DNA sequencing
Dotaz
Zobrazit nápovědu
1 online zdroj
- MeSH
- mitochondriální DNA * MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- Publikační typ
- periodika MeSH
- Konspekt
- Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
- NLK Obory
- genetika, lékařská genetika
Basics
1st ed. ix, 101 s. : il.
Druhá a třetí generace sekvenování DNA přinášejí nebo mají potenciál zlepšení důležitých parametrů jako je přesnost, rychlost nebo cena. Každá z konkrétních metod je zaměřena na různě dlouhé fragmenty DNA. Metody první generace vycházejí ze Sangerovy metody. Metody druhé generace k sekvenaci využívají stejný přístup jako generace první a to syntézu komplementárního vlákna, ale liší se principem získání signálu (pyrosekvenování), terminací (pyrosekvenování, sekvenace s využitím reversibilních terminátorů, sekvenace ligací), či způsobem syntézy komplementárního vlákna (sekvenace ligací). Třetí generace přináší i metody s jiným přístupem než je syntéza komplementárního vlákna a to sekvenování přímým zobrazením v elektronovém, či tunelovém mikroskopu a sekvenování pomocí přechodu DNA, nebo jednotlivých nukleotidů přes nanopór. Zatímco některé metody třetí generace jsou stále ve vývoji, jiné metody jsou již komerčně dostupné.
Second and third generation of DNA sequencing bring improvement in important parameters such as accuracy, speed and price. Every specific method is focused to the specific length of DNA fragments. The methods of first generation are based on Sanger‘s principle. The methods of second generation are based on the same approach towards sequencing as the first generation i.e. synthesis of complementary strands. Difference between the first and second generations is in the gaining signal (pyrosequencing), termination (pyrosequencing, The Solexa, SOLiD) or in manner of the sequencing complementary strand (SOLiD). The third generation brings methods with different approach, i.e. sequencing through direct display using electron or tunneling microscope and sequencing by DNA strand, or separate nucleotides passing nanopore. Some of the methods of the third generations are still in the development stage, some are already available.
- Klíčová slova
- první generace, druhá generace, třetí generace,
- MeSH
- lidé MeSH
- sekvenční analýza DNA * metody přístrojové vybavení trendy MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
elektronický časopis
- Konspekt
- Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
- NLK Obory
- biologie
- genetika, lékařská genetika
- NLK Publikační typ
- elektronické časopisy
A nanopore-based devices are extremely sensitive analytical techniques, which uses the electrophoretic translocation of molecules in solution through a nano-scale pores. The nanopores, which mimic the functions of natural ion channels, seems to be the promissing tool for future fast and low-cost DNA sequencing. However, some difficulties in generating usable sequence data have to be solved. In this article the nanopores were reviewed. In the first part the development of nanopore technique was described and the ubiquitous presence of nanopores in living cells was highlighted. Next, the most important part of the principles of nanopore analysis was described, and the knowledges about biological and solid-state nanopores were summarized. Also the pros and cons of both kinds of nanopores and different approaches designed to circumvent the issues were mentioned.
- Klíčová slova
- biopóry, solid-state nanopóry,
- MeSH
- hemolyziny MeSH
- nanopóry * MeSH
- sekvenční analýza DNA * metody přístrojové vybavení MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
Circulating tumor DNA (ctDNA) sequencing is being rapidly adopted in precision oncology, but the accuracy, sensitivity and reproducibility of ctDNA assays is poorly understood. Here we report the findings of a multi-site, cross-platform evaluation of the analytical performance of five industry-leading ctDNA assays. We evaluated each stage of the ctDNA sequencing workflow with simulations, synthetic DNA spike-in experiments and proficiency testing on standardized, cell-line-derived reference samples. Above 0.5% variant allele frequency, ctDNA mutations were detected with high sensitivity, precision and reproducibility by all five assays, whereas, below this limit, detection became unreliable and varied widely between assays, especially when input material was limited. Missed mutations (false negatives) were more common than erroneous candidates (false positives), indicating that the reliable sampling of rare ctDNA fragments is the key challenge for ctDNA assays. This comprehensive evaluation of the analytical performance of ctDNA assays serves to inform best practice guidelines and provides a resource for precision oncology.
- MeSH
- cirkulující nádorová DNA genetika MeSH
- individualizovaná medicína * MeSH
- lékařská onkologie * MeSH
- lidé MeSH
- limita detekce MeSH
- nádory genetika MeSH
- reprodukovatelnost výsledků MeSH
- sekvenční analýza DNA normy MeSH
- směrnice pro lékařskou praxi jako téma MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Research Support, N.I.H., Extramural MeSH
- Research Support, N.I.H., Intramural MeSH
- validační studie MeSH
- MeSH
- genomika * MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- Publikační typ
- periodika MeSH
- Konspekt
- Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
- NLK Obory
- genetika, lékařská genetika
Metoda sekvenování nové generace (NGS) se stala velmi populární v biomedicínském výzkumu i v klinické praxi zejména proto, že umožňuje rychlý a detailní vhled do genomu pacienta. V kontextu nádorových onemocnění umožňují metody NGS přesnou detekci jak zárodečných záměn, tak zejména somatických mutací, které mohou pomoci rychle a precizně stanovit diagnózu a přizpůsobit léčbu podle individuálních potřeb pacienta. Vývojem nových výpočetních metod a jejich aplikací za účelem precizního zpracování NGS dat se zabývá vědní obor bioinformatika. Bioinformatická analýza je komplexní proces, jehož správné nastavení je klíčové pro získání relevantních výsledků. Je proto nutné, aby bioinformatik detailně porozuměl biologické podstatě sledovaného jevu, jako je například vznik genových mutací v průběhu onemocnění. Z hlediska bioanalytika i lékaře je naopak užitečné znát jak možnosti a limity NGS technologie, tak i základní bioinformatickou terminologii, na základě které jsou pak schopni s bioinformatiky efektivně komunikovat. V této souhrnné práci se proto autoři snaží obecně popsat bioinformatickou analýzu sekvenačních dat s důrazem na vysvětlení základních pojmů používaných v oblasti analýzy NGS dat.
Next generation sequencing (NGS) has become very popular both in research and clinical practice, in particular because it allows detailed and rapid insight into the patients genome, which can help to diagnose a disease quickly and precisely and thus enable treatment administration based on individual patient needs. The development of novel computing methods and their application for accurate processing of NGS data is the objective of the scientific field of bioinformatics. Bioinformatic analysis is a complex process and its precise set-up is absolutely crucial for obtaining relevant results. Thus, it is necessary for bioinformaticians to understand the biological principles of the given analysis, such as the development of somatic mutations during disease course. From the perspective of a bio-analyst or physician, it is essential to understand the challenges and limits of NGS technology; basic knowledge of bioinformatics and its terminology allows for effective communication with bioinformaticians. In this review, the authors attempt to describe bioinformatic analysis with emphasis on explaining the basic concepts used in the NGS data analysis.
- Klíčová slova
- sekvenování nové generace (NGS),
- MeSH
- lidé MeSH
- sekvenční analýza DNA * metody trendy MeSH
- výpočetní biologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Methods in molecular biology ; vol. 167
2nd ed. x, 244 s.
... extraktu 33 -- 3.1.4 Zahuštění vzorku DNA 36 -- 3.1.5 Měření koncentrace DNA 37 -- 3.1.6 Izolace celkové ... ... buněčné DNA z jiných organizmů než bakterií 38 -- 3.2 Izolace plazmidoVé DNA 39 -- 3.2.1 Separace na ... ... DNA 60 -- 4.1.5 Topoizomerázy 61 -- 4.2 Enzymy specificky štěpící DNA - reštrikční endonukleázy 61 - ... ... - spojování molekul DNA 78 -- 4.3.1 Působení DNA ligázy 78 -- 4.3.2 Kohézni konce zvyšují účinnost ligace ... ... 214 -- 10.2.5 Tvorba dlouhých sekvencí DNA 216 -- 10.2.6 Úspěchy v sekvenování DNA 218 -- Doplňující ...
1. čes. vyd. xviii, 389 s. : il., tab. ; 25 cm
Kniha představuje základní úvodní text jak pro studenty mnoha biologických oborů včetně studentů genetiky a genomiky, molekulární biologie, biochemie, imunologie a aplikované biologie, tak pro profesionální vědce, kteří se chtějí seznámit se základy klonování genů a technologií rekombinantní DNA. Kniha je ve světě známá jako standardní úvod do této zajímavé oblasti vědy. Text předpokládá, že předchozí znalosti čtenáře o dané problematice a její důležitosti jsou relativně malé, proto jsou všechny principy použitých technik a jejich aplikací pečlivě uspořádány společně s 250 dvoubarevnými ilustracemi.
