• MeSH
• polymerázová řetězová reakce diagnostické užití   metody   MeSH
• protozoální DNA genetika   MeSH
• Toxoplasma genetika   parazitologie   MeSH
• toxoplazmóza diagnóza   MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Cíl práce: Vyvinutí rozšířené polymerázové řetězové reakce (PCR), která umožňuje bezkultivační diagnostiku meningokokové, homofilové a pneumokokové etiologie u závažných onemocnění. Materiál a metody: Metoda PCR byla optimalizována na kmenech Nesseria meningitidis, HaemophiJus influenzae b a Streptococcus pneumoniae. Detekce patogenů z klinického materiálu byla hodnocena na 230 vzorcích od pacientů se závažným onemocněním. Výsledky: Z celkového množství 230 vzorků byly u 103 vzorků (44,7 %) zjištěny pozitivní výsledky PCK. U likvoru bylo procento pozitivity vyšší (57,0 %) než procento pozitivity séra (33,8 %) či krve (33,3 %). Závěr. Metodou PCR lze prokázat bakteriální deoxyribonukleovou kyselinu v klinickém materiálu i po zahájení léčby antibiotiky. Výsledky PCR jsou k dispozici dříve než výsledky kultivace. PCR metoda ve spojení s multilokusovou sekvenční typizací (MLST) umožňuje klonální analýzu etiologických agens i v případě, že nebyla získána kultivací.

Objectives: Development of extended polymerase chain reaction (PCR) for non-culture detection of Nesseria meningitidis, Haemophilus influenzae and Streptococcus pneumonie from invasive infections. Materials and methods: A method of PCR was optimalised on strains of Nesseria meningitidis, Haemophilus influenzae b and Streptococcus pneumonic. Detection of pathogens was evaluated on 230 samples from patiens with invasive infection. Results: Positive results of PCR were found in 103 samples of 230 (44.7 %). The percentage of positivity was higher in CSF samples (57.0 %) than in serum (33.8 %) or blood (33.3 %) samples. Conclusion: PCR method enables etiological diagnostics in cases, where antibiotic treatment was started. PCR results are available earlier than the results of cultivation. Multilocus sequence typing (MLST) of PCR products enables clonal analysis of etiological agents even in cases with negative results of cultivation.

• MeSH
• bakteriální infekce diagnóza   epidemiologie   MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• Haemophilus influenzae typu B patogenita   MeSH
• lidé MeSH
• meningitida bakteriální diagnóza   MeSH
• mikrobiologické techniky metody   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• Streptococcus pneumoniae patogenita   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Cíl práce: Ověřit použití komerčně dostupného setu pro rychlou DNA diagnostiku technikou PCR k průkazu komplexu M. tuberculosis v klinickěm materiálu. Metoctika: Bylo vyšetřeno 65 vzorků - 44 (67,7 %) sput a 21 (32,3 %) bronchoalveolárních laváží, resp. bronchiálních aspirátů od nemocných ze spolupracujících pražských plicních a interních klinik. Ze všech vzorků byla vyizolována DNA, amplifikována a amplifikovaný produkt analyzován. Podstatou metody je amplifikace sekvencí DNA specifických pro 65 kDa antigen M. tuberculosis, vymezených 4 primery Mic Tul - Mic Tu4, pomoci tzv. „nested" PCR. Detekce namnoženého úseku DNA byla prováděna v 1,5% agarozovém gelu za přítomnosti ethidiumbromidu. Následovala vizualizace na UV transiluminátoru. Paralelně probíhala přímá mikroskopie a kultivace na pevných a tekutých půdách. Výsledky: Jednotlivé vzorky byly porovnávány s výsledkem pozitivní kontroly, která je součástí setu. Technikou „nested" PCR I bylo M. tuberculosis prokázáno ve 32 (49,2 %) případech, v 8 případech mikroskopicky (12,3 %) a ve 25 případech kultivací (38,5 %). U šesti (9,2 %) vzorků s negativní PCR byly izolovány jiné mykobakteriální druhy - M. gordonae, M. kansasii a M. avium. U sedmi vzorků (10,8 %) bylo M. tuberculosis detekováno pouze pomocí PCR, kultivace i mikroskopie byly negativní. Tento materiál byl opakovaně vyšetřen dalšími amplifikačními technikami (MTD test - Gen - Probe, Inc., San Diego, USA a Amplicor TM - Hoffmann - La Roche, Alameda, USA), u pacientů bylo provedeno i vyšetření sérových protilátek třídy IgG, IgM a IgA a jsou nadále sledováni. U vzorků kultivačně pozitivních nebyl ani v jednom případě zaznamenán negativní výsledek PCR. Senzitivita testu činila 90,3 %, specificita 88,2 %. Závěr: V posledních 10 letech nachází metoda PCR stále častější uplatnění v diagnostice mykobakteriálních infekcí v rutinních laboratořích. Pozornost je soustředěna zvláště na komerčně dostupně, standardizované soupravy umožňující průkaz komplexu M. íufeercu/osis v klinickém materiálu. Vzhledem k výsledkům pilotní studie (vysoká senzitivita a specificita) lze doporučit zkušeným laboratorním pracovníkům (molekulárním biologům) testovanou soupravu k včasné diagnostice tuberkulózy z klinického materiálu.

Objective: Verification of a commercially available kit for rapid DNA diagnostics by the PCR technique in the detection of the M. tuberculosis complex in clinical material. Methods: A total of 65 specimens was examined comprising 44 sputa (67.7 %) and 21 fluids of bronchoalveolar lavages of bronchial aspirates (32.3 %), from patients of cooperating Prague departments of pulmonary diseases and internal medicine. From each specimen DNA was isolated, amplified, and the amplification product was analyzed. The technique is based on amplification of DNA sequences specific for 65 kDa antigen of M. tuberculosis, determined by four primers Mic Tul - Mic Tu4, using the „nested" PCR. The amplified DNA sequence was detected in 1.5% agarose gel in the presence of ethidium bromide and visualized in an UV transilluminator. Specimens were examined in parallel lei by microscopy and cultivation in liquid and solid media. Results: Each specimen was compared with results of a positive control which is in the kit. M. tuberculosis y]2& demonstrated by the „nested" PCR technique in 32 cases (49.2 %), by microscopy in 8 cases (12.3 %), and by cultivation in 25 cases (38.5 %). In 6 PCR-negative specimens (9.2 %) Other species of mycobacteria were isolated, i.e. M. gordonae, M. kansasii, and M. avium. In 7 specimens (10.8 %) M. tuberculosis was detected by PCR only (cultivation and microscopy were negative). These materials were repeatedly examined using other amplification techniques (MTD test - Gen Probe Incs., San Diego and Amplicor™ - Hoffmann - La Roche, Alameda, U.S.A.). The patients were also examined for serum IgC, IgM, and IgA antibodies and are being followed up. All cultivation positive specimens were also PCR-positive. Sensitivity of the test was 90.3 %, and specificity 88.2 %. Conclusions: The PCR technique in the diagnostics of mycobacterial infections in routine laboratories was increasingly implemented during the past ten years. Attention is paticularly focussed on commercially available standartized kits enabling the detection of the M. tuberculosis complex in clinical material. In view of the pilot investigation's results (high sensitivity and specificity) the tested kit can be recommended to experienced laboratory workers (molecular biologists) for early diagnostics of tuberculosis from clinical material.

• MeSH
• antigeny bakteriální analýza   genetika   MeSH
• diagnostické testy rutinní metody   normy   MeSH
• DNA bakterií analýza   MeSH
• lidé MeSH
• Mycobacterium tuberculosis genetika   MeSH
• mykobakteriózy diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• klinické laboratorní techniky MeSH
• molekulární biologie MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• Publikační typ
• monografie MeSH

• Konspekt
• Biologické vědy
• NLK Obory
• biologie

Práce se zabývá podílem metody PCR na diagnostice lymeské boreliózy (LB) v porovnání s metodami stanovení specifických protilátek (ELISA) a elektronové mikroskopie (ELMI). Jsou uvedeny první zkušenosti s PCR reakcí v podmínkách infekční kliniky. V souboru bylo vyšetřeno 87 ambulantních i hospitalizovaných pacientů, z nichž byla diagnóza LB stanovena u 41. PCR reakce byla pozitivní u 13 pacientů (9 s diagnózou LB, 4 s diagnózou jinou), ELISA byla pozitivní u 43 (31 s diagnózou LB, 12 s diagnózou jinou) a borelie byly prokázány metodou ELMI u 5 pacientů (4 s diagnózou LB, 1 s diagnózou jinou). Současný výskyt pozitivity v PCR a ELISA testech byl u 6 pacientů v krvi aul pacienta v mozkomíšním moku, současná pozitivita PCR a ELMl vyšetření byla zachycena pouze 1 x v krvi. Nejvyšší výtěžnost v diagnostickém postupu mělo stanovení specifických protilátek (75,6 %), nižší technika PCR (22 %). ELMI se jevila jako metoda doplňková, uplatňující se zejména v případě sporných výsledků sérologie.

This report is concerned with the PCR method in the diagnostics of Lyme borreliosis (LB) in comparison with specific antibody detection methods (ELISA) and electron microscopy (ELMl). The first expericence with PCR under conditions of a department of infectious diseases is presented. A group of 87 ambulatory -y and hospitalized patients was examined; LB was diagnosed in 41 of them: PCR was positive in 13 of these patients, ELISA in 43, and ELMI in 5. Simultaneous positivity of PCR and ELISA tests was found in the blood of 6 patients, and in the cerebrospinal fluid (CSF) of 1 patient. ELMl examination was positive in 5 patients; simultaneous positivity of PCR and ELMI was detected in 1 patient only once. Of the diagnostic procedures the determination of specific antibodies was most effective (75.6 %), the PCR technique was less so (22 %). ELMI proved to be a supplementary method, applicable particulariy in cases of controversial serologic results, having a sensitivity of 5.2 %, and 2 % in blood, and CSF, respectively.

• MeSH
• elektronová mikroskopie MeSH
• ELISA MeSH
• klinické laboratorní techniky metody   MeSH
• lidé MeSH
• lymeská nemoc diagnóza   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• srovnávací studie MeSH

Přestože PCR detekce mykotických patogenů v klinických vzorcích se na stránkách odborných časopisů objevuje již více než dvacet let, je použití této metody pro rutinní diagnostiku invazivní aspergilózy stále diskutabilní. A to i přesto, že metody molekulární biologie již našly své stálé místo v mnoha odvětvích moderní mikrobiologie. Genotypizace bakteriálních kmenů rezistentních na antibiotika, molekulární epidemiologie, ale i rutinní detekce, např. virových infekcí z nejrůznějších klinických materiálů je v dnešní době zcela běžnou praxí. Ve všech těchto oblastech znamenalo zavedení metody PCR diagnostiky zrychlení, zfpřesnění a zjednodušení celého procesu. Tento přehledový článek má za cíl ukázat, v čem je detekce původců mykotických infekcí jiná a proč se ji dosud nepodařilo zavést do rutinní praxe.

PCR detection of fungal pathogens in clinical samples has been discussed in journals for more than two decades. However, its use for diagnosing invasive aspergillosis is still controversial, despite the fact that molecular methods are routinely used in various fields of modern microbiology. These are e. g. genotyping of bacterial strains resistant to antibiotics, molecular epidemiology or routine detection of viral infections in clinical material. PCR methods have made the diagnostic apphcations faster, simpler and more accurate. This review deals with issues related to molecular methods for diagnosing invasive fungal infections and the main factors limiting their use in everyday clinical practice.

• MeSH
• aspergilóza diagnóza   genetika   MeSH
• financování organizované MeSH
• plicní mykózy diagnóza   genetika   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH

Cíl práce: Zavedení další bezkultivační metody invazivního meningokokového onemocnění, polymerase chain reaction (PCR), která obohatí současně užívané bezkultivační metody a zvýší procento laboratorně potvrzených onemocnění. Materiál a metody: Metoda PCR byla optimalizována na kmenech Neisseria meningitidis B a C. Senzitivita a specificita PCR detekce Neissera meningitidis B a C z klinického materiálu byla hodnocena na 195 vzorcích likvoru od pacientů s invazivním meningokokovým onemocněním (80 vzorku likvoru), non-meningokokovou bakteriálni meningitidou (49 vzorku likvoru) a virovou meningitidou (66 vzorků likvoru). Výsledky: Pro PCR detekci Neisseria meningitidis B a C z likvoru byly zjištěny následující parametry, senzitivita = 0,85, specificita = 0,95, pozitivní předpovědní hodnota = 0,88 a negativní předpovědní hodnota = 0,93. Metoda PCR posada laboratorní potvrzení etiologie u 47,4 % z 19 vyšetřených likvoru u pravděpodobných invazivních meningokokových onemocnění, jejichž meningokoková etiologie nebyla potvrzena klasickými metodami. V současné době je zaváděna semi-nested PCR strategie k detekci Neisseria meningitidis z likvoru, krve a séra, jakož i rozšířená PCR metoda pro detekci Haemophilus influenzae b a Streptococcus pneumoniae z likvoru, krve a séra. Závěr: V Národní referenční laboratoři pro meningokokové nákazy SZÚ Praha byla zavedena PCR metoda detekce Neisseria meningitidis B a C z likvoru a je nabízena k rutinnímu použití.

Objectives: To introdukce a further non-culture method for diagnosis of invasive meningococcal dinase, polymerase chain reaction (PCR), in addition to those currently used to increase the percentage of laboratory confirmed cases. Materials and methods: The PCR method was optimist on Neisseria meningitidis B and C strains. Sensitivity and specificity of PCR detection of Neisseria meningitidis B and C from clinical material was assessed in 195 samples of the cerebrospinal fluid obtained from patiens with invasive meningococcal dinase (80 CSF samples), non-meningococcal bacterial meningitis (49 CSF samples) and viral meningitis (66 CSF samples). Results: The following parameters of the PCR method for detection of Neisseria meningitidis B and C from the CSF were found: sensitivity = 0.85, specificity = 0.95, positive predictive value = 0.88 and negative predictive value = 0.93. PCR gave laboratory confirmation in 47.4 % of 19 CSF samples from patiens with suspected invasive meningococcal dinase, whose meningococcal infection was not confirmed by classical methods. The semi-nested PCR strategy and an extended PCR method for detection of Haemophilus influenzae h and Streptococcus pneumoniae from CSF, blood and serum has been introduced recently in our laboratory. Conclusions: The PCR method for detection of Neisseria meningitidis B and C from the cerebrospinal fluid was introduced in the National Reference Laboratory for Meningococcal Infections in NIPH, Prague and is propřed for routine use.

• MeSH
• diagnostické techniky neurologické metody   MeSH
• lidé MeSH
• meningitida bakteriální diagnóza   patologie   MeSH
• meningitida virová diagnóza   patologie   MeSH
• mozkomíšní mok MeSH
• Neisseria meningitidis analýza   diagnóza   patogenita   MeSH
• polymerázová řetězová reakce mikrobiologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Cíl: Cílem retrospektivní studie bylo sumarizovat a zhodnotit výsledky pacientů s podezřením na infekci rodem Chlamydia vyšetřených pomocí „in house“ metody nested PCR (polymerázová řetězová reakce). Studie pracuje s daty získanými vyšetřením pacientů v letech 2001-2003 z regionu východních Čech na Oddělení molekulární biologie společného pracoviště Ústavu klinické mikrobiologie (ÚKM) a Ústavu klinické biochemie a diagnostiky (ÚKBD). Materiál a metodika: V roce 2001 bylo provedeno 291 vyšetření, v roce 2002 to bylo již 562 a v roce 2003 dokonce 760 vyšetření. Celkem bylo za toto období přijato 1 613 vzorků k vyšetření, z nichž jich bylo 1 587 vyšetřeno (26 nepoužitelných vzorků). Více jak 70 % všech vyšetření se provádělo ze tří druhů materiálu: moči (41,8 % všech vyšetřených vzorků), BALu (bronchoalveolární laváž; 15,3 % všech vyšetřených vzorků) a plné krve (14,9 % všech vyšetřených vzorků). Vyšetření bylo provedeno pomocí „in house“ metody nested PCR využívající primery z oblasti MOMP (ompA) genu Chlamydia spp. Výsledky: Celková pozitivita činila 5,67 %, 1,26 % vzorků bylo vyhodnoceno jako nejasný výsledek a 93,07 % vyšetřovaných vzorků bylo negativních. U mužů byla zachycena PCR pozitivita u 6,11 % a u žen toto číslo činilo 5,35 %. Nejvíce pozitivních vzorků pocházelo z věkových skupin 70-791etých (11,67 %), 10-191etých (6,51 %) a 40-491etých (6,45 %). Celková pozitivita u stěrů z urogenitálního systému byla 6,48 %, z moči 3,92 %, BALu 10,70 % a plné krve 5,51 %.

Purpose of the study. The study was intended to summarize and evaluate the results in patients with a suspected infection by the genus Chiamydia, investigated with an „in-house" method of nested PCR (polymerase chain reaction). The study worked with data from patients living in eastern Bohemia, who were examined in the years 2001-2003 at the Dept. of Molecular Biology a research laboratory shared by the Institute of Clinical Microbiology and the Institute of Clinical Biochemistry and Diagnostics. Material and methods: 291 explorations were done in 2001, in 2002 already 562 and in 2003 their figure reached 760. The total number of samples received for investigation during that period was I 613. 1 587 were actually investigated, 26 were unsuitable and could not be used. More than 70 % of all investigations were done with three types of material: urine (41.8 % of all the investigated samples), BAL (15.3 % of all the investigated samples) and whole blood (14.9 % of all the investigated samples). The investigations were carried out with the „in-house" nested PCR method, which uses primers from the MOMP(ompA) area of the genus Chlamydia spp. Results: Total positivity was 5.67 %, in 1.26 % of the samples the resulted was considered uncertain and 93.07 % of the investigated sampies were negative. In men PCR positivity was 6.11 %, in women 5.35 %. The major proportion of positive samples was from the age groups 70-79 years (11.67 %), 10-19 years (6.51 %) and 40-49 years (6.45 %). Overall positivity in smears from the urogenital system was 6.48 %, from urine 3.92 %, from BAL 10.70 % and from whole blood 5.51 %.

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• hodnocení výsledků zdravotní péče MeSH
• infekce bakteriemi čeledi Chlamydiaceae diagnóza   patologie   MeSH
• lidé MeSH
• molekulární biologie metody   MeSH
• pohlavní dimorfismus MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• populační charakteristiky MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH

• MeSH
• Chlamydia trachomatis izolace a purifikace   MeSH
• gynekologická onemocnění mikrobiologie   MeSH
• lidé MeSH
• Mycoplasma hominis izolace a purifikace   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   přístrojové vybavení   MeSH
• Ureaplasma urealyticum izolace a purifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• virové nemoci diagnóza   MeSH
• Publikační typ
• sborníky MeSH

• Konspekt
• Virologie
• NLK Obory
• virologie