PCR marker
Dotaz
Zobrazit nápovědu
... General applications of PCR -- 3.1. Asymmetric PCR 34 -- 3.2. ... ... Nested PCR 35 -- 3.4. Multiplex PCR 36 -- 3.5. Differential PCR 36 -- 3.6. Competitive PCR -- 3.7. ... ... Pre-PCR contaminations 63 -- 5.2.2. Post-PCR contaminations 63 -- 5.3. ... ... Reverse transcription/PCR (RT-PCR) -- 9.1. Setting up an RT-PCR -- 9.2. ... ... Inverse PCR -- 184 -- Method 1: Inverse PCR 186 -- 15.2. ...
271 s. : il.
- MeSH
- klinické laboratorní techniky MeSH
- molekulární biologie MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- Publikační typ
- monografie MeSH
- Konspekt
- Biologické vědy
- NLK Obory
- biologie
DNA profilování – včetně určování pohlaví jedince – za pomoci mikrosatelitních markerů je v současnosti běžně užívaná genetická metoda studia člověka. Efektivní technikou produkující genetické údaje je amplifikace několika mikrosatelitních lokusů v jedné PCR reakci. Na tomto místě prezentujeme PCR-multiplex systém pro analýzu čtyř Y-STR polymorfních míst. Jedná se o DYS449, DYS456, DYS458 a DYS464. Tyto lokusy jsme vybrali s ohledem na jejich dokumentovanou vysokou diverzitu v euroamerické populaci (10) a s ohledem na jejich absenci v komerčně dostupných analytických soupravách. Celý PCR-multiplex systém je designován pro fragmentační analýzu metodou kapilárové elektroforézy na semi-automatickém genetickém analyzátoru za použití značení pouze jednou fluorescentní barvou. Hlavními oblastmi využití těchto polymorfismů by měly být forenzní a lidská populační genetika.
DNA profiling – inclusive sex determination – with microsatellite markers is currently a commonly used genetic method of studying humans. An efficient technique of producing the genetic data is amplification of multiple microsatellites in a single PCR reaction. Here we introduce a novel PCRmultiplex system for analysis of four polymorphic Y-STRs. Specifically, these are DYS449, DYS456, DYS458, and DYS464. These loci were chosen because of their reported high diversity in Euroamerican population (10), as well as their absence in the commercial analytical kits at the time of beginning of this study. Our objective was to design this PCR-multiplex for use of fragmentation analysis by electrophoresing samples on a capillary semi-automated genetic analyzer applying only one fluorescent dye. The PCR system we propose, may be notably used in fields such as forensic and human population genetics.
Cíl studie: Rychlá detekce nejčastějších aneuploidií pomocí metody multiplex QF PCR na nekultivovaných vzorcích choriové tkáně. Shrnutí výsledků aplikace multiplex QF PCR v managmentu péče o těhotné ženy v prvním trimestru gravidity. Typ studie: Původní práce. Název a sídlo pracoviště: Ústav lékařské genetiky a fetální medicíny FN a LF UP, Olomouc. Metodika: Vzorky choriové tkáně byly získány od 101 gravidních žen. Nekultivované vzorky byly zpracovány metodou multiplex QF PCR. Analyzovány byly STR lokusy chromozomů 13, 18, 21 a X, Y. Tyto markery byly amplifikovány ve 2 oddělených multiplex PCR reakcích za stejných podmínek a podrobeny fragmentační analýze v kapilární elektroforéze. Výsledky: Všech 101 analyzovaných vzorků choriové tkáně bylo úspěšně amplifikováno. V tomto souboru bylo metodou multiplex QF PCR celkem detekováno 16 patologií u plodů. Ve dvou případech se jednalo o triploidii, v sedmi případech byla zachycena trizomie chromozomu 21 – Downův syndrom, v šesti případech pak trizomie chromozomu 18 – Edwardsův syndrom a jednou byla odhalena monozomie gonozomu X – Turnerův syndrom. Závěr: Metoda multiplex QF PCR je nedílnou součástí screeningu prvního trimestru a poskytuje rychle dostupný a spolehlivý výsledek u vyšetřovaných pacientek.
Objective: Rapid detection of most frequent aneuploidies by the multiplex QF PCR method in non-cultured samples of chorial tissue. Summarized results of QF PCR method applied in the management of care of pregnant women in the first trimester of pregnancy. Type of study: An original contribution. Setting: Institute of Medical Genetics and Fetal Medicine, Faculty Hospital and Medical Faculty, Palacky University Olomouc. Methods: The samples of chorial tissue were obtained from 101 pregnant women. Non-cultured samples were processed by the multiplex QF PCR method. STR loci of chromosomes 13, 18, 21 and X and Y were analyzed. These markers were amplified in two separate multiplex PCR reactions under the same conditions and subjected to fragmentation analysis in capillary electrophoresis. Results: All 101 analyzed samples of chorial tissue were successfully amplified. In this group, 16 pathologies of the fetuses were detected by the multiplex QF PCR method. Triploidy was detected in two cases, trisomy of chromosome 21 – Down syndrome was found in seven cases, and trisomy of chromosome 18 – Edwards syndrome was found in six cases and monosomy of gonosome X – the Turner’ s syndrome was revealed once. Conclusions: The multiplex QF PCR method is an indispensable part of the screening of the first trimester and provides a rapidly available and reliable result in the examined patients.
- MeSH
- aneuploidie MeSH
- cytogenetické vyšetření metody trendy využití MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- genetické testování etika metody MeSH
- lidé MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody využití MeSH
- prenatální diagnóza metody trendy využití MeSH
- první trimestr těhotenství genetika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- srovnávací studie MeSH
Folikulámí lymfomy (FL) jsou diagnostikovány na základě histologického obrazu a imunohistochemického profilu (CD20+, CD79álfa+, CD10+, BCL-2+, CD5-). U většiny nemocných s FL je prítomna translokace t(14;18)(q32;q21). Gen BCL2 (18q21) se dostává pod kontrolu regulačních oblastí genu IGH (14q32) a tím dochází ke zvýšené expresi proteinu BCL-2. Průkaz translokace lze využít pro následné monitorování nemocných (infiltrace kostní dřeně a perífemí krve nádorovými bunkami). Cílem studie bylo zavést na pracoviště metodu kvantitativní PCR (RQ-PCR, „realtime quantification") pro stanovení množství buněk nesoucích translokaci t(14;18) u nemocných s FL. Pro vyhledání translokace jsme použili metodu fluorescenční in situ hybrídizace na interfázických jádrech (I-FISH) v histologických řezech. Pomocí kvalitativní PCR jsme vybrali FL se zlomem genu BCL2 v hlavní zlomové oblasti (mbr). U nemocných s tímto znakem jsme pomocí RQ-PCR stanovovali relativní množství nádorových buněk nesoucích t(14;18). Množství buněk s touto translokaci v lymfatických uzlinách bylo podstatně vyšší než v kostní dřeni či v perífemí krvi. Metoda RQ-PCR, na rozdíl od kvalitativní PCR, umožňuje nejen konstatovat přítomnost nádorových buněk v periferní krvi a v kostní dřeni, ale jejím zásadním prínosem je určení množství nádorových buněk nesoucích t(14;18). Metoda RQ-PCR umožní sledovat aktivitu onemocnění (přechod do remise nebo vznik relapsu) a zjistit nástup dřeňového relapsu ještě před morfologicky prokazatelnou infiltrací kostní dřeně nebo perífemí krve.
Diagnosis of follicular lymphoma (FL) is based on histology and immunohistochemical profile (CD20+, CD79alfa+, CD10+, BCL-2+, CD5-). A chromosomal marker - translocation t(14;18)(q32;q21) supporting the tumor diagnosis and useful for monitoring bone marrow or peripheral blood infiltration by the tumor cells is also used. The BCL2 gene (18q21) is controlled by an enhancer of the IGH gene (14q32) resulting in BCL-2 protein overexpression. The translocation is present in the majority of patients with FL. The aim of the study was to introduce the quantitative PCR (RQ-PCR, real-time quantification) method for the assessment of the quantity of cells bearing the translocation t(14;18) in patients with FL. The fluorescence in situ hybrídization on interphasic nuclei (I-FISH) in histologic sections was used for screening of patients with the t(14;18). A search for the break of the BCL2 gene at the major breakpoint region (mbr) was performed by means of qualitative PCR. We determined the relative number of the tumor cells bearíng t(14;18) translocation (mbr) in patients with FL by the RQ-PCR. The relative quantity of these cells was significantly higher in the lymph nodes than in the bone marrow or peripheral blood. The RQ-PCR is a tool of choice to monitor the activity of the disease in individual patients, and to detect an early disease relapse before its manifestation at the level diagnosed by morphology.
Cieľom autorov štúdie bolo zistit úlohu genetického polymorfizmu génu GSTMl ako rizikového faktora pri vzniku nádorových ochorení pľúc. Tento gén kóduje jeden z, najdôležitejších enzýmov metabolizmu karcinogénov glutatión-S-transferázu (GST). Jednotlivé genotypy pre gén GSTMl sa stanovili metódou polymerázovej reťazovej reakcie (PCR). V skupine pacientov s pľúcnymi nádormi zistili autori mierne (nesignifikantne) zvýšené percentuálne zastúpenie nositeľov GSTMl nulového genotypu v porovnaní s kontrolnou skupinou. Pri hodnotení vplyvu fajčenia však autori zistili u fajčiarov v skupine pacientov s pľúcnymi nádormi signifikantne (p = 0,02) zvýšené percentuálne zastúpenie GSTMl 0/0 genotypu v porovnaní s kontrolnou skupinou. U GSTMl-negatívnych fajčiarov sa zistilo 2,14-krát vyššie riziko (C. 1. = 1,14-4,23) vzniku pľúcnych nádorov v porovnaní s fajčiarmi, ktorí majú genetickú výbavu pre gén GSTMl. Zistené výsledky demonštrujú, že osoby s nulovým genotypom GSTMl (jedinci so zvýšenou susceptibilitou) exponované dymu z cigariet (pravidelní fajčiari) majú signifikantne vyššie riziko vzniku pľúcnych nádorov.
This study focuses on the polymorphism of one of the most important carcinogens - metabolizing enzyme glutathione transferase μ, encicoded by GSTMl gene. The aim of the study was to verify a possible correlation between GSTMl deficiency and lung cancer incidence. The frequencies of GSTMl genotypes were determined in lung cancer patients and compared to frequencies determined in a comunity-based control group. Frequencieies of the GSTMl gene deletion (genotype GSTMl 0/0) and GSTMl active alleles were determined using a polymerase chain reaction (PCR) technique. The frequencies of GSTM1 zero persons were in lung cancer group higher in comparison with the control group frequency, but these increases did not reach statistical significance. Absence of the GSTMl gene significantly increased risk of lung cancer to persons with exposure to the carcinogens in tobacco smoke (odds ratio - OR = 2.14; 95 % C. I. = 1,1-4,2; p = 0,02). Our results indicate that GSTMl genetic polymorphism could play an important role as host factor risk for development of lung cancer in smokers.
- MeSH
- dospělí MeSH
- genotyp MeSH
- glutathiontransferasa MeSH
- kouření MeSH
- lidé MeSH
- nádory plic genetika MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- polymorfismus genetický MeSH
- rizikové faktory MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- srovnávací studie MeSH
Východisko. Z vysoce citlivých molekulárně biologických metodik využívaných při monitorování léčby hemato-onkologických pacientů mohou být proto pro klinická využití přínosnější a jsou žádanější metodiky kvantifikující umožňující predikci i odhad odpovědi na léčbu. Mnohdy, spíše než absolutní kvantifikace, může být informativní i relativní výsledek metodik využívajících stanovení konečného množství amplifikačních produktů, např. komparativní polymerázové řetězové reakce (PCR). Metody a výsledky. Naše provedení komparativní PCR využívá optimalizované duplexní koamplifikace specifické sekvence, kterou je bud' klonální restrukturace genu pro těžký imunoglobulinový řetězec CDR3 nebo sekvence úseku interchromozomální translokace t(14;18) - bc12/Jh a vnitřního standardu, úseku genu Hras 1 (ras). Tyto koamplifikace jsou prováděny s dlouhodobě uchovávanými vzorky DNA z kostních dření a periferní krve paralelně v jediném běhu PCR a poté jsou gelovou denzitometrií kvantifikovány poměry produktů této duplexní reakce v její exponenciální fázi. Metodika byla využita v průběhu několika měsíců až několika let při monitorování nemocných nehodgkinským maligním lymfomem (NHL) léčených konvenční terapií, vysokodávkovou terapií s následnou transplantací kmenovými buňkami nebo terapií monoklonální protilátkou anti CD20 (Rituximab). Při 50 kvantitativních molekulárních analýzách, které byly doplněny klinickými údaji až dodatečně, byl zjištěn souhlas s konstatováními klinickými ve všech případech klesajícího nebo stoupajícího množství markerů, u některých pacientů, u nichž bylo dosaženo PCR negativity, došlo později opět k PCR pozitivitě. Výsledky zjištěné v kostní dřeni se shodovaly s výsledky z periferní krve. Výsledky dosažené pomocí komparativní PCR se shodovaly s výsledky zjištěnými užitím PCR v reálném čase. Závěry. Komparativní PCR je využitelná při monitorování účinnosti léčby. Možnost prediktivních závěrů na základě těchto výsledků závisí na frekvenci odběrů vzorků a na stupni citlivosti detekce, který by měl být nezbytně stanoven u negativních případů.
Background. PCR techniques detecting interchromosomal translocation and clonal immunoglobulin gene rearrangement (IgH) as disease markers in non-Hodgkin's lymphomas (NHL) has been utilised past ten years. However, qualitative PCR detection of persisted minimal residual disease cannot provide clinically useful prognostic information and presently, quantitative approaches are required to predict patient outcome and assess response to the treatment. In some cases, „end-point" quantifying techniques, such as comparative PCR, are applicable and the relative estimation of differences in target quantity may serve in disease monitoring rather than absolute number of target copies. Methods and Results. Our method of comparative PCR employs co-amplification of sequences of interest (clonal CDR3, bc12/Jh) and the segment of Hras 1 gene(ras) as an internal standard. Serial dilutions of stored diagnostic DNAs from blond and bone marrow are examined in the same PCR and, after gel densitometry, the amount of initial target is assessed by comparing exponential products of co-amplification. The comparative PCR assay was utilized in monitoring of NHL patients cured either with conventional therapy, or with high-dose regimens and transplantation with stem cells, or with chimaeric anti-CD20 monoclonal antibody (Rituximab). Results from 50 monitored intervale obtained during several months up to several years were supplemented with clinical statements retrospectively. Some of patients became PCR-negative, reappearance of PCR-pozitivity was observed as well. The decrease or increase of disease marker corresponded to clinical observations. Results obtained from bone marrow were in agreement with those obtained from blond. Conclusions. End-point quantifying PCR comparative assay may provide an information on the increased risk of relapse and impact of the therapy. The predictive value of these methods depends on the frequency of sample taking and on the sensitivity of the method, which should be monitored in negative cases.
Východiská: Podstatou moderných postupov liečby onkologických pacientov je v dnešnej dobe zacielenie konkrétnych molekúl zapojených do bunkovej signalizácie asociovanej s nádorovou iniciáciou a progresiou. Úspech uvedeného prístupu závisí od správne zvoleného diagnostického testu s vysokou citlivosťou, ktorý identifikuje výskyt a hladinu vybraných biomarkerov u pacientov pre selekciu tých, ktorí budú na liečivo reagovať a budú z neho benefitovať. Vývoj nových technológií a modernizácia tých známych, prispievajú k inováciám molekulárnej charakterizácie karcinómov, ktorá umožňuje detekciu mutačného stavu pacienta s vysokou citlivosťou a špecifickosťou. Cieľ: V práci diskutujeme o využití polymerázovej reťazovej reakcie (PCR) tretej generácie, tzv. droplet digitálnej PCR (ddPCR), v molekulárnej diagnostike karcinómov. Podľa štúdií uvedených v našom prehľade predstavuje ddPCR sľubný nástroj pri vytváraní genetického profilu pacientov s onkologickým ochorením. Optimalizácia a presná validácia môžu preto umožniť postupnú implementáciu ddPCR do klinickej praxe v oblasti onkológie.
Background: Nowadays, modern treatment methods for cancer patients are based on targeting specific molecules involved in cellular signaling system associated with tumor initiation and progression. The success of such approach depends on a correctly chosen diagnostic test with high sensitivity that identifies the occurrence and level of biomarkers in patients to select those who will respond and benefit from the treatment. The development of new technologies and the upgrades of the known ones contribute to the innovations in molecular characterization of cancer, which allows the detection of patient’s mutational status with high sensitivity and specificity. Purpose: Here, we discuss the utilization of the third-generation type of polymerase chain reaction (PCR), droplet digital PCR (ddPCR), in the molecular diagnostics of oncology diseases. According to the studies reported in our review, ddPCR represents a promising tool in genetic profiling of cancer patients. Therefore, the optimization and precise validation may enable gradual implementation of ddPCR into clinical practice in the field of oncology.
