• MeSH
• klasifikace MeSH
• statistika jako téma metody   MeSH
• výpočetní biologie MeSH

• Konspekt
• Biologické vědy
• NLK Obory
• přírodní vědy
• statistika, zdravotnická statistika
• NLK Publikační typ
• elektronické časopisy

Základem diagnostiky endometriálního karcinomu je histopatologická morfologie. Bokhman v roce 1983 položil základ klasickému dělení endometriálního karcinomu na dvě poměrně široké skupiny nádorů rozdílných v patogenezi. Tato klasifikace splňuje didaktický účel, poskytuje snadnou orientaci pro epidemiologická data, avšak není vhodná ke stratifikaci pacientek. Toto dělení v sobě nese široký překryv klinických, patologických i molekulárních vlastností tumorů. The Cancer Genome Atlas (TCGA) projekt řadí endometriální tumory do čtyř skupin na základě molekulárně genetických vlastností. Integrace histopatologického nálezu spolu s molekulární klasifikací se jeví jako nejlepší přístup pro hodnocení každého jednotlivého nádoru.

The basis for the diagnosis of endometrial carcinoma is histopathological morphology. Since 1983 we used Bokhman classic division of endometrial cancer on two relatively wide groups of tumors different in pathogenesis. This classification meets the didactic purpose, provides easy orientation for epidemiological data, but is not suitable for patient stratification. This division is carried out wide overlap of clinical, pathological and molecular tumor features. The Cancer Genome Atlas (TCGA) project classifies endometrial tumors into four groups based on molecular genetic features. Integration of the histopathological findings along with molecular classification appears to be the best approach for evaluating each individual tumor.

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• difúzní velkobuněčný B-lymfom * diagnóza   genetika   klasifikace   MeSH
• lidé MeSH
• stanovení celkové genové exprese metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

• MeSH
• molekulární biologie metody   trendy   MeSH
• nádory terapie   MeSH
• staging nádorů metody   MeSH
• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• biologie

In this study, the relationships of the cestode order Bothriocephalidea, parasites of marine and freshwater bony fish, were assessed using multi-gene molecular phylogenetic analyses. The dataset included 59 species, covering approximately 70% of currently recognised genera, a sample of bothriocephalidean biodiversity gathered through an intense 15year effort. The order as currently circumscribed, while monophyletic, includes three non-monophyletic and one monophyletic families. Bothriocephalidae is monophyletic and forms the most derived lineage of the order, comprised of a single freshwater and several marine clades. Biogeographic patterns within the freshwater clade are indicative of past radiations having occurred in Africa and North America. The earliest diverging lineages of the order comprise a paraphyletic Triaenophoridae. The Echinophallidae, consisting nearly exclusively of parasites of pelagic fish, was also resolved as paraphyletic with respect to the Bothriocephalidae. Philobythoides sp., the only representative included from the Philobythiidae, a unique family of parasites of bathypelagic fish, was sister to the genus Eubothrium, the latter constituting one of the lineages of the paraphyletic Triaenophoridae. Due to the weak statistical support for most of the basal nodes of the Triaenophoridae and Echinophallidae, as well as the lack of obvious morphological synapomorphies shared by taxa belonging to the statistically well-supported lineages, the current family-level classification, although mostly non-monophyletic, is provisionally retained, with the exception of the family Philobythiidae, which is recognised as a synonym of the Triaenophoridae. In addition, Schyzocotyle is resurrected to accommodate the invasive Asian fish tapeworm, Schyzocotyle acheilognathi (Yamaguti, 1934) n. comb. (syn. Bothriocephalus acheilognathi Yamaguti, 1934), which is of veterinary importance, and Schyzocotyle nayarensis (Malhotra, 1983) n. comb. (syn. Ptychobothrium nayarensis Malhotra, 1983). The genus is morphologically characterised by a wide, heart-shaped scolex with narrow, deep bothria.

• MeSH
• Cestoda anatomie a histologie   klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• cestodózy parazitologie   veterinární   MeSH
• fylogeografie * MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• nemoci ryb parazitologie   MeSH
• ryby MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Cíl: Hlavním cílem článku je přehledně informovat odbornou veřejnost o podobě nově implementované molekulární klasifikace endometriálního karcinomu do praxe. Metodika: Souhrn aktuálních poznatků, doporučení a nových postupů týkajících se molekulárně genetického vyšetřování tkání pacientek s endometriálním karcinomem. Výsledky: Endometriální karcinom je v současnosti diagnostikován na základě histopatologické morfologie. Dle klasického Bokhmanova dělení rozeznáváme dvě poměrně široké skupiny nádorů rozdílných v patogenezi. Typ I – estrogen-dependentní nádory, klinicky zpravidla indolentní, a typ II – non-endometrioidní nádory, klinicky agresivní, bez závislosti na stimulaci estrogeny. Tato klasifikace splňuje didaktický účel, poskytuje snadnou orientaci pro epidemiologická data, avšak není vhodná ke stratifikaci vzhledem k prolínání klinických, patologických i molekulárních vlastností. Projekt Genomový atlas nádorů řadí endometriální tumory do čtyř skupin na základě molekulárně genetických vlastností. Závěr: Integrace histopatologického nálezu spolu s molekulární klasifikací se jeví jako nejlepší přístup pro hodnocení každého jednotlivého nádoru. Dosáhneme tím ideální stratifikace pacientek pro léčebná schémata.

Objective: The main objective of the article is to clearly inform healthcare professionals about the newly implemented molecular classification of endometrial cancer into practice. Methods: Summary of current knowledge, recommendations and new procedures relating to molecular genetic examination of the tissues of patients with endometrial carcinoma. Results: Endometrial cancer is currently diagnosed on the base of histopathological morphology. According to the classical Bokhman division, we distinguish between two relatively wide groups of tumors which are different in pathogenesis: type I – estrogen-dependent tumors, clinically usually indolent, and type II – non-endometroid tumors, clinically aggressive, without dependence on estrogen stimulation. This classification fulfills a didactic purpose and provides easy orientation for epidemiological data, but is not suitable for stratification due to the overlap of clinical, pathological and molecular features. The Cancer Genome Atlas project classifies endometrial tumors into 4 groups based on molecular genetic features. Conclusion: Integration of the histopathological findings along with molecular classification appears to be the best approach for evaluating each individual tumor. This will help to achieve the ideal stratification of patients for treatment regimens.

• Klíčová slova
• molekulární klasifikace, projekt Genomový atlas nádorů, POLE mutace,
• MeSH
• endometroidní karcinom * genetika   klasifikace   MeSH
• lidé MeSH
• mutace genetika   MeSH
• nádory endometria genetika   klasifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

• MeSH
• molekulární zobrazování MeSH
• neurodegenerativní nemoci MeSH
• nukleární lékařství MeSH
• Publikační typ
• sborníky MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• radiologie, nukleární medicína a zobrazovací metody
• neurologie

Východiska: Meduloblastom (MB) je nejčastější maligní nádor centrálního nervového systému u dětí. V ČR ročně onemocní tímto nádorem přibližně 10–12 dětí. MB jsou považovány za vysoce rizikové nádory se sklonem k metastazování. Současné pokroky v molekulární diagnostice pomáhají ve zpřesnění diagnózy a předpovědi klinického průběhu onemocnění. V současné době jsou MB rozdělovány do podskupin, a to na základě molekulárních drah řídících jejich vznik, na WNT aktivované, SHH aktivované, skupinu 3 a 4. Jednotlivé podskupiny se liší svou histologií, klinickým průběhem, genomickými změnami a profily genové exprese. Cílem naší studie je klasifikace pacientů s MB do čtyř základních molekulárních skupin a porovnání získaných výsledků s literaturou. Materiál a metody: U pacientů s MB je v rámci naší studie prováděno profilování genových expresí pomocí Affymetrix GeneChip Human Gene 1.0. ST Array (Thermo Fisher Scientific, MA, USA). Vstupním materiálem je celková RNA izolovaná ze zamražené nádorové tkáně. Samotná klasifikace je založena na metodě vyvinuté P. Northcottem v roce 2011. Výsledky: Od dubna 2015 do února 2019 bylo do naší studie zařazeno celkem 21 pacientů s MB. Medián věku pacienta v době diagnózy byl 6 let, zařazeno bylo 14 chlapců a 7 dívek. U pacientů bylo provedeno profilování genové exprese a následná molekulární klasifikace MB. Zjistili jsme, že nejčastěji zastoupená skupina MB byla skupina 4 (9 pacientů, 43 %), následovala skupina 3 (5 pacientů, 24 %), SHH aktivovaný MB (4 pacienti, 19 %) a nejméně zastoupenou skupinou byl WNT aktivovaný MB (3 pacienti, 14 %). Výsledky stanovení podskupiny MB byly úspěšně korelovány s histopatologickým nálezem a dalšími molekulárně genetickými vyšetřeními. Závěr: Molekulární klasifikace pacientů s MB, která byla zavedena na našem pracovišti, umožňuje lépe porozumět tomuto heterogennímu charakteru onemocnění a pomáhá v terapeutickém plánování.

Background: Medulloblastoma (MB) is the most common malignant tumour of the central nervous system in children. MB is considered to be high risk tumour propensity to metastasize. In the Czech Republic, approximately 10-12 children are affected annually by this tumour. Recent progress in molecular diagnostics helps to refine the diagnosis and estimate clinical prognosis of the disease. Currently, MBs are subclassified into WNT-activated, SHH-activated, group 3, and 4 based on molecular pathways that drive their tumorigenesis. Each subtype differs in its histopathology, clinical features, genomic changes and gene expressions. The aim of our study is to classify patient‘s MBs into four basic molecular groups and compare our results with published data. Material and methods: In our study we analysed expression profiles using Affymetrix GeneChip Human Gene 1.0. ST Array (Thermo Fisher Scientific, MA, USA). As input material RNA extracted from the fresh frozen tissue was used. Molecular classification based on the method established by P. Northcott in 2011 was performed. Results: From April 2015 to February 2019, 21 patients with MBs were included in our study. Median age of the patients at the time of diagnosis was 6 years, 14 boys and 7 girls were enrolled. Gene expression profiling and molecular classification of MBs was performed. Based on this methodology, we found the most frequently represented subgroup of MB was group 4 (9 patients, 43%), followed by group 3 (5 patients, 24%), SHH-activated MB (4 patients, 19%) and the least represented subgroup was WNT-activated MB (3 patients, 14%). Results of molecular subgroup classification of MBs were successfully correlated with histopathological findings and other molecular-genetic examinations. Conclusion: Molecular classification of MBs has been established in our institution allowing better understanding of this heterogeneous disease and helping clinicians in therapeutic planning in affected patients.

• MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• exprese genu MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• meduloblastom diagnóza   genetika   MeSH
• mladiství MeSH
• předškolní dítě MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• předškolní dítě MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• fylogeneze MeSH
• geny hub genetika   MeSH
• molekulární evoluce MeSH
• rekombinace genetická MeSH
• Saccharomyces fyziologie   klasifikace   MeSH
• transfekce MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Cíl: Molekulární klasifikace endometriálních karcinomů (EK) dělí tyto tumory do čtyř distinktních skupin definovaných genetickým pozadím. Vzhledem k prokázanému klinickému významu se genetické vyšetření EK stává nedílnou součástí dia gnostického postupu. Doporučený dia gnostický algoritmus zahrnuje molekulárně genetický průkaz mutace genu POLE, přičemž všechny další potřebné parametry se vyšetřují pouze imunohistochemicky. Cílem této studie je sdílet naše zkušenosti s molekulární klasifikací EK, která je na našem pracovišti prováděna pomocí imunohistochemie a následně sekvenování nové generace (NGS). Metodika: Do studie byly zařazeny všechny EK dia gnostikované na Šiklově ústavu patologie ve FN Plzeň a v Bioptické laboratoři, s. r. o., od roku 2020 do současnosti. Všechny EK byly prospektivně vyšetřeny nejprve imunohistochemicky (MMR proteiny, p53) a následně molekulárně geneticky pomocí NGS za použití „customizovaného Gyncore panelu“ (zahrnujícího geny POLE, POLD1, MSH2, MSH6, MLH1, PMS2, TP53, PTEN, ARID1A, PIK3CA, PIK3R1, CTNNB1, KRAS, NRAS, BRCA1, BRCA2, BCOR, ERBB2), na jehož základě byly rozčleněny do čtyř molekulárně distinktních skupin [POLE mutované EK (typ 1), hypermutované (MMR deficientní, typ 2), EK bez specifického molekulárního profilu (NSMP, typ 3) a TP53 mutované („copy number high“, typ 4) ]. Výsledky: Soubor zahrnuje celkem 270 molekulárně klasifikovaných EK. Osmnáct případů (6,6 %) bylo klasifikováno jako POLE mutované, 85 případů (31,5 %) jako hypermutované (MMR deficientní), 137 případů (50,7 %) jako EK bez specifického molekulárního profilu, 30 případů (11,1 %) jako TP53 mutované. Dvanáct případů (4,4 %) bylo zařazeno jako „multiple classifier“. Skupina NSMP se často vyznačovala mnohočetnými genetickými alteracemi, přičemž nejčastější byla mutace genu PTEN (44 % v rámci NSMP), následovaly PIK3CA (30 %), ARID1A (21 %) a KRAS (9 %). Závěr: Molekulární klasifikace EK pomocí metody NGS umožňuje v porovnání s doporučeným dia gnostickým algoritmem spolehlivější klasifikaci EK do jednotlivých molekulárních skupin. Kromě toho dovoluje NGS vyšetření odkrýt komplexní genetické pozadí jednotlivých EK, což má význam zvláště v rámci skupiny „bez specifického molekulárního profilu“, kde jsou tato data podkladem pro výzkum léčebných schémat s příslibem cílené terapie tohoto typu nádorů.

Objective: Molecular classification of endometrial carcinomas (EC) divides these neoplasms into four distinct subgroups defined by a molecular background. Given its proven clinical significance, genetic examination is becoming an integral component of the diagnostic procedure. Recommended diagnostic algorithms comprise molecular genetic testing of the POLE gene, whereas the remaining parameters are examined solely by immunohistochemistry. The aim of this study is to share our experiences with the molecular classification of EC, which has been conducted using immunohistochemistry and next-generation sequencing (NGS) at our department. Methods: This study includes all cases of EC diagnosed at Šikl's Department of Pathology and Biopticka Laboratory Ltd. from 2020 to the present. All ECs were prospectively examined by immunohistochemistry (MMR, p53), fol lowed by NGS examination using a customized Gyncore panel (including genes POLE, POLD1, MSH2, MSH6, MLH1, PMS2, TP53, PTEN, ARID1A, PIK3CA, PIK3R1, CTNNB1, KRAS, NRAS, BRCA1, BRCA2, BCOR, ERBB2), based on which the ECs were classified into four molecularly distinct groups [POLE mutated EC (type 1), hypermutated (MMR deficient, type 2), EC with no specific molecular profile (type 3), and TP53 mutated (“copy number high”, type 4)]. Results: The cohort comprised a total of 270 molecularly classified ECs. Eighteen cases (6.6%) were classified as POLE mutated EC, 85 cases (31.5%) as hypermutated EC (MMR deficient), 137 cases (50.7%) as EC of no specific molecular profile, and 30 cases (11.1%) as TP53 mutated EC. Twelve cases (4.4%) were classified as “multiple classifier” endometrial carcinoma. ECs of no specific molecular profile showed multiple genetic alterations, with the most common mutations being PTEN (44% within the group of NSMP), fol lowed by PIK3CA (30%), ARID1A (21%), and KRAS (9%). Conclusion: In comparison with recommended diagnostic algorithms, NGS provides a more reliable classification of EC into particular molecular subgroups. Furthermore, NGS reveals the complex molecular genetic background in individual ECs, which is especially significant within ECs with no specific molecular profile. These data can serve as a springboard for the research of therapeutic programs committed to targeted therapy in this type of tumor.

• MeSH
• imunohistochemie klasifikace   metody   MeSH
• klasifikace metody   MeSH
• lidé MeSH
• molekulární patologie metody   MeSH
• mutace genetika   MeSH
• nádory endometria * diagnóza   genetika   klasifikace   patologie   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování * klasifikace   metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• klinická studie MeSH
• práce podpořená grantem MeSH