Cíl práce: Vyvinutí rozšířené polymerázové řetězové reakce (PCR), která umožňuje bezkultivační diagnostiku meningokokové, homofilové a pneumokokové etiologie u závažných onemocnění. Materiál a metody: Metoda PCR byla optimalizována na kmenech Nesseria meningitidis, HaemophiJus influenzae b a Streptococcus pneumoniae. Detekce patogenů z klinického materiálu byla hodnocena na 230 vzorcích od pacientů se závažným onemocněním. Výsledky: Z celkového množství 230 vzorků byly u 103 vzorků (44,7 %) zjištěny pozitivní výsledky PCK. U likvoru bylo procento pozitivity vyšší (57,0 %) než procento pozitivity séra (33,8 %) či krve (33,3 %). Závěr. Metodou PCR lze prokázat bakteriální deoxyribonukleovou kyselinu v klinickém materiálu i po zahájení léčby antibiotiky. Výsledky PCR jsou k dispozici dříve než výsledky kultivace. PCR metoda ve spojení s multilokusovou sekvenční typizací (MLST) umožňuje klonální analýzu etiologických agens i v případě, že nebyla získána kultivací.

Objectives: Development of extended polymerase chain reaction (PCR) for non-culture detection of Nesseria meningitidis, Haemophilus influenzae and Streptococcus pneumonie from invasive infections. Materials and methods: A method of PCR was optimalised on strains of Nesseria meningitidis, Haemophilus influenzae b and Streptococcus pneumonic. Detection of pathogens was evaluated on 230 samples from patiens with invasive infection. Results: Positive results of PCR were found in 103 samples of 230 (44.7 %). The percentage of positivity was higher in CSF samples (57.0 %) than in serum (33.8 %) or blood (33.3 %) samples. Conclusion: PCR method enables etiological diagnostics in cases, where antibiotic treatment was started. PCR results are available earlier than the results of cultivation. Multilocus sequence typing (MLST) of PCR products enables clonal analysis of etiological agents even in cases with negative results of cultivation.

• MeSH
• bakteriální infekce diagnóza   epidemiologie   MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• Haemophilus influenzae typu B patogenita   MeSH
• lidé MeSH
• meningitida bakteriální diagnóza   MeSH
• mikrobiologické techniky metody   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• Streptococcus pneumoniae patogenita   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Přestože PCR detekce mykotických patogenů v klinických vzorcích se na stránkách odborných časopisů objevuje již více než dvacet let, je použití této metody pro rutinní diagnostiku invazivní aspergilózy stále diskutabilní. A to i přesto, že metody molekulární biologie již našly své stálé místo v mnoha odvětvích moderní mikrobiologie. Genotypizace bakteriálních kmenů rezistentních na antibiotika, molekulární epidemiologie, ale i rutinní detekce, např. virových infekcí z nejrůznějších klinických materiálů je v dnešní době zcela běžnou praxí. Ve všech těchto oblastech znamenalo zavedení metody PCR diagnostiky zrychlení, zfpřesnění a zjednodušení celého procesu. Tento přehledový článek má za cíl ukázat, v čem je detekce původců mykotických infekcí jiná a proč se ji dosud nepodařilo zavést do rutinní praxe.

PCR detection of fungal pathogens in clinical samples has been discussed in journals for more than two decades. However, its use for diagnosing invasive aspergillosis is still controversial, despite the fact that molecular methods are routinely used in various fields of modern microbiology. These are e. g. genotyping of bacterial strains resistant to antibiotics, molecular epidemiology or routine detection of viral infections in clinical material. PCR methods have made the diagnostic apphcations faster, simpler and more accurate. This review deals with issues related to molecular methods for diagnosing invasive fungal infections and the main factors limiting their use in everyday clinical practice.

• MeSH
• aspergilóza diagnóza   genetika   MeSH
• financování organizované MeSH
• plicní mykózy diagnóza   genetika   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH

Práce se zabývá podílem metody PCR na diagnostice lymeské boreliózy (LB) v porovnání s metodami stanovení specifických protilátek (ELISA) a elektronové mikroskopie (ELMI). Jsou uvedeny první zkušenosti s PCR reakcí v podmínkách infekční kliniky. V souboru bylo vyšetřeno 87 ambulantních i hospitalizovaných pacientů, z nichž byla diagnóza LB stanovena u 41. PCR reakce byla pozitivní u 13 pacientů (9 s diagnózou LB, 4 s diagnózou jinou), ELISA byla pozitivní u 43 (31 s diagnózou LB, 12 s diagnózou jinou) a borelie byly prokázány metodou ELMI u 5 pacientů (4 s diagnózou LB, 1 s diagnózou jinou). Současný výskyt pozitivity v PCR a ELISA testech byl u 6 pacientů v krvi aul pacienta v mozkomíšním moku, současná pozitivita PCR a ELMl vyšetření byla zachycena pouze 1 x v krvi. Nejvyšší výtěžnost v diagnostickém postupu mělo stanovení specifických protilátek (75,6 %), nižší technika PCR (22 %). ELMI se jevila jako metoda doplňková, uplatňující se zejména v případě sporných výsledků sérologie.

This report is concerned with the PCR method in the diagnostics of Lyme borreliosis (LB) in comparison with specific antibody detection methods (ELISA) and electron microscopy (ELMl). The first expericence with PCR under conditions of a department of infectious diseases is presented. A group of 87 ambulatory -y and hospitalized patients was examined; LB was diagnosed in 41 of them: PCR was positive in 13 of these patients, ELISA in 43, and ELMI in 5. Simultaneous positivity of PCR and ELISA tests was found in the blood of 6 patients, and in the cerebrospinal fluid (CSF) of 1 patient. ELMl examination was positive in 5 patients; simultaneous positivity of PCR and ELMI was detected in 1 patient only once. Of the diagnostic procedures the determination of specific antibodies was most effective (75.6 %), the PCR technique was less so (22 %). ELMI proved to be a supplementary method, applicable particulariy in cases of controversial serologic results, having a sensitivity of 5.2 %, and 2 % in blood, and CSF, respectively.

• MeSH
• elektronová mikroskopie MeSH
• ELISA MeSH
• klinické laboratorní techniky metody   MeSH
• lidé MeSH
• lymeská nemoc diagnóza   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• srovnávací studie MeSH

Základním kamenem laboratorní diagnostiky etiologie infekčních nemocí jsou postupy založené na kultivaci mikrobů. Stále více se však i v běžné klinické praxi uplatňují molekulárně biologické, na kultivaci nezávislé metody detekce mikroorganizmů, které jsou důležitým doplňkem konvenčních postupů a v některých případech se již staly zlatým diagnostickým standardem. Nejčastěji jsou používány metody založené na polymerázové řetězové reakci (PCR – polymerase chain reaction).

The practices based on microbe cultivation are the corner stone of laboratory diagnostics of infectious diseases etiology. However, cultivation-independent molecular methods for microorganism detection are increasingly being used in a routine clinical setting as an important complement to the conventional procedures and, in some cases, they have already become the golden diagnostic standard. The PCR-based methods are used the most frequently.

• MeSH
• bakteriální infekce * diagnóza   genetika   MeSH
• Cardiobacterium genetika   izolace a purifikace   MeSH
• DNA bakterií MeSH
• dospělí MeSH
• endokarditida diagnóza   etiologie   genetika   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mykózy diagnóza   genetika   MeSH
• polymerázová řetězová reakce * MeSH
• Tropheryma genetika   izolace a purifikace   MeSH
• virové nemoci * diagnóza   genetika   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH
• přehledy MeSH

• MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 13 MeSH
• lidské chromozomy, pár 18 MeSH
• lidské chromozomy, pár 21 MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• prenatální diagnóza MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH

Cíl: Cílem retrospektivní studie bylo sumarizovat a zhodnotit výsledky pacientů s podezřením na infekci rodem Chlamydia vyšetřených pomocí „in house“ metody nested PCR (polymerázová řetězová reakce). Studie pracuje s daty získanými vyšetřením pacientů v letech 2001-2003 z regionu východních Čech na Oddělení molekulární biologie společného pracoviště Ústavu klinické mikrobiologie (ÚKM) a Ústavu klinické biochemie a diagnostiky (ÚKBD). Materiál a metodika: V roce 2001 bylo provedeno 291 vyšetření, v roce 2002 to bylo již 562 a v roce 2003 dokonce 760 vyšetření. Celkem bylo za toto období přijato 1 613 vzorků k vyšetření, z nichž jich bylo 1 587 vyšetřeno (26 nepoužitelných vzorků). Více jak 70 % všech vyšetření se provádělo ze tří druhů materiálu: moči (41,8 % všech vyšetřených vzorků), BALu (bronchoalveolární laváž; 15,3 % všech vyšetřených vzorků) a plné krve (14,9 % všech vyšetřených vzorků). Vyšetření bylo provedeno pomocí „in house“ metody nested PCR využívající primery z oblasti MOMP (ompA) genu Chlamydia spp. Výsledky: Celková pozitivita činila 5,67 %, 1,26 % vzorků bylo vyhodnoceno jako nejasný výsledek a 93,07 % vyšetřovaných vzorků bylo negativních. U mužů byla zachycena PCR pozitivita u 6,11 % a u žen toto číslo činilo 5,35 %. Nejvíce pozitivních vzorků pocházelo z věkových skupin 70-791etých (11,67 %), 10-191etých (6,51 %) a 40-491etých (6,45 %). Celková pozitivita u stěrů z urogenitálního systému byla 6,48 %, z moči 3,92 %, BALu 10,70 % a plné krve 5,51 %.

Purpose of the study. The study was intended to summarize and evaluate the results in patients with a suspected infection by the genus Chiamydia, investigated with an „in-house" method of nested PCR (polymerase chain reaction). The study worked with data from patients living in eastern Bohemia, who were examined in the years 2001-2003 at the Dept. of Molecular Biology a research laboratory shared by the Institute of Clinical Microbiology and the Institute of Clinical Biochemistry and Diagnostics. Material and methods: 291 explorations were done in 2001, in 2002 already 562 and in 2003 their figure reached 760. The total number of samples received for investigation during that period was I 613. 1 587 were actually investigated, 26 were unsuitable and could not be used. More than 70 % of all investigations were done with three types of material: urine (41.8 % of all the investigated samples), BAL (15.3 % of all the investigated samples) and whole blood (14.9 % of all the investigated samples). The investigations were carried out with the „in-house" nested PCR method, which uses primers from the MOMP(ompA) area of the genus Chlamydia spp. Results: Total positivity was 5.67 %, in 1.26 % of the samples the resulted was considered uncertain and 93.07 % of the investigated sampies were negative. In men PCR positivity was 6.11 %, in women 5.35 %. The major proportion of positive samples was from the age groups 70-79 years (11.67 %), 10-19 years (6.51 %) and 40-49 years (6.45 %). Overall positivity in smears from the urogenital system was 6.48 %, from urine 3.92 %, from BAL 10.70 % and from whole blood 5.51 %.

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• hodnocení výsledků zdravotní péče MeSH
• infekce bakteriemi čeledi Chlamydiaceae diagnóza   patologie   MeSH
• lidé MeSH
• molekulární biologie metody   MeSH
• pohlavní dimorfismus MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• populační charakteristiky MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH

Folikulámí lymfomy (FL) jsou diagnostikovány na základě histologického obrazu a imunohistochemického profilu (CD20+, CD79álfa+, CD10+, BCL-2+, CD5-). U většiny nemocných s FL je prítomna translokace t(14;18)(q32;q21). Gen BCL2 (18q21) se dostává pod kontrolu regulačních oblastí genu IGH (14q32) a tím dochází ke zvýšené expresi proteinu BCL-2. Průkaz translokace lze využít pro následné monitorování nemocných (infiltrace kostní dřeně a perífemí krve nádorovými bunkami). Cílem studie bylo zavést na pracoviště metodu kvantitativní PCR (RQ-PCR, „realtime quantification") pro stanovení množství buněk nesoucích translokaci t(14;18) u nemocných s FL. Pro vyhledání translokace jsme použili metodu fluorescenční in situ hybrídizace na interfázických jádrech (I-FISH) v histologických řezech. Pomocí kvalitativní PCR jsme vybrali FL se zlomem genu BCL2 v hlavní zlomové oblasti (mbr). U nemocných s tímto znakem jsme pomocí RQ-PCR stanovovali relativní množství nádorových buněk nesoucích t(14;18). Množství buněk s touto translokaci v lymfatických uzlinách bylo podstatně vyšší než v kostní dřeni či v perífemí krvi. Metoda RQ-PCR, na rozdíl od kvalitativní PCR, umožňuje nejen konstatovat přítomnost nádorových buněk v periferní krvi a v kostní dřeni, ale jejím zásadním prínosem je určení množství nádorových buněk nesoucích t(14;18). Metoda RQ-PCR umožní sledovat aktivitu onemocnění (přechod do remise nebo vznik relapsu) a zjistit nástup dřeňového relapsu ještě před morfologicky prokazatelnou infiltrací kostní dřeně nebo perífemí krve.

Diagnosis of follicular lymphoma (FL) is based on histology and immunohistochemical profile (CD20+, CD79alfa+, CD10+, BCL-2+, CD5-). A chromosomal marker - translocation t(14;18)(q32;q21) supporting the tumor diagnosis and useful for monitoring bone marrow or peripheral blood infiltration by the tumor cells is also used. The BCL2 gene (18q21) is controlled by an enhancer of the IGH gene (14q32) resulting in BCL-2 protein overexpression. The translocation is present in the majority of patients with FL. The aim of the study was to introduce the quantitative PCR (RQ-PCR, real-time quantification) method for the assessment of the quantity of cells bearing the translocation t(14;18) in patients with FL. The fluorescence in situ hybrídization on interphasic nuclei (I-FISH) in histologic sections was used for screening of patients with the t(14;18). A search for the break of the BCL2 gene at the major breakpoint region (mbr) was performed by means of qualitative PCR. We determined the relative number of the tumor cells bearíng t(14;18) translocation (mbr) in patients with FL by the RQ-PCR. The relative quantity of these cells was significantly higher in the lymph nodes than in the bone marrow or peripheral blood. The RQ-PCR is a tool of choice to monitor the activity of the disease in individual patients, and to detect an early disease relapse before its manifestation at the level diagnosed by morphology.

• MeSH
• folikulární lymfom diagnóza   genetika   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• reziduální nádor diagnóza   MeSH
• translokace genetická MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• bakteriální RNA * analýza   MeSH
• DNA bakterií * analýza   MeSH
• DNA virů * analýza   MeSH
• eukaryotické buňky * cytologie   MeSH
• klinické laboratorní techniky * metody   normy   přístrojové vybavení   trendy   využití   MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce * metody   využití   MeSH
• RNA virová * analýza   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přednášky MeSH

• MeSH
• DNA diagnostické užití   MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• syndrom fragilního X diagnóza   genetika   přenos   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH

• Klíčová slova
• PCR,
• MeSH
• klinické laboratorní techniky MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• biochemie