• Klíčová slova
• programovací jazyky,
• MeSH
• informatika MeSH
• programovací jazyk MeSH
• software MeSH
• Publikační typ
• příručky MeSH

• Konspekt
• Programování. Software
• NLK Obory
• knihovnictví, informační věda a muzeologie

MOTIVATION: Current methods for identification of potential triplex-forming sequences in genomes and similar sequence sets rely primarily on detecting homopurine and homopyrimidine tracts. Procedures capable of detecting sequences supporting imperfect, but structurally feasible intramolecular triplex structures are needed for better sequence analysis. RESULTS: We modified an algorithm for detection of approximate palindromes, so as to account for the special nature of triplex DNA structures. From available literature, we conclude that approximate triplexes tolerate two classes of errors. One, analogical to mismatches in duplex DNA, involves nucleotides in triplets that do not readily form Hoogsteen bonds. The other class involves geometrically incompatible neighboring triplets hindering proper alignment of strands for optimal hydrogen bonding and stacking. We tested the statistical properties of the algorithm, as well as its correctness when confronted with known triplex sequences. The proposed algorithm satisfactorily detects sequences with intramolecular triplex-forming potential. Its complexity is directly comparable to palindrome searching. AVAILABILITY: Our implementation of the algorithm is available at http://www.fi.muni.cz/lexa/triplex as source code and a web-based search tool. The source code compiles into a library providing searching capability to other programs, as well as into a stand-alone command-line application based on this library. CONTACT: lexa@fi.muni.cz SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.

• MeSH
• algoritmy MeSH
• chybné párování bází MeSH
• DNA chemie   metabolismus   MeSH
• Escherichia coli K12 genetika   MeSH
• genom MeSH
• konformace nukleové kyseliny MeSH
• lidé MeSH
• obrácené repetice MeSH
• pravděpodobnostní funkce MeSH
• sekvence nukleotidů MeSH
• sekvenční analýza DNA metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• Klíčová slova
• Scala, funkcionální programování,
• MeSH
• programovací jazyk MeSH
• software MeSH
• Publikační typ
• učebnice MeSH

• Konspekt
• Programování. Software
• Učební osnovy. Vyučovací předměty. Učebnice
• NLK Obory
• knihovnictví, informační věda a muzeologie

Práce obsahuje přehled základních principů stability bederní páteře. Uvedeny jsou možnosti vyšetření této stability klinickými testy a možnosti zlepšení stability při použití progresivní dynamické stabilizace. Článek popisuje principy, cíle, výhody a nevýhody tohoto terapeutického postupu. V závěrečné části je uveden praktický návrh stabilizačního programu.

This paper gives a review of basic lumbar spine stability principles. The possible assessment of lumbar spine stability by clinical tests is presented as well as its possible improvements by progressive dynamic stabilization. The article describes principles, aims, advantages and disadvantages of this therapy. There is a practical stabilization exercise program presented at the end.

• MeSH
• bederní obratle MeSH
• bolesti zad diagnóza   rehabilitace   terapie   MeSH
• fyzikální vyšetření metody   MeSH
• postura těla MeSH
• rehabilitace metody   MeSH
• terapie cvičením metody   MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

• Klíčová slova
• FoxBase+,
• MeSH
• software MeSH
• Publikační typ
• příručky MeSH

• Konspekt
• Programování. Software
• NLK Obory
• technika

Tunnels and channels facilitate the transport of small molecules, ions and water solvent in a large variety of proteins. Characteristics of individual transport pathways, including their geometry, physico-chemical properties and dynamics are instrumental for understanding of structure-function relationships of these proteins, for the design of new inhibitors and construction of improved biocatalysts. CAVER is a software tool widely used for the identification and characterization of transport pathways in static macromolecular structures. Herein we present a new version of CAVER enabling automatic analysis of tunnels and channels in large ensembles of protein conformations. CAVER 3.0 implements new algorithms for the calculation and clustering of pathways. A trajectory from a molecular dynamics simulation serves as the typical input, while detailed characteristics and summary statistics of the time evolution of individual pathways are provided in the outputs. To illustrate the capabilities of CAVER 3.0, the tool was applied for the analysis of molecular dynamics simulation of the microbial enzyme haloalkane dehalogenase DhaA. CAVER 3.0 safely identified and reliably estimated the importance of all previously published DhaA tunnels, including the tunnels closed in DhaA crystal structures. Obtained results clearly demonstrate that analysis of molecular dynamics simulation is essential for the estimation of pathway characteristics and elucidation of the structural basis of the tunnel gating. CAVER 3.0 paves the way for the study of important biochemical phenomena in the area of molecular transport, molecular recognition and enzymatic catalysis. The software is freely available as a multiplatform command-line application at http://www.caver.cz.

• MeSH
• algoritmy * MeSH
• hydrolasy chemie   metabolismus   MeSH
• konformace proteinů * MeSH
• krystalografie MeSH
• proteiny chemie   metabolismus   MeSH
• shluková analýza MeSH
• simulace molekulární dynamiky MeSH
• software * MeSH
• výpočetní biologie metody   MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Úvod. Dynamická scintigrafie ledvin poskytuje užitečné informace o funkci obou ledvin. Nevýhodou systému Ostnucline, který je přizpůsoben potřebám české komunity, je fungování v prostředí Windows 98. Na našem pracovišti jsme měli možnost testovat nový program InterViewXP? pro hodnocení funkce ledvin od firmy Mediso. Cíl. Porovnat ovládání programů a hodnoty kvantitativních parametrů funkce ledvin získané novým a stávajícím programem. Metoda. Soubor zahrnuje 34 neselektovaných pacientů (13 mužů a 21 žen) průměrného věku 53 (21-89) let, vyšetřených na našem pracovišti dynamickou scintigrafii ledvin z různých indikací. Vyšetření byla provedena na gamakameře MB9200, jako radiofarmakum jsme použili 99mTc MAG3. Data byla snímána standardním způsobem, byla hodnocena programy systémů Ostnucline a InterViewXP?. Kvantitativní parametry jsme porovnali pomocí párového t-testu. Hladina významnosti byla 5%. Výsledky. Ovládání programů je velmi podobné, velkou výhodou InterViewXP? je možnost korekce pohybu pacienta ve dvou rovinách. To je výhodné zejména při vyšetření dětí. Hodnoty ERPF, stranového podílu a clearance se lišily minimálně (p = 0,888-0,999), časové hodnoty měly rozptyl několika minut (p = 0, 304-0,737). Hodnoty všech sledovaných parametrů neměly statisticky významné odchylky. Závěr. Námi testovaný program pro hodnocení funkce ledvin dává prakticky totožné výsledky jako stávající. Může tedy sloužit jako jeho plnohodnotná náhrada. Výhodou je navíc možnost korekce pohybu pacienta při vyšetření.

Introduction. Dynamic renal scintigraphy is a useful tool to evaluate kidney function. Software Ostnucline mostly used in the Czech Republic runs however under Windows 98. We had an opportunity to test new software InterViewXP? from Mediso. Aim. To compare an operation of both softwares and values of quantitative parameters calculated by both softwares. Method. We evaluated 34 non-selected patients (13 male, 21 female), average age 53 (21-89) years send to our department for dynamic kidney scintigraphy. Method was performed with a gamma camera MB9200, Tc-99m MAG3 was used as a radiopharmaceutical. Data were processed with both softwares, quantitative parameters were compared with t-test, and level of significance was 5%. Results. Operation of both softwares is very similar; the main advantage of Inter-ViewXP? is a possibility to correct for patient motion in two planes. Values of ERPF, separate function and clearance did not differ significantly (p = 0,888-0,999), time intervals differ in the range of minutes (p = 0,304-0, 737). All evaluated parameters did not differ significantly. Conclusion. New software InterViewXP? for dynamic renal scan provides almost identical values as presently used software Ostnucline. It can, therefore, substitute its use. Its main advantage is a possibility to provide motion correction.

• Klíčová slova
• srovnání,
• MeSH
• diagnostické zobrazování metody   trendy   využití   MeSH
• gama kamery MeSH
• lidé MeSH
• močové ústrojí patofyziologie   MeSH
• nemoci ledvin diagnóza   MeSH
• radioisotopová scintigrafie metody   využití   MeSH
• renální hypertenze diagnóza   MeSH
• software trendy   MeSH
• statistika jako téma MeSH
• technecium 99mTc mertiatid diagnostické užití   MeSH
• vrozené poruchy tubulárního transportu diagnóza   MeSH
• vyšetření funkce ledvin metody   využití   MeSH
• výsledky a postupy - zhodnocení (zdravotní péče) MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Cílem studie bylo ověřit vliv statického a dynamického způsobu protahování hamstringů u probandů studující tělesnou výchovu a sport na PF UJEP. Flexibilita byla diagnostikována prostřednictvím modifikované Lassegueovy zkoušky (SLR). V předkládané studii byl sledován rozdíl mezi dosaženými úhly zadní strany stehna u dominantní dolní končetiny před aplikací a po aplikaci statických a dynamických protahovacích cvičení pomocí SLR provedené švihem nebo tahem. Pro sběr dat bylo využito videozá- znamu (2D), který byl zpracován softwarem Dartfish Team Pro Data. Pomocí tohoto programu byly hodnoty úhlu převedeny na vzdálenost v centimetrech a vyhodnoceny. Výsledky prokázaly, že nebyly zjištěny statisticky významné rozdíly v hodnotách ROM při působení statického a dynamického způsobu protahování. Signifikantní rozdíly se však projevily mezi výchozím a výsledným úhlem dominantní dolní končetiny při působení dynamického strečinku, kde byl u SLR pohyb proveden švihem.

The aim of the study was to assess the effect of static and dynamic way of stretching the hamstrings in probands studying physical education and sport at UJEP. Flexibility was diagnosed through a modified Lassegueovy test (SLR). In the present study, we evaluated the differences between the angles of the back of the thigh in the dominant lower limb before and after the application of static and dynamic stretching exercises performed using SLR push or pull. For data collection were used video (2D), which was developed software Dartfish Team Pro Data. With this program were converted to values of the angle distance in centimeters and evaluated. The results showed that there were no significant differences in ROM when exposed to static and dynamic stretching method. Significant differences, however, showed between the initial and final angle dominant lower limb when exposed to dynamic stretching, where the movement was executed swing.

• MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• plnění a analýza úkolů MeSH
• rozsah kloubních pohybů * fyziologie   MeSH
• strečink * MeSH
• zadní stehenní svaly fyziologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• srovnávací studie MeSH

We introduce the mathematical model of electromigration of electrolytes in free solution together with free software Simul, version 5, designed for simulation of electrophoresis. The mathematical model is based on principles of mass conservation, acid-base equilibria, and electroneutrality. It accounts for any number of multivalent electrolytes or ampholytes and yields a complete picture about dynamics of electromigration and diffusion in the separation channel. Additionally, the model accounts for the influence of ionic strength on ionic mobilities and electrolyte activities. The typical use of Simul is: inspection of system peaks (zones), stacking and preconcentrating analytes, resonance phenomena, and optimization of separation conditions, in either CZE, ITP, or IEF.

• MeSH
• elektroforéza statistika a číselné údaje   MeSH
• matematika MeSH
• počítačová simulace MeSH
• software MeSH
• teoretické modely MeSH

Úvod: Příčiny nestabilit můžeme rozdělit na stavy poúrazové, při kterých dochází k poškození vazů, a nestability v důsledku hypermobility kloubní na podkladě vrozené poruchy syntézy kolagenu typu I. V klinickém obrazu skafolunátní (SL) nestability bývá ve většině případů přítomná bolest zápěstí, zpočátku pozátěžová, v chronicitě pak klidová. Hlavním dynamickým stabilizátorem os scaphoideum radiální strany zápěstí je musculus flexor carpi radialis (FCR), který vzhledem k průběhu své šlachy používá tuto kůstku jako kladku k dosažení svého distálního úponu na II. metakarpu. Cílem pilotního projektu bylo zhodnotit míru benefitu posílení FCR v konzervativní terapii dynamických SL nestabilit. Pacienti a metody: V letech 2012–2014 bylo na našem pracovišti diagnostikováno a zařazeno do terapeutického programu 56 testovaných pacientů (49 žen, 7 mužů), věkového rozpětí 18–49 roků. Kritériem pro zařazení byla diagnóza predynamické nebo dynamické formy skafolunátní nestability s pozitivním Watsonovým testem. Třináct pacientů mělo diagnostikovánu nestabilitu SL po primární fraktuře distálního radia, u 11 probandů byla přítomna klidová bolest, u 45 pak pozátěžová, omezující aktivity denního života, a v 9 případech bylo současně verifikováno poškození triangulárního fibrokartilaginózního komplexu (TFCC). Hodnotili jsme míru bolesti prostřednictvím visual analog scale (VAS) u každého z probandů při první terapii a následně s odstupem 1,5 a 3 měsíců od začátku fyzioterapie. Byly vybrány 4 specifické cviky pro aktivitu musculus flexor carpi radialis. Výsledky: Při prvním vyšetření škály bolesti bylo její rozmezí u testovaných jedinců 5–8. Po prvním kontrolním měření změn s odstupem 1,5 měsíce od začátku terapie se intenzita bolestí zápěstí snížila do rozhraní 3–6 a po druhém kontrolním měření bylo subjektivní hodnocení bolesti od 2 do 7. S odstupem 3 měsíců byl z daných měření největší nárůst hodnot v intenzitě 3, tedy významné zklidnění obtíží. Pokud budeme brát hodnoty bolesti 5–8 VAS škály, pak u 19 probandů (33 %) z 56 nedošlo k výrazným změnám ve smyslu zmírnění obtíží, nicméně 5 probandů mělo současně poškozen komplex TFCC a 8 bylo po primární fraktuře distálního radia, zbylých 6 v tomto rozhraní mělo diagnostikovanou pouze dynamickou formu skafolunátní nestability. Osm pacientů vyžadovalo další chirurgickou intervenci pro neustupující bolesti zápěstí a značné limity denních činností – activity of daily living (ADL). Diskuze: V našem souboru 56 pacientů s diagnostikovanou dynamickou skafolunátní nestabilitou došlo k inhibici bolesti u 66 % testovaných v případě rozmezí škály VAS hodnot 0–4, nicméně u všech probandů došlo po 3 měsících k alespoň nějakému snížení intenzity bolesti po cílené rehabilitační intervenci. U 8 jedinců byly obtíže natolik limitující, že byl chirurgický zásah nezbytný. Potvrdilo se nám, že facilitace FCR má jednoznačný benefit pro pacienty s predynamickou a dynamickou formou a je schopna v určité míře zamezit předčasnému chirurgickému řešení. Nicméně můžeme usuzovat, že v případech, kdy je k samotné SL nestabilitě přidružena i jiná patologie (traumatizace TFCC, fraktura distálního radia), bude efekt samotné rehabilitace méně uspokojivý a následná chirurgická intervence více pravděpodobná. Závěr: Pohledem traumat měkkotkáňových struktur zápěstí řadíme SL disociace k frekventovaným obtížím v segmentu ruky. Jejich včasná a korektní diagnostika a následná cílená léčba může zajistit úspěšný výsledek na poli terapeutickém. Naší snahou je nejen rozšířit povědomí o specifičnosti dané problematiky a nutnosti komplexnosti léčby, ale také najít vzájemnou mezioborovou spolupráci, dál posunout vlastní zkušenosti a neomezit se jen na již zavedené a nekomplikované.

Introduction: The causes of instability may be classified as post-traumatic with ligament damage and those resulting from joint hypermobility due to congenital impairment of type 1 collagen synthesis. In most cases of scapholunate (SL) instability, the clinical picture includes wrist pain, initially post-exertional and later, in the chronic stage, resting. The main dynamic stabilizer of the scaphoid bone on the radial side of the wrist is the flexor carpi radialis (FCR) muscle. Along the course of its tendon, the muscle uses this bone as a pulley to reach its distal insertion at the second metacarpal bone. This pilot project aimed at assessing the benefit of FCR strengthening in conservative treatment for dynamic SL instabilities. Patients and methods: In 2012–2014, a total of 56 tested patients (49 males and 7 females) aged 18–49 years were diagnosed and enrolled in the therapeutic program at our center. The inclusion criterion was a diagnosis of pre-dynamic or dynamic SL instability made with Watson’s test. Thirteen patients were diagnosed with SL instability following a primary distal radius fracture. There was resting pain in 11 subjects and post-exertional pain limiting activities of daily living (ADL) in 45 persons. At the same time, a triangular fibrocartilage complex (TFCC) injury was confirmed in 9 cases. In each participant, pain intensity was measured using the Visual Analog Scale (VAS) during the first treatment session and at 1.5 and 3 months from the initiation of physiotherapy. Four specific types of exercise were selected for FCR muscle activity. Results: During the first measurement, the tested individuals had a pain intensity of 5–8. At 1.5 and 3 months from the initiation of therapy, the subjective pain intensity was reduced to 3–6 and 2–7, respectively. At 3 months, the largest increase was observed for a pain intensity of 3, suggesting a significant reduction of difficulties. When considering VAS pain intensity ranging from 5 to 8, nineteen out of the 56 subjects (33%) had no significant alleviation of problems. However, five individuals also had a TFCC injury and 8 had sustained a distal radius fracture; the remaining 6 patients with that range of pain intensity were only diagnosed with dynamic SF instability. Eight individuals required further surgical intervention for persistent wrist pain and severely limited ADLs. Discussion: In the group of 56 patients diagnosed with dynamic SL instability, pain was inhibited in 66% of the tested subjects with VAS pain intensity ranging from 0 to 4. In all patients, however, there was at least some reduction in pain intensity after three months of targeted rehabilitation intervention. In 8 patients, the difficulties were so limiting that they required surgical intervention. FCR facilitation has been confirmed to have a clear benefit to patients with pre-dynamic and dynamic SL instability and may, to a certain extent, prevent the need for early surgery. It may be assumed, however, that when SL instability is associated with another pathology (e.g. TFCC injury or distal radius fracture), the effect of rehabilitation alone would be less satisfactory and subsequent surgical intervention will be more likely needed. Conclusion: Among injuries to soft tissue structures of the wrist, SL dissociation is a common problem. Early and correct diagnosis as well as subsequent targeted therapy may guarantee successful results. It is our effort not only to extend the awareness of these issues and the need for comprehensive treatment but also to seek multidisciplinary cooperation and to extend our own experience without having to rely on the already established and uncomplicated approaches.

• Klíčová slova
• skafolunátní nestabilita, musculus flexor carpi radialis,
• MeSH
• člunkovitá kost MeSH
• dospělí MeSH
• kosterní svaly fyziologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• měření bolesti statistika a číselné údaje   MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• nestabilita kloubu * terapie   MeSH
• techniky fyzikální terapie * MeSH
• zápěstní kloub * MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH