One of the possible usages of MALDI–TOF MS is identification of microorganisms. It is highly accurate and faster than other methods and suitable for a large area of microorganisms. But unfortunately cannot reliably differentiate some closely related species. Often, it is possible to detect pathogenic organisms and use their accurate determination for monitoring environment, food processing or clinical diagnostics. Data obtained from mass spectra are compared with library of microorganisms and result of this was agreement or disagreement of microorganisms with specific spectrum.

• Klíčová slova
• identifikace bakterií,
• MeSH
• Bacteria * izolace a purifikace   MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice metody   MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

Úvod: Včasná a kauzální aplikace antibiotik u pacientů s pozitivní hemokulturou patří mezi základní předpoklady úspěšné léčby infekce. Izolace a následná identifikace bakterií z hemokultury klasickými (kultivačními) metodami však může trvat až několik dní. MALDI-TOF MS patří mezi metody, které umožňují rychlou identifikaci bakterií, a to nejen kultur z kultivačních médií, ale i přímo v klinickém materiálu. Metodika: Do studie byly zařazeny vzorky pozitivních hemokultur, které byly v letech 2016 až 2018 odebrány od pacientů Fakultní nemocnice Olomouc a následně byly vyšetřeny na Ústavu mikrobiologie Lékařské fakulty Univerzity Palackého v Olomouci. Vzorky pozitivních hemokultur byly zpracovány pomocí vlastního modifikovaného postupu, zahrnujícího odstranění krevních buněk pomocí centrifugace za nižších otáček. Následně byla pomocí centrifugace za vyšších otáček a promývání vzorku získána peleta, která byla testována pomocí MALDI-TOF MS. Výsledky: Ve studii bylo metodou přímé identifikace vyšetřeno celkem 110 pozitivních hemokultur. Správná identifikace na úrovni druhu byla vyšší u gramnegativních bakterií (88 %) v porovnání s grampozitivními bakteriemi (79 %) a také u nich bylo dosaženo vyšších hodnot identifikačního skóre. Hodnota identifikačního skóre vyšší nebo rovna než 2,0 byla u 62 % hemokultur obsahujících gramnegativní bakterie a 17 % hemokultur obsahujících bakterie grampozitivní. Hodnota identifikačního skóre v rozmezí 1,7–2,0 byla zjištěna u 21 % hemokultur gramnegativních a 33 % hemokultur s grampozitivními bakteriemi. Závěr: Přímá identifikace mikroorganismů z pozitivních hemokultur metodou MALDI-TOF MS umožňuje rychlejší diagnostiku a v důsledku zkrácení doby potřebné k dosažení výsledku identifikace patogenu může pozitivním způsobem významně ovlivnit antibiotickou léčbu pacientů.

Background: Early and causal administration of antibiotics in patients with a positive blood culture is an essential prerequisite for successful treatment of infection. However, isolation and subsequent identification of bacteria in a blood culture by classical (culture) methods may last several days. MALDI-TOF MS is a method allowing rapid identification of bacteria, not only cultures from culture media, but also directly in clinical specimens. Methods: The study included samples of positive blood cultures taken from patients in the University Hospital Olomouc between 2016 and 2018 and examined at the Department of Microbiology of the Faculty of Medicine, Palacký University Olomouc. Positive blood culture samples were processed using an in-house method involving the removal of blood cells by low-speed centrifugation. Subsequently, a pellet obtained by high-speed centrifugation and sample washing was tested by MALDI-TOF MS. Results: A total of 110 positive blood cultures were examined using the method of direct identification. At a species level, more Gramnegative bacteria (88 %) than Gram-positive bacteria (79 %) were correctly identified, with higher identification score values being obtained for the former. Identification score values of 2.0 or higher were found in 62 % of blood cultures containing Gram-negative bacteria and 17 % of blood cultures containing Gram-positive bacteria. Identification score values ranging from 1.7 to 2.0 were found in 21 % of Gram-negative blood cultures and 33 % of blood cultures containing Gram-positive bacteria. Conclusion: Direct identification of microorganisms from positive blood cultures using MALDI-TOF MS enables more rapid diagnosis. By reducing the time required to obtain the result of pathogen identification, it may positively affect the antibiotic treatment of patients.

• MeSH
• bakteriemie * diagnostické zobrazování   mikrobiologie   MeSH
• gramnegativní bakterie izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• grampozitivní bakterie izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• lidé MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice metody   přístrojové vybavení   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Cíl práce: Ověřit možnosti metody MALDI TOF MS pro rychlou identifikaci vybraných původců bakteriálních zoonóz izolovaných Z různých druhů materiálů v reálných podmínkách rutinního provozu laboratoře. Materiál a metodika: Od srpna 2010 do dubna 2015 bylo metodou MALDI TOF MS na přístroji Microflex LT (Bruker Daltonics) provedeno celkem 4 174 identifikací vybraných původců bakteriálních zoonóz (Salmonella spp., Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Listeria monocytogenes, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Francisella tularensis, Brucella melitensis, Brucella suis a Cronobacter sakazakií). Bakteriální izoláty byly připraveny k testování jednoduchou přípravou vzorku pomocí zakápnutí bakteriální kultury na terčíku kovové destičky speciální matricí. Vyhodnocení výsledků proběhlo pomocí standardního protokolu programem MALDI Biotyper v provozních podmínkách. Výsledky: U 74,8 % testovaných izolátů sledovaných bakteriálních druhů bylo dosaženo hodnoty identifikačního skóre (IS) v rozmezí 2-3, což z hlediska interpretace výsledku představuje v praxi uspokojivý výsledek. Urychlení diagnostiky bakterií Campylobacter spp. a Listeria monocytogenes testováním suspektních kultur získaných přímo ze selektivně-diagnostických půd v těchto případech snížío identifikační skóre. Závěr: MALDI TOF MS je vhodná a rychlá metoda k identifikaci sledovaných původců bakteriálních zoonóz.

Objective: To verify whether the MALDI TOF MS method can be used for rapid identification of selected zoonotic bacterial pathogens isolated from various types of materials in the real conditions of routine laboratory work. Material and methods: Between August 2010 and April 2015, the Bruker's MALDI TOF MS system was used for 4,174 identifications of selected zoonotic bacterial pathogens (Salmonella spp., Campylobacter jejuni, Campylobacter coli. Listeria monocytogenes, Yersinia enterocolitica. Yersinia pseudotuberculosis, Francisella tularensis, brucella melitensis. Brucella suis and Cronobacter sakazakii). The samples were prepared for the test by simply mixing a bacterial culture with a matrix on a steel target plate. The results were evaluated with a standard protocol of the system using the MALDI Biotyper software under operating conditions. Results: In 74.8% of the tested isolates of the above bacterial species, the identification scores ranged between 2 and 3, which is satisfactory for result interpretation in routine practice. Acceleration of identification of Campylobacter spp. and Listeria monocytogenes by testing suspicious cultures obtained directly from selective-diagnostic media decreased the identification scores in these cases. Conclusion: MALDI TOF MS is a suitable and rapid method for identification of the selected zoonotic bacterial pathogens.

• MeSH
• bakteriologické techniky metody   přístrojové vybavení   využití   MeSH
• klinické laboratorní techniky MeSH
• lidé MeSH
• ribozomální proteiny analýza   MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice * metody   využití   MeSH
• zoonózy * mikrobiologie   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• chemické techniky analytické metody   MeSH
• lidé MeSH
• neuropeptidy analýza   MeSH
• peptidy analýza   MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Dermatofyty jsou mikroskopické vláknité houby způsobující časté infekce kůže a kožních adnex. Jejich identifikace byla do nedávné doby prováděna pouze podle morfologických charakteristik. Ta je však velmi zdlouhavá a vyžaduje značné zkušenosti. V posledních letech se v identifikaci dermatofytů začíná uplatňovat MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight) hmotnostní spektrometrie (MS). U vláknitých hub je nutné, kvůli jejich komplexní morfologii a požadavkům na kultivaci, použít odlišné postupy zpracování kultury. Tato práce se zabývá srovnáním MALDI-TOF MS v identifikaci dermatofytů v porovnání s metodou sekvenace oblasti ITS (Internal Transcribed Spacer) rDNA a konvenčními metodami. Do studie bylo zahrnuto 81 izolátů dermatofytů získaných z klinických vzorků. Výsledky MALDI-TOF MS analýzy se shodovaly s výsledky molekulárně genetické identifikace u 75 % izolátů. Metodami klasické identifikace se podařilo identifikovat pouze 47 % izolátů. MALDI-TOF MS lze tedy považovat za účinný nástroj rychlé a jednoduché identifikace dermatofytů v rutinní diagnostické laboratoři.

