The gene mcr-1 conferring resistance to last-line antibiotic colistin has been reported globally. Here, we describe the first detection of plasmid-mediated colistin resistance in Russian wildlife, an isolate of Escherichia coli sequence type 2280 from a black kite (Milvus migrans) scavenging raptor. Whole-genome sequencing and plasmid transferability experiments revealed that mcr-1.1 was located on conjugative IncI2 plasmid pDR164 (59891 bp). Migratory black kites may contribute to the global spread of mobile colistin resistance.

• MeSH
• antibakteriální látky metabolismus   farmakologie   MeSH
• bakteriální léková rezistence genetika   MeSH
• dravci mikrobiologie   MeSH
• Escherichia coli účinky léků   enzymologie   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• infekce vyvolané Escherichia coli epidemiologie   mikrobiologie   přenos   veterinární   MeSH
• kolistin metabolismus   farmakologie   MeSH
• migrace zvířat MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH
• plazmidy chemie   metabolismus   MeSH
• proteiny z Escherichia coli genetika   MeSH
• sekvenování celého genomu MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Rusko MeSH

OBJECTIVES: Fully sequenced IncI1 plasmids obtained from CTX-M-1-producing Escherichia coli of human and animal origin were compared. METHODS: Twelve E. coli isolates sharing identical ESBL genes and plasmid multilocus STs sequenced on Illumina and MinION platforms were obtained from the Danish antimicrobial resistance surveillance programme, DANMAP. After de novo assembly, the sequences of plasmids harbouring blaCTX-M-1 were manually curated and ORFs annotated. Within-group comparisons were performed separately for the IncI1 ST3 plasmid type and the IncI1 ST7 plasmid type. The IncI1 ST3 plasmid group was obtained from 10 E. coli isolates (2 from patients with bloodstream infections, 6 from food and 2 from animals). The IncI1 ST7 plasmids originated from E. coli isolates obtained from a patient with bloodstream infection and from a pig. Sequences of IncI1 ST3 and IncI1 ST7 plasmids harbouring blaCTX-M-1 with determined origin were retrieved from GenBank and used for comparison within the respective group. RESULTS: The 10 IncI1 ST3 blaCTX-M-1 plasmids were highly similar in structure and organization with only minor plasmid rearrangements and differences in the variable region. The IncI1 ST7 blaCTX-M-1 plasmids also showed high similarity in structure and organization. The high level of similarity was also observed when including plasmids from E. coli of animal origin from Australia, Switzerland, the Netherlands and France. CONCLUSIONS: This study shows broad spread of a very successful CTX-M-1-producing IncI1 type plasmid among E. coli of both human and animal origin.

• MeSH
• antibakteriální látky farmakologie   MeSH
• bakteriemie mikrobiologie   MeSH
• beta-laktamasy genetika   MeSH
• Escherichia coli klasifikace   účinky léků   enzymologie   MeSH
• infekce vyvolané Escherichia coli krev   mikrobiologie   přenos   MeSH
• lidé MeSH
• mnohočetná bakteriální léková rezistence genetika   MeSH
• multilokusová sekvenční typizace MeSH
• nemoci prasat mikrobiologie   přenos   MeSH
• plazmidy genetika   MeSH
• potravinářská mikrobiologie MeSH
• prasata MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• srovnávací studie MeSH

• MeSH
• dialýza ledvin využití   MeSH
• dítě MeSH
• farmakoterapie MeSH
• feces mikrobiologie   MeSH
• hemolyticko-uremický syndrom * diagnóza   etiologie   mikrobiologie   terapie   MeSH
• infekce vyvolané Escherichia coli přenos   MeSH
• klinické laboratorní techniky MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiologické techniky metody   využití   MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• shiga toxin analýza   škodlivé účinky   MeSH
• shiga-toxigenní Escherichia coli MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Článek informuje o výskytu vybraných infekčních onemocnění přenášených potravinami a vodou, včetně virových střevních onemocnění, v České republice v roce 2017 a podává přehled o vývoji nemocnosti v posledních pěti letech. Prezentovány jsou data a údaje o infekčních nemocech hlášené v uvedených letech do celostátního informačního systému EPIDAT v rámci surveillance infekčních onemocnění.

