Streptococcus suis is an important pathogen of pigs but is also transmissible to humans, with potentially fatal consequences. Among 29 serotypes currently recognized, some are clinically and epidemiologically more important than others. This is particularly true for serotypes 2 and 14, which have a large impact on pig production and also on human health. Conventional PCR-based serotyping cannot distinguish between serotype 1/2 and serotype 2 or between serotype 1 and serotype 14. Although serotype 1/2 and serotype 2 have a very similar cps locus, they differ in a single-nucleotide substitution at nucleotide position 483 of the cpsK gene. Similarly, serotypes 1 and 14 have a very similar cps locus but also differ in the same nucleotide substitution of the cpsK gene. Fortunately, this cpsK 483G→C/T substitution can be detected by BstNI restriction endonuclease. A PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) detection method amplifying a fragment of the cpsK gene digested by BstNI restriction endonuclease was developed and tested in reference strains of these serotypes and also in field isolates.

• MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• polymorfismus délky restrikčních fragmentů MeSH
• prasata MeSH
• séroskupina MeSH
• sérotypizace MeSH
• Streptococcus suis * genetika   MeSH
• streptokokové infekce * diagnóza   veterinární   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

In spring 2016, Greece reported an outbreak caused by a previously undescribed Salmonellaenterica subsp. enterica serotype (antigenic formula 11:z41:e,n,z15) via the Epidemic Intelligence Information System for Food- and Waterborne Diseases and Zoonoses (EPIS-FWD), with epidemiological evidence for sesame products as presumptive vehicle. Subsequently, Germany, Czech Republic, Luxembourg and the United Kingdom (UK) reported infections with this novel serotype via EPIS-FWD. Concerned countries in collaboration with the European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) and European Food Safety Authority (EFSA) adopted a common outbreak case definition. An outbreak case was defined as a laboratory-confirmed notification of the novel Salmonella serotype. Between March 2016 and April 2017, 47 outbreak cases were notified (Greece: n = 22; Germany: n = 13; Czech Republic: n = 5; Luxembourg: n = 4; UK: n = 3). Whole genome sequencing revealed the very close genetic relatedness of isolates from all affected countries. Interviews focusing on sesame product consumption, suspicious food item testing and trace-back analysis following Salmonella spp. detection in food products identified a company in Greece where sesame seeds from different countries were processed. Through European collaboration, it was possible to identify and recall sesame spread as one contaminated food item serving as vehicle of infection and trace it back to its origin.

• MeSH
• epidemický výskyt choroby statistika a číselné údaje   MeSH
• lidé MeSH
• otrava salmonelou epidemiologie   MeSH
• Salmonella enterica klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• salmonelóza epidemiologie   MeSH
• sekvenování celého genomu MeSH
• séroskupina MeSH
• sérotypizace MeSH
• Sesamum mikrobiologie   MeSH
• surveillance populace metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Evropa MeSH

V NRL pro streptokokové nákazy byl v letech 2008–2020 metodou latexové aglutinace určován sérotyp u 1 038 vzorků Streptococcus agalactiae od 972 pacientů. U 43 izolátů (4,4 %) se určení sérotypu nepodařilo a byly označeny jako netypovatelné. Cílem této práce bylo u těchto netypovatelných izolátů určit genotyp metodou multiplexové polymerázové řetězové reakce (mPCR). Genotyp se podařilo určit u celého souboru 43 netypovatelných izolátů. Nejčastěji byl zjištěn genotyp V (41,9 %), následován genotypem Ia (20,9 %). U izolátů s latexaglutinací určeným sérotypem převažoval sérotyp III (29,2 %) a sérotyp V byl z hlediska výskytu na 2. místě (26,2 %). Byla získána kompletní data o výskytu sérotypů/genotypů S. agalactiae v České republice v letech 2008–2020. Monitorování výskytu sérotypů a genotypů je důležitou součástí zavádění případné vakcíny proti S. agalactiae do klinické praxe.

The NRL for Streptococcal Infections performed serotyping of 1038 isolates of Streptococcus agalactiae from 972 patients by the latex agglutination method in 2008–2020. Forty-three isolates (4.4%) whose serotyping failed were classified as non-typeable. The aim of the present study was to determine the genotype of these non-typeable isolates using multiplex polymerase chain reaction (mPCR). Genotyping was successful in the entire set of 43 non-typeable isolates. The most common genotype was V (41.9%), followed by Ia (20.9%). The isolates serotyped by latex agglutination were predominantly assigned to serotype III (29.2%) and V (26.2%). Complete data were obtained on the prevalence of S. agalactiae serotypes/genotypes in the Czech Republic in 2008–2020. Monitoring the serotype and genotype distribution of the pathogen is a prerequisite for the introduction of a potential vaccine against S. agalactiae into clinical practice.

• MeSH
• aglutinační testy metody   MeSH
• genotyp MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• séroskupina MeSH
• Streptococcus agalactiae * imunologie   izolace a purifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

V sezóně 2013/14 byly dominujícím respiračním patogenem adenoviry (hAdV). Adenoviry jsou poměrně bohatá skupina virů obsahujících dle současné klasifikace 60 sérotypů. Většina z nich je spojována s mnoha různými mírnými onemocněními od respiračních, přes gastroenteritidy až po encefalitidy. Pouze některé sérotypy vyvolávají závažné infekce s tendencí k lokálním epidemiím. Pro majoritní výskyt jsme přistoupili k charakterizaci hAdV v sentinelových materiálech. Namísto klasické sérotypizace byla použita metoda parciálního sekvenování úseku hexonového genu o velikosti cca 800 párů bazí. Na základě BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) analýzy bylo provedeno systematické zařazení u celkem 27 materiálů z celkového počtu 52 vzorků. V rámci klasifikace bylo nalezeno pouze 5 sérotypů (3B, 2C, 1C, 7B, 4E). Naprosto převažujícím sérotypem byl hAdV 3B, který byl prokázán v 63 % sekvenovaných materiálů. V souvislosti s adenovirovým onemocněním udávali téměř všichni nemocní rýmu, horečku s teplotou nad 38 °C a kašel. Zhruba polovina nemocných trpělo bolestí hlavy a malátností. Nebyly prokázány žádné sérotypy dávané do souvislosti se závažným onemocněním, což odpovídá vybrané kohortě pacientů. Nejméně u poloviny materiálů byl sérotyp určen přímo z klinického materiálu bez předchozí izolace. Lze tedy shrnout, že sérotypizace /genotypizace provedená na základě parciálního sekvenování hexonového genu s použitím „nested“ (vnořených) primerů nevyžaduje izolaci viru na tkáňové kultuře. Metoda je dostupná a efektivní při charakterizaci adenovirů.

In the season 2013/14, the predominant respiratory pathogen was adenovirus (hAdV). Adenoviruses are a relatively large family of DNA viruses consisting of 60 serotypes classified into seven groups. Most of them are associated with many various mild diseases from respiratory infections through gastroenteritis to encephalitis. Some serotypes only cause severe infection with a tendency towards local outbreaks. We have implemented the classification of hAdV in sentinel samples. Instead of conventional serotyping, partial sequencing of the approximately 800 pb segments of the hexon gene was used. Based on the BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) analysis, 27 of 52 samples were fitted into the current classification system. Only five serotypes were found (3B, 2C, 1C, 7B, 4E). The clearly prevailing hAdV serotype was 3B, detected in 63 % of the samples sequenced. Nearly all patients with adenovirus infection reported runny nose, temperature above 38°C, and cough. About half of the patients complained of headache and malaise. No severe disease-associated serotype was detected, as expected given the selected cohort of patients. In at least half of the samples, the serotype was determined without the need for virus isolation on cell culture. It can be concluded that serotyping based on partial hexon gene sequencing in combination with nested PCR does not require virus isolation on tissue culture. The method is time saving and effective in the characterization of adenoviruses.

• Klíčová slova
• genotypizace,
• MeSH
• Adenoviridae genetika   MeSH
• adenovirové infekce lidí * diagnóza   genetika   MeSH
• DNA primery MeSH
• genotypizační techniky MeSH
• infekce dýchací soustavy * diagnóza   etiologie   MeSH
• lidé MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• sérotypizace * metody   statistika a číselné údaje   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

The genetic diversity of porB genes from meningococcal isolates characterized as serotype 22 was investigated by gene sequencing. This procedure identified seven distinct porB sequences, demonstrating variation in the PorB protein recognized by the serotype 22 monoclonal antibody. This is consistent with the genetic heterogeneity of serotype 22 meningococci reported previously.

• MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• Neisseria meningitidis genetika   chemie   imunologie   MeSH
• poriny * MeSH
• proteiny vnější bakteriální membrány genetika   chemie   imunologie   MeSH
• sekvence aminokyselin MeSH
• sérotypizace MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• kur domácí virologie   MeSH
• lymfatický systém patologie   virologie   MeSH
• sérotypizace MeSH
• velikost orgánu MeSH
• virus Markovy nemoci imunologie   klasifikace   patogenita   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• srovnávací studie MeSH

Cíl: Předkládáme analýzu celogenomových dat izolátů Streptococcus pneumoniae sérotypů 8 a 22F izolovaných v České republice z invazivního pneumokokového onemocnění (IPO) v období 2014–2020. Proti těmto sérotypům působí nové vícevalentní pneumokokové konjugované vakcíny (PCV). Sérotypy 8 a 22F jsou co do četnosti na předních pozicích v působení IPO v České republice v recentním období. České izoláty S. pneumoniae byly porovnány se zahraničními izoláty ze stejného období a stejných sérotypů, které byly dostupné v mezinárodní databázi PubMLST. Materiál a metody: Pro studii byly vybrány izoláty z IPO v České republice z období 2014–2020 sérotypu 8 (22 izolátů) a sérotypu 22F (21 izolátů). Byla zvolena metoda celogenomová sekvenace (WGS), analýzy a vzájemné porovnání genomů proběhlo s využitím mezinárodní databáze PubMLST. Výsledky: Většina studovaných českých izolátů sérotypu 8 patří do dvou hlavních subpopulací. První subpopulace, ve které dominují izoláty ST-53, je součástí vysoce početné skupiny geneticky blízkých evropských i neevropských izolátů, které jsou na fylogenetické síti zřetelně odděleny. Druhá subpopulace českých izolátů sérotypu 8 (s dominancí ST-404) je geneticky variabilnější a na celosvětové fylogenetické síti tvoří samostatnou linii, v níž se nevyskytují žádné jiné evropské izoláty. České izoláty sérotypu 22F představují homogenní populaci s naprostou převahou ST-433, která patří do geneticky blízké evropské populace. Závěr: Analýza WGS dat izolátů z IPO sérotypů 8 a 22F poskytla detailní pohled na vzájemné genetické vztahy českých populací těchto sérotypů. Zároveň také umožnila porovnání českých populací s odpovídajícími populacemi z ostatních evropských i neevropských zemí. Získané výsledky prohlubují znalosti o šíření genetických linií působících IPO v České republice v postvakcinačním období a jsou podkladem ke zhodnocení vhodnosti zavedení nových vícevalentních PCV v České republice.

Aim: An analysis is presented of whole genome data of Streptococcus pneumoniae serotypes 8 and 22F isolated in the Czech Republic from invasive pneumococcal disease (IPD) in 2014–2020. New multivalent pneumococcal conjugate vaccines (PCVs) are effective against these serotypes. Recently, serotypes 8 and 22F have been among the leading causes of IPD in the Czech Republic. S. pneumoniae isolates from the Czech Republic were compared with those of the same serotypes recovered in other countries in the same period and available in the international database PubMLST. Material and methods: Isolates from IPD of serotypes 8 (22 isolates) and 22F (21 isolates) recovered in the Czech Republic in 2014–2020 were subjected to whole genome sequencing (WGS). The genomes were analysed and compared using the international database PubMLST. Results: Most of the studied Czech serotype 8 isolates belong to two main subpopulations. The first subpopulation, dominated by ST-53 isolates, is part of a highly abundant group of genetically close European and non-European isolates that are clearly separated on the phylogenetic network. The second subpopulation of Czech serotype 8 isolates (dominated by ST-404) is more genetically variable and forms a separate lineage on the global phylogenetic network, with no other European isolates. Czech isolates of serotype 22F are a homogeneous population with a clear predominance of ST-433, which belongs to a genetically close European population. Conclusion: The analysis of WGS data of IPD isolates of serotypes 8 and 22F provided a detailed insight into the genetic relationships between the Czech populations of these serotypes. It also allowed comparison of the Czech populations with the matched populations from other European and non-European countries. The obtained results add to the body of knowledge about the spread of genetic lineages causing IPD in the Czech Republic in the post-vaccination period and provide a basis for considering whether the use of the new multivalent PCVs in the Czech Republic would be beneficial.

• MeSH
• genom bakteriální MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé MeSH
• pneumokokové infekce epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• sekvenování celého genomu metody   MeSH
• séroskupina MeSH
• Streptococcus pneumoniae * genetika   izolace a purifikace   klasifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Enzymatickou imunoesejí (HCV Serotyping 1-6 Assay Murex) byla vyšetřena séra od 175 pacientů s biopticky prokázanou chronickou hepatitidou C nebo cirhózou jatemí, na podkladě chronické infekce virem hepatitidy C. Všichni pacienti byli anti-HCV pozitivní ELISA metodou 3. generace. Výše uvedenou eseji byl prokázán určitý sérotyp u 143 pacientů (81,7 %). Z nich bylo 82 mužů, 61 žen, průměrného věku 44,95 ± 15,44 roku, v rozmeziezí 18 - 76 let. Nejčastěji byl detekován sérotyp 1 (121 pacientů, 84,6 %). Typy 2 a 3 byly zjištěny méně Často (10 resp. 44 pacienti, tj. 7,0 a 2,8 %). Celkem v 8 případech (5,6 %) jsme zaznamenali smíšenou infekci sérotypu 1 s jiným sérotypem - 3x s typem 2 (2,1 %), Ix s typem 3 (0,7 %), Ix s typem 4 (0,7 %) a 3x s typem 5 (2,1 %).

Sera of 175 patients with biopsy-confimn rmed chronic hepatitis C, or cirrhosis of the liver linked with chronic hepatitis C virus infection, were examined by enzyme immunoassay (HCV Serotyping 1-6 Assay Murex). All patients were anti-HCV positive by the 3rd generation ELISA technique. By this assay a definite serotype was demonstrated in 143 patients (81.7 %). Of these, 82 were males and 61 females at an average age of 44.95 ± 15.44 yrs in the range of 18 to 76 years. Serotype 1 was detected most frequently (121 patients, i.e. 84.6%). Types 2 and 3 were less frequent, i.e., in 10 (7 %) and 4 (2.8 %) patients, respectively. Eight cases (5.6 %) were mixed infections of serotype 1 with another serotype: 3x with type 2 (2.1 %), Ix with type 3 (0.7 %), 1x with type 4 (0.7 %), and 3x with type 5 (2.1 %).

• MeSH
• antigenní variace MeSH
• dospělí MeSH
• genotyp MeSH
• hepatitida C diagnóza   imunologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• protilátky virové analýza   genetika   MeSH
• senioři MeSH
• sérotypizace metody   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH

Práce seznamuje s výsledky typizace HCV vybranými metodami sérotypizace a genotypizace a informuje o výskytu jednotlivých typů HCV v určitém vzorku populace. V souboru 44 pacientů, u nichž byly detekovány anti-HCV protilátky, byl sérotyp 1 určen u 33 pacientů (75 %), eenotyp 1b, který se v naší oblasti pravděpodobně vyskytuje nejčastěji, byl určen u 30 pacientů (68 %).

The present paper describes the results of HCV typing using selected methods of serotyping and genotyping and provides data concerning the occurrence of individual HCV types in a particular population sample. In a group of 44 patients with a positive finding of anti-HCV antibodies, serotype 1 could be detected in 33 patients (75%) and genotype lb, which probably belongs to the most frequently occurring in our region, was found in 30 patients (68%).

• MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• genotyp MeSH
• hepatitida C imunologie   klasifikace   krev   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• senioři MeSH
• sérotypizace metody   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH

• MeSH
• bacilární dyzentérie MeSH
• sérotypizace MeSH
• Shigella izolace a purifikace   MeSH