Dermatophytes are microscopic fungi causing skin infections and infections of skin adnexa. Their identification is usually performed by morphological characteristics requiring experienced microbiologists and quiet long turnaround time. In recent years, matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) has been introducing to many diagnostic laboratories allowing identification of dermatophytes as well. For that purpose, however, specific procedures comparing with bacteria and yeasts must be used because of their complex morphology and specific cultivation requirements. This study is focused on comparison of MALDI-TOF MS-based identification, identification using DNA sequencing of Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA region and conventional methods. In the study, 81 clinical isolates of dermatophytes were included. MALDI-TOF MS correctly identified 74% of all isolates. Using classical methods, only 47% of isolates were identified. Thus, MALDI-TOF MS provides a useful tool for identification of those fungi in routine microbiological laboratories.

• MeSH
• Arthrodermataceae * MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice * metody   MeSH
• Trichophyton * MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• Bacteria izolace a purifikace   MeSH
• bakteriální infekce diagnóza   MeSH
• kultivační techniky metody   MeSH
• kultivační vyšetření krve metody   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiologické techniky * metody   MeSH
• moč mikrobiologie   MeSH
• mozkomíšní mok mikrobiologie   MeSH
• sepse diagnóza   MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice * metody   přístrojové vybavení   využití   MeSH
• techniky typizace bakterií * metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Cíl práce: MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie je v posledních letech široce zaváděna do diagnostických mikrobiologických laboratoří. Poskytuje levnou a rychlou metodu pro taxonomickou identifikaci bakterií a mikromycet. Kromě těchto aplikací je používána i pro detekci mechanismů antibiotické rezistence. V budoucnu lze očekávat další rozšíření i pro jiné aplikace v mikrobiologii. Cílem této studie bylo validovat MALDI-TOF hmotnostní spektrometrii pro identifikaci mykobakterií. Materiál a metody: Do studie bylo zařazeno 30 izolátů Mycobacterium spp. izolovaných v laboratoři mykobakteriologie Fakultní nemocnice v Plzni. Druhová identifikace izolátů byla provedena biochemickými testy, genovými sondami a sekvenací genu pro 16S rRNA. Identifikace MALDI-TOF hmotnostní spektrometrií probíhala s využitím extrakce pomocí silikonových kuliček. Identifikace kmene sekvenací genu pro 16S rRNA byla považována za referenční metodu. Výsledky: Pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie byly správně identifikovány všechny izoláty Mycobacterium spp. (hodnota skóre 1,461–2,168). Jednalo se o druhy Mycobacterium tuberculosis (n = 5), Mycobacterium kansasii (n = 5), Mycobacterium avium (n = 6), Mycobacterium intracelullare (n = 3), Mycobacterium xenopi (n = 3), Mycobacterium gordonae (n=1), Mycobacterium abscessus (n=1), Mycobacterium kumamotonense (n=2), Mycobacterium mantenii (n = 1), Mycobacterium lentiflavum (n = 1), Mycobacterium fortuitum (n = 1), Mycobacterium scrofulaceum (n = 1). Závěr: Identifikace hmotnostní spektrometrií je tedy vhodná k rutinní identifikaci Mycobacterium spp. v laboratořích, kde již je tato metoda zavedena pro konvenční identifikaci mikrobů.

Study objective: Matrix-assisted laser desorption/ionization-time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) has recently been widely used in diagnostic microbiological laboratories. It is a cheap and rapid method for the identification of bacteria and micromycetes. Apart from this purpose, it is also used for the detection of antibiotic resistance mechanisms. It has the potential to be extended for other purposes in microbiology. The aim of this study was to validate MALDI-TOF MS for the identification of mycobacteria. Material and methods: Thirty isolates of Mycobacterium spp. isolated in the Laboratory of Mycobacteriology of the Plzeň University Hospital were included in the study. The isolates were identified to the species level using biochemical tests, gene probes, and sequencing of the gene encoding 16S rRNA. The identification by MALDI-TOF MS was performed with the use of silica beads. Strain identification by sequencing the gene encoding 16S rRNA was considered as the reference method. Results: MALDI-TOF MS correctly identified all isolates of Mycobacterium spp. (score range 1.461 – 2.168). The species identified were Mycobacterium tuberculosis (n= 5), Mycobacterium kansasii (n=5), Mycobacterium avium (n=6), Mycobacterium intracelullare (n=3), Mycobacterium xenopi (n=3), Mycobacterium gordonae (n=1), Mycobacterium abscessus (n=1), Mycobacterium kumamotonense (n=2), Mycobacterium mantenii (n=1), Mycobacterium lentiflavum (n=1), Mycobacterium fortuitum (n=1), and Mycobacterium scrofulaceum (n=1). Conclusion: MALDI-TOF MS is a suitable tool for the routine identification of Mycobacterium spp. in laboratories using this method for the conventional identification of microbes.

• MeSH
• laboratoře MeSH
• lidé MeSH
• Mycobacterium * genetika   izolace a purifikace   klasifikace   MeSH
• mykobakteriózy * diagnóza   MeSH
• RNA ribozomální 16S MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice * využití   MeSH
• techniky typizace bakterií metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Nalezení spolehlivé metody detekce karbapenemáz u enterobakterií a některých gramnegativních nefermentujících tyček je velkou výzvou současné klinicko-mikrobiologické diagnostiky. Tento článek shrnuje možnosti detekce karbapenemáz u enterobakterií inhibičními fenotypovými testy, pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie a molekulárně-mikrobiologickými metodami.

Finding a reliable method for the detection of carbapenemases in enterobacteria and some Gram-negative nonfermenting rods is a big challenge for current clinical microbiological diagnosis. This article summarizes the possibilities for carbapenemase detection in enterobacteria provided by inhibitor-based phenotypic tests, MALDI- TOF mass spectrometry, and molecular microbiology techniques.

• Klíčová slova
• KPC, MBL, metropenem, DDST,
• MeSH
• beta-laktamasy analýza   izolace a purifikace   MeSH
• Enterobacteriaceae izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• fenotyp MeSH
• financování organizované MeSH
• karbapenemy terapeutické užití   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiologické techniky metody   využití   MeSH
• molekulární biologie metody   MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice metody   využití   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Hmotnostní spektrometrie je neodmyslitelnou součástí moderní proteomiky. Při analýzách proteinů, ale i jiných biochemických molekul, nacházejí uplatnění různé typy hmotnostních spektrometrů. Článek se zabývá porovnáním hmotnostních spektrometrů na principu MALDI-TOF (Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation–Time of Flight) a LC-Q LC-Q-TOF (Liquid Chromatography Quadrupole Time of Flight) z různých hledisek.

Mass spectrometry is inseparable part of modern proteomics. Different types of mass spectrometers are involved in analysis of proteins or the other biomolecules. The article compares mass spectrometers based on principles MALDI-TOF (Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation–Time of Flight) and LC-Q LC-Q-TOF (Liquid Chromatography Quadrupole Time of Flight) from different point of views.

• MeSH
• chemické techniky analytické MeSH
• chromatografie micelární elektrokinetická kapilární * metody   přístrojové vybavení   využití   MeSH
• metody pro přípravu analytických vzorků MeSH
• mezibuněčné signální peptidy a proteiny analýza   klasifikace   MeSH
• mikrobiologické techniky MeSH
• proteiny analýza   klasifikace   ultrastruktura   MeSH
• proteomika * metody   přístrojové vybavení   MeSH
• software MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice * metody   přístrojové vybavení   využití   MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH