stool sample
Dotaz
Zobrazit nápovědu
Úvod: V současné době používané screeningové metody pro detekci kolorektálního karcinomu jsou založené na vyšetření přítomnosti okultního krvácení ve stolici, dále na vyšetření endoskopickém a irigografickém. Je snaha nalézt neinvazivní metody s vysokou citlivostí a specifitou, vhodné k masivnímu testování populace. Metodika: Identifikace molekulárních změn v kolonocytech získaných ze stolice pacientů může být slibným nástrojem pro takovýto screening. Detekce mutací v genech APC, K-ras, DCC, p53 a „dlouhá“ DNA mohou sloužit k časnému odhalení kolorektálního karcinomu ze vzorků stolice. Testování kombinace uvedených markerů v jednom testu zvyšuje citlivost a specifitu vyšetření, avšak zároveň i jeho cenu. Bylo by tudíž výhodné najít jednotný marker. Tím by mohl být nukleární faktor-kappaB (NF-κB) stanovovaný v kolonocytech uvolněných do stolice. Závěr: Molekulární testování stolice za účelem detekce kolorektálního karcinomu by mohlo být slibnou screeningovou metodou tohoto onemocnění. Pro ověření prvotních výsledků jsou však nezbytné velké, multicentrické studie.
Background: Current screening methods of colorectal carcinoma are based on examination of occult bleeding in the stool, and further on endoscopic and irrigographical (barium enema) examinations. Population-based non-invasive screening method having high sensitivity and specificity is needed. Methods: Detection of molecular alterations in colonocytes from the stool may be a promising new diagnostic tool for such screening. Determination of mutations in APC, K-ras, DCC, p53 genes and „long“ DNA may serve for early detection of colorectal cancer from stool samples. Multi-target DNA-assays employing all these markers suggest high sensitivity and specificity, unfortunately also expensiveness. Therefore finding a marker characteristic for all tumor cells would be desirable. Nuclear faktor-kappaB (NF-κB) could be such marker suitable for determination in colonocytes shed into the stool. Conclusion: Molecular testing of stool for early detection of colorectal cancer may be a promising screening method for this disease. Large multicenter trials are required to validate results obtained from preliminary clinical studies.
Východisko. H. pylori je příčinou různých gastroduodenálních onemocnění u dětí. K infekci dochází většinou u dětí a dospívajících, a proto je přesná diagnostika H. pylori infekce v dětské populaci důležitá. Testy pro diagnostiku infekce H. pylori mohou být invazivní nebo neinvazivní.Cílemnaší studie bylo srovnat neinvazivní stanovení antigenu H. pylori ve stolici (HpSA) s přímým stanovením mikroba v žaludeční sliznici. Metody a výsledky. Soubor tvořilo 91 dětí (40 chlapců, 51 děvčat, průměrný věk 12,6±3,5 roku), u kterých byla provedena endoskopie horní části trávicího traktu, histologické vyšetření žaludeční sliznice, rychlý ureázový test (RUT) a stanovení antigenu H. pylori ve stolici (ELISA). 31 dětí bylo H. pylori pozitivních (34,1 %) přímým průkazem v žaludeční sliznici a pozitivním RUT, stanovení antigenu H. pylori ve stolici bylo pozitivní u 28 z 31 dětí (senzitivita 90,3 %). Ze skupiny 60 dětí bez prokázané H. pylori infekce bylo stanovení antigenu H. pylori ve stolici negativní u všech 60 dětí (specificita 100%). Rozdílmezi oběma soubory byl statisticky vysoce významný (p=0,001). Prediktivní hodnota pozitivity testu byla 100 % a prediktivní hodnota negativity testu byla 95,2 %. Závěry. Nová neinvazivní metoda stanovení antigeny H. pylori ve stolici je vysoce senzitivní, specifická metoda, která může nahradit endoskopii v detekci H. pylori infekce u dětí se srovnatelnou spolehlivostí a přesností.
Background. H. pylori can cause several gastroduodenal diseases. Because H. pylori infection is usually acquired in childhood, accurate diagnosis of the infection in the pediatric population is important. Tests for the diagnosis of H. pylori infection can be divided into invasive and noninvasive. The aim of our study was to compare invasive tests (endoscopy, gastric mucosal biopsy, histology) and the noninvasive, newly developed stool antigen test to diagnose H. pylori infection. Methods and Results. 91 children (40 boys, 51 girls, mean age 12,6±3,5 years) with dyspeptic symptoms were tested for H. pylori infection using endoscopy and gastric biopsy and a new antigen test in stool samples (immunoassay). Thirty-one of the children (34,1 %) with dyspepsia were found positive for H. pylori according to histologic examination and rapid urease test. In 28 of the 31 patients, H. pylori stool antigen could be detected (senzitivity 90.3 %). Of the 60 patients with negative direct histologic examination and rapid urease test, 60 were H. pylori – negative in stool antigen test (specificity 100 %). Positive predictive value of stool antigen test is 100 % and negative predictive value is 95.2 %. Conclusions. The stool antigen test is highly sensitive and specific. It will be potentially very helpful in the diagnosis of H. pylori infection and can replace endoscopy for detection of H. pylori infection in children with comparable accuracy and reliability.
V diagnostice infekce Helicobacter pylori lze využít metody invazivní, kdy je nutné k průkazu odebrat vzorky získané biopsií při endoskopickém vyšetření, a neinvazivní, kdy endoskopie není nutná. K invazivním testům patří histologické vyšetření, kultivace, rychlý ureázový test (RUT) a molekulární metody. Mezi neinvazivní řadíme sérologické vyšetřeni protilátek, detekci antigenu ve stolici (HpsAg) a dechový test. V práci je porovnán kultivační průkaz z bioptátu a průkaz Ag ve stolici na souboru 300 pacientů, kterým byla současně s endoskopickým vyšetřením odebrána stolice.
In the diagnosis of Helicobacter pylori infection, it is possible to use either invasive methods when it is essential to take biopsy samples from endoscopic examination or non-invasive methods which do not require endoscopy. The invasive tests include histological examination, culture, rapid urease test and molecular methods. The non-invasive methods are serological tests, stool antigen detection (HpsAg) and respiratory tests. The article compares biopsy culture with stool antigen detection in a group of 300 patients in whom stool samples were collected simultaneously with endoscopic examination.
- Klíčová slova
- antigen Helicobacter pylori ve stolici (HpsAg), eradikace,
- MeSH
- antigeny bakteriální analýza MeSH
- feces mikrobiologie MeSH
- Helicobacter pylori imunologie izolace a purifikace MeSH
- infekce vyvolané Helicobacter pylori diagnóza MeSH
- jehlová biopsie MeSH
- lidé MeSH
- muži MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- žaludek mikrobiologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
Preanalytické a analytické aspekty kvantitativní metody stanovení hemoglobinu ve stolici mají podstatný význam na vyhodnocení testu, jehož pozitivita je indikací ke kolonoskopii při screeningu kolorektálních nádorů. Požadavky na kvalitu laboratorní analýzy vyžadují podle normy ČSN EN ISO 15189, aby byla hodnocena variabilita ve všech fázích procesu zkoušky. Preanalytickým aspektem je odběr a transport vzorku zahrnující odběrovou kazetu (množství stolice, objem a složení extrakčního pufru), konzistenci stolice, stabilitu vzorku (doba a teplota transportu). Analytickým aspektem je především variabilita imunochemické technologie, rozdílné protilátky, pufry, standardy a kalibrace analyzátorů. Harmonizace a standardizace stanovení hemoglobinu ve vzorcích stolice je tématem pracovní skupiny IFCC - WG-FIT (Working Group for Fecal Immunochemical Testing).
Preanalytical and analytical aspects of the quantitative method for the determination of haemoglobin in stool are essential for the evaluation of the test, the positivity of which is an indication for colonoscopy in the screening of colorectal tumors. The quality requirements for laboratory analysis require, according to standard ISO 15189, that variability be assessed at all stages of the test process. The pre-analytical aspect is the collection and transport of the sample including the collection cassette (amount of stool, volume and composition of the extraction buffer), stool consistency, stability of the sample (time and temperature of transport). The analytical aspect is mainly the variability of immunochemical technology, different antibodies, buffers, standards and calibration of analysers. Harmonization and standardization of hemoglobin determination in stool samples is the topic of the IFCC Working Group for Faecal Immunochemical Testing (WG-FIT).
- Klíčová slova
- imunochemický test na okultní krvácení,
- MeSH
- feces chemie MeSH
- hemoglobiny * analýza MeSH
- imunochemie metody MeSH
- kolorektální nádory * prevence a kontrola MeSH
- lidé MeSH
- okultní krev MeSH
- plošný screening MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Východisko. Stanovení antigenu H. pylori ve stolici je možné dvěma metodami. HpSA Premier Platinum, již dříve zavedený, využívá polyklonální protilátky. Nově zavedený test je založený na protilátkách monoklonálních. Cílem prospektivní studie bylo zhodnotit nově zavedený test stanovení antigenu H. pylori ve stolici (DAKO HpStAR) využívající monoklonální protilátky v detekci infekce H. pylori v dětském věku. Metody a výsledky. Soubor studie tvořilo 93dě tí, které se podrobily gastroskopii a biopsii antrální a korporální sliznice. Pozitivita H. pylori byla založena na dvou přímých testech (histologie, ureáza). U všech dětí bylo provedeno vyšetření antigenu H. pylori ve stolici (HpStAR) a sérologie IgG. Výsledky HpStAR byly odečteny spektrofotometricky (450/630 nm) při cut-off optické denzity 0.150. Z 93 dětí (42 chlapců, 51dívek) (2–18 roků), 26 dětí (27,9 %) (13,1±3,2 roku) bylo H. pylori pozitivních a 67 dětí (72,1 %) (12,8±4,7 roku) H. pylori negativních. Obě skupiny dětí se nelišily ve věku. U 2 dětí byla nesprávně diagnostikována infekce H. pylori (l falešně pozitivní a l falešně negativní) dle HpStAR. Senzitivita testu je 96,1 %, specificita 98,5 %, prediktivní hodnota pozitivity testu 96,1 % a prediktivní hodnota negativity testu 98,5 %. Sérologie IgG vykazovala senzitivitu 88,5 %, specificitu 70,2 %, prediktivní hodnotu pozitivity 53,5 % a prediktivní hodnotu negativity 94 %. Závěry. HpStAR metoda založená na monoklonálních protilátkách je přesná, spolehlivá, neinvazivní metoda pro stanovení infekce H. pylori v dětském věku, rozšiřující možnosti přesné neinvazivní diagnostiky.
Background. Premier Platinum HpSA EIAis an enzyme immunoassay developed for diagnosis of H. pylori infection using polyclonal antibodies against H. pylori in human stool. A new H. pylori stool antigen test, based on monoclonal antibodies, has been developed. Our aim was to evaluate prospectively the accuracy of the novel antigen stool test (DAKO HpStAR) using monoclonal antibodies for detection of H. pylori infection in children. Methods and Results. Total of 93c hildren undergoing upper gastrointestinal endoscopy were included in the study. Biopsy specimens were sampled from the gastric antrum and from the corpus. Patients were classified as H. pylori positive if histology and urease testwere positive. All children provided a stool samplewithin 3da ys after gastroscopy. IgG serology against H. pylori was also employed. HpStAR test was performed according to the manufacturers protocol. Results were read at 450/630 nm by spectrophotometry (cut-off point 0.150). Of the 93 children, 26 were H. pylori positive (13.1±3.2 yr), and 67 patients were H. pylori negative (12.8±4.7 yr). Only 2 children were misclassified (l false negative, and 1 false positive). Sensitivity was 96,1 %, specificity 98,5 %, the positive and negative predicting values were 96,1 % and 98,5 %, respectively. Serology showed sensitivity 88,5 %, specificity 70,2 %; the positive and negative predicting values were 53,5 % and 94 % respectively. Conclusion: HpStAR test based on monoclonal antibodies can be considered an accurate, non-invasive, reliable method for the diagnosis of H. pylori infection in children.
- MeSH
- antigeny MeSH
- dítě MeSH
- ELISA MeSH
- feces MeSH
- Helicobacter pylori patogenita MeSH
- infekce vyvolané Helicobacter pylori diagnóza MeSH
- lidé MeSH
- monoklonální protilátky diagnostické užití MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- srovnávací studie MeSH
Screening kolorektálního karcinomu má v České republice dlouhou tradici. Vysoká specificita screeningových testů je nezbytnou podmínkou pro použití v masové depistáži. Na rozdíl od individuální diagnostiky je v populačním screeningu větším rizikem falešná pozitivita než negativita, protože vede ke zvyšování nákladů, zbytečnému vyšetřování, komplikacím a negativnímu ovlivnění kvality života zdravých lidí. Kvantitativní stanovení hemoglobinu ve stolici je v současné době nejpřesnější metodou stanovení okultního krvácení vhodnou pro screening kolorektálního karcinomu. Optimalizace screeningu je řešena ve všech zemích, kde fekální imunochemický test (faecal immunochemical test, FIT) nahradil guajakové testy, a týká se cut-off kritéria pozitivity, počtu provedených testů, kombinace FIT s dalšími biomarkery a způsobu distribuce i analýzy vzorků. Standardizace a harmonizace FIT je nezbytnou podmínkou populačního screeningu kolorektálního karcinomu, přesnost a spolehlivost kvantitativní detekce hemoglobinu ve stolici musí být zajištěna externí kontrolou kvality.
Colorectal cancer screening has a long tradition in the Czech Republic. High specificity of screening tests is a prerequisite for use in mass screening. Unlike individual diagnostics, there is a higher risk of false positivity than negativity in population screening because it leads to increased costs, unnecessary investigation, complications, and a negative impact on the quality of life of healthy people. Quantitative haemoglobin detection in stool is currently the most accurate method of determining occult bleeding suitable for colorectal cancer screening. Optimization of screening is addressed in all countries where faecal immunochemical test (FIT) has replaced guaiac tests and involves cut-off criteria for positivity, number of tests performed, combination of FIT with other biomarkers, and distribution and sample analysis. Standardization and harmonization of FIT is a prerequisite for population screening of colorectal cancer and the accuracy and reliability of quantitative detection of haemoglobin in the stool should be ensured by external quality control.
- Klíčová slova
- kvantitativní analýza,
- MeSH
- adenom diagnóza MeSH
- biologické markery analýza MeSH
- časná detekce nádoru metody MeSH
- feces chemie MeSH
- hemoglobiny * analýza MeSH
- imunochemie metody MeSH
- klinická studie jako téma MeSH
- kolorektální nádory * prevence a kontrola MeSH
- lidé MeSH
- okultní krev MeSH
- plošný screening * metody MeSH
- prekancerózy diagnóza MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
The study aimed to identify colonized patients as a possible source of eventual VRE (vancomycin-resistant enterococci) infection from stool samples positive for glutamate dehydrogenase antigen, as well as for Clostridioides difficile toxins A and B. The study was carried out from 7/2020 to 9/2021. Stool samples were grown in a brain heart infusion medium with a gram-positive non-spore-forming bacteria supplement under aerobic conditions. The samples for VRE identification were grown on CHROMID® VRE agar, and the MICs for vancomycin and teicoplanin were also estimated. The presence of the vanA/vanB genes was tested using the PCR method. The total number of 113 stool samples positive for Clostridioides difficile toxins was analyzed. Of these samples, 44 isolates with VRE characters were identified. The most prevalent isolates in our set of isolates were Enterococcus faecium (27 isolates, 62%), Enterococcus faecalis (9 isolates, 21%), Enterococcus solitarius (4 isolates, 9%), Enterococcus durans (2 isolates, 4%), 1 isolate Enterococcus sulfurous (2%), and Enterococcus raffinosus (2%). In total, 26 isolates were detected in the study in the presence of vanA genes (24 isolates E. faecium, 2 isolates E. faecalis) and 18 isolates detected in the presence of vanB genes (7 isolates E. faecalis, 4 isolates E. solitarius, 3 isolates E. faecium, 2 isolates E. durans, 1 isolate E. sulfurous, and E. raffinosus). The results of this study showed the local dominance character of the vanA gene of hospital VRE isolates that were carriers of genes associated with high resistance to vancomycin, teicoplanin, and occasionally linezolid.
- MeSH
- antibakteriální látky farmakologie MeSH
- bakteriální proteiny genetika MeSH
- Clostridioides difficile * genetika MeSH
- Enterococcus faecium * genetika MeSH
- enterokoky rezistentní vůči vankomycinu * genetika MeSH
- grampozitivní bakteriální infekce * mikrobiologie MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiální testy citlivosti MeSH
- teikoplanin farmakologie MeSH
- vankomycin farmakologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Geografické názvy
- Slovenská republika MeSH
Next-generation sequencing has opened avenues to studying complex populations such as the bacteriome (all bacteria), mycobiome (all fungi), and virome (all viruses in a given sample). Viromes are less often investigated as compared to bacteriomes. The reasons are mostly methodological: because no common pan-viral sequence signature exists, metagenomic sequencing remains the only option. This brings about the need of laborious virus enrichment, multiple signal amplification steps with virtually no possibility of interim quality control, and complicated bioinformatic analysis of the ensuing sequence data. Nevertheless, over the past decade virome sequencing has been enormously successful in identifying new agents in human and animal diseases, and in characterizing viruses in various ecological niches. Recently, virome sequencing has been also employed in studies of non-infectious diseases, which has brought about new challenges of sensitivity, costs, and reproducibility in testing of large sets of samples. Here, we present a detailed protocol that has been utilized in virome studies where hundreds of samples had to be reliably tested in order to assess the association of the stool virome with susceptibility to type 1 diabetes, a non-infectious autoimmune disease.
- MeSH
- bakteriofágy klasifikace genetika izolace a purifikace MeSH
- DNA virů genetika izolace a purifikace MeSH
- feces virologie MeSH
- genová knihovna MeSH
- metagenom * MeSH
- metagenomika * metody MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- RNA virová genetika izolace a purifikace MeSH
- střevní mikroflóra * MeSH
- ultracentrifugace MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
This study aimed to characterize Clostridium difficile isolates cultured from stool samples of patients with C. difficile infection (CDI) and swabs from a medical environment in a gastroenterology center in Tehran, Iran. A total of 158 samples (105 stool samples from hospitalized patients and 53 swabs from medical devices and the environment) were collected from January 2011 to August 2011 and investigated for the presence of C. difficile by direct anaerobic culture on a selective media for C. difficile. C. difficile isolates were further characterized by capillary electrophoresis (CE) ribotyping and toxin gene multiplex PCR. Of 158 samples, C. difficile was cultured in 19 of 105 stool samples (18%) and in 4 of 53 swabs (7.5%). C. difficile PCR ribotype (RT) 126 was the most common RT in the study (21.7%). Further RTs were: 001, 003, 014, 017, 029, 039, 081, 103 and 150. RTs 126, 001, 150 were cultured from both the stool samples and swabs of medical devices and the hospital environment which suggest a possible route of transmission.
- MeSH
- bakteriální toxiny genetika MeSH
- Clostridioides difficile klasifikace genetika růst a vývoj izolace a purifikace MeSH
- feces mikrobiologie MeSH
- genetická variace * MeSH
- lidé MeSH
- nemocnice MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- ribotypizace * MeSH
- zdravotnické prostředky mikrobiologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Geografické názvy
- Írán MeSH
Úvod: Cílem studie bylo porovnat koncentraci lepku ve stolici pomocí měření z lepku odvozených imunogenních peptidů (GIP – gluten-related immunogenic peptides) s koncentrací protilátek proti tkáňové transglutamináze ve třídě IgA (anti-tTG IgA) v krvi u dětí s nově diagnostikovanou celiakií. Metody: Studie se zúčastnily děti, kterým byla na našem pracovišti diagnostikována od května 2018 do května 2020 celiakie a splnily podmínky studie. Při stanovení diagnózy jsme kromě anti-tTG IgA v krvi změřili GIP ve stolici. Tato vyšetření jsme zopakovali i při následné klinické kontrole. Obě metody – stanovení protilátek anti-tTG IgA v krvi i GIP ve stolici pomocí protilátky G12 – byly hodnoceny pomocí ELISA testu. Hodnoty jsme porovnali co do vztahu k příslušným horním hranicím normy. Výsledky: Studie se zúčastnilo 29 dětí (18 dívek) ve věku 2–15 let. U všech byly vstupní hodnoty GIP nad normu 0,15 μg/g (průměr 4,21; medián 3,29; standardní odchylka [SD] 3,7). Při kontrolním vyšetření (průměrně 4 měsíce od zahájení diety) byly koncentrace GIP u všech dětí až na tři (10,3 %) pod normu (průměr 0,29; medián 0,12; SD 0,73). V případě anti-tTG IgA byla jejich hodnota před zahájením diety průměrně 164 U/ml, s mediánem 195, SD 49, při horní hranici normy 9,9 U/ml. Při kontrolním odběru byly hodnoty anti-tTG IgA u všech dětí až na jedno nižší, ale pouze u deseti z nich (34,5 %) byly hodnoty v normě (průměr 27,9; medián 12,0; SD 38,9). Všechny děti deklarovaly striktní dodržování bezlepkové diety. Diskuze: Podle hodnocení koncentrace GIP ve stolici je adherence dětí s nově diagnostikovanou celiakií k bezlepkové dietě velmi dobrá, lepší než běžně literárně udávaná. Závěr: Hodnocení GIP ve stolici může být citlivějším ukazatelem dodržování bezlepkové diety zejména v prvních měsících od stanovaní diagnózy než anti-tTG IgA, u kterých je popsán výrazně pomalejší pokles do normy po zahájení bezlepkové diety.
Objectives and study: To compare the values of gluten-related immunogenic peptides (GIP) in stool and anti-tissue transglutaminase IgA antibodies (anti-tTG IgA) in blood in children newly diagnosed with coeliac disease (CD). Methods: All children (2–15 y) newly diagnosed with CD between May 2018 and May 2020 at our clinic who complied with the inclusion criteria were invited to join the prospective study. During workup for CD, a stool sample to measure GIP was taken together with a blood sample to measure anti-tTG IgA. All newly diagnosed children were invited 4 months later for a check-up. Children and their caregivers were asked about known non-compliance with the gluten-free diet (GFD), a blood sample was taken to measure the anti-tTG IgA, and a stool sample was collected to measure GIP. Blood was evaluated for anti-tTG IgA by ELISA, and the stool was tested by quantitative Sandwich ELISA designed to detect and quantify GIP using the G12 antibody. Values of GIP and anti-tTG IgA were compared in terms of their relation to the upper limit of normal (ULN) of the particular method. Results: 29 children (18 girls) were enrolled in the study. The values of GIP in stool at the time of diagnosis were above the ULN (0.15 μg/g) in all children. Average 4.21, median 3.29, standard deviation (SD) 3.7. After the four months, all but three (89.7%) had values of GIP in the reference range. Average 0.29, median 0.12, SD 0.73. Similarly, anti-tTG IgA values were above the ULN (9.9 U/mL) at the time of diagnosis in all children. Average 164, median 195, SD 49. Although the anti-tTG IgA levels were lower at check-up in all but one child, only 10 (34.5%) showed values within the normal range, with an average of 27.9, median 12.0, and SD 38.9. All children declared strict adherence to GFD. Discussion: Using the GIP concentration in stool, adherence to GFD in our cohort of children is very good, better than that described in literature. Conclusion: Measuring GIP in stool could prove a more sensitive indicator of adherence to GFD in the early months after the diagnosis of CD when anti-tTG IgA are still elevated above the ULN due to their well-described gradual decrease after GFD initiation.