- MeSH
- roztroušená skleróza MeSH
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- neurologie
- NLK Publikační typ
- elektronické časopisy
elektronický časopis
- MeSH
- roztroušená skleróza MeSH
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- neurologie
- NLK Publikační typ
- elektronické časopisy
One of the possible usages of MALDI–TOF MS is identification of microorganisms. It is highly accurate and faster than other methods and suitable for a large area of microorganisms. But unfortunately cannot reliably differentiate some closely related species. Often, it is possible to detect pathogenic organisms and use their accurate determination for monitoring environment, food processing or clinical diagnostics. Data obtained from mass spectra are compared with library of microorganisms and result of this was agreement or disagreement of microorganisms with specific spectrum.
- Klíčová slova
- identifikace bakterií,
- MeSH
- Bacteria * izolace a purifikace MeSH
- spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice metody MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
xii, 165 s. : il. + 1 CD-ROM
- MeSH
- biochemie metody MeSH
- hmotnostní spektrometrie s elektrosprejovou ionizací metody MeSH
- klinické laboratorní techniky MeSH
- spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice metody MeSH
- Publikační typ
- monografie MeSH
- Konspekt
- Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
- NLK Obory
- chemie, klinická chemie
- biochemie
Úvod: Včasná a kauzální aplikace antibiotik u pacientů s pozitivní hemokulturou patří mezi základní předpoklady úspěšné léčby infekce. Izolace a následná identifikace bakterií z hemokultury klasickými (kultivačními) metodami však může trvat až několik dní. MALDI-TOF MS patří mezi metody, které umožňují rychlou identifikaci bakterií, a to nejen kultur z kultivačních médií, ale i přímo v klinickém materiálu. Metodika: Do studie byly zařazeny vzorky pozitivních hemokultur, které byly v letech 2016 až 2018 odebrány od pacientů Fakultní nemocnice Olomouc a následně byly vyšetřeny na Ústavu mikrobiologie Lékařské fakulty Univerzity Palackého v Olomouci. Vzorky pozitivních hemokultur byly zpracovány pomocí vlastního modifikovaného postupu, zahrnujícího odstranění krevních buněk pomocí centrifugace za nižších otáček. Následně byla pomocí centrifugace za vyšších otáček a promývání vzorku získána peleta, která byla testována pomocí MALDI-TOF MS. Výsledky: Ve studii bylo metodou přímé identifikace vyšetřeno celkem 110 pozitivních hemokultur. Správná identifikace na úrovni druhu byla vyšší u gramnegativních bakterií (88 %) v porovnání s grampozitivními bakteriemi (79 %) a také u nich bylo dosaženo vyšších hodnot identifikačního skóre. Hodnota identifikačního skóre vyšší nebo rovna než 2,0 byla u 62 % hemokultur obsahujících gramnegativní bakterie a 17 % hemokultur obsahujících bakterie grampozitivní. Hodnota identifikačního skóre v rozmezí 1,7–2,0 byla zjištěna u 21 % hemokultur gramnegativních a 33 % hemokultur s grampozitivními bakteriemi. Závěr: Přímá identifikace mikroorganismů z pozitivních hemokultur metodou MALDI-TOF MS umožňuje rychlejší diagnostiku a v důsledku zkrácení doby potřebné k dosažení výsledku identifikace patogenu může pozitivním způsobem významně ovlivnit antibiotickou léčbu pacientů.
Background: Early and causal administration of antibiotics in patients with a positive blood culture is an essential prerequisite for successful treatment of infection. However, isolation and subsequent identification of bacteria in a blood culture by classical (culture) methods may last several days. MALDI-TOF MS is a method allowing rapid identification of bacteria, not only cultures from culture media, but also directly in clinical specimens. Methods: The study included samples of positive blood cultures taken from patients in the University Hospital Olomouc between 2016 and 2018 and examined at the Department of Microbiology of the Faculty of Medicine, Palacký University Olomouc. Positive blood culture samples were processed using an in-house method involving the removal of blood cells by low-speed centrifugation. Subsequently, a pellet obtained by high-speed centrifugation and sample washing was tested by MALDI-TOF MS. Results: A total of 110 positive blood cultures were examined using the method of direct identification. At a species level, more Gramnegative bacteria (88 %) than Gram-positive bacteria (79 %) were correctly identified, with higher identification score values being obtained for the former. Identification score values of 2.0 or higher were found in 62 % of blood cultures containing Gram-negative bacteria and 17 % of blood cultures containing Gram-positive bacteria. Identification score values ranging from 1.7 to 2.0 were found in 21 % of Gram-negative blood cultures and 33 % of blood cultures containing Gram-positive bacteria. Conclusion: Direct identification of microorganisms from positive blood cultures using MALDI-TOF MS enables more rapid diagnosis. By reducing the time required to obtain the result of pathogen identification, it may positively affect the antibiotic treatment of patients.
- MeSH
- bakteriemie * diagnostické zobrazování mikrobiologie MeSH
- gramnegativní bakterie izolace a purifikace patogenita MeSH
- grampozitivní bakterie izolace a purifikace patogenita MeSH
- lidé MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice metody přístrojové vybavení MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Cíl práce: Ověřit možnosti metody MALDI TOF MS pro rychlou identifikaci vybraných původců bakteriálních zoonóz izolovaných Z různých druhů materiálů v reálných podmínkách rutinního provozu laboratoře. Materiál a metodika: Od srpna 2010 do dubna 2015 bylo metodou MALDI TOF MS na přístroji Microflex LT (Bruker Daltonics) provedeno celkem 4 174 identifikací vybraných původců bakteriálních zoonóz (Salmonella spp., Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Listeria monocytogenes, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Francisella tularensis, Brucella melitensis, Brucella suis a Cronobacter sakazakií). Bakteriální izoláty byly připraveny k testování jednoduchou přípravou vzorku pomocí zakápnutí bakteriální kultury na terčíku kovové destičky speciální matricí. Vyhodnocení výsledků proběhlo pomocí standardního protokolu programem MALDI Biotyper v provozních podmínkách. Výsledky: U 74,8 % testovaných izolátů sledovaných bakteriálních druhů bylo dosaženo hodnoty identifikačního skóre (IS) v rozmezí 2-3, což z hlediska interpretace výsledku představuje v praxi uspokojivý výsledek. Urychlení diagnostiky bakterií Campylobacter spp. a Listeria monocytogenes testováním suspektních kultur získaných přímo ze selektivně-diagnostických půd v těchto případech snížío identifikační skóre. Závěr: MALDI TOF MS je vhodná a rychlá metoda k identifikaci sledovaných původců bakteriálních zoonóz.
Objective: To verify whether the MALDI TOF MS method can be used for rapid identification of selected zoonotic bacterial pathogens isolated from various types of materials in the real conditions of routine laboratory work. Material and methods: Between August 2010 and April 2015, the Bruker's MALDI TOF MS system was used for 4,174 identifications of selected zoonotic bacterial pathogens (Salmonella spp., Campylobacter jejuni, Campylobacter coli. Listeria monocytogenes, Yersinia enterocolitica. Yersinia pseudotuberculosis, Francisella tularensis, brucella melitensis. Brucella suis and Cronobacter sakazakii). The samples were prepared for the test by simply mixing a bacterial culture with a matrix on a steel target plate. The results were evaluated with a standard protocol of the system using the MALDI Biotyper software under operating conditions. Results: In 74.8% of the tested isolates of the above bacterial species, the identification scores ranged between 2 and 3, which is satisfactory for result interpretation in routine practice. Acceleration of identification of Campylobacter spp. and Listeria monocytogenes by testing suspicious cultures obtained directly from selective-diagnostic media decreased the identification scores in these cases. Conclusion: MALDI TOF MS is a suitable and rapid method for identification of the selected zoonotic bacterial pathogens.
- MeSH
- bakteriologické techniky metody přístrojové vybavení využití MeSH
- klinické laboratorní techniky MeSH
- lidé MeSH
- ribozomální proteiny analýza MeSH
- spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice * metody využití MeSH
- zoonózy * mikrobiologie MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Citlivý průkaz stopových koncentrací benzodiazepinových derivátů a jejich metabolitů v moči je umožněn po speciální přípravě vzorku zahrnující enzymovou hydrolýzu, speciální extrakci na směsné pevné fázi, přípravu trimethylsilylderivátů s následným využitím plynové chromatografíe V kombinaci s hmotovou spektrometrií v módu elektronové ionizace. Po optimalizaci postupu je dosahováno extrakční výtěžnosti v rozmezí 50 až 85 %. Pro řadu benzodiazepinů v silylované formě je prezentována řada retenčních dat spolu se základními údaji o příslušných hmotových spektřech, které mohou doplnit mezery v současné standardní toxikologické literatuře.
A sensitive evidence of trace concentrations of benzodiazepines and their metabolites in urine can be enabled after special sample preparation including enzymatic hydrolysis, special solid phase extraction, silylation and folowing analysis by gas chromatograhpy with mass spectrometry in electron impact mode. After optimalization of the procedure the extraction recovery values in the range 50 - 85 % are achieved. The scale of retention times with basic mass spectral data are presented for the spectrum of silylated benzodiazepines which can overlap some gaps in the standard toxicological literature up to now available.
