The 3D image segmentation is the process of partitioning a digital 3D volumes into multiple segments. This paper presents a fully automatic method for high resolution 3D volumetric segmentation of medical image data using modern supervised deep learning approach. We introduce 3D Dense-U-Net neural network architecture implementing densely connected layers. It has been optimized for graphic process unit accelerated high resolution image processing on currently available hardware (Nvidia GTX 1080ti). The method has been evaluated on MRI brain 3D volumetric dataset and CT thoracic scan dataset for spine segmentation. In contrast with many previous methods, our approach is capable of precise segmentation of the input image data in the original resolution, without any pre-processing of the input image. It can process image data in 3D and has achieved accuracy of 99.72% on MRI brain dataset, which outperformed results achieved by human expert. On lumbar and thoracic vertebrae CT dataset it has achieved the accuracy of 99.80%. The architecture proposed in this paper can also be easily applied to any task already using U-Net network as a segmentation algorithm to enhance its results. Complete source code was released online under open-source license.

• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Living cell segmentation from bright-field light microscopy images is challenging due to the image complexity and temporal changes in the living cells. Recently developed deep learning (DL)-based methods became popular in medical and microscopy image segmentation tasks due to their success and promising outcomes. The main objective of this paper is to develop a deep learning, U-Net-based method to segment the living cells of the HeLa line in bright-field transmitted light microscopy. To find the most suitable architecture for our datasets, a residual attention U-Net was proposed and compared with an attention and a simple U-Net architecture. The attention mechanism highlights the remarkable features and suppresses activations in the irrelevant image regions. The residual mechanism overcomes with vanishing gradient problem. The Mean-IoU score for our datasets reaches 0.9505, 0.9524, and 0.9530 for the simple, attention, and residual attention U-Net, respectively. The most accurate semantic segmentation results was achieved in the Mean-IoU and Dice metrics by applying the residual and attention mechanisms together. The watershed method applied to this best - Residual Attention - semantic segmentation result gave the segmentation with the specific information for each cell.

• MeSH
• benchmarking MeSH
• mikroskopie * MeSH
• neuronové sítě MeSH
• počítačové zpracování obrazu * metody   MeSH
• sémantika MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• časná diagnóza MeSH
• cílená molekulární terapie MeSH
• mezioborová komunikace MeSH
• neuroendokrinní nádory diagnóza   terapie   MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH
• souborné dílo MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• neurologie
• endokrinologie
• NLK Publikační typ
• semináře

BACKGROUND: Systemic autoinflammatory disorders (SAIDs) represent a growing spectrum of diseases characterized by dysregulation of the innate immune system. The most common pediatric autoinflammatory fever syndrome, Periodic Fever, Aphthous Stomatitis, Pharyngitis, Adenitis (PFAPA), has well defined clinical diagnostic criteria, but there is a subset of patients who do not meet these criteria and are classified as undefined autoinflammatory diseases (uAID). This project, endorsed by PRES, supported by the EMERGE fellowship program, aimed to analyze the evolution of symptoms in recurrent fevers without molecular diagnosis in the context of undifferentiated AIDs, focusing on PFAPA and syndrome of undifferentiated recurrent fever (SURF), using data from European AID registries. METHODS: Data of patients with PFAPA, SURF and uSAID were collected from 3 registries including detailed epidemiological, demographic and clinical data, results of the genetic testing and additional laboratory investigations with retrospective application of the modified Marshall and PRINTO/Eurofever classification criteria on the cohort of PFAPA patients and preliminary SURF criteria on uSAID/SURF patients. RESULTS: Clinical presentation of PFAPA is variable and some patients did not fit the conventional PFAPA criteria and exhibit different symptoms. Some patients did not meet the criteria for either PFAPA or SURF, highlighting the heterogeneity within these groups. The study also explored potential overlaps between PFAPA and SURF/uAID, revealing that some patients exhibited symptoms characteristic of both conditions, emphasizing the need for more precise classification criteria. CONCLUSIONS: Patients with recurrent fevers without molecular diagnoses represent a clinically heterogeneous group. Improved classification criteria are needed for both PFAPA and SURF/uAID to accurately identify and manage these patients, ultimately improving clinical outcomes.

• MeSH
• aftózní stomatitida * diagnóza   epidemiologie   MeSH
• dědičné zánětlivé autoimunitní nemoci * diagnóza   MeSH
• dítě MeSH
• faryngitida * diagnóza   MeSH
• horečka etiologie   diagnóza   MeSH
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• lymfadenitida * diagnóza   epidemiologie   MeSH
• mladiství MeSH
• předškolní dítě MeSH
• recidiva MeSH
• registrace * MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• předškolní dítě MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Evropa MeSH

OBJECTIVE: Establishing the incidence and types of complications following surgical intervention for ARM, primarily after reconstruction. Patient- and treatment-related risk factors were also determined. BACKGROUND: Postoperative complications of ARM surgery vary widely, with data predominantly derived from single-center retrospective studies with limited number of patients. Whether factors such as ARM type, associated congenital anomalies, prior enterostomy, or type of reconstructive surgery affect complication incidence remains unclear. METHODS: This multicenter cohort study was performed using the ARM-Net registry with prospectively collected data. Enterostomy-related and post-reconstructive complications in patients who underwent reconstructive surgery before the age of five years were recorded. Patients with more than 25 % missing data, unknown sex, ARM type, or reconstruction date, or without (information on) reconstruction or complications, were excluded. Multivariable analyses identified independent risk factors for the development of complications. RESULTS: A total of 2,043 patients were eligible for analysis. Complications after enterostomy formation and closure occurred in 25 % and 12 % of patients, respectively. Post-reconstructive complications occurred in 25 % of patients, with wound complications comprising half of the complications. In a multivariable analysis, recto-bladder neck fistula, any associated anomaly, and the LAARP procedure were identified as independent risk factors for post-reconstructive complications. In contrast, anoplasty and mini-PSARP reduce the risk of complications. CONCLUSIONS: Post-reconstructive complications in ARM patients are common, and certain patient- and treatment-related characteristics affect postoperative outcomes. These results aid counselling and clinical decision-making, and may guide the operative planning of ARM types that are amenable to several different surgical approaches.

• MeSH
• anální kanál * chirurgie   abnormality   MeSH
• anorektální malformace * chirurgie   MeSH
• enterostomie škodlivé účinky   MeSH
• incidence MeSH
• kohortové studie MeSH
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• novorozenec MeSH
• pooperační komplikace * epidemiologie   etiologie   MeSH
• předškolní dítě MeSH
• registrace MeSH
• rektum * chirurgie   abnormality   MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• rizikové faktory MeSH
• zákroky plastické chirurgie * metody   škodlivé účinky   MeSH
• Check Tag
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• novorozenec MeSH
• předškolní dítě MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• multicentrická studie MeSH

Kniha je určena programátorům, kteří programují v nějakém jiném programovém prostředku a rádi by přešli na programování ve Visual Studiu .NET především pomocí VB.NET. Na modelovém příkladu vytváření aplikace "Fakturace" vás seznámí s postupy nezbytně nutnými k vytváření profesionálních aplikací. Je orientována na práci s databází a nevšímá si těch částí Visual Studia, které z tohoto hlediska považuje za zbytečné. Datový model obsahuje pouze nezbytný počet entit k tomu, aby byl maximálně vypovídající a současně nebyl složitý. Stranou nezůstávají ani základní informace, jakými jsou například správné instalační postupy potřebných prostředí - Visual Studio .NET, .NET Framework a MS SQL 2005. I když se jedná především o učebnici programování, budete po jejím zvládnutí vědět nejen jakou referenční příručku v případě potřeby použít, ale i jak a kde hledat další informace.; Kniha je určena programátorům, kteří programují v nějakém jiném programovém prostředku a rádi by přešli na programování ve Visual Studiu .NET především pomocí VB.NET. Na modelovém příkladu vytváření aplikace „Fakturace“ vás seznámí s postupy nezbytně nutnými k vytváření profesionálních aplikací. Je orientována na práci s databází a nevšímá si těch částí Visual Studia, které z tohoto hlediska považuje za zbytečné. Datový model obsahuje pouze nezbytný počet entit k tomu, aby byl maximálně vypovídající a současně nebyl složitý. Stranou nezůstávají ani základní informace, jakými jsou například správné instalační postupy potřebných prostředí - Visual Studio .NET, .NET Framework a MS SQL 2005. I když se jedná především o učebnici programování, budete po jejím zvládnutí vědět nejen jakou referenční příručku v případě potřeby použít, ale i jak a kde hledat další informace.

• Klíčová slova
• Lanreotid,
• MeSH
• cyklické peptidy MeSH
• karcinoid diagnóza   komplikace   terapie   MeSH
• kolektomie MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• metastázy nádorů MeSH
• neuroendokrinní nádory * diagnóza   patologie   terapie   MeSH
• protinádorové látky aplikace a dávkování   terapeutické užití   MeSH
• somatostatin analogy a deriváty   MeSH
• střevní nádory chirurgie   diagnóza   patologie   MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

• MeSH
• extracelulární pasti * fyziologie   imunologie   mikrobiologie   parazitologie   virologie   MeSH
• imunitní systém - jevy fyziologie   MeSH
• lidé MeSH
• neutrofily fyziologie   metabolismus   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Databáze O*NET je otevřeným zdrojem informací o řadě profesí včetně klinické logopedie. Umožňuje systematický pohled na různé aspekty schopností, dovedností, znalostí a dalších dílčích požadavků na tuto profesi. Článek podává přehled profesiogramu pro klinickou logopedii a diskutuje o podobnostech a rozdílech vzhledem k české klinické logopedii.

The O*NET database is open source of information for a lot of professions including speech therapy. It allows systematic overview of different aspects of abilities, skills and other relevant requirements for this profession. The paper presents a summary of US job requirements for speech therapy and discuss similarities and differences with Czech speech therapy.

• MeSH
• klinická logopedie * normy   MeSH
• klinické kompetence MeSH
• lidé MeSH
• popis práce * MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH