cfDNA
Dotaz
Zobrazit nápovědu
Changes of circulating free plasma DNA (cfDNA) are associated with different types of tissue injury, including those induced by intensive aerobic and anaerobic exercises. Observed changes are dependent from induced inflammation, and thus it may be a potential marker for athletic overtraining. We aimed to identify the response of cfDNA to different types of exercise, with association to exercise intensity as a potential marker of exercise load. Fifty volunteers (25 athletes and 25 physically active men) were assigned to the study and performed maximal aerobic (Bruce test) and anaerobic (Wingate Anaerobic Test) test. Blood samples for cfDNA analysis were collected at four time-points: before, 2-5 min after, 30 min after and 60 min after each type of maximal physical activity. The two-way ANOVA revealed a significant effect of group factor on serum cfDNA concentrations (32.15% higher concentration of cfDNA in the athletes). In turn the results of the post hoc test for the interaction of the repeated measures factor and the group showed that while the concentration of cfDNA decreased by 40.10% in the period from 30 min to 60 min after exercise in the control group, the concentration of cfDNA in the group of athletes remained at a similar level. Our analysis presents different responses depending on the intensity and duration of exercise. Our observations imply that formation of cfDNA is associated with response to physical activity but only during maximal effort.
- MeSH
- biologické markery krev MeSH
- fyziologická adaptace * MeSH
- lidé MeSH
- mladý dospělý MeSH
- sporty * MeSH
- studie případů a kontrol MeSH
- volné cirkulující nukleové kyseliny krev MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mladý dospělý MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
INTRODUCTION: This study aimed to evaluate the occurrence of clinically relevant (sub)microscopic chromosomal aberrations in fetuses with the nuchal translucency (NT) range from 3.0 to 3.4 mm, which would be potentially missed by cfDNA testing. METHODS: A retrospective data analysis of 271 fetuses with NT between 3.0 and 3.4 mm and increased first trimester combined test (CT) risk in five cohorts of pregnant women referred for invasive testing and chromosomal microarray was performed. RESULTS: A chromosomal aberration was identified in 18.8% fetuses (1:5; 51/271). In 15% (41/271) of cases, trisomy 21, 18, or 13 were found. In 0.7% (2/271) of cases, sex chromosome aneuploidy was found. In 1.1% (3/271) of cases, CNV >10 Mb was detected, which would potentially also be detected by genome-wide cfDNA testing. The residual risk for missing a submicroscopic chromosome aberration in the presented cohorts is 1.8% (1:54; 5/271). CONCLUSION: Our results indicate that a significant number of fetuses with increased CT risk and presenting NT of 3.0-3.4 mm carry a clinically relevant chromosomal abnormality other than common trisomy. Invasive testing should be offered, and counseling on NIPT should include the test limitations that may result in NIPT false-negative results in a substantial percentage of fetuses.
- MeSH
- chromozomální aberace MeSH
- chromozomální poruchy diagnóza genetika MeSH
- dospělí MeSH
- kohortové studie MeSH
- lidé MeSH
- měření nuchální translucence * MeSH
- mikročipová analýza MeSH
- neinvazivní prenatální testování metody MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- těhotenství MeSH
- volné cirkulující nukleové kyseliny krev genetika MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- těhotenství MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- multicentrická studie MeSH
OBJECTIVES: Progress in multiple myeloma treatment allows patients to achieve deeper responses, for which the assessment of minimal residual disease (MRD) is critical. Typically, bone marrow samples are used for this purpose; however, this approach is site-limited. Liquid biopsy represents a minimally invasive and more comprehensive technique that is not site-limited, but equally challenging. METHODS: While majority of current data comes from short-term studies, we present a long-term study on blood-based MRD monitoring using tumor-specific cell-free DNA detection by ASO-qPCR. One hundred and twelve patients were enrolled into the study, but long-term sampling and analysis were feasible only in 45 patients. RESULTS: We found a significant correlation of quantity of tumor-specific cell-free DNA levels with clinically meaningful events [induction therapy (P = .004); ASCT (P = .012)]. Moreover, length of cfDNA fragments is associated with better treatment response of patients. CONCLUSIONS: These results support the concept of tumor-specific cell-free DNA as a prognostic marker.
- MeSH
- cirkulující nádorová DNA * MeSH
- hodnocení výsledků zdravotní péče MeSH
- kombinovaná terapie MeSH
- lidé MeSH
- management nemoci MeSH
- mnohočetný myelom diagnóza genetika terapie MeSH
- nádorové biomarkery * MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- průtoková cytometrie MeSH
- reziduální nádor diagnóza genetika MeSH
- těžké řetězce imunoglobulinů genetika MeSH
- výsledek terapie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Výskyt krátkých fragmentů volných DNA (cell-free DNA – cfDNA) jaderného či mitochondriálního původu v tělesných tekutinách je fyziologický. Jejich koncentrace násobně narůstá následkem zranění, zánětu či intenzivní fyzické námahy. Zvýšené koncentrace se rychle vracejí na původní hladiny díky masivní degradaci restrikčními endonukleázami a extenzivnímu katabolizmu v játrech, slezině a částečně i díky vylučování ledvinami. Vyšší koncentrace cfDNA byly popsány v souvislosti s přítomností většiny rizikových faktorů aterosklerózy. Existuje silná korelace mezi cfDNA a koncentracemi kreatinkinázy a troponinu. cfDNA může být použita jako marker cévní mozkové příhody či k rozlišení STEMI a nonSTEMI infarktu myokardu. Mitochondriální cfDNA pak stimuluje zánětlivé procesy. Přestože řada nálezů potřebuje ověřit na rozsáhlejších souborech, cfDNA se mohou v budoucnu stát novými slibnými markery onemocnění a zdravotních prognóz i v kardiologii.
The presence of short fragments of cell-free DNA (cfDNA), of nuclear or mitochondrial origin, in body fluids is physiological. Their concentration increases manifold as a result of injury, inflammation or intensive physical exercise. Increased concentrations quickly return to their baseline levels due to intense degradation by restriction endonucleases and extensive catabolism in the liver, spleen and partly excretion by the kidneys. Higher cfDNA concentrations have been described in association with the presence of majority atherosclerosis risk factors. There is a strong correlation between cfDNA and creatine kinase and troponin concentrations. CfDNA can be used as a marker of stroke or to differentiate between STEMI and non-STEMI myocardial infarction. Mitochondrial cfDNA then stimulates inflammatory processes. Although many of the findings need validation on larger datasets, cfDNAs may become new promising markers of disease and health prognosis in the future also in cardiology.
V současné době jsme svědky rychlého pronikání neinvazivní prenatální diagnostiky do běžné praxe. V posledních dvou letech se na trhu objevilo mnoho typů testování cfDNA jak ve formě komerčních kitů, tak v podobě “home made” testů. Cílem našeho příspěvku je upozornit na významné principiální i kvalitativní rozdíly dostupných neinvazivních prenatálních testů (NIPT) z molekulárního i klinického pohledu.
Nowadays we are witnessing the rapid penetration of non-invasive prenatal diagnostics into routine practice. In the past two years many types of cfDNA tests both commercial kits and „homemade“ tests have appeared on the market. The aim of our contribution is to bring your attention to the significant differences in quality of available non-invasive tests (NIPT) from molecular and clinical perspective.
- Klíčová slova
- cílené sekvenování, masivně paralelní sekvenování, fetální frakce,
- MeSH
- Downův syndrom diagnóza MeSH
- lidé MeSH
- neinvazivní prenatální testování MeSH
- plod MeSH
- prenatální diagnóza * klasifikace metody MeSH
- sekvenční analýza DNA * klasifikace metody MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- těhotenství MeSH
- volné cirkulující nukleové kyseliny MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- těhotenství MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Sdělení pojednává o možnostech využití velkého potenciálu kapalných biopsií při diagnostice a terapii tumorů v podmínkách rutinních klinických laboratoří. Jde o stanovení cirkulujících DNA (cfDNA a ctDNA) a snad i miRNA. Pro tyto metody se významně rozvíjí produkce a používání komerčních kitů (CDx/IVD). To vytváří podmínky pro jejich aplikaci v rutinních klinických laboratořích. Hlavními výhodami kapalných biopsií je jejich nízká invazivnost, podmiňující možnost častého použití podle potřeb pacientů a kliniků. Metody kapalné biopsie by se měly společně s aplikací big dat, genomiky (metod PCR a NGS), digitalizací diagnostiky ("machine learning") podílet na zásadním převratu v práci rutinních klinických laboratoří a laboratorních profesionálů. A také na vstupu rutinních laboratoří do oblasti precizní, na pacienty orientované medicíny. V práci jsou stručně uvedeny problémy harmonizace kapalných biopsií a informace o úrovni mezilaboratorní a mezimetodické srovnatelnosti.
This work is created for education of laboratory professionals in routine clinical laboratories and deals with possibility applying the liquid biopsy in routine mode. The determination of circulating DNA (cfDNA, ctDNA) are main topics of liquid biopsy. Low invasiveness and possibility of often using are big advantages of these tests. Liquid biopsy methods are part of the disruption and digitalization in the of the laboratory medicine. Routine laboratories should be one tool of precision medicine and methods of liquid biopsy, based on genomic (PCR, NGS) methods are surely the part of this process. Important factor for adaptation liquid biopsy to routine work is development of CDx (companion diagnostics tests). Problems of results harmonizing and comparability of these methods are mentioned by means of several cases.
Východiska: Maligní lymfomy představují vysoce heterogenní skupinu nádorů s rozmanitým klinickým chováním – od indolentních až po velmi agresivní formy s přežitím v rámci měsíců. Tato onemocnění jsou od počátku považována za systémová, často se vyskytující na několika místech současně. Nicméně diagnóza a přesná klasifikace obvykle probíhá z biopsie jediné patologické uzliny či infiltrátu. Klinické zkušenosti přitom ukazují, že biologické chování lymfomu nemusí být v různých jeho lokalizacích zcela shodné. Ve snaze vyřešit tento problém, ale také zlepšit diagnostiku z obtížně dostupných kompartmentů, je poslední dobou intenzivně zkoumána tzv. volná cirkulující DNA (cfDNA), jejíž součástí je také DNA uvolněná z nádorových buněk – cirkulující nádorová DNA (ctDNA). Tuto DNA lze snadno získat z tekutých biopsií, jako je krev, případně jiné tělní tekutiny. Cíl: Tento článek shrnuje dosavadní poznatky o cfDNA a ctDNA, zejména pak právě v kontextu maligních lymfomů, a nastiňuje potenciální směry jejího budoucího praktického využití. Závěr: Detekce a analýza ctDNA představuje novou modalitu, která může v budoucnu vést ke zkvalitnění všech fází léčby maligních lymfomů od diagnostiky až po sledování tzv. minimální zbytkové choroby.
Background: Malignant lymphomas represent a highly heterogeneous group of tumors with varied clinical behavior – from indolent to very aggressive forms with survival in the order of months. From the very beginning, these diseases are considered systemic, often occurring in several anatomical locations simultaneously. However, diagnosis and exact classification are usually inferred from a biopsy of a single pathological lymph node or infiltrate, even though clinical experience shows that the biological behavior of lymphoma is not necessarily identical across anatomical locations. In an effort to address this issue as well as the problem of biopsy of not easily accessible compartments, circulating free DNA (cfDNA), which contains circulating tumor DNA (ctDNA) released from dead tumor cells, has been extensively studied in recent years. This DNA is easily accessible from liquid biopsies such as blood or other patient‘s bodily fluids. Purpose: This article summarizes current scientific knowledge on cfDNA and ctDNA, particularly in the context of malignant lymphoma, and foreshadows its potential future uses. Conclusion: Detection and analysis of cfDNA represents a new approach that can lead to future improvements in all phases of lymphoma treatment from diagnostics to minimal residual disease monitoring.
- MeSH
- cirkulující nádorová DNA analýza MeSH
- difúzní velkobuněčný B-lymfom diagnóza genetika MeSH
- lidé MeSH
- lymfom diagnóza genetika klasifikace MeSH
- progrese nemoci MeSH
- reziduální nádor diagnóza genetika MeSH
- tekutá biopsie metody MeSH
- volné cirkulující nukleové kyseliny * analýza MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
The development of minimally invasive and low-cost assay enabling early diagnosis, treatment response and prognosis in cancer patients may provide a promising alternative to tumor biopsy. Circulating cell-free DNA (cfDNA) is probably the most promising tool among all components of liquid biopsy. This review includes studies exploring cfDNA as the diagnostic, prognostic or predictive biomarker for all types of cancer. In this article, we systematically reviewed the relevant literature from PubMed about cfDNA. All articles presented higher cfDNA concentration in cancer patients when compared with patients with benign disease or healthy individuals. Most of the articles showed a connection between cfDNA and prognosis. The presence of high cfDNA level in serum or plasma was associated with worse overall patient's survival. This review supports the idea that the cfDNA analysis represents a promising research area and hopefully in the future, could be applied as a new biomarker for cancer detection, prognosis determination and prediction of the response to therapy.
Cell-free DNA-based noninvasive prenatal testing (cfDNA) is a relatively new screening tool that analyzes cfDNA circulating in maternal plasma to screen for aneuploidies. Since its introduction, cfDNA has been rapidly adopted by health care providers (HCPs). This rapid adoption, as well as progressive developments in the technology, requires professional societies to continuously update their guidelines to indicate the broadening scope both in terms of test indications and patient populations for whom it has become the appropriate primary test. CfDNA testing, initially applied to high-risk patients, is now largely considered an option for all patients. For HCPs, the rapid introduction of cfDNA into clinical practice has come with the requirement to stay up-to-date and accurately informed. We performed a survey to understand the current practices and views of European HCPs on the use of cfDNA. European HCPs were surveyed on several topics such as familiarity with cfDNA-based noninvasive prenatal testing (NIPT), current usage, patient counseling, test menu expansion, and future perspectives. The results of this survey demonstrate increasing usage and awareness of cfDNA-based NIPT in five European countries (UK, France, Germany, Spain and Italy). Major barriers to implementation include cost and a lack of physician education on NIPT.
- MeSH
- aneuploidie MeSH
- Downův syndrom krev genetika MeSH
- lidé MeSH
- neinvazivní prenatální testování etika MeSH
- postoj MeSH
- průzkumy a dotazníky MeSH
- těhotenství MeSH
- volné cirkulující nukleové kyseliny krev genetika MeSH
- zdravotnický personál psychologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- těhotenství MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Geografické názvy
- Evropa MeSH
- Francie MeSH
- Itálie MeSH
- Německo MeSH
- Španělsko MeSH
