We isolated and amplified by PCR 16S rDNA from bacteria attached to the bovine rumen wall and analyzed it by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) with subsequent sequence analysis. The attached bacterial community differed from the bacteria of rumen content; however, no differences were observed among the five epithelial sampling sites taken from each animal. The DGGE profile of the bacterial population attached to the rumen wall represented a high inter-animal variation.

• MeSH
• bachor mikrobiologie   MeSH
• Bacteria genetika   klasifikace   MeSH
• biodiverzita MeSH
• denaturace nukleových kyselin MeSH
• DNA bakterií genetika   MeSH
• elektroforéza v polyakrylamidovém gelu MeSH
• financování organizované MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• ribozomální DNA genetika   MeSH
• RNA ribozomální 16S genetika   MeSH
• skot MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• mužské pohlaví MeSH
• skot MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• zvířata MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

A feeding study was performed to monitor the effect of chitosan intake on the fecal microbiota of ten healthy human subjects. Diversity of microflora was monitored during 8 weeks including 4 weeks of chitosan supplementations. Using denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) analysis of 16S rRNA gene amplicons and quantitative PCR method we revealed possible changes originating in the overall bacterial composition and also in the subpopulation of Bifidobacterium group. DGGE profiles displayed high complexity and individuality for each subject. Considerable variations in the composition of band patterns were observed among different persons. A raised level of fecal Bacteroides in response to chitosan intake was found in all samples. Bifidobacterium levels following chitosan intake increased or remain unchanged. Non-significant increase was, surprisingly, found in the numbers of butyrate-producing bacteria.

• MeSH
• Bacteroides genetika   izolace a purifikace   MeSH
• Bifidobacterium genetika   izolace a purifikace   MeSH
• biodiverzita MeSH
• chitosan metabolismus   MeSH
• denaturace nukleových kyselin MeSH
• DNA bakterií genetika   MeSH
• dospělí MeSH
• elektroforéza v polyakrylamidovém gelu MeSH
• experimenty na lidech MeSH
• feces mikrobiologie   MeSH
• financování organizované MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• ribozomální DNA genetika   MeSH
• RNA ribozomální 16S genetika   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH

Catheterization of patient is common during many interventions. This is one of reasons, why over 40% of nosocomial infections are infections of urinary tract, esp. of catheterized patients. Poly-microbial wound infection are known to be only partially cultivable, part of microbes can be proved only by molecular techniques. The microbial diversity of biofilm communities of urethral stents and catheters was not satisfactory examined. Suitable method for poly-microbial diagnostic is Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE). In most studies the PCR-DGGE proved also non-cultivable bacteria and even bacteria unknown with those infections. The aim of this project is to study of species composition of biofilm communities by cultivation and molecular methods and assessment of the differences in poly-microbial communities in relation to therapy failure, length of insertion of catheter, its type and other factors including predominating microbial species.

Katétrizace patří k běžným postupům při řadě zákroků, s čímž souvisí fakt že přes 40 % nozokomiálních infekcí jsou právě inf. močového traktu, zejména inf. katétrizovaných pacientů. U polymikrobiálních infekcí ran je známo, že kultivačně lze zachytit pouze část mikrobů a část lze prokázat pouze metodami molekulárními. Mikrobiální diverzita biofilmových společenstev močových stentů a katétrů nebyla dosud uspokojivě prozkoumána. Vhodnou metodou molekulární analýzy se zdá denaturační gradientová gelová elektroforéza (DGGE). Většinou, když byla PCR-DGGE použita, byly zachyceny i bakterie nekultivovatelné, navíc byly prokázány bakterie u daných infekcí dosud neznámé. Cílem projektu je studium druhového složení biofilmových společenstev kultivačně a molekulárními technikami a zhodnocení rozdílů v polymikrobiálních společenstvech ve vztahu k selhání terapie, délce zavedení katétru, jeho druhu a dalším faktorům včetně predominujících mikrobiálních druhů.

• MeSH
• antibiotická profylaxe MeSH
• biofilmy MeSH
• denaturační gradientová gelová elektroforéza MeSH
• katétrové infekce MeSH
• močové katétry mikrobiologie   MeSH
• stenty mikrobiologie   MeSH

• Konspekt
• Mikrobiologie
• NLK Obory
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• infekční lékařství
• urologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• elektroforéza v agarovém gelu metody   využití   MeSH
• mutace genetika   MeSH
• Publikační typ
• kongresy MeSH

The aim of study is mutation analysis of ATM and p53 genes in breast cancer patients from risk families. The recurrent mutation in BRCA1 gene, 5382insC, will be detected in patients not selected for a family history of cancer. Methods used in this studyinvolte: DNA and RNA izolation, PCR and RT-PCR amplification, PTT and DGGE analyses, direct suquencing, LOH analysis.

Cílem je mutační analýza genů ATM a p53 u pacientek s karcinomem prsu z rizikových rodin; v neselektovaných rodinách budou studována mutace genu BRCA1 5382insC specifická pro naši populaci. Používané techniky zahrnují: extrakci genetického materiálu, amplifikací genových fragmentů pomocí PCR a RT-PCR, prescreening PCR produktů pomocí PTT nebo DGGE, charakterizaci mutací sekvenováním, analýzy LOH.

• MeSH
• genetická anticipace MeSH
• genetická predispozice k nemoci genetika   MeSH
• geny p53 MeSH
• nádory prsu genetika   prevence a kontrola   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• protein BRCA1 MeSH
• protein BRCA2 MeSH
• teleangiektazie MeSH
• ztráta heterozygozity MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• onkologie
• gynekologie a porodnictví
• histologie
• biologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Genetic causes of FAP, AFAP and multiple adenomas in the selected set of families with no demonstrable germline APC mutation. Analysis of invisible germline APC mutations and of germline MYH mutations. Mutation analysis using real-time quantitative PCR,analysis of single nucleotide polymorphisms, PCR amplification, screening methods (HA, DGGE, SSCP), sequencing. Genotype-phenotype correlation, presymptomatic DNA diagnosis, frequence and type of germline mutations, MYH gene and colorectal polyposis.

Objasnění genetických příčin FAP, AFAP a mnohočetných adenomů ve vybraném souboru rodin bez prokázané mutace v genu APC. Analýza skrytých zárodečných mutací v genu APC a zárodečných mutací v genu MYH. Využití metod kvantitativní PCR v reálném čase (RQ-PCR), analýza jednonukleotidových polymorfismů, PCR amplifikace, screeningové metody (HA, DGGE, SSCP), sekvenační analýza aberantního fragmentu. Korelace genotyp - fenotyp, presymptomatická DNA diagnostika, frekvence a mutační spektrum v ČR, vztah genu MYHa kolorektální polypózy.

• MeSH
• adenomové polypy genetika   MeSH
• diferenciální diagnóza MeSH
• familiární adenomatózní polypóza genetika   MeSH
• fenotyp MeSH
• genotyp MeSH
• mutační analýza DNA MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   využití   MeSH
• zárodečné mutace MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• biologie
• genetika, lékařská genetika
• gastroenterologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Complex samples are a challenge for sequencing-based broad-range diagnostics. We analysed 19 urinary catheter, ureteral Double-J catheter, and urine samples using 3 methodological approaches. Out of the total 84 operational taxonomic units, 37, 61, and 88% were identified by culture, PCR-DGGE-SS (PCR denaturing gradient gel electrophoresis followed by Sanger sequencing), and PCR-DGGE-RM (PCR- DGGE combined with software chromatogram separation by RipSeq Mixed tool), respectively. The latter approach was shown to be an efficient tool to complement culture in complex sample assessment.

• MeSH
• Bacteria klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• denaturační gradientová gelová elektroforéza metody   MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• diagnostické techniky urologické MeSH
• DNA bakterií MeSH
• lidé MeSH
• moč chemie   mikrobiologie   MeSH
• močové katétry mikrobiologie   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• software * MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Denaturant gradient gel electrophoresis (DGGE) enables insight into the diversity of the studied microbial communities on the basis of separation of PCR amplification products according to their nucleotide sequence composition. However, the success of the method is accompanied by the inherent appearance of various sequence artifacts that bias the impression of community structure by generating additional bands representing no virtual microbes. PCR-DGGE artifacts require optimization of the method when aiming at the phylogenetic identification of the selected DGGE bands. The aim of our study was to develop a procedure which will increase the reliability of the identification. Samples of rumen fluid were used for the optimization since they contain a complex microbial community that supports the generation of artifactual bands. An optimized procedure following band excision and elution of microbial DNA is proposed including nuclease treatment, selection of DNA polymerase with proofreading activity, and cloning prior to sequencing and identification analysis.

• MeSH
• bachor mikrobiologie   MeSH
• Bacteria klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• denaturační gradientová gelová elektroforéza metody   MeSH
• DNA bakterií genetika   MeSH
• fylogeneze MeSH
• techniky typizace bakterií metody   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• hodnotící studie MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

The qualitative and quantitative changes in the bacterial community composition in two mesophilic, commercially used biogas plants were monitored by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and real-time PCR. The main objective was to evaluate the influence of the co-substrate maize silage on total bacteria and some selected bacterial groups by comparing full-scale reactors fed solely with pig manure or additionally with maize silage. DGGE fingerprints reflected shifts in the bacterial community structure associated with maize silage as co-substrate and the real-time PCR results showed clear changes in the quantitative composition of the bacterial consortia of each fermenter. A clear dominance of Clostridia in all surveyed fermenters and considerably lower abundance of Bacteroidetes in the biogas plant fed with maize silage was shown.

• MeSH
• Bacteria klasifikace   genetika   izolace a purifikace   metabolismus   MeSH
• biodiverzita MeSH
• biopaliva analýza   mikrobiologie   MeSH
• bioreaktory mikrobiologie   MeSH
• fylogeneze MeSH
• hnůj analýza   mikrobiologie   MeSH
• kukuřice setá chemie   mikrobiologie   MeSH
• kultivační média analýza   metabolismus   MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• siláž analýza   mikrobiologie   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• srovnávací studie MeSH