• MeSH
• anaerobní bakterie MeSH
• bakteriální infekce MeSH
• Publikační typ
• kongresy MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství

Cíl Stanovit prevalenci jednotlivých anaerobních bakterií u pacientů s chronickou ránou. Materiál a metodika Do souboru byli zařazeni všichni pacienti hospitalizovaní s chronickou ránou na Klinice popálenin a rekonstrukční chirurgie FN Brno v období od 1. 1. 2008 do 31. 12. 2010. U těchto pacientů byl pravidelným a cíleným mikrobiologickým odběrem získán materiál z kožních defektů. V diagnostice anaerobních původců infekce chronického defektu má nezastupitelnou roli stěr na sterilní vatový tampón následně zanořený do transportního média, které umožňuje přežití anaerobních bakterií. Tato metoda je preferována před otiskem. Po transportu do mikrobiologické laboratoře se materiál vyočkuje na kultivační půdy včetně VL agaru pro růst anaerobních bakterií. Kultivace anaerobních mikrobů vyžaduje anaerobní prostředí a časový interval 48 hodin. Následná identifikace anaerobů se provádí pomocí sestavy diagnostických disků a diagnostických souprav Remel a API bioMérieux. Výsledky Celkem bylo do skupiny zařazeno 95 pacientů (32 žen) s pozitivní izolací anaerobní bakterie v chronickém defektu, kteří byli hospitalizovaní ve sledovaném období. 75 pacientů v souboru (78,95 %) bylo hospitalizováno se vstupní diagnózou dekubitu, 13 pacientů (13,68 %) s bércovým vředem a 7 pacientů (7,36 %) s diabetickým defektem dolní končetiny (diabetickou nohou). M:F ratio 2,97:1. U těchto pacientů bylo izolováno celkem 198 kmenů anaerobních bakterií. Nejčastějším anaerobem izolovaným z chronické rány je Bacteroides fragilis celkem 115 kmenů (58,08 %), dále Peptococcus sp. 20 kmenů (10,10 %) a Peptostreptococcus sp. 19 kmenů (9,60 %) a Prevotela melaninogenica 14 kmenů (7,07 %). Závěr Ve studii se nám podařilo stanovit prevalenci základních anaerobních bakterií u pacientů s chronickou ránou. Potvrdili jsme také skutečnost, že nejvyšší výskyt anaerobů je u pacientů s dekubity.

Aim To establish the prevalence of particular anaerobic bacteria in patients with chronic wound. Material and methodology All patients, hospitalized with a chronic wound in the Clinic of burns and reconstructive surgery of Faculty Hospital of Brno in the period from January 1st, 2008 till December 31st, 2010, were enrolled in our data set. In these patients, the material was collected by regular and targeted collection from skin defects. A swab made with a sterile cotton wool swab subsequently dipped into transport medium, which enables a survival of anaerobic bacteria, plays an insubstitutable role in a diagnostic procedure of anaerobic etiological agents of chronic defect infections. This method is preferred to an imprinting. Following the transport to microbiologic laboratory, the material is inoculated in culture media including VL agar for a growth of anaerobic bacteria. The cultivation of anaerobic germs demands an anaerobic environment and a time period of 48 hours. The subsequent identification of anaerobes is performed by a set of diagnostic discs and diagnostic kits Remel and API bioMérieux. Results In total, 95 patients (32 women) with positive isolation of anaerobic bacteria in a chronic defect, who were hospitalized in the monitored period, were enrolled in our group. 75 patients in the group (78.95 %) were hospitalized with an initial diagnosis of the pressure ulcer, 13 patients (13.68%) with the crural ulcer and 7 patients (7.36 %) with a diabetic defect of lower extremity(the diabetic foot). M:F ratio 2.97:1. There were a total of 198 anaerobic bacteria tribes isolated in these patients. The most common anaerobic bacteria isolated from a chronic wound is Bacteroides fragilis 115 tribes in total (58.08 %), followed by Peptococcus sp. 20 tribes (10.10 %), Peptostreptococcus sp. 19 tribes (9.60 %), and Prevotela melaninogenica 14 tribes (7.07 %). Conclusion In our study we established the prevalence of basic anaerobic bacteria in patients with chronic wound. We also proved the fact that the highest incidence of anaerobes is in patients with pressure ulcers.

• MeSH
• anaerobní bakterie izolace a purifikace   MeSH
• Bacteroides fragilis izolace a purifikace   MeSH
• bércové vředy mikrobiologie   MeSH
• chronická nemoc MeSH
• dekubity mikrobiologie   MeSH
• diabetická noha mikrobiologie   MeSH
• hojení ran MeSH
• hospitalizovaní pacienti MeSH
• infekce v ráně mikrobiologie   MeSH
• kultivační techniky MeSH
• lidé MeSH
• Peptococcus izolace a purifikace   MeSH
• Peptostreptococcus izolace a purifikace   MeSH
• Prevotella melaninogenica izolace a purifikace   MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH

• MeSH
• Clostridium růst a vývoj   MeSH
• kultivační média MeSH
• kyslík škodlivé účinky   MeSH
• mikrobiologické techniky přístrojové vybavení   MeSH

• MeSH
• anaerobní bakterie patogenita   MeSH
• bakteriální infekce MeSH
• bakteriální toxiny MeSH
• Publikační typ
• příručky MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• bakteriologie
• infekční lékařství

BACKGROUND: In order to start to understand the function of individual members of gut microbiota, we cultured, sequenced and analysed bacterial anaerobes from chicken caecum. RESULTS: Altogether 204 isolates from chicken caecum were obtained in pure cultures using Wilkins-Chalgren anaerobe agar and anaerobic growth conditions. Genomes of all the isolates were determined using the NextSeq platform and subjected to bioinformatic analysis. Among 204 sequenced isolates we identified 133 different strains belonging to seven different phyla - Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Proteobacteria, Verrucomicrobia, Elusimicrobia and Synergistetes. Genome sizes ranged from 1.51 Mb in Elusimicrobium minutum to 6.70 Mb in Bacteroides ovatus. Clustering based on the presence of protein coding genes showed that isolates from phyla Proteobacteria, Verrucomicrobia, Elusimicrobia and Synergistetes did not cluster with the remaining isolates. Firmicutes split into families Lactobacillaceae, Enterococcaceae, Veillonellaceae and order Clostridiales from which the Clostridium perfringens isolates formed a distinct sub-cluster. All Bacteroidetes isolates formed a separate cluster showing similar genetic composition in all isolates but distinct from the rest of the gut anaerobes. The majority of Actinobacteria clustered closely together except for the representatives of genus Gordonibacter showing that the genome of this genus differs from the rest of Actinobacteria sequenced in this study. Representatives of Bacteroidetes commonly encoded proteins (collagenase, hemagglutinin, hemolysin, hyaluronidase, heparinases, chondroitinase, mucin-desulfating sulfatase or glutamate decarboxylase) that may enable them to interact with their host. Aerotolerance was recorded in Akkermansia and Cloacibacillus and was also common among representatives of Bacteroidetes. On the other hand, Elusimicrobium and the majority of Clostridiales were highly sensitive to air exposure despite their potential for spore formation. CONCLUSIONS: Major gut microbiota members utilise different strategies for gut colonisation. High oxygen sensitivity of Firmicutes may explain their commonly reported decrease after oxidative burst during gut inflammation.

• MeSH
• anaerobní bakterie genetika   izolace a purifikace   MeSH
• cékum mikrobiologie   MeSH
• délka genomu MeSH
• DNA bakterií genetika   MeSH
• fylogeneze MeSH
• kur domácí * MeSH
• sekvenování celého genomu metody   MeSH
• střevní mikroflóra MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

An experimental group of one-day-old chicken from a commercial hatchery was given a defined mixture of 7 gut anaerobes. The next day the chicks were inoculated by an APEC strain O78:H4-ST117 resistant to ciprofloxacin, alongside with the control group and monitored for 4 wk after the inoculation for the presence of the colonizing strains and ciprofloxacin-resistant E. coli. Significant reduction of colonization rates in the first 2 wk was recorded in the experimental group for the numbers of ciprofloxacin-resistant E. coli. The results show that colonization of chicken by defined anaerobic mixtures may provide a decisive protection during the critical period of the chicken intestinal microflora development.

• MeSH
• Bacteroides MeSH
• ciprofloxacin farmakologie   MeSH
• Escherichia coli MeSH
• infekce vyvolané Escherichia coli * prevence a kontrola   veterinární   MeSH
• kur domácí MeSH
• nemoci drůbeže * prevence a kontrola   MeSH
• probiotika * farmakologie   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Anaerobic microorganisms (anaerobes) possess a fascinating metabolic versatility. This characteristic makes anaerobes interesting candidates for physiological studies and utilizable as microbial cell factories. To investigate the physiological characteristics of an anaerobic microbial population, yield, productivity, specific growth rate, biomass production, substrate uptake, and product formation are regarded as essential variables. The determination of those variables in distinct cultivation systems may be achieved by using different techniques for sampling, measuring of growth, substrate uptake, and product formation kinetics. In this review, a comprehensive overview of methods is presented, and the applicability is discussed in the frame of anaerobic microbiology and biotechnology.

• MeSH
• anaerobióza MeSH
• anaerobní bakterie růst a vývoj   fyziologie   MeSH
• biomasa MeSH
• bioreaktory mikrobiologie   MeSH
• fermentace MeSH
• metabolické inženýrství metody   MeSH
• průmyslová mikrobiologie metody   MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• přehledy MeSH

• MeSH
• anaerobní bakterie izolace a purifikace   MeSH
• bakteriální vaginóza mikrobiologie   MeSH
• lidé MeSH
• prostatitida mikrobiologie   moč   MeSH
• uretra mikrobiologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• srovnávací studie MeSH

• MeSH
• zánět mikrobiologie   MeSH