• MeSH
• Genetic Testing * methods   MeSH
• Humans MeSH
• Polymorphism, Genetic genetics   MeSH
• Sequence Analysis methods   MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing methods   trends   MeSH
• Rare Diseases genetics   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

Vrozené srdeční vady (CHD) představují nejčastější srdeční onemocnění dětského věku s incidencí necelé 1 % živě narozených dětí. Ačkoliv se úroveň echokardiografické diagnostiky stále zlepšuje, část CHD zůstává nediagnostikovaná a mohou být příčinou časného abortu nebo se manifestovat v pozdějším věku. Některá těhotenství s prokázanou závažnou CHD jsou naopak doporučeny k umělému přerušení. S malformovaným srdcem se tak v rámci pitevního provozu může setkat každý patolog. I přes kvalitu současné echokardiografie je makroskopické posouzení srdce patologem stále považováno za nejpřesnější metodou hodnocení strukturální srdeční vady. Znalost základní patologické anatomie srdce tak i dnes zůstává důležitým předpokladem adekvátně provedené pediatrické pitvy.

Congenital heart defects (CHD) represent the most frequent type of the heart disease in childhood, with incidence up to 1 % of all live-born children. Despite the improving echocardiographic diagnostics, part of CHD remains undiagnosed and can manifest in the later age or may be the cause of the early abortion. On the other hand, some foetuses with prenatally diagnosed severe CHD may be recommended to interruption. Therefore, each pathologist can encounter a malformed heart at the autopsy. Despite the current quality of the echocardiography, the macroscopic assessment of the heart by the pathologist is still considered the best method for evaluation of the structural heart disease. Knowledge of the basic pathologic anatomy thus remains an important prerequisite for adequately performed paediatric autopsy.

• Keywords
• sekvenční segmentální analýza,
• MeSH
• Child MeSH
• Humans MeSH
• Autopsy methods   MeSH
• Sequence Analysis methods   MeSH
• Heart Defects, Congenital * diagnosis   pathology   MeSH
• Check Tag
• Child MeSH
• Humans MeSH
• Publication type
• Review MeSH

• Keywords
• mutační nálož, nádorový genom,
• MeSH
• Exome MeSH
• Genome genetics   drug effects   MeSH
• Precision Medicine * methods   MeSH
• Humans MeSH
• Mutation genetics   MeSH
• Neoplasms genetics   MeSH
• Sequence Analysis classification   methods   MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing * classification   methods   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Publication type
• Review MeSH

• MeSH
• Genetic Testing * methods   MeSH
• Genes MeSH
• Humans MeSH
• Neuromuscular Diseases * diagnosis   genetics   classification   MeSH
• Sequence Analysis, DNA methods   MeSH
• Sequence Analysis methods   MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing classification   methods   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• MeSH
• Nematoda * parasitology   MeSH
• Humans MeSH
• Necator parasitology   MeSH
• Primates MeSH
• Sequence Analysis methods   MeSH
• Gastrointestinal Microbiome MeSH
• Rural Population MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Geographicals
• Africa MeSH

Východiska: Kaspázy 8 a 9 (kódované geny CASP8 a CASP9) jsou hlavními iniciačními kaspázami programované buněčné smrti (apoptózy), jejíž deregulace může vést ke vzniku a progresi nádorového onemocnění i k lékové rezistenci pacientek. Cílem práce bylo ověřit, zda existuje vztah mezi výskytem polymorfizmů v CASP8 a CASP9 spojovaných s rizikem vzniku karcinomu prsu, hladinami transkriptu těchto genů (vč. hladin alternativních proti-apoptických variant) v nádorových tkáních karcinomu prsu a klinickým profilem pacientek. Materiál a metody: Polymorfizmy byly stanoveny metodami Sangerova sekvenování, pomocí high resolution melting analýzy (HRM) a alelické diskriminace ve vzorcích DNA nádorových tkání a krevních lymfocytů získaných od 60 pacientek. Hladiny celkového transkriptu CASP8, CASP9 a alternativních variant CASP8L a CASP9B byly stanoveny ve vzorcích nádorové tkáně pomocí kvantitativní PCR (polymerase chain reaction) v reálném čase. Klinicky zajímavé vztahy byly následně ověřeny na souboru vzorků DNA získaných z periferní krve od 615 pacientek. Výsledky: Výskyt haplotypu rs4645978-rs2020903-rs4646034 v CASP9 významně asocioval s hladinou celkového transkriptu CASP9 v nádorech, expresí progesteronového receptoru, expresí ERBB2 a TNBC subtypem karcinomu prsu. Významné vztahy polymorfizmu rs3834129 v CASP8 se stadiem onemocnění, polymorfizmu rs6435074 s expresí estrogenního receptoru, ERBB2 expresí a s gradem nádorů, a polymorfizmu rs6723097 s expresí ERBB2 nebyly validační studií potvrzeny. Nicméně nosičky alely A v polymorfizmu rs6723097 v CASP8 léčené hormonální terapií vykazovaly delší bezpříznakové přežívání než nosičky genotypu CC. Závěr: Současná studie odhalila dosud neznámý a potenciálně (in silico) funkční vztah haplotypu CASP9, složeného ze tří polymorfizmů typu SNP, k molekulárnímu i klinickému fenotypu karcinomu prsu. Tento vztah naznačuje, za předpokladu, že bude ověřen nezávislými studiemi, možné využití v prognostice onemocnění.

Background: Caspase-8 and caspase-9 (encoded by CASP8 and CASP9) are executive caspases of programmed cell death (apoptosis). Dysregulation of apoptosis plays an important role in cancer development, progression, and resistance to anticancer therapy. The goal of this work was to evaluate potential associations between polymorphisms in CASP8 and CASP9, previously linked to breast cancer risk, and the transcript levels of these genes (including their alternative anti-apoptotic variants) in tumor tissues and the clinical characteristics of the patients. Material and Methods: Sanger sequencing, high resolution melting (HRM) analysis, and allelic discrimination were used to identify polymorphisms in DNA samples isolated from tumor tissues and peripheral blood lymphocytes of 60 breast carcinoma patients. Total transcript levels of CASP8 and CASP9, and levels of alternative splicing variants CASP8L and CASP9B, were quantified by real-time PCR in tumor tissues. Clinically interesting associations were validated in DNA from lymphocytes of 615 breast carcinoma patients. Results: A haplotype in CASP9 composed of three polymorphisms rs4645978-rs2020903-rs4646034 was significantly associated with CASP9 expression in tumors, with the expression of the progesterone receptor and ERBB2, and with the TNBC subtype of breast carcinoma in the validation study. The associations between the rs3834129 polymorphism in CASP8 and stage of disease, rs6435074 with grade, expression of estrogen receptor and ERBB2, and rs6723097 with ERBB2 expression have not yet been validated. However, rs6723097 was associated with disease-free survival in patients treated with hormonal therapy. Conclusion: This study reveals a previously unknown and presumably functional (in silico) association between a haplotype in CASP9 and molecular and clinical phenotypes of breast carcinoma. The potential clinical utility of this association for prognostication of breast carcinoma should be evaluated by independent studies.

• MeSH
• Haplotypes MeSH
• Caspases * MeSH
• Middle Aged MeSH
• Humans MeSH
• Breast Neoplasms * genetics   MeSH
• Polymorphism, Genetic * MeSH
• Sequence Analysis methods   MeSH
• Aged MeSH
• Validation Studies as Topic MeSH
• Check Tag
• Middle Aged MeSH
• Humans MeSH
• Aged MeSH
• Female MeSH
• Publication type
• Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH

LINE1 (L1) is an autonomous, non-LTR retrotransposon and the L1 family of retrotransposons constitute around 17%, 20% and 23% in the human, mouse and rat genomes respectively. Under normal physiological conditions, the retroelements remain by and large transcriptionally silent but are activated in response to biotic and abiotic stress conditions and during perturbation in cellular metabolism. They have also been shown to be transiently activated under certain developmental programs. Using RT-PCR, we show that the L1 elements are transcriptionally active in the hippocampus region of the brain of four-month-old rat under normal conditions without any apparent stress. Twenty non-redundant LINE1-specific reverse transcriptase (RTase) sequences form ORF2 region were isolated, cloned and sequenced. Full length L1 element sequences complementary to the isolated sequences were retrieved from the L1 database. In silico analysis was used to determine the presence of these retroelements proximal (up to 10 kb) to the genes transcriptionally active in the hippocampus. Many important genes were found to be in close proximity of the transcriptionally active L1 elements. Transcriptional activation of the elements possibly affects the expression of the neighbouring genes.

• MeSH
• Transcriptional Activation * MeSH
• Long Interspersed Nucleotide Elements physiology   MeSH
• Hippocampus physiology   MeSH
• Rats MeSH
• RNA-Directed DNA Polymerase physiology   MeSH
• Sequence Analysis methods   MeSH
• Animals MeSH
• Check Tag
• Rats MeSH
• Animals MeSH
• Publication type
• Journal Article MeSH
• Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH

• Keywords
• sekvenování nové generace (NGS), Next Generation Sequencing (NGS),
• MeSH
• Neoplastic Syndromes, Hereditary * diagnosis   genetics   MeSH
• Genetic Predisposition to Disease MeSH
• Genetic Testing * ethics   methods   MeSH
• Genes, Neoplasm MeSH
• Humans MeSH
• Incidental Findings MeSH
• Patient Preference MeSH
• Sequence Analysis * ethics   methods   trends   utilization   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

Cíl práce: Hlavním cílem bylo zavedení metody pro diagnostiku variant viru HCV (virus hepatitidy C) spojených s rezistencí proteázy NS3 především na simeprevir (Q80K u genotypu la), s následným použitím v rutinní diagnostice. Materiál a metody: Na našem pracovišti molekulární biologie Fakultní nemocnice Hradec Králové jsme zavedli v roce 2015 detekci variant spojených s rezistencí (RAV) v genu pro proteázu NS3 metodou sekvenační analýzy. Návrh primerů byl proveden pomocí softwaru Custom Primers - OligoPerfect TM Designér. Metoda byla optimalizována pro genotyp I a viru hepatitidy C. Vyhledávání variant bylo provedeno pomocí dvou programů. Výsledky: Vyšetřili jsme doposud 16 pacientů s chronickou virovou hepatitidou C s genotypem la. U 5 z nich byla varianta Q80K prokázána. Závěr: Rezistence viru na protivirovou léčbu chronické hepatitidy C nabyla na významu zavedením přímo působících antivirotik DAA (directly acting antivirals). Vzhledem k poměrně vysokému výskytu varianty Q80K u genotypu I a HCV je nutné přítomnost či nepřítomnost varianty zjistit ještě před zahájením protivirové léčby. Zavedená metoda umožňuje jednoznačný a včasný záchyt varianty Q80K.

Objectives: The aim was to introduce a diagnostic method for detecting variants of hepatitis C virus (HCV) with protease NS3 resistance primarily to simeprevir (Q80K mutation in HCV genotype la) and its subsequent use in routine practice. Material and methods: The detection of HCV resistance-associated variants in the NS3 protease gene by sequence analysis was introduced in the molecular biology laboratory of University Hospital Hradec Kralove in 2015. The primers were designed by sequence analysis software Custom Primers - OligoPerfect TM Designer. The method was optimized for HCV genotype la. The search for variants was performed using two programs. Results: A total of 16 patients with genotype la chronic hepatitis C have been examined since 2015. In five of them, the Q80K variant was detected. Conclusion: The development of resistance to antiviral therapy for chronic hepatitis C gained importance after the introduction of direct-acting antivirals. Given the relatively high prevalence of the Q80K mutation in HCV genotype la, it is crucial to confirm its presence or absence before the therapy is initiated. The reported method enables clear and early detection of the Q80K mutation.

• MeSH
• Hepatitis C, Chronic * diagnosis   drug therapy   virology   MeSH
• Genotype MeSH
• Hepacivirus * genetics   drug effects   MeSH
• Hepatitis C * diagnosis   drug therapy   virology   MeSH
• Humans MeSH
• Mutation drug effects   MeSH
• Sequence Analysis * methods   MeSH
• Drug Resistance, Viral * genetics   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Publication type
• Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH

Cíl práce: Studium antigenů zařazených do nově registrované čtyřkomponentní vakcíny proti meningokoku B (MenB vakcína), vyrobené metodou reverzní vakcinologie a posouzení vhodnosti použití této vakcíny v České republice. Materiál a metodiky: Na českých izolátech Neisseria meningitidis byly studovány čtyři antigeny: fHbp (factor H binding protein), NHBA (Neisseria Heparin Binding Antigen), NadA (Neisserial adhesin A), a protein zevní membrány buněčné PorA P1.4. Celkem bylo studováno 304 izolátů N. meningitidis z období 2007-2013: 262 izolátů z invazivního meningokokového onemocnění (203 N. meningitidis B, 59 N. meningitidis non-B) a 42 izolátů od zdravých nosičů. Výsledky: Přítomnost genu peptidového antigenu fHbp byla zjištěna u všech sledovaných izolátů získaných z invazivního meningokokového onemocnění i u izolátů od zdravých nosičů. Byly zjištěny rozdíly v zastoupení variant fHbp mezi izoláty z invazivního meningokokového onemocnění a izoláty od zdravých nosičů. U izolátů z invazivního meningokokového onemocnění (B i non-B) převažovala varianta fHbp1, zatímco u izolátů od zdravých nosičů převažovala varianta fHbp2. Přítomnost genu nhba peptidového antigenu NHBA byla zjištěna u všech sledovaných izolátů z invazivního meningokokového onemocnění i u izolátů od zdravých nosičů. U izolátů séroskupiny B z invazivního meningokokového onemocnění bylo zastoupení jednotlivých variant NHBA peptidu odlišné oproti izolátům z invazivního meningokokového ­onemocnění non-B. Rovněž u izolátů od zdravých nosičů bylo zastoupení jednotlivých variant NHBA peptidu odlišné oproti izolátům z invazivního meningokokového onemocnění. Přítomnost genu ­nadA ­peptidového antigenu NadA byla zjištěna pouze u 26,6 % sledovaných izolátů získaných z invazivního meningokokového onemocnění B a u 40,7 % invazivního meningokokového onemocnění non-B. U izolátů od zdravých nosičů byla přítomnost genu nadA zjištěna pouze u 4,8 %. Protein PorA P1.4 obsažený v nové MenB vakcíně byl zjištěn pouze u dvou izolátů N. meningitidis B z invazivního meningokokového onemocnění z celkem 262 izolátů B i non-B, u nosičských izolátů nebyl zjištěn vůbec. Izoláty z invazivního meningokokového onemocnění (B i non-B) jsou v první řadě pokryté kombinací antigenů NHBA + fHbp1, na druhém místě je samotný antigen NHBA a na třetím místě kombinace antigenů NHBA + fHbp1 + NadA-1+2/3. Izoláty od zdravých nosičů vykazují odlišné pokrytí: na prvním místě je samotný antigen NHBA a na druhém místě kombinace antigenů NHBA + fHbp1. Závěry: Antigeny zařazené do čtyřkomponentní MenB vakcíny byly sekvenací zjištěny u vysokého procenta českých izolátů N. meningitidis z invazivního meningokokového onemocnění i od zdravých nosičů. Tato čtyřkomponentní MenB vakcína registrovaná v Evropě v lednu 2013 je vhodná pro použití v České republice.

Objective: Study of the antigens included in the newly registered four-component vaccine against meningococcus B (MenB vaccine) produced by the reverse vaccinology method and assessment of the potential of the vaccine for use in the Czech Republic. Material and Methods: Czech isolates of Neisseria meningitidis were screened for four antigens: fHbp (factor H binding protein), NHBA (Neisseria heparin binding antigen), NadA (neisserial adhesin A), and PorA P1.4 outer membrane protein. A total of 304 N. meningitidis isolates from 2007-2013 were included in the study: 262 isolates from invasive meningococcal disease (IMD) (203 serogroup B isolates and 59 non-B isolates) and 42 isolates from healthy carriers. Results: The gene encoding the fHbp peptide was detected in all study isolates from both IMD cases and healthy carriers. The two types of isolates differed in the distribution of fHbp variants. The fHbp1 variant prevailed in the IMD isolates (both B and non-B) while the fHbp2 variant was expressed more often in the carrier isolates. The presence of the nhba gene encoding the NHBA peptide was revealed in all study isolates from both IMD cases and healthy carriers. The serogroup B isolates from IMD cases differed from the non-B isolates from IMD cases and from the carrier isolates in the distribution of NHBA variants. The presence of the nadA gene encoding the NadA peptide was only found in 26.6% of serogroup B isolates from IMD cases in comparison to 40.7% of non-B isolates from IMD cases. As few as 4.8% of isolates from healthy carriers harboured the nadA gene. The PorA P1.4 protein included in the new MenB vaccine was only detected in two serogroup B isolates from IMD cases (of the total of 262 serogroup B and non-B isolates from IMD cases) and in none of the isolates from healthy carriers. Isolates from both B and non-B IMD cases were positive most often for the combination of the antigens NHBA + fHbp1, followed by the NHBA antigen alone and then by the combination NHBA + fHbp1 + NadA-1+2/3. Isolates from healthy carriers showed a different antigen distribution pattern: the NHBA antigen alone was the most widespread, followed by the combination NHBA + fHbp1. Conclusions: The antigens included in the four-component MenB vaccine were revealed by sequencing in a large proportion of the Czech isolates of N. menin­gitidis from both IMD cases and healthy carriers. This four-component vaccine registered in Europe since January 2013 has proven suitable for use in the Czech Republic.

• MeSH
• Antigens, Bacterial * genetics   immunology   MeSH
• Adhesins, Bacterial genetics   immunology   MeSH
• Genes, Bacterial MeSH
• Bacterial Proteins genetics   immunology   MeSH
• Humans MeSH
• Meningococcal Infections immunology   prevention & control   MeSH
• Meningococcal Vaccines * administration & dosage   genetics   immunology   MeSH
• Neisseria meningitidis, Serogroup B * genetics   immunology   drug effects   MeSH
• Porins genetics   immunology   MeSH
• Drug Approval MeSH
• Sequence Analysis * methods   statistics & numerical data   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Publication type
• Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
• Geographicals
• Czech Republic MeSH