scoring function
Dotaz
Zobrazit nápovědu
- MeSH
- autoprotilátky analýza MeSH
- biomedicínský výzkum MeSH
- dítě MeSH
- hepatitida diagnóza imunologie MeSH
- HLA antigeny analýza MeSH
- imunoglobulin G analýza MeSH
- imunosupresivní léčba využití MeSH
- jaterní mikrozomy imunologie MeSH
- jaterní testy MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
U pacientov s polytraumou a mnohopočetnými poraneniami je súčasťou manažmentu okrem prvotného ošetrenia a stabilizácie vitálnych funkcií aj správne smerovanie. Nevyhnutnou podmienkou správneho smerovania je zatriedenie do patričnej rizikovej skupiny (tzv. triáž) na základe predpokladu rizika smrti. Na Slovensku sa obvykle žiaden prognostický model prednemocnične nepoužíva a pritom vhodný skórovací systém, môže byť pre správne smerovanie do trauma centra, alebo špecializovanej nemocnice veľmi užitočný. V našej práci sme sa zamerali na analýzu, použiteľnosť a porovnanie presnosti skórovacích systémov používaných v zahraničí. Potvrdili sme, že medzi hodnotením závažnosti stavu anatomicky podľa ISS a klinicky podľa GAP je významná korelácia a vzhľadom na obmedzenú možnosť použitia ISS prednemocnične je pre odhad prognózy vhodnejšie použiť skóre GAP. Literárne údaje sme porovnali s mortalitou pozorovanou v našom súbore a navrhujeme zaradenie systému GAP do prednemocničného manažmentu pacientov s ťažkým úrazom na Slovensku.
In the group of patients with polytrauma and multiple injuries an important part of management in addition to the initial treatment, stabilization of vital functions and the right routing. A necessary condition for a correct routing is sorting and classification and a proper setting in the appropriate risk groups (ie. triage) on the assumption of the risk of death. There is no prehospital forecasting model usually used in Slovakia while the reasonable scoring may be very useful for the proper direction to trauma centre or specialized hospital. In our work we focussed on the analysis, usability and accuracy comparison of scoring systems used abroad. We confirmed that between the severity assessment by ISS anatomically and by GAP clinically is a significant correlation. Due to the limitation of the assessment of the patient’s condition and forecasting the risk by means of ISS system at the place of accident, it becomes apparent that GAP score is a better prognostic indicator of mortality in prehospital care. Literature data were compared with the mortality observed in our study while the proposal of inclusion of GAP in prehospital management of patients with severe injuries in Slovakia have been prepared.
- MeSH
- APACHE MeSH
- Glasgowská stupnice kómat MeSH
- lidé MeSH
- polytrauma * klasifikace mortalita MeSH
- prognóza MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- rizikové faktory MeSH
- skóre závažnosti úrazu * MeSH
- ukazatel závažnosti úrazu MeSH
- zohlednění rizika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Slovenská republika MeSH
A semiempirical quantum mechanical PM6-DH2 method accurately covering the dispersion interaction and H-bonding was used to score fifteen structurally diverse CDK2 inhibitors. The geometries of all the complexes were taken from the X-ray structures and were reoptimised by the PM6-DH2 method in continuum water. The total scoring function was constructed as an estimate of the binding free energy, i.e., as a sum of the interaction enthalpy, interaction entropy and the corrections for the inhibitor desolvation and deformation energies. The applied scoring function contains a clear thermodynamical terms and does not involve any adjustable empirical parameter. The best correlations with the experimental inhibition constants (ln K (i)) were found for bare interaction enthalpy (r (2) = 0.87) and interaction enthalpy corrected for ligand desolvation and deformation energies (r (2) = 0.77); when the entropic term was considered, however, the correlation becomes worse but still acceptable (r (2) = 0.52). The resulting correlation based on the PM6-DH2 scoring function is better than previously published function based on various docking/scoring, SAR studies or advanced QM/MM approach, however, the robustness is limited by number of available experimental data used in the correlation. Since a very similar correlation between the experimental and theoretical results was found also for a different system of the HIV-1 protease, the suggested scoring function based on the PM6-DH2 method seems to be applicable in drug design, even if diverse protein-ligand complexes have to be ranked.
- MeSH
- cyklin-dependentní kinasa 2 antagonisté a inhibitory metabolismus MeSH
- inhibitory proteinkinas chemie farmakologie MeSH
- kvantová teorie MeSH
- lidé MeSH
- ligandy MeSH
- molekulární modely MeSH
- racionální návrh léčiv MeSH
- termodynamika MeSH
- vazba proteinů MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Accurate estimation of protein-ligand binding affinity is the cornerstone of computer-aided drug design. We present a universal physics-based scoring function, named SQM2.20, addressing key terms of binding free energy using semiempirical quantum-mechanical computational methods. SQM2.20 incorporates the latest methodological advances while remaining computationally efficient even for systems with thousands of atoms. To validate it rigorously, we have compiled and made available the PL-REX benchmark dataset consisting of high-resolution crystal structures and reliable experimental affinities for ten diverse protein targets. Comparative assessments demonstrate that SQM2.20 outperforms other scoring methods and reaches a level of accuracy similar to much more expensive DFT calculations. In the PL-REX dataset, it achieves excellent correlation with experimental data (average R2 = 0.69) and exhibits consistent performance across all targets. In contrast to DFT, SQM2.20 provides affinity predictions in minutes, making it suitable for practical applications in hit identification or lead optimization.
- MeSH
- ligandy MeSH
- proteiny * metabolismus MeSH
- racionální návrh léčiv * MeSH
- termodynamika MeSH
- vazba proteinů MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Cíle: 1. Zhodnotit a klasifikovat nálezy na MR mozku novorozenců s hypoxicko-ischemickou encefalopatií, kteří podstoupili hypotermii, podle dostupných MR skórovacích systémů. 2. Stanovit, který ze skórovacích systémů nejlépe předpovídá úmrtí nebo těžké postižení u těchto dětí ve věku 18 měsíců. Metodika: Soubor tvořilo 32 donošených novorozenců, u kterých bylo zhotoveno MR vyšetření mozku s využitím standardních sekvencí (T1, T2, T1 TIRR, DWI a ADC). Nálezy na mozku byly klasifikovány podle pěti různých MR skórovacích systémů (autorů Barkovich et al, Jyoti et al. Rutherfordová et al, Shankaran et al, Rollinsová et al.) nalezených v elektronické databázi PubMed (Public/Publisher MEDLINE). Neurologický vývoj dětí byl zhodnocen podle klasifikace České neonatologické společnosti pro sledování pozdní morbidity novorozenců ve věku 18 měsíců. Statisticky byla stanovena míra shody jednotlivých skórovacích systémů s neurologickým nálezem v 18 měsících. Výsledky: Patologický nález na MR mozku byl celkově přítomen v 78,1%, dominantním nálezem bylo poškození hlubokých struktur šedé hmoty mozkové (thalamů v 56,2 %, bazálních ganglií ve 40,6 %) a kortikální a subkortikální leze (43,8 %). Vzájemné korelace mezi MR skórovacími systémy a neurologickým vývojem byly ve všech případech statisticky významné, nejsilnější vztah byl mezi skórovacím systémem Jyotiho etal. (p< 0,0001). Závěr: MR mozku zhotovené po ukončení léčebné hypotermie u novorozenců s hypoxicko-ischemickou encefalopatií dokáže předpovědět neurologický vývoj u těchto dětí. Z dostupných MR skórovacích systémů nejlépe predikuje úmrtí nebo závažné postižení ve věku 18 měsíců Jyotiho skorovací systém.
Aims: 1. To evaluate and classify the brain MRI findings in neonates with hypoxic-ischemic encephalopathy who underwent therapeutic hypothermia using accessible MRI scoring systems. 2. To determine which scoring system is the best in prediciton of death or severe disability at the age of 18 months. Method: The brain MRI using standard sequences (T1, T2, T1 TIRR, DWI and ADC) was performed in 32 term neonates. The findings were classified by 5 different MRI scoring systems (Barkovich et al., Jyoti et al., Rutherford et al, Shankaran et al. and Rollins et al.) found in the electronic PudMed (Public/ Publisher MEDLINE) database. The neurological outcome was evaluated according to the Czech Neonatal Society classification for monitoring of late neonatal morbidity at the age of 18th months. The degree of agreement of each MRI scoring system with neurological outcome at the age of 18th months was statistically analysed. Results: The pathological findings on brain MRI were present in 78.1%. The most common findings were changes of deep gray matter (thalami in 56.2%, basal ganglia in 40.6%) folloved by cortical and subcortical lesions (43.8%). Correlations between MRI scoring systems and neurological outcome were in all cases statistically significant. The strongest relationship was to Jyotis scoring system (p < 0.0001). Conclusion: Brain MRI performed after the therapeutic hypothermia completition in neonates with hypoxic-ischemic encephalopathy is able to predict their neurological outcome. The best MRI scoring system in prediction of death or severe disability in children at the age of 18th months is Jyotis scoring system.
- MeSH
- hypotermie MeSH
- klinická studie jako téma MeSH
- lidé MeSH
- magnetická rezonanční tomografie * využití MeSH
- mozková hypoxie a ischemie * diagnostické zobrazování MeSH
- novorozenec MeSH
- prognóza MeSH
- stupeň závažnosti nemoci MeSH
- vyhodnocení orgánové dysfunkce MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- novorozenec MeSH
- ženské pohlaví MeSH
Úvod: Zobrazovací metody mají v diagnostice pacientů s Crohnovou chorobou nezastupitelnou úlohu. V současné době existuje několik skórovacích systémů, jejichž cílem je pomocí předem stanovených parametrů objektivizovat hodnocení zánětlivého postižení střeva. Cílem této práce bylo srovnání nálezu zánětlivého střevního postižení na koloskopii a magnetické rezonanci (MR) při použití skórovacího systému MaRIA. Materiály a metody: Pacienti s Crohnovou chorobou podstoupili v rozmezí do 2 měsíců koloskopii a MR enterografii ve Fakultní nemocnici Brno v letech 2020–2022. Aktivita onemocnění na koloskopii byla hodnocena pomocí SES-CD a Rutgeerts score, na MR pomocí MaRIA skóre (zesílení stěny, její sycení, edém a přítomnost ulcerací). Nálezy z obou zobrazovacích metod byly srovnány, koloskopie byla zvolena zlatým standardem. U každého pacienta bylo analyzováno terminální ileum, tlusté střevo (rozdělené anatomicky na čtyři segmenty) a rektum. Výsledky: V této retrospektivní studii bylo analyzováno 203 střevních segmentů u 43 po sobě jdoucích pacientů (42 % mužů). Senzitivita MR enterografie v hodnocení aktivity střevního zánětu byla 62 %, specificita 94 %. Všechny parametry určující aktivitu zánětu na MR byly signifikantně vyšší u pacientů s aktivitou dle koloskopie a celková hodnota MaRIA skóre byla rovněž vyšší v této skupině (12,76 ± 7,48 vs. 5,27 ± 3,45; p < 0,001). Senzitivita se zvýšila na 90 % při izolované analýze tenkého střeva, při analýze tlustého střeva se naopak snížila na 34 %. Závěr: V naší studii jsme prokázali shodu mezi MR s použitím MaRIA skórovacího systému a koloskopií při hodnocení střevního zánětu u pacientů s Crohnovou chorobou.
Introduction: Imaging methods have an irreplaceable role in the diagnosis of Crohn’s disease. Several scoring systems are currently available to objectify the assessment of inflammatory bowel disease using predetermined parameters. The aim of this study was to compare the findings of inflammatory bowel involvement on colonoscopy and MRI using the MaRIA scoring system. Materials and methods: Patients with Crohn’s disease underwent colonoscopy and MR-enterography at the University Hospital Brno within 2 months between 2020 and 2022. Disease activity on colonoscopy was evaluated by SES-CD and Rutgeerts score; and on MRI by MaRIA score (wall thickening, wall enhancement, edema, and presence of ulceration). Findings from both imaging modalities were compared, and colonoscopy was chosen as the gold standard. In each patient, the terminal ileum, colon (divided anatomically into 4 segments), and rectum were analyzed. Results: 203 intestinal segments in 43 consecutive patients (42% male) were analyzed in this retrospective study. The sensitivity of MR enterography in the evaluation of intestinal inflammation activity was 62% and specificity was 94%. All parameters determining the activity of inflammation on MR were significantly higher in patients with activity according to the colonoscopy, and the overall MaRIA score was also higher in this group (12.76 ± 7.48 vs. 5.27 ± 3.45; P < 0.001). Sensitivity increased to 90% in isolated small bowel analysis, but decreased to 34% in colonic analysis. Conclusion: In our study, we demonstrated concordance between MRI using the MaRIA scoring system and colonoscopy in the evaluation of intestinal inflammation in patients with Crohn’s disease.
- Klíčová slova
- MaRIA skóre,
- MeSH
- Crohnova nemoc * diagnostické zobrazování diagnóza patologie MeSH
- dospělí MeSH
- kolonoskopie metody MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- magnetická rezonanční tomografie * metody MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- tlusté střevo diagnostické zobrazování patologie MeSH
- vyhodnocení orgánové dysfunkce MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Muskuloskeletální ultrazvuk (US) je moderní zobrazovací metoda, která se pro svůj velký diagnostický potenciál využívá v revmatologii se vzrůstající oblibou. Vyvinutí vysokofrekvenčních sond potřebných k zobrazení superficiálně uložených struktur dovoluje na rozdíl od skiagrafie precizně vyšetřit i měkké tkáně, jako šlachy nebo enteze, a vhodně zobrazit zmnoženou synovii. Umožňuje výrazné zpřesnění a urychlení diagnostiky revmatoidní artritidy (RA) především v jejích časných stadiích, kdy klinické hodnocení bývá často ještě negativní nebo nespecifické, a zachytit tak onemocnění co nejdříve, nejlépe v tzv. krátkém oknu příležitosti. Benefit tohoto vyšetření spočívá nejen ve včasném určení diagnózy, ale má také významný přínos při hodnocení aktivity kdykoliv v průběhu choroby. Tím pomáhá i při rozhodováni o dalším terapeutickém postupu, což je velice aktuální téma hlavně v dnešní éře biologických léků. Mnoho prací z posledních let dokazuje, že US je v monitoraci aktivity senzitivnější, než-li v současnosti nejčastěji využívané klinické kompozitní indexy (index DAS, DAS28, SDAI, CDAI). Doposud však nebyl vytvořen jednotný standardizovaný postup pro vyšetřování a skórování patologických nálezů detekovaných ultrazvukem na globální úrovni. Tato publikace informuje o současném dění v problematice ultrazvukových skórovacích indexů používaných při hodnocení aktivity revmatoidní artritidy a podává přehled o vybraných skórovacích indexech. Klíčová slova: revmatoidní artritida, synovialitida, ultrasonografie, ultrazvukové skórovací indexy, hodnocení aktivity onemocnění, remise
Musculoskeletal ultrasound (US) is a modern imaging modality, increasingly gaining popularity among rheumatologists for its considerable diagnostic potential. Development of high-frequency transducers required for visualization of superficially lying structures, in contrast to radiography, has allowed an examination of soft tissues, e.g. tendons and synovial hypertrophy, much more precisely. Ultrasonographic examination of joints facilitates diagnosing rheumatoid arthritis, particularly at an early stage, when clinical assessment is often negative or at least non-specific, at best in a short so-called ”window of opportunity.” Its benefit is not only in the initial diagnosis. US also plays an important role in accurate assessment of disease activity whenever needed. In this way, US aids clinicians to make further treatment decisions, especially in the new era of highly effective biologic agents. Many previous studies have shown, that sonography is more sensitive in monitoring a disease activity than presently most used composite indices (DAS, DAS28, SDAI, CDAI indices). However, there is a need for a standardized measurement system for investigating, detecting and scoring of pathological findings on a global level. This present study informs about ultrasound scoring systems mostly used in disease activity assessment and gives an overview of summarized scoring Indices. Key words: rheumatoid arthritis, synovitis, ultrasonography, ultrasound scoring systems, disease activity assessment, remission
- Klíčová slova
- synovialitida, hodnocení aktivity onemocnění, remise,
- MeSH
- financování organizované MeSH
- lidé MeSH
- obnova funkce MeSH
- progrese nemoci MeSH
- revmatoidní artritida ultrasonografie MeSH
- stupeň závažnosti nemoci MeSH
- synovitida ultrasonografie MeSH
- ultrasonografie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Acta medica Scandinavica, ISSN 0001-3101 vol. 180, suppl. 455
75 s. : grafy, tab. ; 24 cm