small samples
Dotaz
Zobrazit nápovědu
Pľúcne karcinómy (LC) sú histologicky a molekulárne heterogénne ochorenia, ktoré dominujú v počte novodiagnostikovaných onkologických ochorení. Diagnostika LC v poslednej dekáde pokročila najmä v molekulárnej typizácii nádorovej proliferácie a následnej cielenej molekulárnej terapii (CMT) tyrozín-kinázovými inhibítormi (TKI). TKI- terapia je však účinná len pre úzku podskupinu LC, prevažne adenokarcinómov, typicky s aktivačnými mutáciami v intracelulárnej doméne receptoru pre epidermálny rastový faktor (EGFR). Selekcia pacientov vhodných na CMT štandardne prebieha na základe bioptického vyšetrenia. Alternatívou k bioptickým vzorkám sú materiály získané metódou bronchiálnych sterov (BS), ktorých odber a následnú molekulárnu analýzu opisujeme v tejto študii. Po cytomorfologickej charakterizácii získaného náteru, kontrole celularity a zastúpenia nádorových buniek sme na somatické aktivačné EGFR mutácie pomocou kvantitatívnej PCR vyšetrili 149 pacientov, z ktorých sme 19 (12,78 %) odporučili na EGFR-TKI terapiu. Najčastejšou EGFR mutáciou boli delečné mutácie v exóne 19. Optimalizácia vstupných parametrov cytologických odberov a izolovanej genomickej gDNA umožnila 100% úspešnosť EGFR analýz. V tejto štúdii predstavujeme metodiku na vyšetrenie mutačného statusu EGFR z BS, ktorá je spoľahlivá a spĺňa všetky kritéria rutinnej molekulárnej diagnostiky. Multidisciplinárny prístup EGFR genotypizácie klinicky relevantných somatických mutácii z BS umožňuje rozšírenie spektra pacientov s nemalobunkovým karcinómom pľúc, vhodných na CMT.
Lung cancer (LC) is a histologically and molecularly heterogeneous disease accounting for a large proportion of newly diagnosed oncological conditions. In the last decade, the diagnosis of LC has advanced considerably, especially molecular typing of tumor proliferation and subsequent targeted biological therapy (TBT) using tyrosine kinase inhibitors (TKIs). However, TKI therapy is effective for only a small LC subgroup, mainly adenocarcinomas, typically with activating mutations in the intiacellular domain of the epidermal growth factor receptor (EGFR). Selection of patients suitable for TBT is mostiy guided by biopsy examination. An alternative to biopsy samples is material obtained by bronchial brushing (BB). The sampling procedure and subsequent molecular testing is described in this study. Following the cytomorphological examination of the samples and assessment of cellularity and the proportion of tumor cells, we screened 149 patients for somatic activating EGFR mutations using quantitative PCR. Of those, 19 (12.78 %) were indicated for EGFR TKI therapy. The most prevalent EGFR mutations were exon 19 deletions. Optimization of the entry parameters in cytology samples and the isolated genomic DNA resulted in a 100% success rate of EGFR analysis. The study describes a method for assessing EGFR mutation status from BB samples that is reliable and meets all criteria of routine molecular diagnosis. The implemented multidisciplinary approach to EGFR genotyping of clinically relev£int somatic mutations using BB samples may extend the range of patients cohort eligible for TBT.
- MeSH
- biopsie metody využití MeSH
- bronchoskopie metody využití MeSH
- diagnostické techniky molekulární * využití MeSH
- dospělí MeSH
- erbB receptory analýza genetika MeSH
- genetické testování využití MeSH
- klinická studie jako téma MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mutační analýza DNA využití MeSH
- nemalobuněčný karcinom plic * diagnóza MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
Former authors claimed that, due to parasites' aggregated distribution, small samples underestimate the true population mean abundance. Here we show that this claim is false or true, depending on what is meant by 'underestimate' or, mathematically speaking, how we define 'bias'. The 'how often' and 'on average' views lead to different conclusions because sample mean abundance itself exhibits an aggregated distribution: most often it falls slightly below the true population mean, while sometimes greatly exceeds it. Since the several small negative deviations are compensated by a few greater positive ones, the average of sample means approximates the true population mean.
- MeSH
- lidé MeSH
- parazitární nemoci parazitologie MeSH
- paraziti růst a vývoj MeSH
- parazitologie metody MeSH
- velikost vzorku MeSH
- zkreslení výsledků (epidemiologie) MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
BACKGROUND: The treatment of non-small cell lung cancer (NSCLC) patients is correlated with the efficacy of immune checkpoint blockade therapy (ICB) targeting programmed cell death ligand 1 (PD-L1) or its cognate receptor (PD-1) on cancer cells or infiltrating immune cells. Analysis of PD-L1/PD-1 expression in tumor tissue represents a crucial step before PD-L1/PD-1 blocker usage. METHODS: We used directed evolution of protein variants derived from a 13 kDa Myomedin loop-type combinatorial library with 12 randomized amino acid residues to select high-affinity binders of human PD-L1 (hPD-L1). After the ribosome display, individual clones were screened by ELISA. Detailed analysis of binding affinity and kinetics was performed using LigandTracer. The specificity of Myomedins was assessed using fluorescent microscopy on HEK293T-transfected cells and cultured cancer cells in vitro, formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) sections of human tonsils, and FFPE tumor samples of NSCLC patients. RESULTS: Seven identified PD-L1 binders, called MLE, showed positive staining for hPD-L1 on transfected HEK293T cells and cultured MCF-7 cells. MLE031, MLE105, MLE249, and MLE309 exhibited high affinity to both human and mouse PD-L1-transfected HEK293T cells measured with LigandTracer. The diagnostic potential of MLE variants was tested on human tonsillitis tissue and compared with diagnostic anti-PD-L1 antibody DAKO 28-8 and PD-L1 IHC 22C3 pharmDx antibody. MLE249 and MLE309 exhibited an excellent overlap with diagnostic DAKO 28-8 (Pearson ́s coefficient (r) = 0.836 and 0.731, respectively) on human tonsils on which MLE309 exhibited also excellent overlap with diagnostic 22C3 antibody (r = 0.876). Using three NSCLC tissues, MLE249 staining overlaps with 28-8 antibody (r = 0.455-0.883), and MLE309 exhibited overlap with 22C3 antibody (r = 0.534-0.619). Three MLE proteins fused with Fc fragments of rabbit IgG, MLE249-rFc, MLE309-rFc and MLE031-rFc, exhibited very good overlap with anti-PD-L1 antibody 28-8 on tonsil tissue (r = 0.691, 0.610, and 0.667, respectively). Finally, MLE249-rFc, MLE309-rFc and MLE031-rFc exhibited higher sensitivity in comparison to IHC 22C3 antibody using routine immunohistochemistry staining system Ventana, which is one of gold standards for PD-L1 diagnosis. CONCLUSIONS: We demonstrated the development of MLE Myomedins specifically recognizing hPD-L1 that may serve as a refinement tool for clinical PD-L1 detection.
Na podkladě opakovaného hodnocení cytologických preparátů získaných od nemocných se známou konečnou diagnózou dvěma nezávislými čtenáři autoři zjišťují dobrou inter- i intraobservační shodu, a to i tehdy, není-li vyšetřující obeznámen s klinickým, především endoskopickým nálezem (shoda v 86 %). Shoda v typizaci bronchogenního karcinomu se pohybovala u každého z čtenářů nad 70 % a byla nejvyšší u epidermoidního a malobuněčného typu zhoubného nádoru. Neshoda ve skupině suspektních a pozitivních nálezů je výzvou ke vzájemné konzultaci.
Authors searched the contribution and significance of repeated valuation of cytological samples with known final diagnosis by two independent readers. They found a good inter-, and also intraobservation agreement. This was also the case, if the readers were not informed about the clinical and endoscopic findings (agreement in 86 % of cases). The agreement in stating the histological type of bronchogenic carcinoma was by each reader over 70 %. It was the highest in squamous cell and small cell types of malignant tumours. Disagreement in the group of suspicious and positive findings is a challenge to reciprocal consultation.
BACKGROUND: Correct identification of the EGFR c.2369C>T p.(Thr790Met) variant is key to decide on a targeted therapeutic strategy for patients with acquired EGFR TKI resistance in non-small cell lung cancer. The aim of this study was to evaluate the correct detection of this variant in 12 tumor tissue specimens tested by 324 laboratories participating in External Quality Assessment (EQA) schemes. METHODS: Data from EQA schemes were evaluated between 2013 and 2018 from cell lines (6) and resections (6) containing the EGFR c.2369C>T p.(Thr790Met) mutation. Adequate performance was defined as the percentage of tests for which an outcome was available and correct. Additional data on the used test method were collected from the participants. Chi-squared tests on contingency tables and a biserial rank correlation were applied by IBM SPSS Statistics version 25 (IBM, Armonk, NY, USA). RESULTS: In 26 of the 1190 tests (2.2%) a technical failure occurred. For the remaining 1164 results, 1008 (86.6%) were correct, 151 (12.9%) were false-negative and 5 (0.4%) included incorrect mutations. Correct p.(Thr790Met) detection improved over time and for repeated scheme participations. In-house non-next-generation sequencing (NGS) techniques performed worse (81.1%, n = 293) compared to non-NGS commercial kits (85.2%, n = 656) and NGS (97.0%, n = 239). Over time there was an increase in the users of NGS. Resection specimens performed worse (82.6%, n = 610 tests) compared to cell line material (90.9%, n = 578 tests), except for NGS (96.3%, n = 344 for resections and 98.6%, n = 312 for cell lines). Samples with multiple mutations were more difficult compared to samples with the single p.(Thr790Met) variant. A change of the test method was shown beneficial to reduce errors but introduced additional analysis failures. CONCLUSIONS: A significant number of laboratories that offer p.(Thr790Met) testing did not detect this relevant mutation compared to the other EQA participants. However, correct identification of this variant is improving over time and was higher for NGS users. Revising the methodology might be useful to resolve errors, especially for resection specimens with low frequency or multiple variants. EQA providers should include challenging resections in the scheme.
- MeSH
- erbB receptory genetika MeSH
- genetické testování metody normy MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus MeSH
- lidé MeSH
- longitudinální studie MeSH
- mutace * MeSH
- nádorové buňky kultivované MeSH
- nádory plic diagnóza enzymologie genetika MeSH
- následné studie MeSH
- nemalobuněčný karcinom plic diagnóza enzymologie genetika MeSH
- řízení kvality MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Porucha intrauterinního růstu, která vede ke snížené porodní hmotnosti a/nebo porodní délce (SGA, small for gestational age), je spojena se závažnou perinatální morbiditou a mortalitou, malou tělesnou výškou v dětství a v dospělosti a zřejmě souvisí s častějším výskytem kardiovaskulárních onemocnění a diabetes mellitus 2. typu. Publikované údaje o četnosti dětí SGA se různí podle použitých kritérií SGA a metodiky a přesnosti určení gestačního věku. Cílem studie bylo analyzovat vliv metody stanovení gestačního věku na četnost dětí označených jako SGA v moravské větvi mezinárodní multicentrické studie ELSPAC (European Longitudinal study of Pregnancy and Childhood) a porovnat výsledky s mezinárodní referenční normou. Do studie bylo zahrnuto 7533 dětí narozených v Brně a v okrese Znojmo během16měsíců v letech 1991–1992. U 7341 z nich byla k dispozici většina potřebných dat. Prokázali jsme, že metodika stanovení gestačního věku zásadním způsobem ovlivňuje četnost SGA v populaci. Při stanovení gestačního věku podle sonografie byla četnost SGA 5,3 %, při výpočtu z termínu poslední menstruace 6,8 %, podle hlášeného gestačního věku (uvedeného v dotazníku) 13,8 %. Porodní délka a hmotnost dětí z projektu ELSPAC byly porovnány s mezinárodní referenční normou podle Lawrence z roku 1989. Porodní hmotnost a délka dětí narozených ve 34.–36. týdnu těhotenství byla analogická, ale hodnoty ve 37. až 42. týdnu těhotenství byly u dětí z populace ELSPAC významně nižší. Vzhledem k menšímu rozsahu souboru ELSPAC doporučujeme nadále používat mezinárodní referenční normy podle Lawrence, ale pro interpretaci individuálních hodnot využívat stanovení gestačního věku podle sonografie nebo podle termínu poslední menstruace.
Intrauterine growth restriction that results in lower birth weight and/or birth length (SGA, small for gestational age) is linked to increased risk of perinatal morbidity andmortality, short stature in childhood and adulthood andmay increase risk of cardiovascular diseases and type 2 diabetes. Published data on the frequency of newborns assigned as SGA vary according to SGA definition and to the method and accuracy of gestational age estimation. We aimed to analyze the impact of methodology of gestational age estimation on frequency of SGA in children of the Moravian branch of the internationalmulticentre study ELSPAC (European Longitudinal Study of Pregnancy and Childhood) and to compare the results with international reference values. The study included 7533 children born in the city of Brno and in the Znojmo district within 16months in 1991–1992. Majority of essential data were available in 7341 of them. We proved that method of estimation of gestational age substantially modifies the population frequency of SGA, ranging from 5.3% in ultrasound method and 6.8% in estimation according to last menstrual period up to 13.8% according to reported data (as given in the questionnaire). Birth weights and birth lengths of children in the ELSPAC study were compared with international reference data according to Lawrence (1989). Whereas similar results were found at gestational ages 34–36 weeks, values at gestational ages 37–42 weeks were significantly lower in the ELSPAC population. Due to a smaller sample size of the ELSPAC cohort, we recommend using the international reference normative data in clinical praxis, however interpretation of individual values should be based on estimation of gestational age according to ultrasound or last menstrual period.
- Klíčová slova
- intrauterinní růstová retardace, porodní délka,
- MeSH
- financování organizované MeSH
- gestační stáří MeSH
- hypotrofický novorozenec MeSH
- interpretace statistických dat MeSH
- lidé MeSH
- menstruace fyziologie MeSH
- novorozenec MeSH
- porodní hmotnost MeSH
- porodnictví metody MeSH
- referenční standardy MeSH
- reprodukovatelnost výsledků MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- růstová retardace plodu diagnóza MeSH
- tělesná výška MeSH
- ultrasonografie prenatální metody využití MeSH
- výsledek těhotenství MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- novorozenec MeSH
Cílem práce bylo vypracovat metodiku imunohistochemické diagnostiky kostních mikrometastáz a tento postup použít u operovaných nemocných s nemalobuněčnou formou plieni rakoviny. Pomocí koktejlu cytokeratinových směsí a jednotlivých cytokeratinů se stanoví imunohistochemický profil primárního plicního ložiska. Kostní mikrometastázy se hodnotí z kostní dřeně odebraného žeberního segmentiji. Bylo vyšetřeno celkem 30 kostních dření. Pro další vyhodnocení zůstalo ve skupině 17 nemocných. Izolované segmejity se zřetelnou pozitivitou cytokeratinů byly pozorovány ve 4 případech. Výtěžnost kostní dřeně ze žeberního segmentuje velmi dobrá. První výsledky jsou povzbudivé pro další výzkumnou práci.
The objective was to elaborate a method of immunohistochemical diagnosis of bone micromatastases and to apply this procedure in operated patients with the non-small cell form of lung cancer. By means of a cocktail of cytokeratin mixtures and individual cytokeratins the immunohistochemical profile of the primary pulmonary focus is assessed. Bone micrometastases are evaluated from the bone marrow of a sampled costal segment. A total of 30 bone marrow samples were examined. For further evaluation 17 patients remained in the group. Isolated segments with a marked positivity of cytokeratins were observed in four instances. The yield of bone marrow from costal segment is very good. The initial results are encouraging for further research.
