- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
The emergence of cisplatin (CDDP) resistance is the main cause of treatment failure and death in patients with testicular germ cell tumors (TGCT), but its biologic background is poorly understood. To study the molecular basis of CDDP resistance in TGCT we prepared and sequenced CDDP-exposed TGCT cell lines as well as 31 primary patients' samples. Long-term exposure to CDDP increased the CDDP resistance 10 times in the NCCIT cell line, while no major resistance was achieved in Tera-2. Development of CDDP resistance was accompanied by changes in the cell cycle (increase in G1 and decrease in S-fraction), increased number of acquired mutations, of which 3 were present within ATRX gene, as well as changes in gene expression pattern. Copy number variation analysis showed, apart from obligatory gain of 12p, several other large-scale gains (chr 1, 17, 20, 21) and losses (chr X), with additional more CNVs found in CDDP-resistant cells (e.g., further losses on chr 1, 4, 18, and gain on chr 8). In the patients' samples, those who developed CDDP resistance and died of TGCT (2/31) showed high numbers of acquired aberrations, both SNPs and CNVs, and harbored mutations in genes potentially relevant to TGCT development (e.g., TRERF1, TFAP2C in one patient, MAP2K1 and NSD1 in another one). Among all primary tumor samples, the most commonly mutated gene was NSD1, affected in 9/31 patients. This gene encoding histone methyl transferase was also downregulated and identified among the 50 most differentially expressed genes in CDDP-resistant NCCIT cell line. Interestingly, 2/31 TGCT patients harbored mutations in the ATRX gene encoding a chromatin modifier that has been shown to have a critical function in sexual differentiation. Our research newly highlights its probable involvement also in testicular tumors. Both findings support the emerging role of altered epigenetic gene regulation in TGCT and CDDP resistance development.
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Autoři kazuistiky popisují případ 24leté pacientky po sleeve gastrectomy, u které došlo k projevům Wernickeovy encefalopatie. Pacientka byla s odstupem 5 týdnů od operace, po které byla zcela bez obtíží, opakovaně hospitalizována na chirurgickém oddělení pro projevy extrémního vomitu, který se však vždy po zavedení infuzní terapie a následné šetrné realimentaci rychle upravil. Zároveň byla intenzivně vyšetřována stran gastrointestinálního traktu (GIT), avšak bez jednoznačného nálezu. Potíže pacientky postupně progredovaly do neurologických projevů. Definitivní diagnózu se podařilo stanovit až na základě magnetické rezonance (MR) mozku. Stav byl navíc komplikován náhlým nástupem febrilií s elevací C-reaktivního proteinu (CRP), což si v souvislosti s nejednoznačným CT nálezem v dutině břišní vyžádalo laparoskopickou revizi v odstupu 8 týdnů od primooperace. Díky konečnému správnému stanovení diagnózy a nasazení adekvátní terapie v podobě substituce thiaminu se pacientku podařilo zachránit. Po 30 dnech od posledního přijetí byla následně propuštěna do domácího léčení v uspokojivém stavu. Cílem kazuistiky je popis nástupu atypických obtíží pacientky po bariatrické operaci - zvláště z pohledu chirurga a obtížné a protrahované diagnostiky tohoto syndromu z důvodu jeho relativní vzácnosti, a to i z pohledu kolegů z ostatních oborů, kteří se na diagnostice pacientky podíleli.
The authors report a case study of a 24-year-old female patient after sleeve gastrectomy with subsequent manifestation of Wernicke´s encephalopathy. After 5 weeks following the surgery, which were uneventful, the patient was repeatedly hospitalized in the surgical department for extreme vomiting; however, her health status rapidly improved with infusion therapy followed by careful re-alimentation. At the same time, her GIT was closely examined without any clear finding. Problems progressively deteriorated into neurological manifestations. The final diagnosis was established by MR imaging of the brain. In addition, the patient´s condition was complicated by sudden febrile status with elevated CRP values; therefore, with regard to the unclear CT finding in the abdominal cavity, a laparoscopic revision was made 8 weeks after the primary surgery. The patient survived thanks to the final correct diagnosis and administration of adequate therapy in the form of thiamine substitution. After 30 days following the last admission, the patient was discharged for home treatment in a satisfactory health condition. The aim of the case study is to describe the onset of atypical symptoms in a patient following bariatric surgery - particularly from the point of view of a surgeon - and difficult and prolonged diagnosis of this syndrome due to its relative rarity, also from the point of view of other colleagues with various specializations who participated in the establishment of the diagnostics.
- Klíčová slova
- sleeve gastrectomy,
- MeSH
- bariatrie metody MeSH
- gastrointestinální endoskopie MeSH
- gastroplastika * metody MeSH
- hmotnostní úbytek MeSH
- lidé MeSH
- mladý dospělý MeSH
- mozek diagnostické zobrazování patologie MeSH
- nedostatek thiaminu patologie MeSH
- obezita chirurgie MeSH
- péče o pacienty v kritickém stavu MeSH
- pooperační komplikace MeSH
- průjem MeSH
- thiamin aplikace a dávkování metabolismus terapeutické užití MeSH
- vitamin B komplex MeSH
- Wernickeova encefalopatie * diagnóza etiologie terapie MeSH
- zvracení MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mladý dospělý MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
Genová editace je považována za největší pokrok v molekulárně genetických metodách od objevu polymerázové řetězové reakce. Díky této technologii dnes můžeme provádět cílené změny v nukleotidové sekvenci DNA s mnohem větší přesností a účinností, než bylo doposud možné. Využití nachází genová editace téměř ve všech biotechnologických oborech, neboť výrazně zjednodušuje studium funkce genů a biologických procesů. Nejpopulárnějším nástrojem genové editace je tzv. systém CRISPR/Cas9 (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats/CRISPR Associated Protein 9), který si díky své relativně snadné konstrukci a vysoké účinnosti vydobyl výsadní postavení v molekulární biologii a jeho ohromný potenciál se již začíná uplatňovat i v translační medicíně. Cílem tohoto souhrnného článku je představení genové editace a shrnutí nejvýznamnějších aplikací této unikátní technologie ve výzkumu, diagnostice a léčbě hematologických onemocnění.
Genome editing is considered to be the biggest advance in molecular genetics since the discovery of the polymerase chain reaction. This method enables the introduction of changes in a target DNA sequence with unprecedented accuracy and efficiency. Since it greatly facilitates the study of genes and biological processes, it has been employed in basic research across all biotechnology fields. The CRISPR/Cas9 (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats/CRISPR Associated Protein 9) system is the most widely used genome-editing platform. Due to its relatively easy construction and high efficiency, this system has revolutionized the field of molecular biology and also holds enormous potential in translational medicine. The aim of this review is to introduce genome-editing technique and summarize the most important applications of this unique technology in research, diagnostics and treatment of haematologic diseases.
- MeSH
- CRISPR-Cas systémy * MeSH
- editace genu metody MeSH
- genetické nemoci vrozené genetika terapie MeSH
- krevní nemoci * diagnóza genetika terapie MeSH
- lidé MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Novel biological subtypes and clinically important genetic aberrations (druggable lesions, prognostic factors) have been described in B-other acute lymphoblastic leukemia (ALL) during the last decade; however, due to a lack of studies on unselected cohorts, their population frequency and mutual associations still have to be established. We studied 110 consecutively diagnosed and uniformly treated childhood B-other patients using single nucleotide polymorphism arrays and whole exome/transcriptome sequencing. The frequency of DUX4-rearranged, BCR-ABL1-like, ZNF384-rearranged, ETV6-RUNX1-like, iAMP21 and MEF2D-rearranged subtypes was 27%, 15%, 5%, 5%, 4%, and 2%, respectively; 43% of cases were not classified into any of these subtypes (B-rest). We found worse early response to treatment in DUX4-rearranged leukemia and a strong association of ZNF384-rearranged leukemia with B-myeloid immunophenotype. Of the druggable lesions, JAK/STAT-class and RAS/RAF/MAPK-class aberrations were found in 21% and 43% of patients, respectively; an ABL-class aberration was found in one patient. A recently described negative prognostic factor, IKZF1plus , was found in 14% of patients and was enriched in (but not exclusive for) BCR-ABL1-like subtype. PAX5 fusions (including 4 novel), intragenic amplifications and P80R mutations were mutually exclusive and only occurred in the B-rest subset, altogether accounting for 20% of the B-other group. PAX5 P80R was associated with a specific gene expression signature, potentially defining a novel leukemia subtype. Our study shows unbiased European population-based frequencies of novel ALL subtypes, recurrent (cyto)genetic aberrations and their mutual associations. This study also strengthens and widens the current knowledge of B-other ALL and provides an objective basis for optimization of current genetic diagnostics.
- MeSH
- chromozomální aberace * MeSH
- dítě MeSH
- fúzní onkogenní proteiny genetika MeSH
- genomika metody MeSH
- kohortové studie MeSH
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mutace * MeSH
- nádorové biomarkery genetika MeSH
- následné studie MeSH
- pre-B-buněčná leukemie epidemiologie genetika patologie MeSH
- předškolní dítě MeSH
- prognóza MeSH
- regulace genové exprese u nádorů MeSH
- transkriptom * MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- předškolní dítě MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Evropa MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
Východiska: Testikulární germinální nádory (testicular germ cell tumors – TGCT) jsou nejčastější solidní malignitou mladých mužů, se zvyšující se incidencí v posledních desetiletích. V jejich etiologii se uplatňuje kombinace faktorů vnějšího prostředí i genetických predispozic z oblastí několika genomových lokusů, postihujících jak testikulární germinální buňky, tak buňky stromální a jejich interakce v rámci daného mikroprostředí. Patogeneze TGCT začíná již v prenatálním období zablokováním vývoje primordiálních germinálních buněk a pokračuje postnatálně přes in situ nádorovou lézi k invazivnímu tumoru s charakteristickou amplifikací krátkého raménka chromozomu 12. Kromě genů lokalizovaných zde se v patogenezi TGCT uplatňují další molekulární mechanizmy jako aktivace dráhy KIT/KITL, aberace v genech účastnících se oprav poškozené DNA a regulujících diferenciaci, proliferaci a přežívání buněk. I přes poměrně dobrou prognózu a relativně známou etiopatogenezi těchto nádorů se u nich neuplatňuje žádná biologická léčba ani žádné molekulárně-genetické prediktivní či prognostické faktory. Nedostatek informací se vztahuje především ke konkrétním molekulárním drahám zapojeným do vzniku TGCT, na jejichž složky by bylo možné biologickou léčbou cíleně působit. Současné vysokokapacitní technologie jako sekvenování nové generace na exomové i transkriptomové úrovni by měly doplnit chybějící informace o genetických predispozicích vzniku TGCT a dalších faktorech zodpovědných za jejich klinický průběh a odpověď na léčbu. Cíl: V tomto přehledu jsou shrnuty hlavní dosud známé molekulární charakteristiky TGCT a pravděpodobné mechanizmy účastnící se jejich vzniku a progrese.
Background: Testicular germ cell tumors (TGCT) are the most frequently diagnosed solid tumors in young men and their incidence has been increasing over the past decades. Several factors may combine and play a role in the TGCT etiology, including environmental factors and genetic predispositions at multiple genomic loci that affect both testicular germ cells and stromal cells, and their interactions within the testicular microenvironment. The pathogenesis of TGCT starts prenatally with primordial germ cell arrest, and further proceeds postnatally, giving rise to in situ germ cell neoplasia and, finally, to invasive TGCT with the characteristic 12p chromosome amplification. Apart from the genes localized here, further molecular mechanisms have been linked to TGCT pathogenesis, such as the activation of the KIT/KITL signaling pathway, and aberrations in genes involved in DNA reparation, regulation of cellular differentiation, proliferation, and survival. Despite the relatively good prognosis and known etiopathogenesis of these tumors, neither targeted therapy nor molecular prognostic/predictive factors have yet been implemented in the management of TGCT, because there is not enough information about the molecular pathways or molecules involved in TGCT development that could be used for patient stratification and treatment. Current high-throughput technologies, such as next generation sequencing at the exome or transcriptome level could provide this missing information on genetic predispositions and other factors influencing the clinical course of the disease and treatment response in TGCT. Aim: In this review, we summarize the main molecular characteristics of TGCT and the probable mechanisms participating in tumor initiation and progression.
- Klíčová slova
- molekulární aberace, prediktivní faktory,
- MeSH
- germinální a embryonální nádory etiologie genetika MeSH
- lidé MeSH
- prognóza MeSH
- signální transdukce MeSH
- testikulární nádory * etiologie genetika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
The aim of this study was to examine 634 samples of chicken, lamb, pork, beef, fish, samples from the intensive animal industry and from poultry for slaughter, as well as from the domestic breeding of poultry, horses, pigs, and lambs, from surface water, and from clinical samples for the presence of Arcobacter. All the samples were examined with a cultivation method, followed by confirmation by multiplex PCR. The method of multiplex PCR applied directly to a liquid medium after enrichment was applied only to the samples with the highest probability of the presence of arcobacters. Arcobacter spp. were detected in 11.8% of the samples, of which A. butzleri, A. cryaerophilus, and A. skirrowii were found in 6.6, 5.1, and 0.2% of the samples, respectively. The sources of the arcobacters were chicken meat from the retail market, intensive animal production facilities, domestic chicken breeding facilities, lamb raising environments, surface water and wastewater, and beef swabs taken in a meat processing factory. No occurrence of arcobacters was identified in the swabs from slaughter turkeys, ducks, and wild poultry. No arcobacters were found in horse and pig breeding environments, on pork, or on the swabs of fish. Forty-two rectal swabs taken from humans were also free of Arcobacter. Seventeen isolates of Arcobacter were further identified by sequencing the 16S rRNA gene. Varied genotypes were observed among A. butzleri from chicken meat and chicken breeds, and A. cryaerophilus from wastewater and chicken breeds. They were similar to the genotypes present in wastewater, porcine feces, human stool, and human blood obtained from databases. Our results revealed that the chicken meat from the retail market is an important source of arcobacters. Cross-contamination during handling of chicken carcass practices could play a key role in the spread of Arcobacter.
- MeSH
- Arcobacter izolace a purifikace klasifikace MeSH
- druhová specificita MeSH
- financování organizované MeSH
- kontaminace potravin analýza MeSH
- lidé MeSH
- manipulace s potravinami metody MeSH
- maso mikrobiologie MeSH
- počet mikrobiálních kolonií MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- potrava z moře (živočišná) mikrobiologie MeSH
- potravinářská mikrobiologie MeSH
- prevalence MeSH
- spotřebitelská bezpečnost produktů MeSH
- techniky typizace bakterií metody MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