The article reviews the incidence of selected food-borne and water-borne infectious diseases, including viral intestinal diseases in the Czech Republic in 2017 and their trends in the last five years. The data are presented on cases of infectious diseases reported to the national information system EPIDAT within the surveillance of infectious diseases.

• MeSH
• břišní tyfus diagnóza   epidemiologie   patologie   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• hepatitida E diagnóza   epidemiologie   patologie   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• hlášení nemocí statistika a číselné údaje   MeSH
• infekce vyvolané Escherichia coli patologie   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• infekční nemoci epidemiologie   MeSH
• kampylobakterové infekce diagnóza   mikrobiologie   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• lidé MeSH
• listeriové infekce patologie   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• nemoci přenášené potravou * epidemiologie   klasifikace   patologie   prevence a kontrola   terapie   MeSH
• nemoci střev diagnóza   epidemiologie   etiologie   patologie   prevence a kontrola   terapie   MeSH
• paratyfus patologie   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• protozoální infekce epidemiologie   patologie   prevence a kontrola   MeSH
• salmonelóza diagnóza   mikrobiologie   patologie   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• Shigella klasifikace   patogenita   růst a vývoj   MeSH
• virová hepatitida u lidí epidemiologie   patologie   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• Yersinia pseudotuberculosis patogenita   růst a vývoj   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• tabulky MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

The study focused on the incidence of enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) and verotoxigenic E. coli (VTEC) in raw milk and traditional dairy cheeses marketed in Romania, characterizing the virulence and antibiotic resistance genes of these isolates. One hundred and twenty samples of raw milk and 80 samples of unpasteurized telemy cheese were collected and cultured according to the international standard protocol. All the characteristic E. coli cultures were analyzed for the presence of STa, STb, LT, stx1, and stx2 toxicity genes. The ETEC/VTEC strains were tested for the presence of antibiotic resistance genes, such as aadA1, tetA, tetB, tetC, tetG, dfrA1, qnrA, aaC, sul1, bla SHV , bla CMY , bla TEM , and ere(A), using PCR. The results showed that 27 samples (18.62%) were positive for one of the virulence genes investigated. 48.1% (n = 13) tested positive at the genes encoding for tetracycline resistance, tetA being the most prevalent one (61.5%; n = 8). A high percent (33.3%; n = 9) revealed the beta-lactamase (bla TEM ) resistance gene, and none of the samples tested positive for bla CMY and bla SHV genes. The genes responsible for resistance to sulfonamides (sul1) and trimethoprim (dfrA1) were detected in rates of 14.8% (n = 4) and 7.4% (n = 2), respectively. E. coli is highly prevalent in raw milk and unpasteurized cheeses marketed in Romania. These strains might represent an important reservoir of resistance genes which can easily spread into other European countries, given the unique market.

• MeSH
• bakteriální geny genetika   MeSH
• bakteriální léková rezistence genetika   MeSH
• enterotoxigenní Escherichia coli účinky léků   genetika   izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• exprese genu MeSH
• faktory virulence genetika   metabolismus   MeSH
• genotyp MeSH
• infekce vyvolané Escherichia coli mikrobiologie   přenos   veterinární   MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH
• mléko mikrobiologie   MeSH
• nemoci skotu mikrobiologie   přenos   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• shiga-toxigenní Escherichia coli účinky léků   genetika   izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• skot MeSH
• sýr mikrobiologie   MeSH
• virulence MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• skot MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Rumunsko MeSH

• MeSH
• antibakteriální látky terapeutické užití   MeSH
• antibiotická rezistence imunologie   účinky léků   MeSH
• Bacteria patogenita   růst a vývoj   účinky léků   MeSH
• HIV infekce dějiny   epidemiologie   MeSH
• infekce vyvolané Escherichia coli dějiny   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• infekční nemoci * dějiny   epidemiologie   terapie   MeSH
• koronavirus MERS izolace a purifikace   růst a vývoj   účinky léků   MeSH
• legionářská nemoc dějiny   epidemiologie   přenos   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiologie * trendy   MeSH
• pandemie dějiny   prevence a kontrola   MeSH
• pertuse dějiny   epidemiologie   prevence a kontrola   MeSH
• spalničky dějiny   epidemiologie   prevence a kontrola   MeSH
• statistika jako téma MeSH
• vakcinace * metody   trendy   využití   MeSH
• virus chřipky A, podtyp H1N1 izolace a purifikace   patogenita   účinky léků   MeSH
• virus Ebola izolace a purifikace   patogenita   účinky léků   MeSH
• virus SARS izolace a purifikace   růst a vývoj   účinky léků   MeSH
• viry patogenita   růst a vývoj   účinky léků   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• rozhovory MeSH

Cíl práce: Enterohemoragické Escherichia coli (EHEC) jsou celosvětovými původci průjmu, krvavého průjmu a hemolyticko-uremického syndromu (HUS). Zatímco role EHEC v etiologii HUS v České republice byla popsána v nedávné publikaci, výskyt, vlastnosti a epidemiologie EHEC vyvolávajících průjmová onemocnění nejsou dostatečně známé. V této studii jsme proto analyzovali sérotypy, stx genotypy a faktory virulence kmenů EHEC izolovaných v letech 1965–2013 od pacientů s průjmem, krvavým průjmem a jejich rodinných kontaktů. Dále jsme charakterizovali diagnosticky důležité fenotypy kmenů EHEC, jejich citlivost k antimikrobiálním agens, sezonnost a distribuci podle krajů. Materiál a metody: Kmeny od pacientů byly zaslány jako izoláty E. coli určené séroskupiny do NRL pro E. coli a shigely k průkazu Stx. V souvislosti s epidemiologickým šetřením byly zaslány do NRL vzorky humánního a nonhumánního původu. Sérotypy byly určeny konvenční a molekulární sérotypizací, stx genotypy a non-stx faktory virulence pomocí PCR, a fenotypy a antimikrobiální citlivost pomocí standardních metod. Epidemiologická souvislost izolátů od zvířete a pacienta byla potvrzena metodou pulzní gelové elektroforézy (PFGE). Výsledky: Z 50 kmenů EHEC pocházelo 24 od pacientů s průjmem bez krve, 19 od pacientů s krvavým průjmem, 6 od rodinných kontaktů a 1 od epidemiologicky souvisejícího zvířete. Případy EHEC infekcí se vyskytovaly během celého roku, s vrcholem v květnu až říjnu a nejvíce ve Středočeském a Královéhradeckém kraji. Hromadný výskyt infekce EHEC byl zaznamenán ve 3 rodinách a v 1 případě byl prokázán přenos EHEC infekce z ovce na pacienta. Kmeny EHEC patřily k 5 sérotypům, z nichž více než polovinu tvořily sorbitol-neokyselující (NSF) O157:H7/NM[fliCH7] a třetinu kmeny O26:H11/NM[fliCH11]; sérotypy O111:NM[fliCH8], O118:NM[fliCH25] a O104:H4, stejně jako sorbitol-okyselující (SF) kmeny O157:NM[fliCH7], byly vzácné. Z celkem 7 identifikovaných stx genotypů se všech 7 vyskytlo u NSF EHEC O157, 2 u EHEC O26 a O111, a 1 u EHEC O118, O104 a SF O157. Všechny až na 1 kmen produkovaly Stx. Geny kódující další faktory virulence včetně toxinů (EHEC-hlyA, cdt-V, espP) a adhezinů (eae, efa1, iha, lpf, sfpA) byly přítomny u všech kmenů a jejich spektrum bylo sérotyp-specifické. Nejčastější z nich byl eae kódující adhezin intimin a EHEC-hlyA kódující EHEC hemolyzin. Všechny kmeny EHEC kromě SF O157 obsahovaly terE, kódující rezistenci k teluritu. Všechny kmeny kromě NSF EHEC O157 a EHEC O118 okyselovaly sorbitol a produkovaly ß-D-glukuronidázu. Většina EHEC (89,8 %) byla citlivá ke všem 12 sledovaným antimikrobiálním agens. Závěr: EHEC se vyskytují jako původci průjmu a krvavého průjmu v ČR. Pouze systematický screening těchto patogenů ve stolicích pacientů však umožní odhalit jejich skutečný podíl na etiologii průjmových onemocnění (a rovněž HUS) v ČR, a zařadit tak tato data do evropského kontextu. Onemocnění vyvolaná EHEC jsou hlášena do Evropského centra pro prevenci a kontrolu nemocí (ECDC) v rámci surveillance Food and Waterborne Diseases.

Aim: Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) is the cause of diarrhea, bloody diarrhea, and haemolytic uremic syndrome (HUS) worldwide. The role of EHEC in the etiology of HUS in the Czech Republic has recently been described, but the prevalence, characteristics, and epidemiology of EHEC causing diarrhea have not been fully known. Therefore, this study analyzed the serotypes, stx genotypes, and virulence factors in EHEC strains isolated in 1965–2013 from patients with diarrhea or bloody diarrhea and their family contacts. In addition, we characterized diagnostically relevant phenotypes of EHEC strains, their antimicrobial susceptibility, seasonal trends, and distribution by administrative region. Material and methods: Serogrouped E. coli isolates from patients were referred to the National Reference Laboratory (NRL) for E. coli and Shigella for the detection of Stx. Specimens of both human and non-human origin were referred to the NRL for epidemiological investigation. Serotyping was performed by conventional and molecular methods, PCR was applied to stx genotyping and identification of non-stx virulence factors, and standard methods were used for phenotypic analysis and antimicrobial susceptibility testing. The epidemiological link between the human and animal isolates was confirmed using pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Results: Of 50 EHEC strains, 24 were recovered from patients with diarrhea without blood, 19 from patients with bloody diarrhea, six from family contacts, and one from an epidemiologically linked animal. EHEC cases were reported during the whole year, with peaks in May through October, most often in the Central Bohemian and Hradec Králové Regions. EHEC outbreaks occurred in three families: in one of them sheep-to-human transmission of EHEC was detected. The EHEC strains were assigned to five serotypes, with more than half of them being non-sorbitol fermenting (NSF) O157:H7/NM[fliCH7] and a third being strains O26:H11/NM[fliCH11]; serotypes O111:NM[fliCH8], O118:NM[fliCH25], and O104:H4, similarly to sorbitol-fermenting (SF) strains O157:NM[fliCH7], were rare. Of seven stx genotypes identified, all were present in NSF EHEC O157, two in each of EHEC O26 and O111, and one in each of EHEC O118, O104, and SF O157. All but one strain were Stx producers. Genes encoding other virulence factors including toxins (EHEC-hlyA, cdt-V, and espP) and adhesins (eae, efa1, iha, lpf, and sfpA) were detected in all strains and their occurrence was serotype specific. The most common of these genes were eae encoding adhesin intimin and EHEC-hlyA encoding EHEC hemolysin. All EHEC strains but SF O157 harboured terE encoding tellurite resistance. All strains except NSF EHEC O157 and EHEC O118 fermented sorbitol and produced ß-D-glucuronidase. Most (89.8%) EHEC strains were susceptible to all 12 antimicrobials tested. Conclusion: EHEC strains cause diarrhea and bloody diarrhea in the Czech Republic. Nevertheless, only a systematic screening of the stool from patients with diarrhea can make it possible to elucidate their actual role in the etiology of diarrheal diseases (as well as HUS) in the Czech Republic and to consider the data in the European context. EHEC cases are reported to the European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) within the Food and Waterborne Diseases Surveillance Network.

