webová aplikace Dotaz Zobrazit nápovědu
Každý badatel čas od času čelí problému správného výběru statistické metody, která by měla být aplikována, aby vhodně analyzovala jeho data. Naší snahou je zjednodušit tento proces ve smyslu vytvoření webové aplikace, která nabízí pomocnou ruku výzkumníkovi, který řeší statistickou analýzu ve své práci. Aplikace je vytvořena pomocí jazyka R a jednoho z jeho balíčků, Shiny, a je volně dostupná online. R je otevřený programovací jazyk a prostředí věnované zejména statistickým výpočtům a následným grafickým náhledům. Aplikace je dostupná na R-serveru 1. lékařské fakulty Univerzity Karlovy na http://shiny.statest.cz:3838/statisticke_nastroje/ a je založena na vývojovém diagramu navigujícím k aplikovatelné statistické metodě. Integrovaný vývojový diagram umožňuje výzkumníkovi vybrat nejvhodnější statistickou metodu ve smyslu průchodu diagramem krok po kroku tak, jak výzkumník dělá rozhodnutí odpovídáním na kladené otázky. Po určení nejvhodnější metody je přímým odkazem přesměrován na záložku aplikace, která nabízí provedení dané metody nad daty, která badatel do aplikace nahrál. Poskytnutí uživatelsky přátelské aplikace a vývojového diagramu mapujícího rozhodovací proces potenciálních statistických metod a vybírající tu nejvhodnější považujeme za cestu, jak tento proces zjednodušit. Přímé spojení – pomocí odkazu – mezi návrhem metody a záložkou s její realizací může zlepšit uživatelský komfort.
ÚZIS ČR v rámci projektu DRG Restart od srpna 2015 vyvíjí novou klasifikaci zdravotnických intervencí – Klasifikaci hospitalizačních procedur (KHP). Dílčím cílem projektu je vytvořit moderní klasifikaci procedur, která standardizovaně a detailně popíše péči poskytovanou v současné době v nemocnicích akutní lůžkové péče v ČR... Po pilotním testování KHP v 5 referenčních nemocnicích se projekt posunul do fáze široké externí oponentury. Pro tyto účely byla vyvinuta webová aplikace, která má sloužit jednak k vyhledávání odpovídajících procedur a dále k odborné recenzi zástupci jednotlivých lékařských společností. Struktura klasifikace je v aplikaci představena podle klinického kontextu, který je srozumitelný pro zdravotnické pracovníky a nabízí komplexní pohled. Druhým typem klasifikačního stromu je členění číselníkové, které více osvětlí princip, podle kterého byla KHP vytvořena. Samozřejmou součástí aplikace je fulltextové vyhledávání, které může být zpřesněno nastavením filtrů ve všech číselníkových dimenzích.
- MeSH
- financování organizované MeSH
- genetika trendy MeSH
- internet trendy využití MeSH
- lékařská informatika metody MeSH
- mezinárodní spolupráce MeSH
- molekulární biologie metody trendy MeSH
- počítače - zařízení pro uchovávání dat trendy využití MeSH
- řízení kvality MeSH
- software normy trendy MeSH
- techniky amplifikace nukleových kyselin metody využití MeSH
Využití metod průzkumové analýzy dat (exploratory data analysis, EDA) je při hodnocení klinických dat v medicíně klíčovou fází. Vizualizační principy, modely poukazující na trendy vývoje či např. znázornění potenciálních závislostí, pomáhají k lepší interpretaci měření a v diagnostickém rozhodování. Počet dostupných moderních EDA balíků pro vývojáře v posledních letech roste v souvislosti s rozvojem oboru Data Science. NeuroEDA je interaktivní webová aplikace pro hodnocení biomedicínských dat. Aplikace byla naprogramována ve statistickém jazyce R, v rámci reaktivního paradigmatu frameworku Shiny. Je dále rozvíjena a využívána Katedrou biomedicínské informatiky FBMI ČVUT ve spolupráci s Neurologickou klinikou 1. LF UK a VFN v Praze, především pro hodnocení pacientů s dystoniemi a Parkinsonovou nemocí. Zpracování uživatelských dat v tabulkové formě (.csv, excel) probíhá v serverové části. Kromě základních popisných statistik, průzkumových grafů a shlukové analýzy, které jsou vhodné i pro hodnocení velkých dat, nabízí aplikace metody pro robustní a neparametrickou analýzu. Ty jsou v neurologii obzvlášť vhodné. Typicky z důvodu malých počtů a vlivných pozorování. Dále kvůli častému nesplnění dalších statistických předpokladů. Mezi její výhody patří snadná rozšiřitelnost o nové R balíky a rychlá odezva ve webových prohlížečích. Uživatelské interaktivní prostředí umožňuje práci s funkcemi jazyka R bez znalosti skriptování.
Usage of methods for exploratory data analysis (EDA) plays an important role in assessment of clinical medical data. Visualizations, models and illustration of dependency can help for better understanding of measurements in the diagnostics and making decision. The number of available modern EDA packages for developers is increasing as well as the development of the Data Science field. NeuroEDA is an interactive web application for biomedical data assessment. The application was programmed in the R statistical language, based on reactive paradigm framework called Shiny. It is further developed and used by the Department of Biomedical Informatics FBME CTU in cooperation with the Neurological Clinic of the 1st Medical Faculty, Charles University in Prague. Especially for the patients with dystonia and Parkinson's disease. Computations and processing of user data are executed on the server side. Basic descriptive statistics, interactive graphs, clustering, robust and LOESS regression were implemented and are suitable for analytics of big data. Robust regression is especially suitable in neurology. Typically, due to the small numbers of measured observations and failure to prove other statistical assumptions. Among its advantages we can consider easy expandability of new R packages and quick response in web browsers. User interface allows to work with the R language features without any scripting knowledge.
- Klíčová slova
- neuroinformatika, neuroEDA,
- MeSH
- internet MeSH
- interpretace statistických dat MeSH
- lékařská informatika * MeSH
- navrhování softwaru MeSH
- neurologie * MeSH
- software MeSH
- statistika jako téma MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
V rámci projektu FRVŠ jsme připravili webovou e-learningovou aplikaci, která je implementována v jazyce Java v rozšířené verzi Java EE 6. Aplikace je navržena tak, aby bylo možné studijní materiály doplňovat, upravovat a dále rozšiřovat o další oblasti výuky. Tímto krokem se nám podařilo vytvořit multimediální e-learningový systém, který bude snadno udržitelný i v dalším časovém horizontu. Aplikace se automaticky přizpůsobuje jazykové preferenci studenta. Obsahuje administrátorské rozhraní pro vytváření nových studijních modulů a jejich rozšiřování a jednoduchý testovací modul, který dává uživateli zpětnou vazbu z právě nastudované látky. V aplikaci jsme vytvořili studijní modul zabývající se metodou elektrických analogií, což je jedna z hojně využívaných metod modelování živých organismů. Tuto metodu vysvětlujeme na problematice měření tělesného složení. Materiál obsahuje také informační video znázorňující klinický experiment, který probíhá na cvičení předmětu vyučovaného v rámci studia biomedicínského inženýrství na Fakultě elektrotechnické ČVUT v Praze. Video je vhodný způsob domácí přípravy a ukázka experimentálního měření pro studenty, kteří se nemohou výuky zúčastnit. Doufáme, že systém pomůže zatraktivnit nejen biomedicínské inženýrství vyučované na ČVUT, ale poskytne také cenné informace budoucím odborníkům na tomto poli.
A web-based e-learning application has been prepared within the realm of a Higher Education Development Fund (FRVŠ) project, implemented in Java in the extended version Java EE 6. The application was designed to support additions, modifications of study materials, and their expansions with courses in additional fields. This step enabled us to created a multimedia e-learning system that can be easily maintained also in respect to a further time horizon. The application adapts automatically to the student’s language preference. It includes an administrator’s interface used to create new study modules and to expand them, as well as a simple testing module providing the user with feedback regarding the content studied right at the given time. A study module was created in the application on the electric analogy method, which is one of amply used modelling methods of living organisms. This method is explained using body composition measurement as an example. An informative video is also included in the material, which shows a clinical experiment done at the seminar of a subject taught as part of the biomedical engineering study at the Faculty of Electrical Engineering, Czech Technical University in Prague. The video provides a suitable way of home study and an illustration of an experimental measurement for students who cannot be present. We hope that the system will help to make more attractive not only biomedical engineering taught at the Czech Technical University, but also to provide precious information to future specialists in this field.
- Klíčová slova
- selfie, fotografický autoportrét, PocketDerm, teledermatologie,
- MeSH
- acne vulgaris * diagnóza terapie MeSH
- ambulantní péče metody MeSH
- dermatologie etika metody MeSH
- dostupnost zdravotnických služeb MeSH
- fotografování MeSH
- internet * MeSH
- lidé MeSH
- on-line systémy MeSH
- sociální média MeSH
- software MeSH
- telemedicína * etika metody organizace a řízení MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- zprávy MeSH
- Geografické názvy
- Spojené státy americké MeSH
- 2.2 Geoinformatika, geografický informační systém 13 -- 2.3 Internet, World Wide Web .14 -- 2.4 Webová mapa (web map, web mapping) .15 -- 2.5 Webová kartografie (web cartography) .17 -- 2.6 Webový GIS (WebGIS Geovizualizace (geovisualization) 20 -- 2.8 Interaktivita, dynamika 21 -- 2.9 Mapový portál, mapová aplikace
1. elektronické vydání 1 online zdroj (196 stran)
Publikace si klade za cíl, jako první dílo na trhu, komplexně postihnout a popsat aspekty i principy webové kartografie.
Cíl: Změna antidepresivní či antipsychotické terapie je často nezbytná a musí být provedena efektivně a pokud možno s minimalizací neodůvodněného přerušení léčby. Z těchto důvodů byl vytvořen jednoduchý asistenční softwarový nástroj - aplikace SwitchApp, která je určena k "evidence based" určení doby podávání a výše dávek jednotlivých léčivých přípravků při jejich změně a významně usnadní psychiatrům nebo lékařům jiných odborností provést příslušnou změnu terapie. Materiál a metoda: Datové podklady pro aplikaci SwitchApp byly získány z veřejných zdrojů (souhrny údajů o přípravcích, odborná literatura, doporučené postupy). Vyhodnocením spotřeb byla určena v České republice nejčastěji používaná antipsychotika i antidepresiva. Na základě wireframů, zadání a dodaných podkladů byla nejdříve vytvořena webová stránka (za pomoci frameworků ASP.NET Core a Angular), která byla interně uživatelsky testována. Po schválení finální podoby webové stránky byla vyvinuta mobilní aplikace pro zařízení s operačními systémy Android a iOS (použití frameworku Apache Cordova). Výsledky: Webová aplikace má velmi jednoduché intuitivní rozhraní a je umístěna na webové adrese www.switchapp.cz. Aplikace pro mobilní telefony je ke stažení a instalaci pod názvem SwitchApp (TME solutions, s. r. o. - lékařství) na platformách Google Play (Android) a App Store (iOS). An-tipsychotika i antidepresiva jsou nabízena z rolovacích seznamů v levé části obrazovky, terapeutické dávky zadávány v části pravé. Po zadání požadovaných údajů (povinné jsou účinné látky, dávka nemusí být zadána) lze získat v případě antipsychotik přehledný dávkovací graf a textový popis, v případě antidepresiv textový popis, jakým způsobem provést změnu léčivého přípravku. Závěr: SwitchApp je první a jediný webový portál a mobilní aplikace v českém jazyce usnadňující plánování schématu při změně léčivých přípravků. Aplikace nabízí přehledný návod, v němž lékař získá "evidence based" doporučení pro postupnou změnu dávkování antipsychotika nebo antidepresiva, jejichž léčbu ukončuje nebo zahajuje. Validitu výstupů stvrzuje odborná garance Psychiatrické společnosti ČLS JEP, nicméně jedná se pouze o doporučující návrh postupu, kterým se lékař při změně farmakoterapie u těchto skupin pacientů řídí, neboť vždy je nutné zohledňovat celkový zdravotní stav léčených pacientů.
Objective: Switching the treatment with antidepressant and antipsychotic drugs is often necessary and must be carried out effectively to minimize unjustified treatment interruptions. For these reasons, we have decided to create a simple assistance software tool - the SwitchApp application. This application can serve as an "evidence-based" guide to determine the duration of administration and the dosing of individual medicinal products when switching between them, and thus substantially assist psychiatrists when switching respective therapy. Material and methods: Data for the Switch App were obtained from public sources (summaries of product characteristics, scientific literature, guidelines). The most frequently used antipsychotics and antidepressants in the Czech Republic have been selected. A website was first created based on wireframes, assignments and provided documentation (using ASP.NET Core and Angular frames), which has been internally tested by a user. When the final version of the website was approved, a mobile application was developed for Android and iOS devices (using the Apache Cordova framework). Results: The web application has a very simple intuitive interface, which can be accessed on www.switchapp.cz. The application for mobile phones can be downloaded and installed under the name SwitchApp (TME solutions s.r.o. - medicine) on the Google Play (Android) and App Store (iOS) platforms. Antipsychotics and antidepressants are selected from the scrolling lists in the left part of the screen and therapeutic doses are entered in the right part of the screen. After entering the required data (active substances are mandatory, the dose does not have to be entered) and clicking on the box "evaluate", a clear dosing chart and a text description in case of antipsychotics and a text description in case of antidepressants are displayed. Conclusion: SwitchApp is the first and the only Web portal and a mobile application in the Czech language assisting physicians to plan a schedule when switching medicinal products. The application contains a clear guide offering physicians evidence-based recommendations for the gradual change of dosing of antipsychotics or antidepressants they are discontinuing or initiating. The validity of the outcomes is confirmed by the professional guarantee of the Psychiatric Society of the Czech Medical Association of J. E. Purkyne. However, this is only a recommended proposal for the procedure when switching pharmacotherapy in such groups of patients, but the overall health status must always be taken into account.
- MeSH
- antidepresiva aplikace a dávkování MeSH
- antipsychotika aplikace a dávkování MeSH
- lidé MeSH
- mobilní aplikace * MeSH
- náhrada léků * metody MeSH
- rozvrh dávkování léků MeSH
- směrnice pro lékařskou praxi jako téma MeSH
- telemedicína metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Primární imunodeficience jsou skupinou čítající v současné době přes 450 onemocnění, jejichž klinický a laboratorní fenotyp je často velmi nespecifický, což představuje zásadní překážku ve vytipování rizikových pacientů, promptní diagnostice a cílené léčbě. V rámci projektu Primary ImmunoDeficiency Look-up App (PIDLA) jsme vytvořili aplikaci napomáhající lékařům v diferenciální diagnostice vrozených poruch imunity. Aplikace je postavena na základech mezinárodní klasifikace primárních imunodeficiencí IUIS z roku 2020 a využívá sofistikovaných vyhledávacích a řadících algoritmů. V textu popisujeme metodu tvorby aplikace a demonstrujeme její funkci. PIDLA je volně dostupný na webové stránce www.pidla.eu.
Primary immunodeficiencies are now a group of over 450 diseases, whose clinical and laboratory phenotypes can be very ambiguous and therefore present a major hurdle to the selection of high-risk patients, quick diagnosis and targetted therapy. As part of the Primary ImmunoDeficiency Look-up App (PIDLA) project we created an app which assists physicians in the differential diagnosis of inborn errors of the immunity. The app is based on the international classification of primary immunodeficiencies IUIS from the year 2020 and utilizes sophisticated searching and ranking algorithms. In this text we describe the method of app development and demonstrate its function. PIDLA is freely available at the webpage www.pidla.eu.
- Klíčová slova
- PIDLA,
- MeSH
- algoritmy MeSH
- diferenciální diagnóza MeSH
- nemoci imunitního systému MeSH
- primární imunodeficience * diagnóza MeSH
- příznaky a symptomy MeSH
- využití lékařské informatiky * MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Gaitbase je specializovaná aplikace pro zpracování a zobrazení klinických záznamů chůze. Aplikace je určena pro zpracování záznamů pořízených systémem VICON s přidanými perifériemi (tenzometrické plošiny, EMG, spirometr atd.). Aplikace zobrazuje pohybová data v přehledných kinematických a kinetických grafech a umožňuje porovnání chůze s naměřenou kontrolní skupinou. Pro objektivní hodnocení je možné zobrazit a exportovat vypočítané parametry, které popisují chůzový cyklus a jeho případnou odchylku od normy. Data se zpracovávají na serveru a jsou přístupná přes webové rozhraní. Součástí aplikace je databáze pacientů a jednotlivých vyšetření, kterou lze snadno spravovat pod různými rolemi. Aplikace je vyvíjena na katedře Biomedicínské informatiky Fakulty biomedicínského inženýrství ČVUT ve spolupráci s 1. lékařskou klinikou v Grazu a momentálně je testována a nasazena pro účely klinického hodnocení a výzkumu chůze dětí postižených mozkovou obrnou.
