Cieľ: Pneumocystis jirovecii patril v minulosti do skupiny prvokov, ale v súčasnosti je taxonomicky zaradený do ríše húb. P. jirovecii je oportúnny patogén, zodpovedný za pneumocystovú pneumóniu s častými komplikáciami u imunokompromitovaných pacientov. Oneskorené začatie vhodnej liečby zvyšuje riziko úmrtia u pacientov s oslabenou imunitou. Cieľom práce bolo zistiť a zhodnotiť spoľahlivosť metód laboratórnej diagnostiky pneumocystózy používaných v rutinných laboratóriách ako aj výskyt tohto ochorenia u pacientov zo Slovenska za 19 rokov. Materiál a metódy: Diagnostika je založená na mikroskopickom dôkaze (farbenie podľa Giemsa a Gram-Weigerta) a detekcii DNA parazita klasickou alebo real-time PCR v bronchoalveolárnej laváži a spúte. Výsledky: Pneumocysty boli zistené u 190 osôb (5,7 %) z celého súboru pacientov. Onkologickí pacienti predstavovali najrizikovejšiu skupinu z hľadiska infekcie pneumocystami, čo sme potvrdili ich najvyšším podielom (57,9 %) z jedincov s pneumocystózou. Na základe binárneho klasifikačného testu sme vyhodnotili 33,7 % citlivosť a 100 % špecifickosť mikroskopického dôkazu v porovnaní s PCR. Molekulárne metódy sú v porovnaní s mikroskopickým dôkazom citlivejšie v detekcii P. jirovecii a v súčasnosti predstavujú spoľahlivý detekčný systém v diagnostike pneumocystózy. Záver: Vzhľadom na narastajúci počet imunokompromitovaných osôb je diagnostika P. jirovecii u pacientov s pľúcnymi komplikáciami nevyhnutná. To sa potvrdilo aj v našej štúdii, kde v priebehu rokov stúpal počet vyšetrení a záchytov tohto oportúnneho patogénu.
Aim: In the past, Pneumocystis jirovecii belonged to the Protozoa group, but is currently taxonomically included in the kingdom Fungi. P. jirovecii is an opportunistic pathogen, responsible for pneumocystis pneumonia with frequent complications of immunocompromised patients. Delayed initiation of appropriate therapy increases the risk of death in immunocompromised patient. The aim of this work was to determine and evaluate the reliability of methods of laboratory diagnosis of pneumocystosis used in routine laboratories as well as the occurrence of this disease in patients from Slovakia during 19 years. Material and Methods: The diagnosis is based on microscopic examination (Giemsa- and Gram-Weigert-staining) and detection of parasite DNA by classical or real-time PCR in bronchoalveolar lavage and sputum. Results: Pneumocysts were detected in 190 persons (5.7%) from the whole group of patients. Cancer patients represented the riskiest group in terms of pneumocystosis, which was confirmed by the highest percentage (57.9%) of individuals infected with P. jirovecii. Compared with the PCR, 33.7% sensitivity and 100% specificity of microscopy was calculated by using a binary classification test. Molecular methods are more sensitive in the detection of P. jirovecii compared to microscopic evidence and currently represent a reliable detection system in the diagnosis of pneumocystosis. Conclusion: In view of the increasing number of immunocompromised persons, diagnostics of P. jirovecii in patients with pulmonary complications is essential. This was also confirmed in our study, where the number of examinations and detection of this opportunistic pathogen increased over the years.
- MeSH
- bronchoalveolární lavážní tekutina mikrobiologie MeSH
- hostitel s imunodeficiencí MeSH
- imunosupresivní léčba škodlivé účinky MeSH
- kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
- lidé MeSH
- Pneumocystis carinii * izolace a purifikace MeSH
- pneumocystová pneumonie diagnóza mikrobiologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Slovenská republika MeSH
- MeSH
- akutní retinální nekróza MeSH
- brucelóza farmakoterapie krev patofyziologie MeSH
- chorioretinitida MeSH
- diferenciální diagnóza MeSH
- herpetické infekce farmakoterapie klasifikace krev patofyziologie MeSH
- histoplazmóza farmakoterapie imunologie patofyziologie MeSH
- infekce bakteriemi rodu Bartonella farmakoterapie krev patofyziologie MeSH
- infekční nemoci * klasifikace komplikace MeSH
- kandidóza farmakoterapie patofyziologie patologie MeSH
- kryptokokóza farmakoterapie imunologie komplikace MeSH
- leptospiróza diagnóza farmakoterapie mikrobiologie patofyziologie MeSH
- lidé MeSH
- lymeská nemoc farmakoterapie krev patofyziologie MeSH
- myiáza diagnostické zobrazování klasifikace přenos MeSH
- oční symptomy * MeSH
- oční toxoplazmóza diagnostické zobrazování farmakoterapie MeSH
- onchocerkóza oční diagnostické zobrazování MeSH
- Pneumocystis carinii izolace a purifikace patogenita účinky léků MeSH
- schistosomóza diagnostické zobrazování klasifikace přenos MeSH
- spalničky komplikace krev patofyziologie MeSH
- toxokaróza imunologie patologie MeSH
- toxoplazmóza MeSH
- uveitida klasifikace MeSH
- zánět zrakového nervu MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- MeSH
- antiretrovirové látky terapeutické užití MeSH
- dospělí MeSH
- HIV infekce * diagnóza MeSH
- klinické laboratorní techniky metody MeSH
- lidé MeSH
- mozková toxoplazmóza * diagnóza farmakoterapie MeSH
- neurozobrazování metody MeSH
- Pneumocystis carinii izolace a purifikace MeSH
- pneumocystová pneumonie diagnóza farmakoterapie MeSH
- výsledek terapie MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
The present study aims to evaluate the diagnostic yield of bronchoalveolar lavage (BAL) fluid in patients with hematological malignancies and describe the most common pathogens detected in BAL fluid (BALF.) An analysis of 480 BALF samples was performed in patients with hematological malignancies over a period of 7 years. The results of culture methods, PCR, and immunoenzymatic sandwich microplate assays for Aspergillus galactomannan (GM) in BALF were analyzed. Further, the diagnostic thresholds for Aspergillus GM and Pneumocystis jiroveci were also calculated. Microbiological findings were present in 87% of BALF samples. Possible infectious pathogens were detected in 55% of cases; 32% were classified as colonizing. No significant difference in diagnostic yield or pathogen spectrum was found between non-neutropenic and neutropenic patients. There was one significant difference in BALF findings among intensive care units (ICU) versus non-ICU patients for Aspergillus spp. (22% versus 9%, p = 0.03). The most common pathogens were Aspergillus spp. (n = 86, 33% of BAL with causative pathogens) and Streptococcus pneumoniae (n = 46, 18%); polymicrobial etiology was documented in 20% of cases. A quantitative PCR value of > 1860 cp/mL for Pneumocystis jirovecii was set as a diagnostic threshold for pneumocystis pneumonia. The absorbance index of GM in BALF of 0.5 was set as a diagnostic threshold for aspergillosis. The examination of BAL fluid revealed the presence of pathogen in more than 50% of cases and is, therefore, highly useful in this regard when concerning pulmonary infiltrates.
- MeSH
- Aspergillus genetika izolace a purifikace patogenita MeSH
- bronchoalveolární lavážní tekutina mikrobiologie MeSH
- DNA fungální genetika MeSH
- dospělí MeSH
- hematologické nádory komplikace mikrobiologie MeSH
- jednotky intenzivní péče MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mannany analýza MeSH
- mladiství MeSH
- mladý dospělý MeSH
- neutropenie mikrobiologie MeSH
- Pneumocystis carinii genetika izolace a purifikace patogenita MeSH
- pneumocystová pneumonie diagnóza mikrobiologie MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- Streptococcus pneumoniae genetika izolace a purifikace patogenita MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mladý dospělý MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Pneumocystis jirovecii is an airborne human-specific ascomycetous fungus responsible for Pneumocystis pneumonia (PCP) in immunocompromised patients, affecting >500,000 patients per year (www.gaffi.org). The understanding of its epidemiology is limited by the lack of standardised culture. Recent genotyping data suggests a limited genetic diversity of P. jirovecii. The objective of the study was to assess the diversity of P. jirovecii across European hospitals and analyse P. jirovecii diversity in respect to clinical data obtained from the patients. Genotyping was performed using six already validated short tandem repeat (STR) markers on 249 samples (median: 17 per centre interquartile range [11-20]) from PCP patients of 16 European centres. Mixtures of STR markers (i.e., ≥2 alleles for ≥1 locus) were detected in 67.6% (interquartile range [61.4; 76.5]) of the samples. Mixture was significantly associated with the underlying disease of the patient, with an increased proportion in HIV patients (78.3%) and a decreased proportion in renal transplant recipients (33.3%) (p<0.001). The distribution of the alleles was significantly different (p<0.001) according to the centres in three out of six markers. In analysable samples, 201 combinations were observed corresponding to 137 genotypes: 116 genotypes were country-specific; 12 in two; six in three; and two in four and one in five countries. Nine genotypes were recorded more than once in a given country. Genotype 123 (Gt123) was significantly associated with France (14/15, p<0.001) and Gt16 with Belgium (5/5, p<0.001). More specifically, Gt123 was observed mainly in France (14/15/16 patients) and in renal transplant patient (13/15). Our study showed the wide population diversity across Europe, with evidence of local clusters of patients harbouring a given genotype. These data suggest a specific association between genotype and underlying disease, with evidence of a different natural history of PCP in HIV patients and renal transplant recipients.
- MeSH
- DNA fungální genetika MeSH
- dospělí MeSH
- fylogeneze MeSH
- fylogeografie MeSH
- genetická variace MeSH
- genotypizační techniky metody MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mikrosatelitní repetice MeSH
- Pneumocystis carinii klasifikace genetika izolace a purifikace MeSH
- pneumocystová pneumonie mikrobiologie MeSH
- senioři MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- multicentrická studie MeSH
- pozorovací studie MeSH
- Geografické názvy
- Evropa MeSH
Objev Pneumocystis jako původce intersticiální pneumonie novorozenců je spojen se jmény českých profesorů Vaňka a Jírovce. V roce 1976 byl identifikován druh způsobující onemocnění člověka a na počest českého přírodovědce pojmenován Pneumocystis jirovecii. Původní zařazení mezi protozoa bylo revidováno a dnes je hlavně díky rozvoji molekulární biologie Pneumocystis řazena do říše hub. Jedná se pravděpodobně o fylogeneticky velice starý, druhově specifický mikroorganismus a stále jsou identifikovány další druhy rodu Pneumocystis. Diagnostika je od doby objevu založena na přímém průkazu agens z materiálů získaných z dýchacích cest, dříve pouze mikroskopickými metodami, dnes i s využitím PCR technik. Pneumocystis se nedaří kultivovat a výsledky sérologické diagnostiky je možné využít pouze k epidemiologickým účelům. Zobrazovací metody a ostatní laboratorní vyšetření slouží jako doplňková.
Pneumocystis jirovecii and its microbiological diagnostics The discovery of Pneumocystis as the causal agent behind intersticial pneumonia in newborns is associated with the names of two Czech professors – Vaněk and Jírovec. In the year 1976, a species was identified as the one causing the disease in humans and in honour of the Czech naturalist, it was named Pneumocystis jirovecii. Its initial classification into the protozoa group has been revised and especially thanks to new findings from the field of molecular biology, Pneumocystis is currently classified as a part of the Fungi Kingdom. The organism is most likely phylogenetically very old and species-specific; new species of the Pneumocystis genus are being identified to this day. Ever since the original discovery, diagnosing this condition has been based on direct proof of the presence of the agent in material obtained from the respiratory tract. In the part only using microscophy methods, nowadays using PCR techniques as well. Pneumocystis cannot be properly cultivated and serological analysis can only be used for epidemiological purposes. Imaging methods and other laboratory examinations are supplementary.
- MeSH
- barvení a značení * metody MeSH
- bronchoalveolární lavážní tekutina mikrobiologie MeSH
- fluorescenční protilátková technika nepřímá * metody MeSH
- odběr biologického vzorku MeSH
- Pneumocystis carinii * izolace a purifikace klasifikace patogenita růst a vývoj MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- sérologické testy * metody MeSH
Pneumocystis jirovecii byla poprvé popsána před sto lety. Ve 40. a 50. letech 20. století začala být dávána do souvislosti s vážnými infekcemi imunokompromitovaných lidí. Dnes je řazena do říše hub. Vyskytuje se téměř na celém světě. U HIV infikovaných osob, hematoonkologicky nemocných a pacientů s imunosupresivní léčbou působí závažné pneumonie. V naší kazuistice prezentujeme případ půlroční dosud zdravé dívky z ledna 2011. Během několika dní došlo náhle ke zhoršení celkového stavu, teplotám a rozsáhlému nálezu na RTG a CT plic, který vyústil až k respiračnímu selhání s nutností umělé plicní ventilace. Na základě provedených biochemických a ultrazvukových vyšetření bylo vysloveno podezření na geneticky podmíněnou metabolickou vadu, která se již vyskytla i u staršího bratra. Z materiálu z dolních dýchacích cest byla opakovaně metodou PCR zjištěna Pneumocystis jirovecii . Byla zaháje- na léčba trimethoprim-sulfomethoxazolem intravenózně. Během 48 hodin došlo ke zlepšení ventilace a RTG nálezu, které dále pokračovalo a pacientka byla po 14 dnech přeložena na standardní lůžkové oddělení k dořešení základního onemocnění.
Pneumocystis jirovecii was described one hundred years ago. In the 40th and 50th of the last century this path- ogen was connected with severe infections of imunocompromised patiens. Today it belongs between funguses. It can be a cause of serious pneumonia in HIV positive persons, hematooncological patiens and people using imu- nosupresive drugs. In our case we present a six month up to now healthy girl. Within a few days her state of health deteriorated. Mainly the lungs were affected and the lung failure occurred. On the basis of biochemical examinations the situation was suspected of a metabolic disease appearing also in the year 2005 at her brother. In the samples from the lower respiratory tract we detected Pneumocystis jirovecii using PCR. The appropriate treatment with tri- methoprim-sulfomethoxazol was initiated. The ventilation and RTG findings improved within 48 hours. The treat- ment continued and the girl could be trasnsferred to the standard department after 14 days to solve the basic metabolic disease.
- MeSH
- bronchoalveolární laváž MeSH
- infekce rodem Pneumocystis dějiny patofyziologie přenos MeSH
- kojenec MeSH
- kombinace léků trimethoprim a sulfamethoxazol * terapeutické užití MeSH
- lidé MeSH
- plíce radiografie účinky léků MeSH
- Pneumocystis carinii * izolace a purifikace patogenita MeSH
- pneumocystová pneumonie * diagnóza farmakoterapie patofyziologie MeSH
- počítačová rentgenová tomografie MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- respirační insuficience etiologie komplikace terapie MeSH
- umělé dýchání MeSH
- Check Tag
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
For many years Pneumocystis pneumonia was thought to be caused by the reactivation of a latent infection, but several studies have demonstrated that Pneumocystis jirovecii infection can be acquired de novo. On the basis of our results obtained from a patient with recurrent pneumocystosis, we support the hypothesis that recurrent episodes are caused by reinfection.
- MeSH
- geny hub MeSH
- hematologické nádory mikrobiologie MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus MeSH
- lidé MeSH
- mykologické určovací techniky MeSH
- Pneumocystis carinii genetika izolace a purifikace MeSH
- pneumocystová pneumonie komplikace mikrobiologie MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- recidiva MeSH
- RNA ribozomální genetika MeSH
- RNA genetika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Pneumocystis jiroveci (carinii) pneumonie se vyskytuje především u imunokompromitovaných nemocných s útlumem T-lymfocytů, anebo méně často u nemocných s těžkou hypogamaglobulinémií. U nemocných bez poruchy imunity se předpokládá, že Pneumocystis jiroveci (carinii) je ubikvitární patogen, což podporuje nález protipneumocystových protilátek již u čtyřletých dětí. Pomocí srovnávací DNA analýzy bylo zjištěno, že Pneumocystis jiroveci (carinii) patří mezi houby. Diagnostika pneumocystové pneumonie je založena na identifikaci mikroorganismu v biologickém materiálu z plic. Jedná se především o sputum, jehož vykašlání však nejsou schopni všichni nemocní. V posledních letech se k diagnostice pneumocystové pneumonie využívá bronchoalveolární tekutina (BAT), kterou získáváme bronchoalveolární laváží (BAL). Dále je možno identifikovat Pneumocystis jiroveci (carinii) V indukovaném sputu po inhalaci hypertonického fyziologického roztoku. Ve fázi cyst můžeme zjistit mikroorganismus při mikroskopickém vyšetření po „stříbření". Po obarvení podle Giemsy můžeme identifikovat trofozoity s intracystickými tělísky. K diagnostice se využívají i monoklonální protilátky a v poslední době i amplifikační metody. Za základní příznak pneumocystové pneumonie je považována dusnost, která je zpočátku námahová, ale v pozdějších stadiích i klidová. S kašlem a horečkami se setkáváme asi u poloviny nemocných. Bolesti na hrudniku a pískoty nejsou příliš časté. Chrůpky můžeme slyšet asi u jedné třetiny nemocných. Prítomnost tachypnoe a cyanózy závisí na pokročilosti onemocnění. Za typický rentgenový nález jsou považovány oboustranné infiltráty, které se šíří z píleních hilů do periferie. V současnosti je za lék volby považován trimetoprim v kombinaci se sulfametoxazolem ve vysokých dávkách a v úvodu je doporučováno jeho intravenózní podáiní, pokud chceme předejít gastrointestinálním potížím. Jakmile dojde ke zlepšení příznaků, je možné přejít na léčbu perorální. Parenterální podání pentamidinu je alternativou pro nemocné s nežádoucími účinky po trimetoprimu se sulfametoxazolem a pro ty, u kterých léčba trimetoprimem se sulfametoxazolem po 7-10 dnech selhává.
Pneumocystis jiroveci (carinii) pneumonia occurs in the immunosuppressed patients, mostly those with depression of T-lymphocyte immunity, or less commonly in those with severe hypogammaglobulinemia. In individuals with no immune derangement, Pneumocystis jiroveci (carinii) is considered to be a harmless ubiquitous pathogen; the frequent occurrence of anti-pneumocystis antibodies after the age of four years seems to corroborate this opinion. The comparative DNA analysis has confirmed that Pneumocystis jiroveci (carinii) is a fungal organism. The diagnosis of Pneumocystis jiroueci (carinii) is established by identification of the organism in lung samplings. As sputum is produced only seldom by the patients, samplings most commonly used are saline lavage samples obtained via fiberoptic bronchoscopy, or sputum induced by inhaled nebulized hypertonic saline. The organism may be identified on microscopy after methamine silver staining for the cyst phase of organism, the Giemsa staining demonstrating the small punctated nuclei of trophozoites and intracystic sporozoites, or using the fluorescent-tagged monoclonal antibodies. More recently, DNA amplification has been developed for diagnosis. The principal symptom is almost invariably dyspnea, which is exertional initially, but eventually presents at rest. Cough occurs in approximately half the cases. Febrile symptoms are present in half the cases. Chest pain and wheeze are not among the typical features. Crakles may be heard in up to a third of cases. The presence of tachypnea and cyanosis depends on the severity of the disease .The chest X-ray shows diffuse bilateral radiological changes in great majority of cases. At present, trimetoprim with sulfamethoxazol is considered to be the therapy of choice for Pneumocystis pneumonia. The intravenous route is preferred at the start; as soon as clinical improvement occurs, oral therapy is possible unless gastrointestinal problems prevent it. Parenteral application of pentamidin is an alternative for patients with such untoweird reactions after trimetoprim with sulfamethoxazol and for patients failing to improve after trimetoprim and sulfamethoxazol within 7-10 days.
- MeSH
- chemoprofylaxe MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody MeSH
- diferenciální diagnóza MeSH
- HIV infekce komplikace MeSH
- kombinace léků trimethoprim a sulfamethoxazol aplikace a dávkování MeSH
- lidé MeSH
- Pneumocystis carinii izolace a purifikace patogenita izolace a purifikace patogenita MeSH
- pneumocystová pneumonie diagnóza epidemiologie terapie MeSH
- sputum mikrobiologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