• MeSH
• enterohemoragická Escherichia coli * genetika   izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• feces mikrobiologie   MeSH
• genotyp MeSH
• genotypizační techniky MeSH
• hemolyticko-uremický syndrom mikrobiologie   MeSH
• infekce vyvolané Escherichia coli * etiologie   genetika   mikrobiologie   přenos   MeSH
• klinické laboratorní techniky MeSH
• lidé MeSH
• průjem etiologie   mikrobiologie   MeSH
• sérotypizace MeSH
• statistika jako téma MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• MeSH
• bakteriální infekce etiologie   klasifikace   terapie   MeSH
• cestování * MeSH
• dovolená MeSH
• infekce vyvolané Escherichia coli etiologie   přenos   MeSH
• kampylobakterové infekce etiologie   patofyziologie   terapie   MeSH
• lidé MeSH
• přenos infekční nemoci MeSH
• průjem * etiologie   prevence a kontrola   terapie   MeSH
• roční období MeSH
• salmonelóza diagnóza   patofyziologie   terapie   MeSH
• Shigella patogenita   účinky léků   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Nosocomial infections are a major cause of morbidity and mortality among neonates admitted to neonatal intensive care units (NICUs). The aim of this paper was to describe an outbreak of Escherichia coli among infants admitted to the NICU of the General Hospital "Dr. Manuel Gea Gonzalez" in May of 2008. The isolated E. coli strains were identified using standard biochemical methods. The susceptibilities of these strains were analysed by determining their minimal inhibitory concentrations. Following this, their molecular relationships to each other were assessed by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) analysis and corroborated by serology. Twelve E. coli strains were isolated from blood, urine, or indwelling catheter samples from five cases of preterm infants within a 3-day period. Patients were admitted to the NICU of the general hospital and, during the outbreak, developed sepsis caused by E. coli. For four of the patients, the average age was 23 days, while one patient was a 3-month-old infant. Prior to sepsis, the infants had received assisted ventilation and hyperalimentation through a central venous catheter. Two profiles were observed by PFGE; profile A was identified as the outbreak's cause and an outcome of cross-infection, while profile B showed genetic differences but serologically it was identified as part of the same serotype. We conclude that E. coli colonised the patients through horizontal transmission. A focal source of the microorganism in this outbreak was not identified, but cross-transmission through handling was the most probable route.

• MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• epidemický výskyt choroby * MeSH
• Escherichia coli izolace a purifikace   MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí epidemiologie   mikrobiologie   přenos   MeSH
• infekce vyvolané Escherichia coli epidemiologie   přenos   MeSH
• jednotky intenzivní péče o novorozence * MeSH
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH
• nemocnice všeobecné MeSH
• novorozenec nedonošený MeSH
• novorozenec MeSH
• pulzní gelová elektroforéza MeSH
• sepse epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• Check Tag
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• novorozenec MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Mexiko MeSH

Článek podává přehled o výskytu infekčních onemocnění přenášených potravinami a vodou, včetně virových střevních onemocnění, v České republice. Jsou prezentována data a údaje o výskytu vybraných onemocnění v roce 2012 a trendy výskytu těchto onemocnění za posledních 5 – 10 let. Zdrojem uvedených dat je EPIDAT – celostátní program hlášení, evidence a analýzy dat o přenosných nemocech v ČR.

A review of food- and waterborne infections including viral intestinal infections in the Czech Republic is presented. A summary is given of 2012 data on selected food- and waterborne infections and the respective incidence trends in the last 5 or 10 years. The presented data are derived from the EPIDAT system – a nationwide reporting system for communicable diseases enabling data entry, validation, storage, and analysis.

• Klíčová slova
• infekční onemocnění přenášená potravinami a vodou, alimentární infekce, trendy nemocnosti, sezónní výskyt,
• MeSH
• břišní tyfus diagnóza   epidemiologie   patologie   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• hepatitida E diagnóza   epidemiologie   patologie   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• hlášení nemocí statistika a číselné údaje   MeSH
• infekce vyvolané Escherichia coli patologie   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• infekční nemoci epidemiologie   MeSH
• kampylobakterové infekce diagnóza   mikrobiologie   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• lidé MeSH
• listeriové infekce patologie   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• nemoci přenášené potravou * epidemiologie   klasifikace   patologie   prevence a kontrola   terapie   MeSH
• nemoci střev diagnóza   epidemiologie   etiologie   patologie   prevence a kontrola   terapie   MeSH
• paratyfus patologie   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• protozoální infekce epidemiologie   patologie   prevence a kontrola   MeSH
• salmonelóza diagnóza   mikrobiologie   patologie   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• Shigella klasifikace   patogenita   růst a vývoj   MeSH
• virová hepatitida u lidí epidemiologie   patologie   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• Yersinia pseudotuberculosis patogenita   růst a vývoj   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH