Functional expression
Dotaz
Zobrazit nápovědu
elektronický časopis
- MeSH
- exprese genu MeSH
- genomika MeSH
- Konspekt
- Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
- NLK Obory
- genetika, lékařská genetika
- NLK Publikační typ
- elektronické časopisy
Methods in enzymology ; Vol. 200
763 s. : obr., tab., přeruš.bibliogr.
Practical approach series
1st ed. xviii, 253 s.
- Konspekt
- Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
- NLK Obory
- genetika, lékařská genetika
- biologie
The availability of a great range of prior biological knowledge about the roles and functions of genes and gene-gene interactions allows us to simplify the analysis of gene expression data to make it more robust, compact, and interpretable. Here, we objectively analyze the applicability of functional clustering for the identification of groups of functionally related genes. The analysis is performed in terms of gene expression classification and uses predictive accuracy as an unbiased performance measure. Features of biological samples that originally corresponded to genes are replaced by features that correspond to the centroids of the gene clusters and are then used for classifier learning. Using 10 benchmark data sets, we demonstrate that functional clustering significantly outperforms random clustering without biological relevance. We also show that functional clustering performs comparably to gene expression clustering, which groups genes according to the similarity of their expression profiles. Finally, the suitability of functional clustering as a feature extraction technique is evaluated and discussed.
The mouse incisor is a frequently used model in studies of the molecular control of organ development. The appropriate interpretation of data on normogenesis is essential for understanding the data obtained in mutant mice. For this reason, we performed a very detailed investigation of the development of the upper incisor in wild-type mice from embryonic day (ED) 11.5 till 14.5. A combination of histology, whole mount in situ hybridization, computer-aided three-dimensional reconstructions, and fluorescent microscopy, has been used. Several sonic hedgehog (Shh) expression domains have been detected in the upper incisor region during early prenatal development. At ED11.5-13.5, there was a single Shh positive domain present in the anterior part of left or right upper jaw arches, corresponding to the epithelial thickening. More posteriorly, a new Shh expression domain appeared in the incisor bud in the developmentally more advanced ED13.5 embryos. At ED14.5, only this posterior Shh expression in the incisor germ remained detectable. This study brings new insights into the early development of the upper incisor in mice and completes the data on normal mouse incisor development. The temporal-spatial pattern of Shh expression reflects the development of two tooth generations, being detectable in two successive, antero-posteriorly located areas in the prospective incisor region in the upper jaw. The first, anterior and superficial Shh expression domain reflects the rudimentary tooth development suppressed during evolution. Only the subsequent, posterior and deeper Shh expression region, appearing at ED13.5, correlates with the prospective upper functional incisor in wild-type mice.
- MeSH
- fluorescenční mikroskopie MeSH
- fylogeneze MeSH
- hybridizace in situ MeSH
- maxila embryologie metabolismus MeSH
- myši transgenní MeSH
- myši MeSH
- odontogeneze MeSH
- proteiny hedgehog genetika metabolismus MeSH
- řezáky embryologie metabolismus MeSH
- vývojová regulace genové exprese * MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- myši MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
V posledních 10 letech lze zaznamenat výrazné oživení zájmu o funkční radiochirurgii. Kumulativní počty pacientů s funkčním onemocněním léčených pomocí Leksellova gama nože vzrostly ze 2 na 10 %. Tento nárůst připadá ze dvou třetin na neuralgii trojklaného nervu. Spektrum indikací funkční radiochirurgie je ale širší a objevují se nové možnosti jejího uplatnění. Indikace pro funkční radiochirurgii mohou být rozděleny do pěti skupin: léčba bolesti, pohybových extrapyramidových poruch, epilepsie, psychochirurgie a oftalmologické indikace. Protože je radiochirurgie ze své definice neinvazivní léčebnou metodou, nelze stimulačně verifikovat cíl stereotaktické operace. Proto se funkční radiochirurgie výrazně rozvíjí v indikacích, kde je cíl operace jednoznačně definovaný zobrazením pomocí magnetické rezonance, což je léčba bolesti. Významné postavení získává radiochirurgie pomocí gama nože postupně v léčbě neuralgie trigeminu, nedoceněna zůstává možnost radiochirurgické hypofyzektomie u bolestivých kostních metastáz. U pohybových poruch je radiochirurgická léčba doplňkovou metodou, protože zde je stimulační verifikace operačního cíle nejvýznamnější. V psychochirurgii vyplývá úloha radiochirurgie z celkového postavení tohoto odvětví, které je v útlumu. V epileptochirurgii je radiochirurgie prozatím ve fázi klinického experimentu. V oftalmologii se prověřuje nová perspektivní indikace, kterou je jinými metodami nezvladatelný glaukom.
During the last 10 years interest in functional radiosurgery increased markedly. Cumulative numbers of patients with functional diseases treated, using Leksell gamma knife, increased from 2 to 10%. Two-thirds of this increase are accounted for by neuralgia of the trigeminal nerve. The spectrum of indications of functional radiosurgery can be divided into five groups: treatment of pain, extrapyramidal motor disorders, epilepsy, psychosurgery and ophthalmological indications. Because radiosurgery is by definition a non-invasive therapeutic method it is not possible to verify the objective of stereotactic operations by stimulation. Therefore functional radiosurgery develops markedly in indications where the objective of surgery is unequivocally defined by visualization using magnetic resonance, i.e. treatment of pain. Radiosurgery by means of a gamma knife is gradually gaining an important position in the treatment of neuralgia of the trigeminal nerve. The possibility of radiosurgical hypophysectomy in painful osseous metastases is not appreciated sufficiently so far. In motor disorders radiosurgical treatment is a supplementary method as there verification of the objective of surgery by stimulation is most expressed. In psychosurgery the role of radiosurgery ensues from the general position of this branch which is inhibited. In epileptosurgery radiosurgery is so far in the stage of a clinical experiment. In ophthalomology a new perspective is investigated, i.e. application of radiosurgery in glaucoma resistant to other methods.
BACKGROUND: Multiple myeloma (MM) is a low proliferative tumor of postgerminal center plasma cell (PC). Centrosome amplification (CA) is supposed to be one of the mechanisms leading to chromosomal instability. Also, CA is associated with deregulation of cell cycle, mitosis, DNA repair and proliferation. The aim of our study was to evaluate the prognostic significance and possible role of CA in pathogenesis and analysis of mitotic genes as mitotic disruption markers. DESIGN AND METHODS: A total of 173 patients were evaluated for this study. CD138+ cells were separated by MACS. Immunofluorescent labeling of centrin was used for evaluation of centrosome amplification in PCs. Interphase FISH with cytoplasmic immunoglobulin light chain staining (cIg FISH) and qRT-PCR were performed on PCs. RESULTS: Based on the immunofluorescent staining results, all patients were divided into two groups: CA positive (38.2%) and CA negative (61.8%). Among the newly diagnosed patients, worse overall survival was indicated in the CA negative group (44/74) in comparison to the CA positive group (30/74) (P = 0.019). Gene expression was significantly down-regulated in the CA positive group in comparison to CA negative in the following genes: AURKB, PLK4, TUBG1 (P < 0.05). Gene expression was significantly down-regulated in newly diagnosed in comparison to relapsed patients in the following genes: AURKA, AURKB, CCNB1, CCNB2, CETN2, HMMR, PLK4, PCNT, and TACC3 (P < 0.05). CONCLUSIONS: Our findings indicate better prognosis for CA positive newly diagnosed patients. Considering revealed clinical and gene expression heterogeneity between CA negative and CA positive patients, there is a possibility to characterize centrosome amplification as a notable event in multiple myeloma pathogenesis.
- MeSH
- centrozom ultrastruktura MeSH
- dospělí MeSH
- hybridizace in situ fluorescenční MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mitóza MeSH
- mnohočetný myelom farmakoterapie genetika MeSH
- oprava DNA MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- prognóza MeSH
- proliferace buněk MeSH
- recidiva MeSH
- regulace genové exprese u nádorů * MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- separace buněk MeSH
- stanovení celkové genové exprese MeSH
- syndekan-1 metabolismus MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Vlastnosti neuronálních okruhů závisejí na počtu funkčních elementů (neuronů), četnosti interneuronálních spojení a funkční charakteristice synapsí. Komplexita neuronálních okruhů podmiňuje kvalitativní rozdíly v integrační činnosti mozku (úroveň inteligence a kognitivních funkcí, kapacita paměti). Vývoj nervového systému je jen částečně determinován geneticky (nature), významněji je ovlivňován vlivy prostředí (nurture). I faktory prostředí mohou modulovat vývoj struktury a její funkci zásahem do transkripce genů. Takto je například řízena exprese specifických signálních látek buněčných povrchů, tzv. adhezivních molekul, které poskytují informace pro růstové vrcholy axonů a dendritů. Podobně je řízena exprese neurotrofních faktorů, které napomáhají udržovat vzájemné funkční vztahy, případně stimulovat jejich další diferenciaci. Kromě přítomnosti či nepřítomnosti určitých vloh (genů), potřebných pro optimalizaci struktury a funkce neuronálních okruhů, je nutné uvažovat i o faktorech, které umožní, aby se tyto vlohy uplatnily. Vedle biologických faktorů, jako je úroveň nutrice, zásobení kyslíkem, případně úrazy a onemocnění, je pro vyladění funkce neuronálních okruhů nutná i adekvátní stimulace a zpracovávání přijatých informací. Hlavní zdroj stimulačních signálů představuje pro člověka jazyk, sociální prostředí a kultura.
Features of neuronal circuits depend on the number of functional elements (neurons), density of interneuronal connections and functional characteristics of synapses. Complexity of neuronal circuits determines the qualitative differences in the integration activity of the brain (level of intelligence and cognitive functions, memory capacity). Nerve system development is only partially determined by genetic factors (nature); probably more significant is the effect of environment (nurture). Environmental factors can interfere with gene transcription and thus modulate the development of structure and function. It is the mechanism controlling the expression of specific signals at neuronal surfaces, which include adhesive molecules providing information for growing cones of axons and dendrites. The expression of neurotrophic factors which help to maintain mutual functional relations between neurons is controlled similarly. Beside the presence or absence of certain dispositions (genes), necessary for the optimal development of the structure and function of neuronal circuits, also the factors which carry out the inherited dispositions have to be considered. Beside the biological factors like nutrition, oxygen supply or injuries and diseases, the adequate stimulation and information processing are necessary for the functional tuning of neuronal circuits. The principal source of stimulatory signals for humans represents the language, social environment and culture.
[1st ed.] viii, 435 s., il.
