To trace evolution of Panton-Valentine leucocidin-positive clonal complex 398 methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) in the Czech Republic, we tested 103 MRSA isolates from humans. Five (4.9%) were Panton-Valentine leucocidin-positive clonal complex 398, sequence types 1232 and 9181. Spread to the Czech Republic may result from travel to or from other countries.
- MeSH
- bakteriální toxiny * biosyntéza genetika MeSH
- dějiny 21. století MeSH
- dospělí MeSH
- exotoxiny * genetika biosyntéza MeSH
- leukocidiny * genetika MeSH
- lidé MeSH
- methicilin rezistentní Staphylococcus aureus * genetika izolace a purifikace MeSH
- stafylokokové infekce * mikrobiologie epidemiologie MeSH
- Check Tag
- dějiny 21. století MeSH
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- historické články MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Although Campylobacter jejuni is the pathogen responsible for the most common foodborne illness, tracing of the infection source remains challenging due to its highly variable genome. Therefore, one of the aim of the study was to compare three genotyping methods (MLST, PFGE, and mP-BIT) to determine the most effective genotyping tool. C. jejuni strains were divided into 4 clusters based on strain similarity in the cgMLST dendrogram. Subsequently, the dendrograms of the 3 tested methods were compared to determine the accuracy of each method compared to the reference cgMLST method. Moreover, a cost-benefit analysis has showed that MLST had the highest inverse discrimination index (97%) and required less workflow, time, fewer consumables, and low bacterial sample quantity. PFGE was shown to be obsolete both because of its low discriminatory power and the complexity of the procedure. Similarly, mP‐BIT showed low separation results, which was compensated by its high availability. Therefore, our data showed that MLST is the optimal tool for genotyping C. jejuni. Another aim was to compare the antimicrobial resistance to ciprofloxacin, erythromycin, and tetracycline in C. jejuni strains isolated from human, water, air, food, and animal samples by two gene sequence-based prediction methods and to compare them with the actual susceptibility of C. jejuni strains using the disc diffusion method. Both tools, ResFinder and RGI, synchronously predict the antimicrobial susceptibility of C. jejuni and either can be used.
- MeSH
- antibakteriální látky farmakologie MeSH
- bakteriální léková rezistence genetika MeSH
- Campylobacter jejuni * genetika MeSH
- genotyp MeSH
- kampylobakterové infekce * mikrobiologie MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiální testy citlivosti MeSH
- multilokusová sekvenční typizace MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- MeSH
- kongresy jako téma MeSH
- mikrobiologie * MeSH
- Publikační typ
- zprávy MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
x
x
- MeSH
- kontrola potravin MeSH
- lidé MeSH
- potravní doplňky MeSH
- probiotika * MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Antimicrobial resistance (AMR) is one of the top public health threats nowadays. Among the most important AMR pathogens, Escherichia coli resistant to extended spectrum cephalosporins (ESC-EC) is a perfect example of the One Health problem due to its global distribution in animal, human, and environmental sources and its resistant phenotype, derived from the carriage of plasmid-borne extended-spectrum and AmpC β-lactamases, which limits the choice of effective antimicrobial therapies. The epidemiology of ESC-EC infection is complex as a result of the multiple possible sources involved in its transmission, and its study would require databases ideally comprising information from animal (livestock, companion, wildlife), human, and environmental sources. Here, we present the steps taken to assemble a database with phenotypic and genetic information on 10,763 ESC-EC isolates retrieved from multiple sources provided by 13 partners located in eight European countries, in the frame of the DiSCoVeR Joint Research project funded by the One Health European Joint Programme (OH-EJP), along with its strengths and limitations. This database represents a first step to help in the assessment of different geographical and temporal trends and transmission dynamics in animals and humans. The work performed highlights aspects that should be considered in future international efforts, such as the one presented here.
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
x
x
- MeSH
- analýza potravin MeSH
- epidemiologické monitorování MeSH
- lidé MeSH
- methicilin rezistentní Staphylococcus aureus * genetika klasifikace patogenita MeSH
- přenos infekční nemoci prevence a kontrola MeSH
- prevalence MeSH
- techniky typizace bakterií MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Závěrečná zpráva o řešení grantu Agentury pro zdravotnický výzkum MZ ČR
nestr.
The proposed one health approach project is the sentinel testing survey of the occurrence of Enterobacteriaceae with plasmid-mediated transferable resistance to colistin ( a reserve antibiotic used in human medicine but also in the veterinary sector) in hospitalised patients and travellers, livestock, retail meat and in the environment.
Projekt je sentinelovou studií zaměřenou na vyhledávání Enterobacteriaceae s přenositelnou na plazmid vázanou rezistencí ke kolistinu (rezervnímu antibiotiku v humánní medicíně avšak antibiotiku používaném i ve veterinárním sektoru) u hospitalizovaných pacientů a cestovatelů, potravinových zvířat a jejich mase a v prostředí.
- MeSH
- antibakteriální látky MeSH
- bakteriální léková rezistence MeSH
- Enterobacteriaceae účinky léků MeSH
- kolistin MeSH
- plazmidy MeSH
- sentinelová surveillance MeSH
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- farmacie a farmakologie
- epidemiologie
- bakteriologie
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR
Cíl práce: Cílem studie bylo určit genetickou rozmanitost humánních izolátů získaných v letech 2016–2020 z klinických laboratoří z různých lokalit České republiky (ČR) s ohledem na možné epidemické souvislosti a virulenci Listeria monocytogenes za využití dat celogenomového sekvenování. Metody: Ve studii byl použit soubor 102 humánních izolátů L. monocytogenes, u kterých byl určen sérotyp sklíčkovou aglutinací v kombinaci s multiplex PCR sérotypizací. Retrospektivně bylo provedeno celogenomové sekvenování a na základě získaných dat byla posouzena klonální příbuznost testovaných kmenů a přítomnost genů virulence pomocí softwaru Ridom SeqSphere+. Výsledky: V období let 2016–2020 bylo celkem charakterizováno 102 humánních izolátů L. monocytogenes, což činí 65 % ze všech hlášených případů listerióz registrovaných ve sledovaném období v ČR v systémech ISIN/EPIDAT. Dominantní zastoupení měl sérotyp 1/2a (57 %), následoval sérotyp 4b (30 %) a jen ojediněle byly detekovány kmeny sérotypu 1/2b (12 %) a 1/2c (1 %). Na základě analýzy celogenomových dat byly kmeny zařazeny k 26 klonálním komplexům a 27 sekvenačním typům. Porovnáním cgMLST (core genome Multi-Locus Sequence Typing) byly detekovány čtyři klastry o více jak třech kmenech vykazující vysokou příbuznost (rozdíly do 10 alel) s možnou epidemickou souvislostí. U všech kmenů byla potvrzena přítomnost klíčových genů virulence. Pouze u tří kmenů (sérotypu 1/2a, 1/2b a 1/2c) byla detekována bodová mutace v genu inlA spojovaná s expresí zkráceného proteinu internalinu A, který je zapojený do mechanismu přestupu L. monocytogenes intestinální bariérou. Závěr: Molekulární epidemiologie založená na celogenomovém sekvenování představuje účinný nástroj ke studiu populační struktury kmenů L. monocytogenes. V této studii byla zjištěna vysoká heterogenita humánních kmenů L. monocytogenes, zejména u v České republice dominantního sérotypu 1/2a. Bylo identifikováno několik klastrů s možnou epidemickou souvislostí, jejichž výskyt bude dále sledován.
Study aim: To determine the genetic diversity of human isolates of Listeria monocytogenes obtained in 2016–2020 from clinical laboratories in various locations of the Czech Republic with a focus on their possible epidemic links and virulence using whole genome sequencing data. Methods: A total of 102 human L. monocytogenes isolates, serotyped by slide agglutination in combination with multiplex PCR serotyping, were used in this study. Whole genome sequencing was performed retrospectively, and based on the obtained data, the clonal relatedness of the tested strains and the presence of virulence genes were assessed using the Ridom SeqSphere+ software. Results: In 2016-2020, 102 human isolates of L. monocytogenes were characterized, which represented 65% of all cases of listeriosis reported to the ISIN/EPIDAT systems in the Czech Republic in the monitored period. Serotype 1/2a (57%) was dominant, followed by serotype 4b (30%). Strains of serotype 1/2b (12%) and 1/2c (1%) were rarely detected. Based on the analysis of whole genome sequencing data, the strains were assigned to 26 clonal complexes and 27 sequence types. The cgMLST (core genome Multi-Locus Sequence Typing) analysis revealed four clusters of more than three strains, showing high relatedness (differences up to 10 alleles) with a possible epidemic link. The presence of all key virulence genes was confirmed in all strains. Only three strains (of serotypes 1/2a, 1/2b, and 1/2c) carried a point mutation in the inlA gene responsible for the expression of truncated internalin A protein, which is involved in the mechanism of intestinal barrier crossing by L. monocytogenes. Conclusion: Molecular epidemiology based on whole genome sequencing is an effective tool to study the population structure of L. monocytogenes strains. This study found high heterogeneity of human L. monocytogenes strains, especially for serotype 1/2a, dominant in the Czech Republic. Several clusters with a possible epidemic link have been identified, and their occurrence will be further monitored.
