Nové molekulárně biologické metody umožnily zpřesnění průkazu chromozomálních změn v nádorové tkáni. Tyto změny lze prokázat u většiny maligních nádorů. Rychlý rozvoj celogenomových molekulárně biologických metod napomohl zlepšení poznání genetického pozadí nádorů. V současné době je jejich průkaz součástí diagnostických nebo prognostických schémat používaných u jednotlivých nádorových onemocnění. Jako první bylo v klinické praxi využíváno klasické cytogenetické vyšetření karyotypu, které je využíváno dodnes, i když s nástupem nových molekulárně biologických technik se jeho význam zmenšil. Metodami dnes nejčastěji používanými ke stanovení chromozomálních delecí nebo zmnožení při celogenomovém vyšetření jsou komparativní genomová hybridizace (CGH), array-CGH a SNP array. První dvě jsou založeny na principu porovnání nádorové DNA a normální, kontrolní DNA. Princip SNP array využívá přítomnosti jednonukleových polymorfismů rozložených po celém genomu u každého jedince. SNP array prokazuje nejen delece nebo zmnožení chromozómů, tak jak je tomu u CGH technik, ale je schopna prokázat i ztrátu heterozygozyty nebo unipaternální dizomii. Vyšetření chromozomálních změn se dnes stává rutinním a v některých případech také nezbytným vyšetřením pro stanovené diagnózy a prognózy nádorového onemocnění a správného výběru onkologické terapie.

New molecular biology methods have specified the evidence of chromosomal changes in the tumor tissue. These alterations can be proven to exist in the majority of malignant tumors. The fast progress of whole genome molecular biological methods has helped to improve the knowledge of tumor genetics. The evidence of genetic changes is a component of currently used diagnostic and prognostic schemes in particular cancer diseases. Karyotyping was the first method used in the clinical practice but its importance has decreased with the arrival of new molecular biological methods. The most common methods used for the detection of chromosomal deletions or amplifications are CGH, array-CGH and SNP array. The first two methods are based on the principle of comparison between tumor DNA and control DNA. The principle of SNP array uses the presence of single nucleotide polymorphisms that are located in the whole genome in each individual. SNP array can prove not only deletions or amplifications of the chromosomes but unlike CGH techniques it can also detect a loss of heterozygosity or uniparental disomy. The screening of chromosomal changes has nowadays become routine. These techniques are used for diagnosis, prognosis and treatment of cancer disease in certain cases.

• MeSH
• Chromosome Deletion MeSH
• Child MeSH
• Adult MeSH
• Genome, Human * genetics   MeSH
• Polymorphism, Single Nucleotide * MeSH
• Humans MeSH
• Medulloblastoma genetics   MeSH
• Molecular Biology MeSH
• Neuroblastoma genetics   MeSH
• Oligonucleotide Array Sequence Analysis * methods   utilization   MeSH
• Comparative Genomic Hybridization * methods   utilization   MeSH
• Check Tag
• Child MeSH
• Adult MeSH
• Humans MeSH
• Publication type
• Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
• Review MeSH

Nádory jsou onemocnění charakterizovaná genomovou instabilitou. Změny v počtu kopií DNA jsou jednou z mnoha abnormit, kterými může být ovlivněna exprese a funkce genů. Proto určení nebalancovaných změn, které představují především amplifikace a delece chromosomových oblastí a genů v nich lokalizovaných, dovoluje určit kritické geny a signální dráhy zahrnuté do vzniku a vývoje onemocnění. Určení takových nebalancovaných změn dovoluje molekulárně cytogenetická metoda komparativní genomová hybridizace (CGH). CGH se stala základem nedávno vyvinuté technologie, metody array komparativní genomové hybridizace (array CGH), která dovoluje detailní analýzu chromosomových oblastí, ve kterých došlo ke změně počtu kopií sekvencí DNA. V současnosti můžeme využít řady array CGH technologií, které významným způsobem zvyšují rozlišovací schopnost metody CGH a umožňují definovat v genomu oblasti, které mají vztah ke vzniku nádoru a dovolují rychle odhalit geny ležící v těchto oblastech. Tato práce informuje o principu, významu a využití metody array CGH při určování nebalancovaných změn v nádorovém genomu.

Cancer is a disease characterized by genomic instability. One of the mechanisms that changes gene expression and gene function is DNA copy number changes. These changes mostly include gains and losses of chromosomal regions, which can be detected by molecular cytogenetic method: comparative genomic hybridization (CGH). On the basis of CGH a new method has been recently developed called array comparative genomic hybridization (array CGH). Array CGH improves the resolution of CGH and enables detailed analysis of chromosomal regions, detecting DNA sequence copy number changes. Modern array CGH technologies posses increased sensitivity and are able to define genomic regions related to cancer, and to identify genes lying within these regions. Such genes may be involved in critical signaling pathways and may play role in cancer development and progression. This work informs about the principle, significance and usage of array CGH method in detection of imbalanced aberrations of cancer genome.

• MeSH
• Financing, Organized MeSH
• Genes, Neoplasm genetics   immunology   MeSH
• Hybridization, Genetic MeSH
• Medical Oncology methods   trends   MeSH
• Humans MeSH
• Genomic Instability genetics   MeSH
• Oncogenes genetics   immunology   MeSH
• Oligonucleotide Array Sequence Analysis methods   trends   MeSH
• Comparative Genomic Hybridization MeSH
• Statistics as Topic MeSH
• Genes, Tumor Suppressor MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Publication type
• Review MeSH

Určení chromozómových změn u lidských nádorů vede k hlubšímu poznání příčin vzniku a vývoje nádorů. Častými chromozómovými změnami u nádorů jsou získané ztráty a zmnožení genetického materiálu s postižením chromozómových oblastí obsahujících řadu genů účastnících se buněčné proliferace a diferenciace, ale také onkogeny a nádorové supresory. Určení genových změn je limitováno citlivostí použitých technik. Se zavedením analýzy genomu pomocí čipových technologií (microarray technology) se významným způsobem posunula citlivost určování genetických změn i u nádorů. Metoda arrayCGH (array comparative genomic hybridization) dovoluje určit dávku genů v nádorovém genomu, přičemž v jednom vyšetření je možné analyzovat desítky až tisíce genů najednou. Její citlivost je limitována pouze hustotou genů umístěných na daném čipu. Cílem práce je informovat o principech metody array -CGH a možnostech jejího využití pro studium nebalancovaných změn nádorového genomu se zaměřením na hematologické malignity.

Identification of chromosomal changes and variation in DNA copy number allows us to understand pathogenesis of tumors. To the frequently diagnosed chromosomal changes belong acquired gains and losses of chromosomal regions carring genes involved in cellular proliferation and differentiation as well as oncogenes and tumor suppressor genes. The determination of gene changes is limited by techniques used for their identification. The introduction of genom-wide microarray technology, resolution has rapidly increased. Array comparative genomic hybridization (arrayCGH) offers higher resolution for genome-wide detection of chromosomal alteration and it is able to analyze hundreds to thousands of genes presented on microarray in one experiment. The aim of this study was to perform arrayCGH technology and to stress its value for the identification of chromosomal imbalances in hematological malignancies.

• MeSH
• Molecular Diagnostic Techniques methods   MeSH
• DNA, Neoplasm analysis   MeSH
• Research Support as Topic MeSH
• Genome MeSH
• Hematologic Neoplasms diagnosis   genetics   MeSH
• In Situ Hybridization, Fluorescence methods   MeSH
• Humans MeSH
• Oncogenes MeSH
• Software MeSH
• Genes, Tumor Suppressor MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• Publication type
• Meeting Abstract MeSH

Mnohočetný myelom (MM) je hematologické onemocnění způsobené maligní proliferací klonálních plazmatických buněk (PCs), které se vyznačuje značnou klinickou a biologickou variabilitou. Identifikace chromozomových změn v genomu PCs hraje klíčovou roli v patogenezi MM a má také důležitý prognostický význam u pacientů s MM. Z genetického hlediska lze MM rozdělit na dva subtypy. Hyperdiploidní MM (H-MM), který se vyskytuje u 50 % případů, je charakterizován častou incidencí trizomií chromozomů 3, 5, 7, 9, 11, 15, 19 a 21 a dále nízkým výskytem translokací IgH. Téměř polovina případů je klasifikována jako non-hyperdiploidní MM (NH-MM), u kterého lze často najít jednu z pěti rekurentních translokací IgH: 4p16 (FGFR3 a MMSET), 6p21 (CCND3), 11q13 (CCND1), 16q23 (MAF), 20q12 (MAFB) a který je asociován s nepříznivou prognózou onemocnění. Rozvoj a rozšířené využívání nových technologií, jako je technika celogenomové komparativní genomové hybridizace na oligonukleotidových čipech (aCGH), výrazně posunula výzkum genomových změn u MM, jelikož umožňuje v rámci jedné reakci analýzou chromozomových změn v celém genomu, a tak představuje ideální nástroj pro studium nádorové genetiky a je vhodnou aplikací pro rutinní analýzy v klinické praxi. Technika aCGH významně překonává běžně používané cytogenetické techniky (G-pruhování, FISH), a to jak v možnostech minimálního rozlišení chromozomových změn, tak i v kvalitě a množství získaných genomických dat nezbytných pro další analýzy a klinické aplikace. Technika aCGH je nyní používána k lepšímu pochopení molekulárního fenotypu nádorových buněk, pro studium vlivu chromozomových změn na citlivost na určitá chemoterapeutika a prognózu onemocnění. Tento dokument přináší stručný metodický a literární přehled použití techniky oligonukleotidové aCGH v diagnostice MM.

Multiple myeloma (MM) is a hematological disease caused by malignant proliferation of clonal plasma cells (PCs) known for its clinical and biological heterogeneity. Identification of chromosomal changes in genome of PCs plays a key role in MM pathogenesis and is supposed to have important prognostic significance for MM patients. There are two major genetic entities in MM. Hyperdiploid tumors (H-MM), which include about 50% of MM tumors, often have multiple trisomies involving chromosomes 3, 5, 7, 9, 11, 15, 19, and 21 and a substantially lower prevalence of IgH translocations. Nearly half of tumors are non-hyperdiploid (NH-MM), and mostly have one of five recurrent IgH translocations: 11q13 (CCND1), 6p21 (CCND3), 16q23 (MAF), 20q12 (MAFB), and 4p16 (FGFR3 and MMSET). The development and expanded use of new technologies, such as genome-wide array-based comparative genomic hybridization (aCGH) has accelerated genomic research in MM. This technique is a powerful tool to globally analyze recurrent copy number changes in tumor genome in a single reaction and to study cancer biology and clinical behaviors. It widely overcame routinely used cytogenetic techniques (G-banding, FISH) both in minimal resolution of chromosomal changes and amount of obtained genomic data important for further analyses and clinical applications. Array CGH technique is now used to better understanding of molecular phenotypes, sensitivity to particular chemotherapeutic agents, and prognosis of these diseases. This paper brings brief literature and methodic overview of oligonucleotide-based array-CGH technique in MM diagnosis.

• Keywords
• array-CGH,
• MeSH
• Chromosome Aberrations MeSH
• Cytogenetic Analysis MeSH
• Cytogenetics MeSH
• Financing, Organized MeSH
• Humans MeSH
• Multiple Myeloma diagnosis   genetics   MeSH
• Oligonucleotide Array Sequence Analysis MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• Publication type
• Meeting Abstract MeSH

Zavedení nové "čipové" technologie, array-CGH, pro diagnostiku genových změn u nemocných s akutní leukémií(AL). Použití techniky array-CGH pro vyšetření nemocných s akutní myeloidní a lymfoblastickou leukémií s cytogeneticky normálním karyotypem pro přesné určení amplifikací a delecí 300 vybraných genů umístěných na hybridizačním skle GenoSensor Array 300. Využití výsledků array-CGH pro subklasicikaci akutních leukémií a určení nových genů, zahrnutých do maligní transfornace. Určení prognostického významu nalezených genových změn.; The introduction of new microarray technology ( array-CGH) for determination of human DNA for changes in copy number of specific sequences in patients with acute leukemia. Use of array-CGH technique in patients suffering from acute myeloid and lymphoblastic leukemia with normal karyotype obtained by cytogenetics for precise identification od deletions and amplifications of 300 target clone DNA arrayed in target spots on Ge Application of Array-CGH result for sub classification of acute leukemias and determination of new genes involved in malignant transformation in acute leukemia. Determination of prognostic importance of identified gene changes.

• MeSH
• Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma MeSH
• Leukemia, Myeloid, Acute MeSH
• Gene Amplification MeSH
• Chromosome Aberrations MeSH
• Chromosome Deletion MeSH
• Cytogenetic Analysis methods   utilization   MeSH
• Molecular Diagnostic Techniques methods   MeSH
• DNA, Neoplasm analysis   MeSH
• Hybridization, Genetic MeSH
• In Situ Hybridization, Fluorescence methods   MeSH
• Karyotyping MeSH
• Microarray Analysis methods   utilization   MeSH
• Software MeSH
• Genes, Tumor Suppressor MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NML Fields
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• biologie
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• Publication type
• Meeting Abstract MeSH

• Publication type
• Meeting Abstract MeSH

Submicroscopic structural chromosomal aberrations (microduplications and microdeletions) are believed to be common causes of mental retardation. These so-called copy number variations can now be routinely detected using various platforms for array-based comparative genomic hybridization (array-CGH), which allow genome-wide identification of pathogenic genomic imbalances. In this study, oligonucleotide-based array-CGH was used to investigate a panel of 23 patients with mental retardation and developmental delay, dysmorphic features or congenital anomalies. Array-CGH confirmed or revealed 16 chromosomal aberrations in a total of 12 patients. Analysis of parental samples showed that five aberrations had occurred de novo: del(1)(p36.33p36.23), del(4)(p16.3p16.2) joined with dup(8)(p23.3p23.1), del(6)(q14.1q15), del(11)(q13.1q13.4). Three aberrations appeared to be inherited from an unaffected parent: dup(3)(q29), del(6)(q12), dup(16)(p13.11). Six aberrations appeared to be inherited from a parental carrier: del(1)(p36.33) joined with dup(12)(q24.32), del(21)(q22.2q22.3) joined with dup(11)(q24.2q25), del(X)(q22.3) and del(1)(q21.1). In two cases, parents were not available for testing: del(17)(q11.2q12) and del(2)(q24.3q31.1). Our results show that the use of oligonucleotide-based array- CGH in a clinical diagnostic laboratory increases the detection rate of pathogenic submicroscopic chromosomal aberrations in patients with mental retardation and congenital abnormalities, but it also presents challenges for clinical interpretation of the results (i.e., distinguishing between pathogenic and benign variants). Difficulties with analysis notwithstanding, the array-CGH is shown to be a sensitive, fast and reliable method for genome-wide screening of chromosomal aberrations in patients with mental retardation and congenital abnormalities.

• MeSH
• Chromosome Aberrations MeSH
• Chromosome Deletion MeSH
• Child MeSH
• Gene Dosage MeSH
• Humans MeSH
• Intellectual Disability genetics   MeSH
• Adolescent MeSH
• Comparative Genomic Hybridization MeSH
• Check Tag
• Child MeSH
• Humans MeSH
• Adolescent MeSH
• Male MeSH
• Female MeSH
• Publication type
• Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
• Geographicals
• Czech Republic MeSH