primery
Dotaz
Zobrazit nápovědu
118 s. : il., tab. ; 22 cm
- MeSH
- buněčná diferenciace MeSH
- DNA primery MeSH
- Drosophila MeSH
- exprese genu MeSH
- nervový systém MeSH
- Publikační typ
- vysokoškolské kvalifikační práce MeSH
- Konspekt
- Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
- NLK Obory
- biologie
Cíl: Ověření významu průkazu DNA Borrelia burgdorferi sensu lato u nervových forem lymeské boreliózy. Soubor a metodika: Bylo vyšetřeno 71 hospitalizovaných pacientů s prokázanou neuroboreliózou. Polymerázová řetězová reakce (PCR) byla vyšetřována paralelně v plazmě, moči a mozkomíšním moku před léčbou a po léčbě a dále po třech a šesti měsících v plazmě a moči. DNA byla izolována pomocí QIAamp DNA Mini Kitu. PCR probíhala jako dvoustupňová amplifikace (nested PCR). Každý biologický materiál byl testován paralelně pomocí pěti amplifikačních systémů: dva primery byly specifické pro plazmidové geny kódující OspA a OspC protein a tři pro chromozomální geny kódující 16S rDNA, flagelin a p66 protein. Výsledky: Z celkového počtu 71 pacientů byla alespoň v jedné tělní tekutině prokázána DNA před léčbou u 51 (71,8 %). Po léčbě byla DNA detekována u 25 pacientů (35,2 %). Po třech měsících pozitivita přetrvávala nadále u 19 (26,8 %) a po šesti měsících u pěti (7 %) nemocných. Nejvíce pozitivních výsledků bylo dosaženo pro 16S rDNA systém, o něco nižší citlivost byla zachycena s primery pro OspA, OspC a flagelin, nejnižší vykazoval p66 systém. Závěr: Boreliová DNA byla prokázána nejčastěji v mozkomíšním moku, méně v moči a nejmenší záchyt byl v plazmě. Pozitivita PCR během sledovaného období klesala postupně, u části pacientů byl test pozitivní ještě po šesti měsících. Z důvodu zlepšení diagnostické senzitivity lze doporučit paralelní vyšetření minimálně dvou cílových sekvencí. Na základě uvedených skutečností lze vyšetření DNA použít pouze jako doplňující test za předpokladu správné klinické interpretace jeho výsledků.
Aim: To assess the importance of Borrelia burgdorferi sensu lato DNA verification in neuroborreliosis. Material and methods: Seventy-one hospitalized patients with clinically and laboratory-confirmed neuroborreliosis were included. PCR of plasma, urine and CSF was performed in parallel before and after the treatment, and after 3 and 6 months for plasma and urine. DNA was isolated using the QIAamp DNA Mini Kit, PCR was arranged as a two-step amplification (nested PCR). Each sample was examined by the five amplification systems in parallel: two were targeted at plasmide genes encoding OspA and OspC proteins and three at genes for 16S rDNA, flagellin and p66 protein. Results: Of all 71 patients, the specific DNA was found in 51 cases (71.8%) before treatment. After the treatment, the DNA was proven in 25 patients (35.2%). PCR positivity persisted in 19 (26.8%) after three months and still in five (7%) patients after six months. The highest frequency of PCR-positive results was obtained by the 16S rDNA system, slightly lower sensitivity was achieved with the OspA, OspC and flagellin primers and the lowest frequency of positives was in the p66 target. Conclusion: Borrelial DNA was most frequently found in CSF, less frequently in urine and the lowest number of positive results were in plasma. PCR positivity decreased gradually during the observation period, the test was still positive in some patients after six months. It is possible to recommend testing with a minimum of two target sequences to improve diagnostic sensitivity. Our results suggest that the PCR testing should only be used in neuroborreliosis as an supplementary diagnostic method and subject to correct clinical interpretation.
- MeSH
- Borrelia burgdorferi * genetika MeSH
- DNA bakterií genetika krev moč MeSH
- DNA primery * MeSH
- lidé MeSH
- lymská neuroborelióza * genetika krev moč MeSH
- polymerázová řetězová reakce statistika a číselné údaje MeSH
- prospektivní studie MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- hodnotící studie MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
V sezóně 2013/14 byly dominujícím respiračním patogenem adenoviry (hAdV). Adenoviry jsou poměrně bohatá skupina virů obsahujících dle současné klasifikace 60 sérotypů. Většina z nich je spojována s mnoha různými mírnými onemocněními od respiračních, přes gastroenteritidy až po encefalitidy. Pouze některé sérotypy vyvolávají závažné infekce s tendencí k lokálním epidemiím. Pro majoritní výskyt jsme přistoupili k charakterizaci hAdV v sentinelových materiálech. Namísto klasické sérotypizace byla použita metoda parciálního sekvenování úseku hexonového genu o velikosti cca 800 párů bazí. Na základě BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) analýzy bylo provedeno systematické zařazení u celkem 27 materiálů z celkového počtu 52 vzorků. V rámci klasifikace bylo nalezeno pouze 5 sérotypů (3B, 2C, 1C, 7B, 4E). Naprosto převažujícím sérotypem byl hAdV 3B, který byl prokázán v 63 % sekvenovaných materiálů. V souvislosti s adenovirovým onemocněním udávali téměř všichni nemocní rýmu, horečku s teplotou nad 38 °C a kašel. Zhruba polovina nemocných trpělo bolestí hlavy a malátností. Nebyly prokázány žádné sérotypy dávané do souvislosti se závažným onemocněním, což odpovídá vybrané kohortě pacientů. Nejméně u poloviny materiálů byl sérotyp určen přímo z klinického materiálu bez předchozí izolace. Lze tedy shrnout, že sérotypizace /genotypizace provedená na základě parciálního sekvenování hexonového genu s použitím „nested“ (vnořených) primerů nevyžaduje izolaci viru na tkáňové kultuře. Metoda je dostupná a efektivní při charakterizaci adenovirů.
In the season 2013/14, the predominant respiratory pathogen was adenovirus (hAdV). Adenoviruses are a relatively large family of DNA viruses consisting of 60 serotypes classified into seven groups. Most of them are associated with many various mild diseases from respiratory infections through gastroenteritis to encephalitis. Some serotypes only cause severe infection with a tendency towards local outbreaks. We have implemented the classification of hAdV in sentinel samples. Instead of conventional serotyping, partial sequencing of the approximately 800 pb segments of the hexon gene was used. Based on the BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) analysis, 27 of 52 samples were fitted into the current classification system. Only five serotypes were found (3B, 2C, 1C, 7B, 4E). The clearly prevailing hAdV serotype was 3B, detected in 63 % of the samples sequenced. Nearly all patients with adenovirus infection reported runny nose, temperature above 38°C, and cough. About half of the patients complained of headache and malaise. No severe disease-associated serotype was detected, as expected given the selected cohort of patients. In at least half of the samples, the serotype was determined without the need for virus isolation on cell culture. It can be concluded that serotyping based on partial hexon gene sequencing in combination with nested PCR does not require virus isolation on tissue culture. The method is time saving and effective in the characterization of adenoviruses.
- Klíčová slova
- genotypizace,
- MeSH
- Adenoviridae genetika MeSH
- adenovirové infekce lidí * diagnóza genetika MeSH
- DNA primery MeSH
- genotypizační techniky MeSH
- infekce dýchací soustavy * diagnóza etiologie MeSH
- lidé MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- sérotypizace * metody statistika a číselné údaje MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
