The newly developed molecular methods for direct detection of S. aureus, MRSA, small colony variants (SCV) of S. aureus and SCV-MRSA and special culture methods will be used for repeat analyses of clinical specimens from CF patients (about 300 strains per year). The molecular diagnostic and typing methods will be helpful not only in direct detection and clonal characterization of the pathogen but also in the analysis of resistance (resistance determinants, hypermutator phenotype) and virulence (superantigens, the pvl gene). The obtained results and their interpretation will be vital for tailored treatment of CF patients. The analysis of intracellular persistence of strains and their in vitro susceptibility to bacteriophages, with emphasis on SCV and SCV-MRSA strains, will be a point of departure for the development of candidate phage therapy in CF patients.

Nově zavedenými molekulárními metodami na přímý průkaz infekcí S. aureus, MRSA, small colny variants (SCV) S. aureus a SCV-MRSA a speciálními kultivačními metodami opakovaně vyšetříme klinický materiál pacientů s CF (ročně zhruba 300 kmenů). Nově zavedené molekulárně diagnostické a typizační metody umožní přímý průkaz a klonální charakterizaci patogena, ale i analýzu rezistence (determinanty rezistence, hypermutatorový typ rezistence) a virulence (superantigeny, gen pvl). Aplikace těchto progresivních metod a interpretace jejich výsledků poslouží k přímé racionalizaci léčby konkrétních pacientů s CF. Analýza intracelulární perzistence a citlivosti kmenů k bakteriofágům, s důrazem na SCV a SCV-MRSA, in vitro vytvoří předpoklady pro další studium specifické fagoterapie u pacientů s CF.

• MeSH
• cystická fibróza komplikace   mikrobiologie   MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• methicilin rezistentní Staphylococcus aureus MeSH
• molekulární biologie MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• stafylokokové infekce MeSH
• Staphylococcus aureus patogenita   MeSH

• Konspekt
• Mikrobiologie
• NLK Obory
• bakteriologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

A prospective study (2007-2013) was undertaken to investigate clinical features and prognostic factors of necrotizing pneumonia caused by Staphylococcus aureus producing Panton-Valentine leukocidin (PVL) in the Czech Republic. Twelve cases of necrotizing pneumonia were detected in 12 patients (median age 25 years) without severe underlying disease. Eight cases occurred in December and January and the accumulation of cases in the winter months preceding the influenza season was statistically significant (P < 0·001). The course of pneumonia was very rapid, leading to early sepsis and/or septic shock in all but one patient. Seven patients died and mortality was fourfold higher in those patients presenting with primary pneumonia than with pneumonia complicating other staphylococcal/pyogenic infection elsewhere in the body. The S. aureus isolates displayed considerable genetic variability and were assigned to five lineages CC8 (n = 3), CC15 (n = 2), CC30 (n = 2), CC80 (n = 1), and CC121 (n = 3) and one was a singleton of ST154 (n = 1), all were reported to be associated with community-acquired infection. Four strains were methicillin resistant. The high case-fatality rate can only be reduced by improving the speed of diagnosis and a rapid test to detect S. aureus in the airways is needed.

• MeSH
• bakteriální pneumonie farmakoterapie   mikrobiologie   mortalita   MeSH
• bakteriální toxiny biosyntéza   MeSH
• dospělí MeSH
• exotoxiny biosyntéza   MeSH
• genetická variace MeSH
• infekce získané v komunitě mikrobiologie   MeSH
• kojenec MeSH
• leukocidiny biosyntéza   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• methicilin rezistentní Staphylococcus aureus genetika   metabolismus   MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• nekróza mikrobiologie   MeSH
• plíce patologie   MeSH
• prognóza MeSH
• prospektivní studie MeSH
• roční období MeSH
• septický šok mikrobiologie   MeSH
• Staphylococcus aureus MeSH
• streptokokové infekce farmakoterapie   mikrobiologie   mortalita   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• kojenec MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

BACKGROUND: This study presents the results of a multidisciplinary, nosocomial MRSA outbreak investigation in an 8-bed medical intensive care unit (ICU). The identification of seven MRSA positive patients in the beginning of 2014 led to the closure of the ward for several weeks. A multidisciplinary, retrospective investigation was initiated in order to identify the reason and the source for the outbreak, describe MRSA transmission in the department and identify limitations in infection control. METHODS: The investigation comprised an epidemiological description of MRSA cases from 2012 to 2014 and a characterization of MRSA isolates, including phage-, spa- and PFGE-typing. Additionally, MRSA screening was performed from the hospital staff and the environment. To identify the reason for the outbreak, work-related, psychological and behavioral factors were investigated by impartial audits and staff interviews. RESULTS: Thirty-one MRSA cases were registered during the study period, and 36 isolates were investigated. Molecular typing determined the outbreak strain (phage type 54/812, PFGE type A4, spa type t003) and identified the probable index case. Nasal carriage in one employee and a high environmental contamination with the outbreak strain was documented. Important gaps in nursing procedures and general management were identified. Elevated stress levels and communication problems preceded the outbreak. Compliance with hand hygiene and isolation procedures was evaluated as appropriate. CONCLUSION: This study demonstrates the complexity of controlling hospital-associated infections. The combined use of different typing methods is beneficial for outbreak investigations. Psychological, behavioral and other work-related factors have an important impact on the spread of nosocomial pathogens. These factors should be addressed and integrated in routine infection control practice.

• MeSH
• chování MeSH
• epidemický výskyt choroby * statistika a číselné údaje   MeSH
• hospitalizace statistika a číselné údaje   MeSH
• kontrola infekce metody   statistika a číselné údaje   MeSH
• lidé MeSH
• methicilin rezistentní Staphylococcus aureus izolace a purifikace   fyziologie   MeSH
• práce psychologie   MeSH
• průzkumy a dotazníky MeSH
• stafylokokové infekce epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Exfoliative toxin A (ETA)-coding temperate bacteriophages are leading contributors to the toxic phenotype of impetigo strains of Staphylococcus aureus. Two distinct eta gene-positive bacteriophages isolated from S. aureus strains which recently caused massive outbreaks of pemphigus neonatorum in Czech maternity hospitals were characterized. The phages, designated φB166 and φB236, were able to transfer the eta gene into a prophageless S. aureus strain which afterwards converted into an ETA producer. Complete phage genome sequences were determined, and a comparative analysis of five designed genomic regions revealed major variances between them. They differed in the genome size, number of open reading frames, genome architecture, and virion protein patterns. Their high mutual sequence similarity was detected only in the terminal regions of the genome. When compared with the so far described eta phage genomes, noticeable differences were found. Thus, both phages represent two new lineages of as yet not characterized bacteriophages of the Siphoviridae family having impact on pathogenicity of impetigo strains of S. aureus.

• MeSH
• DNA virů chemie   genetika   MeSH
• DNA viry genetika   izolace a purifikace   MeSH
• epidemický výskyt choroby MeSH
• exfoliatiny genetika   MeSH
• fylogeneze MeSH
• genom virový * MeSH
• impetigo epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí epidemiologie   MeSH
• lidé MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• novorozenec MeSH
• otevřené čtecí rámce MeSH
• polymorfismus délky restrikčních fragmentů MeSH
• pořadí genů MeSH
• porodnice MeSH
• přenos genů horizontální MeSH
• profágy klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• sekvenční homologie MeSH
• shluková analýza MeSH
• stafylokokové bakteriofágy klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• stafylokokové infekce epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• Staphylococcus aureus izolace a purifikace   virologie   MeSH
• syntenie MeSH
• transdukce genetická MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• novorozenec MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Staphylococcus aureus is one of the most frequent pathogens infecting the respiratory tract of patients with cystic fibrosis (CF). This study was the first to examine S. aureus isolates from CF patients in the Czech Republic. Among 100 S. aureus isolates from 92 of 107 observed patients, we found a high prevalence of resistance to macrolide-lincosamide-streptogramin B (MLS(B)) antibiotics (56%). More than half of the resistant strains (29 of 56) carried a mutation in the MLS(B) target site. The emergence of MLS(B) resistance and mutations conferring resistance to MLS(B) antibiotics was associated with azithromycin treatment (p=0.000000184 and p=0.000681, respectively). Methicillin resistance was only detected in 3% of isolates and the rate of resistance to other antibiotics did not exceed 12%. The prevalence of small-colony variant (SCV) strains was relatively low (9%) and eight of nine isolates with the SCV phenotype were thymidine dependent. The study population of S. aureus was heterogeneous in structure and both the most prevalent community-associated and hospital-acquired clonal lineages were represented. Of the virulence genes, enterotoxin genes seg (n=52), sei (n=49), and sec (n=16) were the most frequently detected among the isolates. The PVL genes (lukS-PV and lukF-PV) have not been revealed in any of the isolates.

• MeSH
• antibakteriální látky farmakologie   terapeutické užití   MeSH
• azithromycin terapeutické užití   MeSH
• bakteriální léková rezistence genetika   MeSH
• cystická fibróza mikrobiologie   MeSH
• dlouhodobá péče MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí mikrobiologie   MeSH
• lidé MeSH
• methicilin rezistentní Staphylococcus aureus účinky léků   MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH
• mutace genetika   MeSH
• ribozomy genetika   MeSH
• stafylokokové infekce farmakoterapie   mikrobiologie   MeSH
• Staphylococcus aureus účinky léků   genetika   MeSH
• thymidin genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Fenomén trpasličích kmenů S. aureus, tzv. Small Colony Variants (SČV), je spojen s chronickými a rekurentními stafylokokovými infekcemi. Tyto fenotypové varianty se liší od kmenů S. aureus s běžným fenotypem nejčastěji velikostí kolonií, jejich morfologií, pigmentací a dalšími znaky, ale také molekulárně genetickými změnami. Příčinou vzniku SCV fenotypu je často mutace v některém z důležitých metabolických či regulačních genů, která je spojena s auxotrofií. Z klinického hlediska je významná zvýšená schopnost SCV kmenů odolávat antibiotické léčbě, zapříčiněná jednak rezistencí k určitým antibiotikům spojenou s příčinou SCV fenotypu a také se schopností těchto kmenů perzistovat uvnitř hostitelských buněk.

The phenomenon of dwarf colonies of S. aureus, the so-called small colony variants (SCVs), is associated with chronic and recurrent staphylococcal infections. Most frequently, these phenotypic variants differ from normal strains of S. aureus in colony size, morphology, pigmentation and other characteristics as well as molecular genetic changes. SCVs frequently emerge as a result of mutations in metabolically important and regulatory genes. The mutations are a cause of SCVs auxotrophy. From a clinical point of view, an increased ability of SCVs to resist antibiotic therapy and also an ability to persist within eukaryotic host cells are of importance.

• MeSH
• antibakteriální látky terapeutické užití   MeSH
• cystická fibróza farmakoterapie   mikrobiologie   MeSH
• fenotyp MeSH
• hemin MeSH
• kultivační techniky metody   statistika a číselné údaje   trendy   MeSH
• lidé MeSH
• molekulární biologie MeSH
• mutace genetika   MeSH
• stafylokokové infekce * diagnóza   etiologie   mikrobiologie   MeSH
• Staphylococcus aureus * izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• vitamin K 3 metabolismus   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

Thirteen coagulase-negative, oxidase-negative, and novobiocin-susceptible staphylococci were isolated from human clinical specimens. The isolates were differentiated from known staphylococcal species on the basis of 16S rRNA, hsp60, rpoB, dnaJ, tuf, and gap gene sequencing, automated ribotyping, (GTG)5-PCR fingerprinting, and MALDI-TOF MS analysis. Phylogenetic analysis based on the 16S rRNA gene sequence indicated phylogenetic relatedness of the analyzed strains to Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus devriesei, and Staphylococcus lugdunensis. DNA-DNA hybridization experiments between representative strains CCM 8418(T), CCM 8421(T), and the closest phylogenetic neighbors confirmed that the isolates represent novel Staphylococcus species, for which the name Staphylococcus petrasii sp. nov. is proposed. Genotypic and phenotypic analyses unambiguously split the strains into two closely related subclusters. Based on the results, two novel subspecies S. petrasii subsp. petrasii subsp. nov. and S. petrasii subsp. croceilyticus subsp. nov. are proposed, with type strains CCM 8418(T) (=CCUG 62727(T)) and CCM 8421(T) (=CCUG 62728(T)), respectively.

• MeSH
• antibakteriální látky metabolismus   MeSH
• bakteriální proteiny genetika   MeSH
• DNA bakterií chemie   genetika   MeSH
• fylogeneze MeSH
• hybridizace nukleových kyselin MeSH
• koagulasa metabolismus   MeSH
• lidé MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• novobiocin metabolismus   MeSH
• oxidoreduktasy metabolismus   MeSH
• ribozomální DNA chemie   genetika   MeSH
• RNA ribozomální 16S genetika   MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• shluková analýza MeSH
• stafylokokové infekce mikrobiologie   MeSH
• Staphylococcus klasifikace   genetika   izolace a purifikace   metabolismus   MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH
• ucho mikrobiologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Small colony variants (SCVs) are subpopulations of a bacterial strain that differ in morphology, growth rate, metabolism, and antibiotic sensitivity from the parent line. They are associated with chronic and difficult-to-treat infections. SCV endocarditis is very rare and usually associated with intracardiac devices. Herein, we report a case of endocarditis caused by SCV-forming Enterococcus faecalis that affected the native heart without any known predisposition.

• MeSH
• bakteriální endokarditida diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• bakteriologické techniky metody   MeSH
• Enterococcus faecalis růst a vývoj   izolace a purifikace   MeSH
• grampozitivní bakteriální infekce diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mitrální chlopeň patologie   ultrasonografie   MeSH
• recidiva MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Staphylococcus aureus is a serious human and veterinary pathogen in which new strains with increasing virulence and antimicrobial resistance occur due to acquiring new genes by horizontal transfer. It is generally accepted that temperate bacteriophages play a major role in gene transfer. In this study, we proved the presence of various bacterial genes of the S. aureus COL strain directly within the phage particles via qPCR and quantified their packaging frequency. Non-parametric statistical analysis showed that transducing bacteriophages φ11, φ80 and φ80α of serogroup B, in contrast to serogroup A bacteriophage φ81, efficiently package selected chromosomal genes localized in 4 various loci of the chromosome and 8 genes carried on variable elements, such as staphylococcal cassette chromosome SCCmec, staphylococcal pathogenicity island SaPI1, genomic islands vSaα and vSaβ, and plasmids with various frequency. Bacterial gene copy number per ng of DNA isolated from phage particles ranged between 1.05 × 10(2) for the tetK plasmid gene and 3.86 × 10(5) for the SaPI1 integrase gene. The new and crucial finding that serogroup B bacteriophages can package concurrently ccrA1 (1.16 × 10(4)) and mecA (1.26 × 10(4)) located at SCCmec type I into their capsids indicates that generalized transduction plays an important role in the evolution and emergence of new methicillin-resistant clones.

• MeSH
• bakteriální chromozomy genetika   MeSH
• bakteriální geny * MeSH
• bakteriální proteiny genetika   MeSH
• bakteriofágy genetika   metabolismus   MeSH
• DNA bakterií genetika   MeSH
• frekvence genu MeSH
• genetické lokusy MeSH
• klonování DNA MeSH
• penicilinasa genetika   MeSH
• plazmidy genetika   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• přenos genů horizontální MeSH
• rezistence na methicilin genetika   MeSH
• rozptýlené repetitivní sekvence * MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• sestavení viru MeSH
• Staphylococcus aureus genetika   fyziologie   virologie   MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH