohol dehydrogenase (ADH1B) gene in a Gypsies/Roma population and compare them with other populations and with ethanol consumption. METHODS: We analysed the ADH1B (rs1229984; Arg47→His; c.143G>A) genotype using the Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) in two ethnically different groups - Gypsies/Roma (N = 301) and Czechs (N = 300) where one day alcohol consumption was recorded. RESULTS: ADH1B genotype/allelic frequencies did not significantly differ between the populations (p = 0.32). The frequency of minor A allele carriers was slightly higher in Gypsies/Roma (14.7%) than in Czechs (11.9%). The prevalence of subjects reporting alcohol intake on the previous day was non-significantly lower in Gypsies/Roma (10.5% vs. 16.4%), as was the amount of alcohol consumed the day before the examination in ethanol consumers (36.1 ± 18.3 g vs. 43.0 ± 27.2 g). CONCLUSIONS: The frequency of rs1229984 genotypes in the ADH1B gene within the Gypsies/Roma population corresponds with frequencies obtained in North India/Central Asia, the putative country of this ethnic origin. Our results suggest that the minority Gypsies/Roma population consume slightly less alcohol than the Czech majority population.
- MeSH
- alkoholdehydrogenasa genetika MeSH
- genetická predispozice k nemoci etnologie MeSH
- genotyp MeSH
- lidé MeSH
- pití alkoholu etnologie genetika MeSH
- Romové genetika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Mutations in the Dynamin 2 gene (DNM2) cause autosomal dominant centronuclear myopathy or autosomal dominant (AD) Charcot-Marie-Tooth (CMT) disease. Here the authors report one large Czech family with 15 members affected with an AD CMT phenotype of extraordinary variability. Genetic linkage analysis using SNP arrays revealed a locus of about 9.6 Mb on chromosome 19p13.1-13.2. In this critical interval, 373 genes were located. The only gene herein known to be associated with an intermediate type of CMT was Dynamin 2 (DNM2). Subsequent sequence analysis of the DNM2 gene in the index patient revealed a novel missense mutation p.Met580Thr. This missense mutation segregated with the neuropathy, indicating the causal character of this mutation. The phenotype of CMT in this family shows mild to moderate impairment with relatively preserved upper limbs and a very broad range of the onset of clinical symptoms from an early onset around the age of 12 to the late onset during the fifth decade. Electrophysiology showed an intermediate type of peripheral neuropathy. The motor median nerve conduction velocity varied from 36 m/s to normal values with signs of asymmetrical affection of peripheral nerves. No additional symptoms such as cranial nerve involvement, cataract, and signs of neutropenia or myopathy syndrome were observed in any member of the family yet. The progression was slow with no loss of ambulation. The authors suggest that the characterization of clinical variability in a single family may help to direct the genetic analysis directly to the rarely observed DNM2 mutations.
- MeSH
- Charcotova-Marieova-Toothova nemoc diagnóza genetika metabolismus MeSH
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- dynamin II nedostatek genetika MeSH
- fenotyp MeSH
- genetická predispozice k nemoci etnologie genetika MeSH
- kojenec MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- missense mutace genetika MeSH
- mladiství MeSH
- mladý dospělý MeSH
- novorozenec MeSH
- předškolní dítě MeSH
- rodokmen MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- kojenec MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mladý dospělý MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- novorozenec MeSH
- předškolní dítě MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- kazuistiky MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Československo MeSH
V posledních letech se začal zdůrazňovat zájem, ovšem v modernizované podobě, o personalizaci medicíny. Současně s ním došlo i k posunu vnímání významu chorob, z nichž každá obvykle postihuje jen nepatrnou část obyvatel, ale jako celek, vytvoříme-li jednotící kategorii „vzácných chorob“, se stane problémem, kterému stojí za to se věnovat. Budeme-li souhlasit s odhadem prevalence ve výši 6–8 %, bude to znamenat, že mezi 10 miliony obyvatel České republiky bude trpět některou z vzácných chorob až 800 000 osob. Protože příčina většiny ze vzácných chorob leží v lidském genomu, jejich diagnostika využívá převážně metody genetického testování v podobě cytogenetiky a molekulární genetiky. Nejslabším článkem péče o pacienty se vzácnými chorobami není ovšem diagnostika, i když i ta má své problémy, zvláště v technologické vybavenosti, ale léčení. To vyžaduje rovněž individuální přístup – pro vzácné choroby musejí být vyvíjeny zvláštní léčebné postupy – vzácné léky (orphan drugs), jejichž vývoj je velice nákladný, navíc s malou nadějí na odbyt, jenž by takové náklady pokryl. V každém případě Česká republika se zařadila mezi státy, které se vzácným chorobám budou v příštím období intenzivně věnovat, a vytvořila mezioborovou pracovní skupinu pro vzácné choroby při MZ ČR, přičemž vláda schválila plán Národní strategie pro vzácná onemocnění na období let 2010–2020.
Rare or orphan diseases have become an important target of health care activities all over the Europe within the last few years and the number of all of the patients who suffer from any of them is estimated to be more than 20 millions. As most of the orphan diseases are of genetic origin, molecular genetic and cytogenetic testing is the main diagnostic tool. Once the disease is identified a much more cumbersome search for optimal treatment follows – to invent for an orphan disease an orphan drug. Since 2009 when European Council Recommendation (2009/C 151/02) appeared, governments of individual member states prepared their own national plans for preventing morbidity, avoiding mortality and for improving the quality of life of affected persons. So did also the Czech Republic in 2010.
- Klíčová slova
- definice vzácných chorob, prevalence, genofond, migrace, diagnostika, alelně-specifická léčba, léky pro vzácné choroby (orphan drugs), aškenázští Židé, hemoglobinopatie a thalasémie, muskulární dystrofie, muskulární dystrofie, muskulární dystrofie, EUCERD, Orphanet, kontrola sestřihu, umělé chaperony, Národní strategie pro vzácná onemocnění,
- MeSH
- chronická myeloidní leukemie MeSH
- cystická fibróza MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody využití MeSH
- etnicita genetika MeSH
- genetická predispozice k nemoci epidemiologie etnologie MeSH
- individualizovaná medicína metody využití MeSH
- lidé MeSH
- nádory prsu MeSH
- novorozenecký screening MeSH
- prevalence MeSH
- programy národního zdraví trendy využití MeSH
- výroba orphan drugs normy MeSH
- vzácné nemoci diagnóza epidemiologie klasifikace MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
The influence of apolipoprotein E (ApoE) genotypes on plasma lipid levels and interaction with other environmental factors was determined in two Slovakian population samples; 146 Romany and 351 Slovak individuals. The two samples differ significantly in the distribution of E3/3 genotypes (p<0.014) and E3/2 (p<0.035). Analysis of variance did not reveal any significant effect of the ApoE genotypes on any of the plasma lipid levels in the Romany individuals. In the Slovak sample the variation in plasma low-density lipoprotein cholesterol (LDL-C) levels was significantly associated with the ApoE genotypes (p=0.012). We detected decreased LDL-C concentrations in males with E2 genotype when compared with E3 and E4 carriers (p=0.008). Further, the E2 genotype was found to be associated with high triglycerides levels (p=0.009). The ethnic samples differ significantly in the prevalence of metabolic syndrome and in the case of males of diabetes. Both the Romany and the Slovak males can be considered as having a more atherogenic profile compared with the females.
- MeSH
- apolipoproteiny E genetika MeSH
- ateroskleróza etnologie genetika MeSH
- cholesterol krev MeSH
- dospělí MeSH
- frekvence genu MeSH
- genetická predispozice k nemoci etnologie genetika MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- polymorfismus genetický MeSH
- regresní analýza MeSH
- rizikové faktory MeSH
- Romové etnologie MeSH
- triglyceridy krev MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- multicentrická studie MeSH
- Geografické názvy
- Slovenská republika MeSH
SIDS (sudden infant death syndrome) - náhlé úmrtí dítěte mladšího 1 roku, které zůstává neobjasněné po podrobném vyšetření případu včetně kompletní pitvy, ohledání místa úmrtí a zhodnocení anamnézy.
