Cíl: Stanovení alelové frekvence polymorfizmu p.Val66Met (rs6265) v genu pro mozkový neurotrofní faktor (brain-derived neurotrophic factor; BDNF) v české populaci. Přítomnost polymorfizmu p.Val66Met v genu BDNF je spojována s porušeným intracelulárním transportem a sekrecí BDNF. Změny v expresi a funkci BDNF jsou spojeny s různými onemocněními mozku a představují jeden z mechanizmů odpovědi na stres. Soubor a metodika: Retrospektivně bylo v kontrolní skupině vyšetřeno 317 vzorků DNA jedinců z české populace (173 mužů a 144 žen) ve věku 45–81 let. Polymorfizmus p.Val66Met v genu BDNF byl vyšetřen analýzou křivek tání. Výsledky: Frekvence mutantní alely (A) v kontrolní skupině činila 16,3 %; frekvence standardní alely (G) činila 83,7 %. Závěr: Byla stanovena frekvence polymorfizmu p.Val66Met v genu BDNF, která je srovnatelná s frekvencemi v okolních zemích.

Aim: To determine the allele frequency of the p.Val66Met (rs6265) polymorphism in BDNF gene (brain-derived neurotrophic factor, BDNF) in the Czech population. The p.Val66Met (rs6265) polymorphism in the BDNF gene is associated with impaired intracellular trafficking and secretion of BDNF. Alterations in BDNF expression and function are involved in different brain disorders and represent a major downstream mechanism for stress response. Material and methods: Retrospectively, 317 DNA control samples of Czech individuals aged between 45 and 81 years (173 men and 144 women), were examined for p.Val66Met polymorphism in the BDNF gene using the melting analysis. Results: Frequency of the mutant allele (A) was 16.3% and it was 83.7% for the wild type allele (G). Conclusion: The requency of the p.Val66Met polymorphism in the BDNF gene in the Czech population was determined.

• MeSH
• dospělí MeSH
• genotyp MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus * MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mozkový neurotrofický faktor * genetika   MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• interleukin-1 genetika   MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• lidé MeSH
• systémová sklerodermie genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• srovnávací studie MeSH

This paper reports an approach to detection of single nucleotide polymorphism based on special amplification assay and surface plasmon resonance biosensor technology. In this assay, a part of the target DNA is recognized by a probe (probe A) coupled with streptavidin-oligonucleotide (SON) complexes ex situ, and when the mixture is injected in the sensor, another part of the target DNA is recognized by a DNA probe (probe B) immobilized on the sensor surface. To achieve high sensitivity and specificity, the assay is optimized in terms of composition of SON complexes, probe design, and assay temperature. It is demonstrated that this approach provides high specificity (no response to targets containing single-mismatched bases) and sensitivity (improves sensor response to perfectly matched oligonucleotides by one order of magnitude compared to the direct detection method). The assay is applied to detection of a short synthetic analogue of TP53 containing a "hot spot"-single nucleotide mismatch frequently mutated in germ line cancer-at levels down to 40 pM.

• MeSH
• biosenzitivní techniky metody   MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• DNA sondy genetika   MeSH
• DNA genetika   MeSH
• geny p53 genetika   MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus genetika   MeSH
• lidé MeSH
• oligonukleotidy genetika   MeSH
• povrchová plasmonová rezonance přístrojové vybavení   metody   MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• streptavidin chemie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Východiska: Účinky jednonukleotidových polymorfizmů (single nucleotide polymorphisms – SNPs) genů nukleotidové excizní reparace (nucleotide excision repair – NER) na náchylnost ke kožnímu melanomu (cutaneous melanoma – CM) jsou předmětem velkého zájmu. V současné době je v několika epidemiologických studiích hodnoceno, zda polymorfizmy XPC, XPD, XPG a XPF souvisí s CM. Výsledky těchto studií jsou ale kontroverzní nebo nevedou k jednoznačnému závěru. Proto jsme provedli studii s cílem zhodnotit vztah mezi sedmi často zkoumanými polymorfizmy dráhy NER a rizikem CM. Metody: Do studie bylo zařazeno celkem 150 patients s diagnózou CM a 150 zdravých kontrol. Sedm SNPs dráhy NER vč. XPC (Lys939Gln a Ala499Val), XPD (Lys157Gln, Asp272Asn a Arg751Arg), XPG (Asp1104His) a XPF (Arg415Gln) bylo analyzováno stanovením polymorfizmu délky štěpných fragmentů pomocí polymerázové řetězové reakce. Výsledky: Mezi polymorfizmy XPC Lys939Gln, Ala499Val, XPD Asp272Asn, Arg751Arg, Arg751Arg, XPF Arg415Gln a XPG Asp1104His a zvýšeným rizikem CM nebyl zjištěn významný vztah. Závěry: Tato studie odhalila, že polymorfizmy XPC, XPD, XPG a XPF nebyly pro náchylnost k CM rizikovým faktorem. Pro další hodnocení a validaci našich výsledků je třeba více studií s dobrým designem a vyšším počtem subjektů v různých populacích. Přesnější důkazy a další objasnění vlastního mechanizmu CM přinesou v budoucnosti studie, které budou brát v úvahu interakce mezi geny jako takovými a mezi geny a prostředím.

Background: The effects of single nucleotide polymorphisms (SNPs) at nucleotide excision repair (NER) pathway on susceptibility to cutaneous melanoma (CM) are of great interest. To date, several epidemiological studies have evaluated whether the XPC, XPD, XPG and XPF polymorphisms are associated with CM. However, those studies results are controversial or inconclusive. Therefore, we conducted a study to evaluate the association of seven frequently investigated NER pathway polymorphisms with CM risk. Methods: A total of 150 patients diagnosed with CM and 150 healthy controls were enrolled in the study. Seven SNPs in the NER pathway including XPC (Lys939Gln and Ala499Val), XPD (Lys157Gln, Asp272Asn, and Arg751Arg), XPG (Asp1104His) and XPF (Arg415Gln) were analyzed by polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism assay. Results: There was no a significant association between XPC Lys939Gln, Ala499Val; XPD Asp272Asn, Arg751Arg, Arg751Arg; XPF Arg415Gln; and XPG Asp1104His polymorphisms and an increased risk of CM. Conclusions: This study results revealed that the XPC, XPD, XPG and XPF polymorphisms were not risk factor for susceptibility to CM. However, more well-designed with larger sample size studies in different populations are necessary to further evaluate and validate our results. Future studies which take into account gene-gene and gene-environment interactions are warranted for more precise evidence and further elucidation of the underlying mechanism of CM.

• MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé MeSH
• melanom * genetika   MeSH
• oprava DNA MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• biologické markery MeSH
• hyperlipidemie genetika   MeSH
• intracelulární signální peptidy a proteiny MeSH
• inzulinová rezistence genetika   MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• lidé MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• dospělí MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• kolorektální nádory genetika   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• matrixová metaloproteinasa 1 genetika   metabolismus   MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Monocyte chemoattractant protein (MCP)-1 is the key chemokine in the process of atheroslerotic vascular inflammation. Examining already reported association between coronary artery disease (CAD) and the SNP A/G in the MCP-1 gene (position -2518), 139 Czech patients with CAD manifested as myocardial infarction (MI) and 359 unrelated healthy control (C) subjects were genotyped by PCR-SSP. Genotype and allele frequencies were not different in MI and C groups (allele G: MI, 20.5%; C, 23.8%, OR = 0.8, P > 0.05). No differences were detected when the patients were subdivided based on sex or the age of MI first occurrence. Further, no relationship was observed between circulating MCP-1 levels and carriage of the G allele. The data do not support a role for the MCP-1 -2518 single nucleotide polymorphism in susceptibility to CAD manifested by myocardial infarction.

• MeSH
• alely MeSH
• chemokin CCL2 genetika   imunologie   MeSH
• financování organizované MeSH
• genetická predispozice k nemoci genetika   MeSH
• infarkt myokardu genetika   imunologie   MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus genetika   imunologie   MeSH
• koronární nemoc genetika   imunologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH

Cíl: Gen pro adiponektin bývá označován jako kandidátní gen inzulinové rezistence (IR). V naší práci byl sledován možný vztah mezi jednonukleotidovým polymorfi smem (SNP) +276 G > T a markery inzulinové rezistence včetně lipidového a lipoproteinového profi lu u 355 dyslipidemických pacientů lipidové ambulance III. interní kliniky Fakultní nemocnice Olomouc a jejich prvostupňových příbuzných. Metody: SNP genu pro adiponektin byl detekován metodou polymerázové řetězové reakce v reálném čase s hybridizačními fl uorescenčními sondami. Rozdíly mezi genotypy ve spojitých proměnných byly analyzovány metodou ANOVA (upraveno na věk, pohlaví a obvod pasu). Výsledky: Nosiči genotypu GG měli významně vyšší hladiny celkového cholesterolu (GG: 6,54 ± 1,74 mmol/l, GT: 6,18 ± 1,45 mmol/l, TT: 6,25 ± 1,64 mmol/l, p < 0,05) a LDL cholesterolu (GG: 4,12 ± 1,49 mmol/l, GT: 3,78 ± 1,31 mmol/l, TT: 3,70 ± 1,34 mmol/l, p < 0,05) než jedinci s alelou T. Přítomnost alely T na pozici 276 byla u heterozygotů naopak spojena s vyšší koncentrací inhibitoru aktivátoru plasminogenu 1 (PAI-1) (GG: 71,50 ± 41,0 μg/l, GT: 81,0 ± 38,7 μg/l, TT: 70,14 ± 44,4 μg/l, p < 0,05). Závěr: Ve studii byla zjištěna slabá asociace heterozygotů-nosičů T alely polymorfi smu +276 G > T genu pro adiponektin a jedním markerem inzulinové rezistence, avšak nebyl nalezen vztah k sérovému adiponektinu, inzulinu, body mass indexu a dyslipidemickým fenotypům.

Aim: The adiponectin gene has been proposed as a potential candidate gene for IR. We analysed possible relationship between +276 G > T SNP and IR markers together with lipid and lipoprotein profi les in 355 Czech dyslipidemic patients of Lipid Center, University Hospital Olomouc, and their fi rst degree relatives. Methods: The +276 G > T SNP of adiponectin gene was detected by real time PCR method with hybridization fl uorescence probes in LightCycler. Between-genotype differences in continuous variables were analyzed by ANOVA after adjustment for age, sex and waist circumference. Results: Subjects with GG genotype were associated with higher total cholesterol (GG: 6.54 ± 1.74 mmol/l, GT: 6.18 ± 1.45 mmol/l, TT: 6.25 ± 1.64 mmol/l, p < 0.05) and LDL cholesterol (GG: 4.12 ± 1.49 mmol/l, GT: 3.78 ± 1.31 mmol/l, TT: 3.70 ± 1.34 mmol/l, p < 0.05) in comparison with T allele carriers. On the contrary, the presence of T allele in position 276 in heterozygotes was associated with higher levels of plasma inhibitor of activator of plasminogen 1 (PAI-1) (GG: 71.50 ± 41.0 μg/l, GT: 81.0 ± 38.7 μg/l, TT: 70.14 ± 44.4 μg/l, p < 0.05). Conclusion: In this study, the poor association between carriers- heterozygotes of T alelle of +276 G > T polymorphism of gene for adiponectin and one marker of insulin resistance was found. However, no relationship was detected with plasma adiponectin, insulin, body mass index and dyslipidemic phenotypes.

• MeSH
• adiponektin genetika   MeSH
• biologické markery krev   MeSH
• dyslipidemie genetika   krev   MeSH
• financování organizované MeSH
• inzulinová rezistence MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus genetika   MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

During a survey on grapevine yellows disease complex in vineyards of Lombardy region (northern Italy), phytoplasmas associated with Flavescence dorée disease were identified in symptomatic grapevines. Polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism (RFLP) analyses of 16S rDNA revealed the prevalence of phytoplasmal subgroup 16SrV-D. Bioinformatic analyses of nucleotide sequences of rplV and rpsC genes, amplified from 16SrV-D phytoplasma infected grapevines and cloned, underscored the presence of five confirmed rpsC single nucleotide polymorphism (SNP) lineages, determined by different combination of SNPs at nucleotide positions 29, 365, 680, and 720 of rpsC gene. Virtual and actual RFLP analyses with the enzyme TaqI validated the presence of these SNPs. Co-infections by up to four distinct rpsC SNP lineages of 16SrV-D phytoplasma were found in grapevines. These results could open new perspectives for the study of the ecology and the epidemiology of Flavescence dorée.

• MeSH
• bakteriální proteiny genetika   MeSH
• DNA bakterií genetika   chemie   MeSH
• DNA fingerprinting MeSH
• financování organizované MeSH
• fylogeneze MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• nemoci rostlin mikrobiologie   MeSH
• Phytoplasma genetika   izolace a purifikace   klasifikace   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• polymorfismus délky restrikčních fragmentů MeSH
• ribozomální DNA genetika   MeSH
• ribozomální proteiny genetika   MeSH
• RNA ribozomální 16S genetika   MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• sekvenční homologie MeSH
• shluková analýza MeSH
• Vitis mikrobiologie   MeSH
• Geografické názvy
• Itálie MeSH

BACKGROUND AND AIM: The chemokine Monocyte Chemoattractant Protein (MCP)-1/CCL2, a chemoattractant for mononuclear cells, has already been implicated in the pathogenesis of sarcoidosis. A single nucleotide polymorphism (SNP) located at the position -2518 (A to G) of the MCP-1 gene has been reported to alter production of the MCP-1 protein in vitro and ex vivo. The present study, therefore, explored a possible association between MCP-1-2518 SNP and pulmonary sarcoidosis including its clinical subtypes, especially Lofgren's syndrome (LS). Relationship between MCP-1-2518 SNP and serum MCP-1 levels was also investigated. METHODS: MCP-1-2518 genotypes were determined using PCR with sequence specific primers in 105 sarcoidosis patients and 359 healthy control subjects. The differences in genotype and allelic frequencies between the patient and control groups were assessed by chi2 test. MCP-1 protein concentrations in serum samples from 77 sarcoidosis patients were determined by ELISA; Mann-Whitney U-test was used to test for differences in protein levels. RESULTS: While there was no significant difference in distribution of MCP-1-2518 alleles between sarcoidosis patients and healthy control subjects, a significantly higher proportion of the MCP-1-2518*G allele (p = 0.01, odds ratio (OR) = 2.3) and of the GG genotype (p = 0.03, OR = 3.9) was observed in the patients with LS compared to control subjects. There was also a significantly higher frequency of the MCP-1-2518*G allele in patients presenting with LS compared to the patients without LS (p = 0.04, OR = 2.1). MCP-1 protein in serum was not related to MCP-1-2518 gene variants. CONCLUSION: A possible interpretation of our results is, that the MCP-1-2518 SNP or a gene located nearby may modify clinical manifestation of sarcoidosis towards Lofgren's syndrome. Future investigations in other population(s) should, therefore, follow this case-control study.

• MeSH
• alely MeSH
• chemokin CCL2 genetika   krev   MeSH
• dospělí MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genotyp MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• plicní sarkoidóza genetika   metabolismus   MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• syndrom MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH