sample processing
Dotaz
Zobrazit nápovědu
Moderní metodiky studia genové exprese na úrovni RNA využívající DNA čipy (DNA microarrays) představují účinný nástroj nejen pro výzkum onkologických onemocnuní, ale mají i velký potenciál stát se základem nových diagnostických postupů. Jejich úspěšná aplikace však vyžaduje zvládnutí problematických postupů jako jsou odběr vzorku, izolace RNA nebo značení nukleových kyselin. S ohledem na množství různých DNA čipových platforem, neexistuje jeden univerzální návod, který by mohl být pouIit ve všech laboratořích. Protokoly zpracování DNA čipů se proto, někdy velmi výrazně liší, což má negativní dopad i na možnost jejich diagnostického využití.
Gene expression profiling using DNA microarrays represents not only a powerfull tool for oncological research but have also a big potential to become a standard diagnostic technique. However, successfull microarray application needs to overcome some pitfalls such as sample collection, RNA isolation or nucleic acid labeling. Due to the number of microarray platforms there is no universal guide that can be used by all laboratories. The number of sometimes very different protocols for DNA microarray processing has a negative impact on their diagnostic utilization.
- MeSH
- bronchoalveolární laváž využití MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody trendy využití MeSH
- financování organizované MeSH
- kostní dřeň MeSH
- lékařská onkologie metody trendy MeSH
- lidé MeSH
- odběr biologického vzorku metody využití MeSH
- odběr vzorku krve metody využití MeSH
- regulace genové exprese u nádorů genetika imunologie MeSH
- RNA diagnostické užití genetika izolace a purifikace MeSH
- sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů metody využití MeSH
- tenkojehlová biopsie metody využití MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
V tomto úvodním článku pro ostatní metodiky využívané na našem pracovišti při studiu mnohočetného myelomu a monoklonálních gamapatií jsme se zaměřili na postupy vlastního zpracování biologického materiálu, principy separace buněk a nastavené algoritmy dalších postupů. Běžně používaná metodika magnetické separace buněk MACS je vhodná pouze pro vzorky se vstupní infiltrací plazmatickými buňkami > 5 %. Pro nízce zastoupené populace buněk pak využíváme výhradně metodu fluorescencí aktivované separace FACS. Izolované plazmatické buňky jsou dále využívány pro molekulárně biologické studie, pro cytogenetická vyšetření a k proteinovým analýzám. Dále se v této práci zmiňujeme o úskalích, která souvisejí s výzkumem mnohočetného myelomu, některá z nich již umíme překonat, s jinými se zatím neúspěšně potýkáme.
In this paper, initial processing of biological material, cell separation algorithms and other procedures are discussed. For samples with initial infiltration of plasma cells > 5%, CD138 MicroBeads and Auto-Magnetic-Activated Cell Sorting program are used. Fluorescence-Activated Cell Sorting is used exclusively for cell populations with low-abundance; these samples are detected using fluorescently labeled antibodies only. Isolated plasma cells are further processed for molecular biological studies, for cytogenetics and protein analyses. Furthermore, this work examines the pitfalls of research related to multiple myeloma; some of them we have overcome, while the others are still problematic.
- Klíčová slova
- CD138, monoklonální gamapatie,
- MeSH
- banky biologického materiálu MeSH
- biomedicínský výzkum MeSH
- financování organizované MeSH
- kostní dřeň patologie MeSH
- lidé MeSH
- mnohočetný myelom diagnóza MeSH
- odběr biologického vzorku MeSH
- plazmatické buňky imunologie klasifikace MeSH
- průtoková cytometrie metody MeSH
- separace buněk MeSH
- syndekan-1 analýza MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- MeSH
- aminokyseliny, peptidy a proteiny farmakologie MeSH
- Bacillus anthracis izolace a purifikace patogenita MeSH
- bakteriologické techniky metody využití MeSH
- DNA bakterií izolace a purifikace MeSH
- financování organizované MeSH
- lidé MeSH
- muramidasa diagnostické užití MeSH
- odběr biologického vzorku metody škodlivé účinky využití MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody využití MeSH
- spotřebitelská bezpečnost produktů MeSH
- vibrace ultrazvukové ekonomika etika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- abstrakty MeSH
The growing technical standard of acquisition systems allows the acquisition of large records, often reaching gigabytes or more in size as is the case with whole-day electroencephalograph (EEG) recordings, for example. Although current 64-bit software for signal processing is able to process (e.g. filter, analyze, etc) such data, visual inspection and labeling will probably suffer from rather long latency during the rendering of large portions of recorded signals. For this reason, we have developed SignalPlant-a stand-alone application for signal inspection, labeling and processing. The main motivation was to supply investigators with a tool allowing fast and interactive work with large multichannel records produced by EEG, electrocardiograph and similar devices. The rendering latency was compared with EEGLAB and proves significantly faster when displaying an image from a large number of samples (e.g. 163-times faster for 75 × 10(6) samples). The presented SignalPlant software is available free and does not depend on any other computation software. Furthermore, it can be extended with plugins by third parties ensuring its adaptability to future research tasks and new data formats.
Je podán standardní postup při odběru, transportu, fixaci, dalším zpracování a mikroskopickém vyšetření biopsií lymfatických uzlin. Je zdůrazněn význam dokonalého přehledně obarveného preparátu a dobře provedených imunohistochemických reakcí a důležitost druhého čtení pro přesnost histopatologické diagnózy.
A standard procedure of sampling, transportation, fixation and further processing for microscopical investigation of lymph node biopsies is presented. It points out the importance of a perfectly stained survey section and well done immunohistochemical reactions as well as of sense of the second opinion for precise histopathological diagnosis.
