DiGeorgeův syndrom (velokardiofaciální syndrom, VCFS, 22q11DS) je způsobený mikrodelecemi přibližně 40 genů na jedné kopii chromosomu 22. Projevem syndromu je variabilní kombinace více než 190 fenotypových příznaků, mezi nejčastější patří vrozené vady srdce, orofaciální rozštěp a velofaryngeální insuficience. Končetinové defekty v oblasti rukou a nohou nepatří do klasického klinického obrazu DiGeorgeova syndromu. Cílem práce bylo u pacienta s typickým fenotypovým projevem 22q11DS a současně s raritním nálezem těžké ektrodaktylie na všech čtyřech končetinách zhodnotit rozsah genomické odchylky metodou celogenomových SNP arrayí za účelem vysvětlení končetinové vady. Bylo provedeno vyšetření metodou FISH, sekvenace genu TP63 a celogenomová SNP array pomocí kitu HumanCytoSNP-12 DNA Analysis Beadchip (Illumina Inc.). Metodou FISH byl potvrzen DiGeorgeův syndrom, sekvenace genu TP63 neodhalila patogenní mutaci, vyšetření metodou SNP arrayí potvrdilo deleci v oblasti 22q11.2 obvyklého rozsahu 2,9 Mb. Nebyla potvrzena původní hypotéza, že by se u pacienta mohlo jednat o deleci 22q11.2 většího rozsahu, než je obvyklé, která by zahrnovala gen asociovaný s vývojem končetin a vysvětlila těžký končetinový defekt. Ačkoli končetinové defekty nepředstavují typickou patologii v rámci DiGeorgeova syndromu, je nutno myslet na tuto diagnózu u každého novorozence s vrozenou srdeční vadou, rozštěpem obličeje a anomáliemi končetin. Přestože je u DiGeorgeova syndromu běžná značná variabilní expresivita, nelze u našeho pacienta vyloučit také náhodnou koincidenci dvou nezávislých genetických vad, DiGeorgeova syndromu v důsledku mikrodelece 22q11.2 a ektrodaktylie způsobené mutací jiného/jiných genů.

DiGeorge syndrome (velocardiofacial syndrome, VCFS, 22q11DS) is caused by a microdeletion of approximately 40 genes from one copy of chromosome 22. Expression of the syndrome is a variable combination of more than 190 phenotypic characteristics, the most common are congenital heart disease, cleft palate and velopharyngeal insufficiency. Limb anomalies of hands and feets are not a typical clinical symptoms of DiGeorge syndrome. The aim of the study was to evaluate the extent of genomic changes in a 4.5 years old child with classical phenotypic features of 22q11DS in combination with severe ectrodactyly of all four limbs in addition; using microarray based single nucleotide polymorphism techniques in order to explain the origin of limb anomaly defects. FISH analysis, TP63 gene sequencing and whole genome SNP array analysis using HumanCytoSNP-12 DNA Analysis Beadchip (Illumina Inc.) were performed. FISH method revealed DiGeorge syndrome, TP63 gene sequencing did not detect any deleterious mutation, microarray SNP analysis established microdeletion of 22q11.2 region in standard defined range of 2,9 Mb. The original possible hypothesis, that in a patient it could exist a much more genomic changes than only these related to 22q11.2 region, involving genes associated with limb development and formation and thus explaining devastating limbs damage in patient, unfortunately was not confirmed. Although limb defects do not belong to the typical pathogenic signs of DiGeorge syndrome, this diagnosis should be considered in all neonate with congenital heart defect, cleft palate and limb anomalies. Even though variable phenotypical expressivity in DiGeorge syndrome is frequent, we can not exclude the possibility of coincidence of two independent genetic defects in our patient; DiGeorge syndrome due to 22q11.2 microdeletion and ectrodactyly which results of another gene/s mutation.

• Klíčová slova
• SNP microarray, ektrodaktylie, ruka s rozštěpem, klepeto, split hand/split foot malformation,
• MeSH
• chromozomální delece MeSH
• cytogenetické vyšetření MeSH
• DiGeorgeův syndrom * diagnóza   genetika   MeSH
• fenotyp MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 22 MeSH
• nádorové supresorové proteiny genetika   MeSH
• novorozenec MeSH
• předškolní dítě MeSH
• rozštěp patra MeSH
• rozštěp rtu MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• syndaktylie MeSH
• transkripční faktory genetika   MeSH
• vrozené deformity nohy (od hlezna dolů) MeSH
• vrozené deformity ruky MeSH
• vrozené srdeční vady MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• novorozenec MeSH
• předškolní dítě MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• Klíčová slova
• LabMAP, Luminex,
• MeSH
• amplifikace genu genetika   MeSH
• biomedicínský výzkum MeSH
• chromozom Y genetika   MeSH
• čipová analýza proteinů metody   využití   MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• lidé MeSH
• oligonukleotidové sondy diagnostické užití   MeSH
• polystyreny diagnostické užití   MeSH
• reagenční diagnostické soupravy trendy   využití   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Cíl studie: Metoda SNP array (využívající k diagnostice polymorfismy v 1 nukleotidu – single nucleotide polymorphism) umožňuje odhalit v karyotypu nedetekovatelné submikroskopické změny (mikrodelece, mikroduplikace), jež mohou mít kauzální souvislost s patologickým ultrazvukovým nálezem u plodu. V článku je stručně popsán princip, výhody, nevýhody a možnosti použití metody SNP array v prenatální diagnostice. Jsou prezentovány zkušenosti za 10 měsíců používání této metody v prenatální diagnostice. Typ studie: Prospektivní studie. Pracoviště: Gennet, Praha. Metodika: Vyšetření SNP array bylo v období duben 2010 až leden 2011 provedeno u 110 vzorků DNA získané z kultivovaných nebo nekultivovaných buněk plodů po biopsii choria (CVS, n=14), amniocentéze (AMC, n=88), kordocentéze (n=1) a z tkáně z abortů (n=7). Vyšetření byla indikována na základě patologického nálezu na ultrazvuku s normálním karyotypem plodu, případně k dořešení patologického cytogenetického nálezu vzniklého de novo. Zpracování DNA pro chip Illumina InfiniumHD HumanCytoSNP-12v2.1, jeho příprava a skenování byly provedeny podle standardních protokolů firmy Illumina. Data byla analyzována pomocí softwaru Illumina KaryoStudio a GenomeStudio. Výsledky: Metodou SNP array bylo úspěšně vyhodnoceno 108 vzorků (neúspěch vyšetření byl pouze ve 2 případech, 1,8 %). Odchylky od normálního profilu (CNV-Copy Number Variation) byly zachyceny u 29 případů (29/108 = 27 %), z nichž 16 bylo klinicky významných (16/108=15 %). Jako pravděpodobně nepatogenní byly CNV u 8 případů a u 5 případů nebyl zatím původ nalezené CNV ověřen u rodičů. Po odečtení případů ověřujících de novo patologii v karyotypu plodu byla klinicky významná CNV nalezena v 9 případech (9/94 = 10 %). Nález klinicky významné CNV byl nejčastěji v kategorii ultrazvukových nálezů srdečních vad, vad centrálního nervového systému (CNS) a mnohočetných anomálií. Ve všech 14 případech de novo chromozomální přestavby v karyotypu byla jasně specifikována závažnost přestavby (patologie u 7/14 = 50 %). Závěr: Výsledky studie ukazují, že vedle jednoznačného přínosu při posuzování patogenity de novo chromozomálních aberací prokazuje SNP array i jednoznačný přínos pro záchyt dosud skrytých submikroskopických změn.

Objectives: SNP array (array method using Single Nucleotide Polymorphisms) enables to detect cytogenetically undetectable submicroscopic alterations (microdeletions, microduplications), which could be also causative for ultrasonographic anomalies of fetus. This article describes the principle, advantages, disadvantages and application possibilities of the SNP array method in prenatal diagnosis. The ten month experience with SNP array use in prenatal diagnosis is presented. Design: Prospective study. Settings: Gennet, Prague. Material and methods: During the period from April 2010 to January 2011 we performed 110 SNP array analyses of fetal DNA: 14 chorionic villi samples (CVS), 88 amniotic fluid samples (AMC), 1 cord blood sample and 7 miscarriage samples. Laboratory tests were carried out on DNA from both cultured and uncultured fetal cells. Examinations were performed in fetuses with sonographic abnormal findings having normal karyotype. In addition 14 fetal cytogenetic abnormalities were solved. SNP array analysis was performed using Illumina InfiniumHD HumanCytoSNP-12 chip. All data were analysed by Illumina KaryoStudio and GenomeStudio software. Results: SNP array analysis was performed in 108 fetuses (only 2 examination failures, 1.8%). In total, we detected CNV (copy number variation) in 29 samples (29/108 = 27%). 15% (16/108) of fetuses with abnormal ultrasound findings were found to carry clinically relevant CNV. Probably benign CNVs were found in 8 samples (8/108 = 7%) and in additional 5 CNVs parental samples have not been analysed yet. Excluding karyotypically abnormal cases clinically relevant CNVs were found in 10% of fetuses (9/94). In all cases with de novo chromosomal aberration the clinical relevancy was clarified (imbalances in 50%). Conclusion: Our data suggest that SNP array analysis is a relevant and useful technique in prenatal diagnosis.

• Klíčová slova
• ultrazvuková diagnostika,
• MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• lidé MeSH
• prenatální diagnóza MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• těhotenství MeSH
• ultrasonografie prenatální MeSH
• vrozené vady diagnóza   genetika   ultrasonografie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• těhotenství MeSH
• ženské pohlaví MeSH

Nové molekulárně biologické metody umožnily zpřesnění průkazu chromozomálních změn v nádorové tkáni. Tyto změny lze prokázat u většiny maligních nádorů. Rychlý rozvoj celogenomových molekulárně biologických metod napomohl zlepšení poznání genetického pozadí nádorů. V současné době je jejich průkaz součástí diagnostických nebo prognostických schémat používaných u jednotlivých nádorových onemocnění. Jako první bylo v klinické praxi využíváno klasické cytogenetické vyšetření karyotypu, které je využíváno dodnes, i když s nástupem nových molekulárně biologických technik se jeho význam zmenšil. Metodami dnes nejčastěji používanými ke stanovení chromozomálních delecí nebo zmnožení při celogenomovém vyšetření jsou komparativní genomová hybridizace (CGH), array-CGH a SNP array. První dvě jsou založeny na principu porovnání nádorové DNA a normální, kontrolní DNA. Princip SNP array využívá přítomnosti jednonukleových polymorfismů rozložených po celém genomu u každého jedince. SNP array prokazuje nejen delece nebo zmnožení chromozómů, tak jak je tomu u CGH technik, ale je schopna prokázat i ztrátu heterozygozyty nebo unipaternální dizomii. Vyšetření chromozomálních změn se dnes stává rutinním a v některých případech také nezbytným vyšetřením pro stanovené diagnózy a prognózy nádorového onemocnění a správného výběru onkologické terapie.

New molecular biology methods have specified the evidence of chromosomal changes in the tumor tissue. These alterations can be proven to exist in the majority of malignant tumors. The fast progress of whole genome molecular biological methods has helped to improve the knowledge of tumor genetics. The evidence of genetic changes is a component of currently used diagnostic and prognostic schemes in particular cancer diseases. Karyotyping was the first method used in the clinical practice but its importance has decreased with the arrival of new molecular biological methods. The most common methods used for the detection of chromosomal deletions or amplifications are CGH, array-CGH and SNP array. The first two methods are based on the principle of comparison between tumor DNA and control DNA. The principle of SNP array uses the presence of single nucleotide polymorphisms that are located in the whole genome in each individual. SNP array can prove not only deletions or amplifications of the chromosomes but unlike CGH techniques it can also detect a loss of heterozygosity or uniparental disomy. The screening of chromosomal changes has nowadays become routine. These techniques are used for diagnosis, prognosis and treatment of cancer disease in certain cases.

• MeSH
• chromozomální delece MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• genom lidský * genetika   MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus * MeSH
• lidé MeSH
• meduloblastom genetika   MeSH
• molekulární biologie MeSH
• neuroblastom genetika   MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů * metody   využití   MeSH
• srovnávací genomová hybridizace * metody   využití   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

Anotace I. Předmětem předkládaného projektu je vytvoření SNP a DNA methylačního profilu pacientů s myelodysplastickým syndromem. Anotace II. K vytvoření profilů bude použita mikročipová technologie firmy Illumina, konkrétně "Cancer SNP Panel" pro detekci1421 jednonukleotidových polymorfismů nacházejících se v 408 genech a "Methylation Cancer Panel" pro detekci 1505 CpG lokusů vybraných z 807 genů.; Annotation 1: The aim of the project is determination of SNP and DNA methylation profiles in MDS patients. Annotation 2: We will use Illumina microarrays, "Cancer SNP Panel" for detection of 1421 SNPs located in 408 genes and "Methylation Cancer Panel" for detection of 1505 CpG loci in 807 genes.

• MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• metylace DNA MeSH
• mikročipová analýza MeSH
• myelodysplastické syndromy klasifikace   MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Myelodysplastic syndrome (MDS), a clonal disorder originating from hematopoietic stem cell, is characterized by a progressive character often leading to transformation to acute myeloid leukemia. We used single nucleotide polymorphism arrays (SNP-A) to identify previously cryptic chromosomal abnormalities such as copy number alterations and uniparental disomies (UPD) in cytogenetically normal MDS. In the aberrant regions, we attempted to localize candidate genes with potential relevance to the disease. Using SNP-A, we analyzed peripheral blood granulocytes from 37 MDS patients. The analysis identified 13 cryptic chromosomal defects in 10 patients (27%). Four UPD (affecting chromosomes 3q, 7q, 17q, and 20p), 5 deletions and 4 duplications were detected. Gene expression data measured on CD34+ cells were available for 4 patients with and 6 patients without SNP-A lesions. We performed an integrative analysis of genotyping and gene expression microarrays and found several genes with an altered expression located in the aberrant regions. The expression microarrays suggested BMP2 and TRIB3 located in 20p UPD as potential candidate genes contributing to MDS. We showed that the genome-wide integrative approach is beneficial to the comprehension of molecular backgrounds of diseases with incompletely understood etiopathology.

• MeSH
• analýza přežití MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• dospělí MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• karyotyp MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• myelodysplastické syndromy genetika   mortalita   MeSH
• následné studie MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Alterations in the genome that lead to changes in DNA sequence copy number are characteristic features of solid tumors. We used CGH+SNP microarray and HPV-FISH techniques for detailed screening of copy number alterations (CNAs) in a cohort of 26 patients with cervical carcinoma (CC). This approach identified CNAs in 96.2% (25/26) of tumors. Array-CGH discovered CNAs in 73.1% (19/26) of samples, HPV-FISH experiments revealed CNAs in additional 23.1% (6/26) of samples. Common gains of genetic sequences were observed in 3q (50.0%), 1q (42.4%), 19q (23.1%), while losses were frequently found in 11q (30.8%), 4q (23.1%) and 13q (19.2%). Chromosomal regions involved in loss of heterozygosity were observed in 15.4% of samples in 8q21, 11q23, 14q21 and 18q12.2. Incidence of gain 3q was associated with HPV 16 and HPV 18 positive samples and simultaneous presence of gain 1q (P = 0.033). We did not found a correlation between incidence of CNAs identified by array-CGH and HPV strain infection and incidence of lymph node metastases. Subsequently, HPV-FISH was used for validation of array-CGH results in 23 patients for incidence of hTERC (3q26) and MYC (8q24) amplification. Using HPV-FISH, we found chromosomal lesions of hTERC in 87.0% and MYC in 65.2% of specimens. Our findings confirmed the important role of HPV infection and specific genomic alterations in the development of invasive cervical cancer. This study also indicates that CGH+SNP microarrays allow detecting genome-wide CNAs and copy-neutral loss of heterozygosity more precisely, however, it may be less sensitive than FISH in samples with low level clonal CNAs.

• MeSH
• dospělí MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• infekce papilomavirem komplikace   genetika   MeSH
• karcinom genetika   virologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• nádory děložního čípku genetika   virologie   MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů metody   MeSH
• senioři MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• srovnávací genomová hybridizace metody   MeSH
• stanovení celkové genové exprese metody   MeSH
• variabilita počtu kopií segmentů DNA MeSH
• ztráta heterozygozity genetika   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• genotyp MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus genetika   MeSH
• mikročipová analýza metody   MeSH
• počítače využití   MeSH
• sekvenční analýza DNA metody   přístrojové vybavení   MeSH
• zobrazování trojrozměrné metody   využití   MeSH

Walker-Warburg syndrome (WWS) is a rare form of autosomal recessive, congenital muscular dystrophy that is associated with brain and eye anomalies. Several genes encoding proteins involved in abnormal α-dystroglycan glycosylation have been implicated in the aetiology of WWS, most recently the ISPD gene. Typical WWS brain anomalies, such as cobblestone lissencephaly, hydrocephalus and cerebellar malformations, can be prenatally detected through routine ultrasound examinations. Here, we report two karyotypically normal foetuses with multiple brain anomalies that corresponded to WWS symptoms. Using a SNP-array examination on the amniotic fluid DNA, a homozygous microdeletion was identified at 7p21.2p21.1 within the ISPD gene. Published data and our findings led us to the conclusion that a homozygous segmental intragenic deletion of the ISPD gene causes the most severe phenotype of Walker-Warburg syndrome. Our results also clearly supports the use of chromosomal microarray analysis as a first-line diagnostic test in patients with a foetus with one or more major structural abnormalities identified on ultrasonographic examination.

• MeSH
• delece genu * MeSH
• exprese genu MeSH
• homozygot MeSH
• karyotyp MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 7 MeSH
• mozek metabolismus   patologie   MeSH
• nukleotidyltransferasy nedostatek   genetika   MeSH
• plod MeSH
• potrat eugenický MeSH
• rodina MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• syndrom Walker-Walburgové diagnóza   genetika   patologie   ultrasonografie   MeSH
• ultrasonografie prenatální MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH

OBJECTIVE: Inflammatory periodontal diseases may be associated with common systemic conditions and, as recently described, alterations in lipid levels in the blood. The aim of this study was to determine the possible effects of apolipoprotein E (ApoE) genotypes on the lipid levels in healthy people and patients with chronic periodontitis (CP) in relation to periodontopathic bacteria. DESIGN: This case-control study comprised 469 unrelated subjects. The genomic DNA of 294 patients with CP and 175 healthy/non-periodontitis controls were genotyped, using the real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) method, for ApoE (rs429358 and rs7412) gene polymorphisms. Subgingival bacterial colonization was investigated by the DNA microarray using a periodontal pathogen detection kit and lipid levels were measured in a subgroup of subjects (N = 275). RESULTS: There was no evidence for a significant association between ApoE gene polymorphisms and CP (P > 0.05). Patients with CP had increased levels of total cholesterol and low-density lipoprotein (LDL) compared to controls (P< 0.05); however, no significant difference was found for triglyceride and high-density lipoprotein (HDL) levels. ApoE gene variability influenced LDL levels marginally (P = 0.08) but it did not modify total cholesterol, triglyceride, and HDL levels or the occurrence of periodontal pathogens in subgingival pockets.(23) CONCLUSIONS: In the Czech population studied, ApoE genetic variations were not associated with susceptibility to CP or the presence of periodontopathic bacteria.

• MeSH
• alely MeSH
• apolipoproteiny E genetika   MeSH
• chronická parodontitida genetika   mikrobiologie   MeSH
• dospělí MeSH
• genotyp MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus genetika   MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• lipidy krev   MeSH
• mikročipová analýza MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH