Cílem projektu je identifikace genů zodpovědných za vznik dědičného karcinomu (ca) ovaria v ČR. Analýza testovacího panelu ~600 kandidátních genů bude provedena v dobře charakterizovaném souboru 400 vysoce-rizikových pacientek s ca ovaria bez detekované mutace v hlavních predispozičních genech BRCA1/2 a v souboru 300 anonymních nenádorových kontrol pomocí sekvenování nové generace (NGS) a bioinformatické analýzy. Vybrané alterace budou konfirmovány Sangerovým sekvenováním, u kandidátních variant nejasného významu bude provedena jejich funkční in vitro analýza. S ohledem na podíl poruch DNA-reparačních mechanismů pro vznik ca ovaria se zaměříme na analýzu genů kódující proteiny zúčastněné v reparaci DNA. Po vyhodnocení pravděpodobných predispozičních genů pro vznik ca ovaria v naší populaci provedeme návrh diagnostického panelu pro genetické vyšetření pomocí cíleného NGS a jeho validaci v souboru 300 neselektovaných pacientek s ca ovaria a 300 nenádorových kontrol. Výsledky budou statisticky vyhodnoceny a jejich možný klinický výstup bude diskutován v odborných společnostech.; Aim of the project is the analysis of almost 600 selected genes referred to ovarian cancer (ca) in well characterized cohort of 400 high-risk ovarian ca patients negatively tested for BRCA1/2 mutations and 300 anonymous non-ca controls using next gen sequencing (NGS) and bioinformatics analysis. Detected alterations will be confirmed by Sanger sequencing; candidate alterations of unknown significance will be tested using in vitro functional analysis. Regarding the importance of DNA repair to ovarian carcinogenesis, we will focus on the analysis of genes coding for proteins involved in DNA repair. After the selection of genes probably predisposing to ovarian ca in our population, we will design a diagnostic gene panel for the genetic examination using targeted NGS and validate it in a group of 300 unselected ovarian ca patients and 300 non-ca controls. Results will be statistically evaluated and their clinical use will be discussed in Medical Associations.

• MeSH
• diagnostické techniky porodnicko-gynekologické MeSH
• genetické nemoci vrozené genetika   MeSH
• mutace MeSH
• nádory vaječníků genetika   MeSH
• poruchy opravy DNA MeSH
• sekvenční analýza MeSH
• techniky in vitro MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Východiska: Karcinom ovaria, závažné nádorové onemocnění s vysokou mortalitou, je v České republice diagnostikováno každým rokem přibližně u 1 000 žen. Riziko vzniku onemocnění je zvýšeno u nosiček mutací v některých nádorových predispozičních genech. S vysokým relativním rizikem (RR > 5) jsou spojeny mutace v genech BRCA1, BRCA2, BRIP1, geny Lynchova syndromu, RAD51C, RAD51D, STK11; s možným zvýšením rizika mutace v genech ATM, CHEK2, NBN, PALB2, BARD1. Cílem práce bylo určit frekvenci mutací v nádorových predispozičních genech v naší populaci. Metody a výsledky: Celkem 1 057 pacientek s karcinomem ovaria a 617 nenádorových kontrol bylo vyšetřeno pomocí panelového sekvenování nové generace na platformě Illumina. Patogenní mutace ve vysoko rizikových genech, vč. velkých genomových přestaveb, byly v našem souboru zachyceny u 30,6 % pacientek; u neselektovaných pacientek byla frekvence mutací téměř 25 %, u pacientek s negativní rodinnou anamnézou 18 %. Nejčastěji mutovanými predispozičními geny byly BRCA1 a BRCA2, součet frekvence mutací v ostatních ovariálních predispozičních genech odpovídal frekvenci mutací v genu BRCA2. Záchyt mutací u pacientek starších 70 let byl více než třikrát vyšší v porovnání s pacientkami ve věku pod 30 let. Závěr: Karcinom ovaria je heterogenní onemocnění s vysokým podílem dědičné formy onemocnění. Vzhledem k nedostatku adekvátních screeningových modalit pro včasnou diagnostiku onemocnění je identifikace nosiček mutací v ovariálních predispozičních genech klíčová, s vysokým potenciálem k celkovému snížení mortality z důvodu karcinomu ovaria.

Background: Ovarian cancer is a disease with high mortality. Approximately 1,000 women are diagnosed with ovarian cancer in the Czech Republic annually. Women harboring a mutation in cancer-predisposing genes face an increased risk of tumor development. Mutations in BRCA1, BRCA2, BRIP1, and Lynch syndrome genes (RAD51C, RAD51D, and STK11) are associated with a high risk of ovarian cancer, and mutations in ATM, CHEK2, NBN, PALB2, and BARD1 appear to increase the risk. Our aim was to examine the frequency of mutations in cancer-predisposing genes in the Czech Republic. Materials and methods: We analyzed 1,057 individuals including ovarian cancer patients and 617 non-cancer controls using CZECANCA panel next-generation sequencing on the Illumina platform. Pathogenic mutations in high-risk genes, including CNVs, were detected in 30.6% of patients. The mutation frequency reached 25.0% and 18.2% in subgroups of unselected ovarian cancer patients and patients with a negative family cancer history, respectively. The most frequently mutated genes were BRCA1 and BRCA2. The overall frequency of mutations in non-BRCA genes was comparable to that in BRCA2. The mutation frequency in ovarian cancer patients aged > 70 years was three times higher than that in patients diagnosed before the age of 30. Conclusion: Ovarian cancer is a heterogeneous disease with a high proportion of hereditary cases. The lack of efficient screening for early diagnosis emphasizes the importance of identifying carriers of mutations in ovarian cancer-predisposing genes; this is because proper follow-up and prevention strategies can reduce overall ovarian cancer-related mortality.

• Klíčová slova
• panel genů,
• MeSH
• geny nádorové MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• nádory vaječníků * genetika   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Germline mutations in checkpoint kinase 2 (CHEK2), a multiple cancer-predisposing gene, increase breast cancer (BC) risk; however, risk estimates differ substantially in published studies. We analyzed germline CHEK2 variants in 1,928 high-risk Czech breast/ovarian cancer (BC/OC) patients and 3,360 population-matched controls (PMCs). For a functional classification of VUS, we developed a complementation assay in human nontransformed RPE1-CHEK2-knockout cells quantifying CHK2-specific phosphorylation of endogenous protein KAP1. We identified 10 truncations in 46 (2.39%) patients and in 11 (0.33%) PMC (p = 1.1 × 10-14 ). Two types of large intragenic rearrangements (LGR) were found in 20/46 mutation carriers. Truncations significantly increased unilateral BC risk (OR = 7.94; 95%CI 3.90-17.47; p = 1.1 × 10-14 ) and were more frequent in patients with bilateral BC (4/149; 2.68%; p = 0.003), double primary BC/OC (3/79; 3.80%; p = 0.004), male BC (3/48; 6.25%; p = 8.6 × 10-4 ), but not with OC (3/354; 0.85%; p = 0.14). Additionally, we found 26 missense VUS in 88 (4.56%) patients and 131 (3.90%) PMC (p = 0.22). Using our functional assay, 11 variants identified in 15 (0.78%) patients and 6 (0.18%) PMC were scored deleterious (p = 0.002). Frequencies of functionally intermediate and neutral variants did not differ between patients and PMC. Functionally deleterious CHEK2 missense variants significantly increased BC risk (OR = 3.90; 95%CI 1.24-13.35; p = 0.009) and marginally OC risk (OR = 4.77; 95%CI 0.77-22.47; p = 0.047); however, carriers low frequency will require evaluation in larger studies. Our study highlights importance of LGR detection for CHEK2 analysis, careful consideration of ethnicity in both cases and controls for risk estimates, and demonstrates promising potential of newly developed human nontransformed cell line assay for functional CHEK2 VUS classification.

• MeSH
• buněčné linie MeSH
• checkpoint kinasa 2 genetika   MeSH
• dospělí MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genový knockout MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• missense mutace MeSH
• mladý dospělý MeSH
• nádory prsu u mužů genetika   MeSH
• nádory prsu genetika   MeSH
• nádory vaječníků genetika   MeSH
• sekvenční delece MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• zárodečné mutace * MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Purpose: To describe a snapshot of international genetic testing practices, specifically regarding the use of multigene panels, for hereditary breast/ovarian cancers. We conducted a survey through the Evidence-Based Network for the Interpretation of Germline Mutant Alleles (ENIGMA) consortium, covering questions about 16 non-BRCA1/2 genes. Methods: Data were collected via in-person and paper/electronic surveys. ENIGMA members from around the world were invited to participate. Additional information was collected via country networks in the United Kingdom and in Italy. Results: Responses from 61 cancer genetics practices across 20 countries showed that 16 genes were tested by > 50% of the centers, but only six (PALB2, TP53, PTEN, CHEK2, ATM, and BRIP1) were tested regularly. US centers tested the genes most often, whereas United Kingdom and Italian centers with no direct ENIGMA affiliation at the time of the survey were the least likely to regularly test them. Most centers tested the 16 genes through multigene panels; some centers tested TP53, PTEN, and other cancer syndrome-associated genes individually. Most centers reported (likely) pathogenic variants to patients and would test family members for such variants. Gene-specific guidelines for breast and ovarian cancer risk management were limited and differed among countries, especially with regard to starting age and type of imaging and risk-reducing surgery recommendations. Conclusion: Currently, a small number of genes beyond BRCA1/2 are routinely analyzed worldwide, and management guidelines are limited and largely based on expert opinion. To attain clinical implementation of multigene panel testing through evidence-based management practices, it is paramount that clinicians (and patients) participate in international initiatives that share panel testing data, interpret sequence variants, and collect prospective data to underpin risk estimates and evaluate the outcome of risk intervention strategies.

• Klíčová slova
• ENIGMA,
• MeSH
• alely MeSH
• genetická predispozice k nemoci genetika   MeSH
• genetické testování metody   MeSH
• lidé MeSH
• management nemoci MeSH
• medicína založená na důkazech MeSH
• nádory prsu * genetika   MeSH
• nádory vaječníků * genetika   MeSH
• průzkumy a dotazníky MeSH
• zárodečné mutace genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• klinická studie MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

BACKGROUND: Carriers of mutations in hereditary cancer predisposition genes represent a small but clinically important subgroup of oncology patients. The identification of causal germline mutations determines follow-up management, treatment options and genetic counselling in patients' families. Targeted next-generation sequencing-based analyses using cancer-specific panels in high-risk individuals have been rapidly adopted by diagnostic laboratories. While the use of diagnosis-specific panels is straightforward in typical cases, individuals with unusual phenotypes from families with overlapping criteria require multiple panel testing. Moreover, narrow gene panels are limited by our currently incomplete knowledge about possible genetic dispositions. METHODS: We have designed a multi-gene panel called CZECANCA (CZEch CAncer paNel for Clinical Application) for a sequencing analysis of 219 cancer-susceptibility and candidate predisposition genes associated with frequent hereditary cancers. RESULTS: The bioanalytical and bioinformatics pipeline was validated on a set of internal and commercially available DNA controls showing high coverage uniformity, sensitivity, specificity and accuracy. The panel demonstrates a reliable detection of both single nucleotide and copy number variants. Inter-laboratory, intra- and inter-run replicates confirmed the robustness of our approach. CONCLUSION: The objective of CZECANCA is a nationwide consolidation of cancer-predisposition genetic testing across various clinical indications with savings in costs, human labor and turnaround time. Moreover, the unified diagnostics will enable the integration and analysis of genotypes with associated phenotypes in a national database improving the clinical interpretation of variants.

• MeSH
• dědičné nádorové syndromy genetika   MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genetické asociační studie MeSH
• genetické testování MeSH
• lidé MeSH
• mutace INDEL MeSH
• mutace MeSH
• nádorové biomarkery * MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• variabilita počtu kopií segmentů DNA MeSH
• výpočetní biologie metody   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování * metody   normy   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Dědičná nádorová onemocnění tvoří malou, ale klinicky významnou část onkologických onemocnění, v České republice se jedná ročně o několik tisíc osob. Identifikace kauzální mutace v nádorových predispozičních genech má u těchto nemocných zásadní prognostický a v některých případech i prediktivní význam. Mimo to je podmínkou cílené preventivní péče o asymptomatické nosiče mutací v rodinách se zvýšeným rizikem vzniku nádorového onemocnění. Do současné doby bylo charakterizováno více než 150 nádorových predispozičních genů. Mutace většiny z nich se vyskytují vzácně, s výraznou populační specifičností a jejich klinická interpretace je často obtížná. Diagnostiku raritních variant technicky zjednodušují postupy využívající sekvenování nové generace, které umožňují vyšetření rozsáhlých sad genů. Za účelem racionalizace diagnostiky hereditárních nádorových syndromů v České republice jsme navrhli sekvenační panel „CZECANCA“, který cílí na vyšetření 219 genů asociovaných s dědičnými nádorovými onemocněními. Panel obsahuje přes 50 klinicky významných genů vysokého a středního rizika, zbývající geny tvoří málo prozkoumané a kandidátní predispoziční geny, jejichž vrozené mutace mají nejasnou klinickou interpretaci. Společně s návrhem panelu byl optimalizován postup vlastního sekvenování a bioinformatického zpracování sekvenačních dat pro tvorbu jednotné databáze genotypů analyzovaných vzorků. Cílem projektu je nabídnout použití sekvenačního panelu včetně optimalizovaného postupu sekvenování nové generace diagnostickým laboratořím v České republice a zajistit sdílení genotypů a klinických údajů o vyšetřovaných pacientech ve společné databázi za účelem zlepšení možnosti klinické interpretace vzácných mutací u vysoce rizikových osob.

Individuals with hereditary cancer syndromes form a minor but clinically important subgroup of oncology patients, comprising several thousand cases in the Czech Republic annually. In these patients, the identification of pathogenic mutations in cancer susceptibility genes has an important predictive and, in some cases, prognostic value. It also enables rational preventive strategies in asymptomatic carriers from affected families. More than 150 cancer susceptibility genes have been described so far; however, mutations in most of them are very rare, occurring with substantial population variability, and hence their clinical interpretation is very complicated. Diagnostics of mutations in cancer susceptibility genes have benefited from the broad availability of next-generation sequencing analyses using targeted gene panels. In order to rationalize the diagnostics of hereditary cancer syndromes in the Czech Republic, we have prepared the sequence capture panel “CZECANCA”, targeting 219 cancer susceptibility genes. Besides more than 50 clinically important high- and moderate-penetrance susceptibility genes, the panel also targets less common candidate genes with uncertain clinical relevance. Alongside the panel design, we have optimized the analytical and bioinformatics pipeline, which will facilitate establishing a collective nationwide database of genotypes and clinical data from the analyzed individuals. The key objective of this project is to provide diagnostic laboratories in the Czech Republic with a reliable procedure and collective database improving the clinical utility of next-generation sequencing analyses in high-risk patients, which would help improve the interpretation of rare or population-specific variants in cancer susceptibility genes. Key words: genetic predisposition testing – hereditary cancer syndromes – high-throughput nucleotide sequencing – genetic information databases – panel sequencing – sequence capture – next-generation sequencing (NGS) This work was supported by Czech Ministry of Health grants No. NT14054, NV15-28830A, NV15--27695A and The League Against Cancer Prague. The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE recommendation for biomedical papers. Submitted: 2. 10. 2015 Accepted: 13. 10. 2015

• Klíčová slova
• sekvenování nové generace (NGS), cílené sekvenování, panelové sekvenování,
• MeSH
• databáze genetické * využití   MeSH
• dědičné nádorové syndromy * diagnóza   genetika   MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genetické testování metody   MeSH
• lidé MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• šíření informací MeSH
• výpočetní biologie MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování * MeSH
• výzkumný projekt MeSH
• zárodečné mutace MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

INTRODUCTION: Serous tubal intraepithelial carcinoma (STIC) is most likely precursor lesion of the most part of high-grade serous pelvis carcinomas, carcinosarcoma and undifferentiated carcinoma with incidence of 0.6% to 7% in BRCA carriers or women with strong family history of breast or ovarian carcinoma. STIC is a pathomorphologically and immunohistochemically detectable lesion which biological significance and clinical relevance is unknown. Areas covered: We investigate methods of STIC diagnostics and we present an overview of recent studies and available knowledge on surgical management, adjuvant chemotherapy and subsequent follow-up procedure in women with an isolated STIC. Expert commentary: Patients found to have an incidental STIC lesion should be referred for screening of BRCA1/2 mutation. In absence of an invasive disease, follow-up of patient remains a reasonable choice. A rational scheme should include check-ups every 6 months consisting of gynecological examinations, CA 125 and/or HE4 and pelvic ultrasound examination by an expert sonographer.

• MeSH
• adjuvantní chemoterapie metody   MeSH
• imunohistochemie MeSH
• incidence MeSH
• karcinom in situ diagnóza   patologie   terapie   MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• nádory cystické, mucinózní a serózní diagnóza   patologie   terapie   MeSH
• nádory vejcovodů diagnóza   patologie   terapie   MeSH
• protein BRCA1 genetika   MeSH
• protein BRCA2 genetika   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• přehledy MeSH

• MeSH
• Fanconiho anemie * MeSH
• lidé MeSH
• nádory prsu MeSH
• posunová mutace MeSH
• protein FANCL genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• dopisy MeSH
• komentáře MeSH
• práce podpořená grantem MeSH