The infections caused by extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-producing organisms are associated with increased mortality. The real-time polymerase chain reaction (PCR) method, which enables detection of ESBLs directly from patients' clinical material, was developed. This study focused on blaCTX-M and blaSHV determination in endotracheal aspirates. Each sample was identified with standard microbiological procedures and simultaneously analyzed for the presence of nucleic acids, which encode CTX-M and SHV ESBL enzymes using real-time PCR. A total of 341 samples were investigated. In the set, 27 ESBL-positive samples were identified by phenotypic methods, while 60 positive samples were identified by the PCR method. Of the 60 PCR-positive samples, 58 were positive for the blaCTX-M. In two samples, the ESBL blaSHV-ESBL gene was detected. One phenotypically positive sample was PCR negative. The real-time PCR assay does not require a cultivation step and therefore enables detection of ESBL in 6 hours. The rapid method is necessary for early and adequate antimicrobial treatment.

• MeSH
• antibakteriální látky farmakologie   MeSH
• beta-laktamasy genetika   metabolismus   MeSH
• beta-laktamová rezistence genetika   MeSH
• Enterobacteriaceae účinky léků   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• enterobakteriální infekce diagnóza   farmakoterapie   mikrobiologie   MeSH
• exprese genu MeSH
• infekce dýchací soustavy diagnóza   farmakoterapie   mikrobiologie   MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH
• plazmidy chemie   metabolismus   MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Cíl práce: Vyvinout metodu detekce genů podmiňujících ESBL (extended spectrum beta lactamase) fenotyp bakterií přímo z klinického materiálu pacienta. Metoda umožňuje detekci genu blaCTX-M kódujícího CTX-M beta-laktamázy a detekci variant blaSHV genu technologií real-time PCR s využitím locked nucleic acid (LNA) oligonukleotidů. Materiál a metody: V pilotní studii byly testovány tracheální aspiráty získané od pacientů s umělou plicní ventilací hospitalizovaných na oddělení KAR FN Olomouc v období 1. 3. až 30. 8. 2010. Každý vzorek byl standardně mikrobiologicky vyšetřen, u enterobakterií bylo provedeno fenotypové stanovení přítomnosti ESBL. Každý klinický materiál byl současně podroben analýze na přítomnost nukleových kyselin (DNA) kódujících CTX-M a SHV ESBL beta-laktamázy metodou real-time PCR. Výsledky: Do testování bylo zařazeno 150 vzorků tracheálního aspirátu od 71 pacientů. V souboru bylo kultivačně identifikováno 13 (8,7 %) ESBL pozitivních vzorků, zatímco metodou real-time PCR jich bylo identifikováno 27 (18 %). Z 27 PCR pozitivních vzorků bylo pozitivních na přítomnost blaCTX-M sekvence 24 vzorků, dva na přítomnost ESBL blaSHV genu a v jednom vzorku byly identifikovány oba geny. Všechny kultivačně pozitivní vzorky byly zároveň PCR pozitivní na přítomnost blaCTX-M a/nebo blaSHV sekvence. Závěr. Nová metoda výrazně zkracuje dobu detekce kmenů enterobakterií s geny pro produkci SHV a CTX-M beta-laktamáz ze 48 na hodin. Umožňuje klinické využití stanovení přítomnosti ESBL-pozitivní enterobakterie v tracheálním aspirátu u pacientů se život ohrožující nozokomiální pneumonií, kde včasné zavedení adekvátní antimikrobiální terapie hraje významnou roli.

Objectives: A new method has been developed for detecting genes determining the extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) phenotype directly from patients' clinical material. The method enables detection of the blaCTX-M gene encoding CTX-M beta-lactamases and the blaSHV gene variants with real-time PCR technology using locked nucleic acid oligonucleotides. Material and methods: In this pilot study, tracheal aspirates obtained from patients with mechanical ventilation hospitalized at Department of Anaesthesiology and Resuscitation of the University Hospital in Olomouc between 1st March and 30th December 2010 period were tested. Each sample was identified with standard microbiological procedures including phenotypic determination of ESBL-positive enterobacteria. At the same time, each sample was analyzed for the presence of nucleic acids (DNA) which encode CTX-M and SHV ESBL using real-time PCR . Results: 150 samples of tracheal aspirates from 71 patients were included into testing. In the set, 13 (8.7 %) ESBL-positive samples were identified by culture methods while 27 (18 %) positive samples were identified by the real-time PCR method. Of the 27 PCR-positive samples, 24 were positive for the blacTx gene; in 2 samples, the ESBL blasHv gene was detected, and both genes were present in 1 sampie. All culture-positive samples were also PCR-positive for the presence of blaCTX and/or blaSHV sequences. Conclusions: The new real-time PCR assay is likely to shorten the time for detection of enterobacteria producing SHV and CTX-M beta-lactamases from 48 to 6 hours. It enables ESBL-positive enterobacteria determination in tracheal aspirates of patients suffered from life-threatening nosocomial pneumonia where the early introduction of adequate antimicrobial treatment plays the important role.

• MeSH
• bakteriální infekce diagnóza   etiologie   farmakoterapie   genetika   MeSH
• beta-laktamasy * analýza   diagnostické užití   genetika   MeSH
• enterobakteriální infekce diagnóza   etiologie   genetika   komplikace   mikrobiologie   MeSH
• fenotyp MeSH
• hlen mikrobiologie   MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí * diagnóza   etiologie   mikrobiologie   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• kultivační techniky * metody   statistika a číselné údaje   trendy   MeSH
• lidé MeSH
• oligoribonukleotidy analýza   diagnostické užití   genetika   MeSH
• pneumonie diagnóza   etiologie   prevence a kontrola   MeSH
• tělesné sekrety * mikrobiologie   MeSH
• ventilace umělá s výdechovým přetlakem statistika a číselné údaje   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• bakteriální infekce * diagnóza   genetika   MeSH
• beta-laktamy analýza   MeSH
• enterobakteriální infekce * diagnóza   MeSH
• fenotyp MeSH
• hlen mikrobiologie   MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• kultivační techniky MeSH
• lidé MeSH
• oligoribonukleotidy analýza   MeSH
• pneumonie diagnóza   MeSH
• tělesné sekrety mikrobiologie   MeSH
• ventilace umělá s výdechovým přetlakem MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

V poslední dekádě došlo k velkému rozmachu využití molekulárně-genetických metod v klinické mikrobiologii. Tyto metody přinášejí nové poznatky a přístupy v celé oblasti mikrobiologie – v taxonomii a identifikaci mikrobů, diagnostice infekčních agens, epidemiologii infekčních onemocnění a antibiotické rezistence. Předkládaný text nabízí závěry z jednání Pracovní skupiny molekulární mikrobiologie (PSMM-TIDE) v rámci 2. výročního zasedání Společnosti pro lékařskou mikrobiologii ČLS JEP.

In the last decade, there has been a rapid development in the use of molecular genetics methods in clinical microbiology. Novel technologies bring new knowledge and approaches to various disciplines of microbiology – taxonomy, identification of microbes, clinical diagnosis, epidemiology of infectious diseases and antibiotic resistance. This article summarizes the conclusions from the workshop of the Molecular Microbiology Working Group TIDE held during the Second Annual Meeting of the Society for Medical Microbiology of the J. E. Purkyne Czech Medical Association.

• Klíčová slova
• klinická mikrobiologie, PCR, taxonomie, identifikace, typizace,
• MeSH
• Bacteria MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• DNA bakterií analýza   MeSH
• infekce diagnóza   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiologické techniky MeSH
• molekulární biologie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

• Publikační typ
• abstrakty MeSH

Identifi kace individuálních myelom-specifi ckých klonů T lymfocytů pomocí molekulárně biologické analýzy T lymfocytárního receptoru beta (TCRB) je dosud nejcitlivější metodou pro sledování protinádorové imunitní odpovědi u mnohočetného myelomu. Tento postup (tzv. klonotypový esej), využívá skutečnosti, že sekvence TCRB je pro jednotlivé klony T lymfocytů vždy zcela jedinečná a je tudíž ideálním znakem pro jejich charakterizaci. Na příkladu pacientů s myelomem jsme ukázali, že imunitní odpověď na nádorový antigen byla oligoklonální, tj. došlo k aktivaci pouze několika imunodominatních klonů T lymfocytů. To potvrzuje přepoklad výskytu omezeného množství antigenů na povrchu myelomových buněk, které jsou schopny stimulovat myelom-specifické T lymfocyty. Detailní studium protinádorové imunitní odpovědi založené na přesné identifi kaci individuálních myelom-specifi ckých T lymfocytů a jejich případném sledování in vivo nachází využití především v adoptivní imunoterapii jako součásti léčebného postupu u mnohočetného myelomu.

Identifi cation of individual myeloma-specifi c T cell clones by molecular analysis of the T cell receptor beta (TCRB) is the most sensitive method for the anti-tumor immune response monitoring not only in multiple myeloma. This novel approach called clonotypic assay is based on the fact, that the TCRB sequence is unique for every T lymphocyte clone and thus can serve as an ideal candidate for the individual T cell clone monitoring. As an example, the immune response against myeloma antigens was tested and demonstrated an oligoclonal myeloma-specifi c response, ie. only a few immunodominant myeloma-specifi c T cell clones were activated. This fi nding corresponds with the assumption of limited antigenicity of myeloma cells. A detailed study of anti-tumor immune response based on exact myeloma-specifi c T lymphocytes idenfi cation and their in vivo monitoring can be useful tool for precise and highly sensitive immunomonitoring in adoptive immunotherapy protocols recently used in multiple myeloma.

• MeSH
• buněčné klony * imunologie   metabolismus   MeSH
• komplementární DNA MeSH
• laboratoře MeSH
• lidé MeSH
• messenger RNA MeSH
• mnohočetný myelom * patologie   MeSH
• molekulární biologie * metody   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• reverzní transkripce MeSH
• T-lymfocyty * cytologie   imunologie   MeSH
• výzkumný projekt MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Isolates from the "farm to fork" samples (182 isolates from 2779 samples) were examined genotypically (icaAB genes) and phenotypically (in vitro biofilm formation, typical growth on Congo red agar; CRA) with the aim to assess the risk of penetration of virulent strains of Staphylococcus epidermidis into the food chain. The contamination of meat and milk products was significantly higher in comparison with raw materials. Contamination of contact surfaces in the meat-processing plants was significantly lower than that of contact surfaces in the dairy plants. The ica genes (which precondition the biofilm formation) were concurrently detected in 20 isolates that also showed a typical growth on CRA. Two ica operon-negative isolates produced biofilm in vitro but perhaps by an ica-independent mechanism. The surfaces in the dairy plants and the milk products were more frequently contaminated with ica operon-positive strains (2.3 and 1.2 % samples) than the other sample types (0-0.6 % samples).

• MeSH
• biofilmy MeSH
• kontaminace potravin MeSH
• kontaminace zdravotnického vybavení MeSH
• manipulace s potravinami přístrojové vybavení   MeSH
• masné výrobky mikrobiologie   MeSH
• maso mikrobiologie   MeSH
• mléčné výrobky mikrobiologie   MeSH
• mléko mikrobiologie   MeSH
• operon MeSH
• potravinářská mikrobiologie MeSH
• pulzní gelová elektroforéza MeSH
• skot MeSH
• Staphylococcus epidermidis fyziologie   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• virulence MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• skot MeSH
• zvířata MeSH

Pichia fabianii, a yeast rarely causing human infections, was isolated from the blood of a patient with aortic valve endocarditis. The isolates were initially identified biochemically as Candida pelliculosa, but based on direct sequencing of the ITS2 region of rRNA, they were subsequently reidentified as P. fabianii. Antifungal therapy with fluconazole and later with voriconazole led to the development of resistant variants which had high MIC values to both antifungals. Strong biofilm formation by this yeast could also have played a role in the development of its resistance and allowed for its persistence on the infected valve during antifungal therapy. To our knowledge, this is the first published case of endocarditis and the fourth human infection caused by this yeast species.

• MeSH
• antifungální látky farmakologie   MeSH
• azoly farmakologie   MeSH
• biofilmy MeSH
• dospělí MeSH
• endokarditida farmakoterapie   mikrobiologie   MeSH
• financování organizované MeSH
• fungální léková rezistence MeSH
• lidé MeSH
• mykózy farmakoterapie   mikrobiologie   MeSH
• Pichia fyziologie   izolace a purifikace   patogenita   účinky léků   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

This prospective study compared PCR and culture techniques in the diagnosis of prosthetic joint infection (PJI). We obtained joint fluid samples (JFS; n=115) from patients who had failed total joint arthroplasty between January 2003 and June 2005; 49 were positive for PJI according to established strict criteria. JFS were analyzed by PCR (n=35; control n=66) or culture (n=46, control n=48). PCR was positive in 71% of PJI cases, resulting in sensitivity, specificity, accuracy, positive predictive value, negative predictive value, and likelihood ratio for positive results as follows: 0.71; 0.97; 0.88; 0.93; 0.87 and 23.6, respectively. Culture was positive in 44% of PJI samples. Corresponding statistics were 0.44; 0.94; 0.69; 0.87; 0.63 and 7.0, respectively. Significantly higher sensitivity, accuracy and negative predictive values were calculated for PCR versus culture, and there was 83% concordance between the results of intraoperative culture and PCR detection of causative bacteria. Therefore, we conclude that PCR analysis of synovial fluid increases the utility of pre-operative aspiration for patients who require revision total joint surgery.

• MeSH
• artroplastiky kloubů škodlivé účinky   MeSH
• bakteriální infekce diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• bakteriologické techniky MeSH
• DNA bakterií analýza   MeSH
• financování organizované MeSH
• gramnegativní bakterie genetika   izolace a purifikace   MeSH
• grampozitivní bakterie genetika   izolace a purifikace   MeSH
• infekce spojené s protézou diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• kultivační média MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• synoviální tekutina mikrobiologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• hodnotící studie MeSH