The aim of the current study was to screen and identify heavy metal (chromium, cadmium, and lead) associated bacteria from petroleum-contaminated soil of district Muzaffarabad, Azad Jammu and Kashmir, Pakistan to develop ecofriendly technology for contaminated soil remediation. The petroleum-contaminated soil was collected from 99 different localities of district Muzaffarabad and the detection of heavy metals via an atomic absorption spectrometer. The isolation and identification of heavy metals-associated bacteria were done via traditional and molecular methods. Resistogram and antibiogram analysis were also performed using agar well diffusion and agar disc diffusion methods. The isolated bacteria were classified into species, i.e., B. paramycoides, B. albus, B. thuringiensis, B. velezensis, B. anthracis, B. pacificus Burkholderia arboris, Burkholderia reimsis, Burkholderia aenigmatica, and Streptococcus agalactiae. All heavy metals-associated bacteria showed resistance against both high and low concentrations of chromium while sensitive towards high and low concentrations of lead in the range of 3.0 ± 0.0 mm to 13.0 ± 0.0 mm and maximum inhibition was recorded when cadmium was used. Results revealed that some bacteria showed sensitivity towards Sulphonamides, Norfloxacin, Erythromycin, and Tobramycin. It was concluded that chromium-resistant bacteria could be used as a favorable source for chromium remediation from contaminated areas and could be used as a potential microbial filter.

• MeSH
• antibakteriální látky * farmakologie   MeSH
• Bacteria * účinky léků   klasifikace   izolace a purifikace   genetika   MeSH
• chrom metabolismus   MeSH
• kadmium analýza   MeSH
• látky znečišťující půdu * analýza   MeSH
• mikrobiální testy citlivosti * MeSH
• olovo MeSH
• půda chemie   MeSH
• půdní mikrobiologie * MeSH
• ropa mikrobiologie   analýza   MeSH
• těžké kovy * farmakologie   analýza   MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Pákistán MeSH

Environmental pollution is a serious problem that can cause sicknesses, fatality, and biological contaminants such as bacteria, which can trigger allergic reactions and infectious illnesses. There is also evidence that environmental pollutants can have an impact on the gut microbiome and contribute to the development of various mental health and metabolic disorders. This study aimed to study the antibiotic resistance and virulence potential of environmental Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) isolates in slaughterhouses. A total of 100 samples were collected from different slaughterhouse tools. The samples were identified by cultural and biochemical tests and confirmed by the VITEK 2 system. P. aeruginosa isolates were further confirmed by CHROMagarTM Pseudomonas and genetically by rpsL gene analysis. Molecular screening of virulence genes (fimH, papC, lasB, rhlI, lasI, csgA, toxA, and hly) and antibiotic resistance genes (blaCTX-M, blaAmpC, blaSHV, blaNDM, IMP-1, aac(6')-Ib-, ant(4')IIb, mexY, TEM, tetA, and qnrB) by PCR and testing the antibiotic sensitivity, biofilm formation, and production of pigments, and hemolysin were carried out in all isolated strains. A total of 62 isolates were identified as P. aeruginosa. All P. aeruginosa isolates were multidrug-resistant and most of them have multiple resistant genes. blaCTX-M gene was detected in all strains; 23 (37.1%) strains have the ability for biofilm formation, 33 strains had virulence genes, and 26 isolates from them have more than one virulence genes. There should be probably 60 (96.8%) P. aeruginosa strains that produce pyocyanin pigment. Slaughterhouse tools are sources for multidrug-resistant and virulent pathogenic microorganisms which are a serious health problem. Low-hygienic slaughterhouses could be a reservoir for resistance and virulence genes which could then be transferred to other pathogens.

• MeSH
• antibakteriální látky * farmakologie   MeSH
• bakteriální léková rezistence genetika   MeSH
• biofilmy účinky léků   růst a vývoj   MeSH
• faktory virulence * genetika   MeSH
• jatka * MeSH
• mikrobiální testy citlivosti * MeSH
• mikrobiologie životního prostředí MeSH
• Pseudomonas aeruginosa * genetika   účinky léků   patogenita   izolace a purifikace   MeSH
• virulence genetika   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• MeSH
• Acinetobacter účinky léků   MeSH

Jedním z největších problémů současné medicíny je extrémní nárůst rezistence bakterií k antibiotikům. Léčba antibiotiky se tak výrazně komplikuje, a to nejen u pacientů na jednotkách intenzivní péče. Ale i v komunitě. Pro zachování účinnosti stávajících antibiotik je nutná multioborová spolupráce, jak na úrovni diagnostiky infekcí, tak především správné volby antibiotik, aby byla používána pouze na léčbu bakteriálních infekcí, nikoliv kolonizace pacienta. Antibiotický stewardship se stává etickým imperativem a mezi jeho klíčové prvky patří i kumulativní antibiogramy, které pomáhají při racionálním výběru antibiotik v iniciální terapii, jestliže konkrétní výsledky u daného pacienta nejsou ještě k dispozici. Avšak tvorba kumulativních antibiogramů není jasně definovaná, k dispozici jsou pouze americká doporučení, která nejsou zcela odpovídající potřebám klinické mikrobiologie u hospitalizovaných pacientů. Cílem práce je prezentovat možná úskalí tvorby kumulativních antibiogramů s ohledem na jediné existující doporučení CLSI a návrh doporučení pro jejich přípravu v ČR.

In today’s medicine, one of the main challenges is an extreme increase in bacterial resistance, making antibiotic treatment in both intensive care units and in the community considerably more difficult. To maintain the efficacy of existing antibiotics, close interdisciplinary cooperation is crucial for diagnosing infectious diseases as well as for selecting appropriate antibiotics so that these are only used for treating bacterial infections, not natural bacterial colonization. Antibiotic stewardship has become an ethical imperative, with cumulative antibiograms being one of its core elements. Cumulative antibiograms help with rational choice of antibiotics for initial therapy when the patient’s results are still pending. However, preparation of cumulative antibiograms is not clearly defined. Only two American guidelines are available that do not correspond with the needs of clinical microbiology in hospitalized patients. The article aims to present the potential pitfalls of preparing cumulative antibiograms based on the only CLSI guidelines and a draft of recommendation for their preparation in the Czech Republic.

• Klíčová slova
• kumulativní antibiogram,
• MeSH
• antibakteriální látky farmakologie   MeSH
• antibiotická politika * metody   MeSH
• Bacteria účinky léků   MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• kontrola infekce normy   MeSH
• lidé MeSH
• směrnice pro lékařskou praxi jako téma MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Litomyšlská nemocnice, a. s., oddělení infekční diagnostiky používá od roku 2003 analyzátor antibiogramů BACMED 4i. Zkušenosti s analyzátorem jsou předmětem následujícího sdělení. Digitální kamera pomohla od samého začátku používání pro zkvalitnění metody laboratorního zhotovení antibiogramů. Rozhodli jsme se pro standardizaci takové kvality, kdy není problém každý antibiogram dokumentovat, k archivům se vracet, porovnávat provedení individuální zručnosti, odpovědnosti a především analýzy pro antibiotickou terapii nemocných. Důkladným pravidelným prohlížením antibiogramů na fotografii za použití zoomu se podařilo odstraňovat postupně i drobné odchylky provedeného diskového difuzního testu stanovení citlivosti. Společným prohlížením fotografií se zrodila řada opatření, jak získat antibiogramy, které svojí kvalitou lze považovat za ukázku standardizace laboratoře. Nyní se domníváme, že bez dokumentace lze „vyhodnotit každý provedený antibiogram“, ale s archívní dokumentací se některé testy provádějí opakovaně až splňují metodickou kvalitu.

• MeSH
• dokumentace MeSH
• expertní systémy MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH

Cíl: Vyhodnotit účinnost diskového difuzního testu pro epidemiologickou ivpizaci nemocničních kmenů komplexu Acinelobacter calcoaceticus Acinelobacter haumannii. Metodika: Antibiotika pro typizaci byla vybrána z 18 preparátů podle distribučních charakteristik a vzájemné korelace u epidemiologicky heterogenniho souboru kmenů (n = 103). Sestavy průměrů inhibičních zón (kvantitativní antibiogramy) byly porovnány pomocí shlukové analýzy s euklidovskou vzdáleností (E) jako koeficientem podobnosti. Rozlišovací účinnost kvantitativního antibiogramu a dalších epidemiologických markerů byla vypočtena pomocí diskriminačního indexu (D) pro 57 epidemiologicky nesouvisejících kmenů. Stabilita a epidemiologická konkordance byla analyzována u devíti skupin, z nichž každá zahrnovala pouze izoláty s epidemiologickou vazbou (n = 46). Výsledky: Typizační sestava zahrnovala 11 antibiotik (ampicilin+sulbaktam, piperacilin, ceftazidim, imipenem, ko-trimoxazol, ofloxacin, gentamicin, tobramycin, amikacin, netilmicin a tetracyklín). Reprodukovatelnost kvanfitativního antibiogramu byla 97 % při E < 8. Ve srovnání s ribotypizací a biotypizací dosáhla tato metoda nejvyšší rozlišovací účinnost pro multirezistentní kmeny A. haumannii (D = 0,95). Výsledkem numerické analýzy kvantitativních antibiogramu u 46 multirezistentnich izolátů A. baumannii bylo osm zřetelně odlišených shluků. Sedm shluků zahrnovalo pouze izoláty s epidemiologickou vazbou a shodným genotypem, jeden shluk obsahoval izoláty dvou biochemicky i genotypově odlišných skupin a dva izoláty zůstaly z důvodu nestability rezistence nezařazeny. Závěr: Analýza kvantitativních antibiogramu je vhodnou metodou typizace multirezistentnich kmenů A. haumannii. Má vysokou rozlišovací účinnost a umožňuje diferencovat kmeny s podobným genotypem. Meze metody vyplývají z nestability markerů rezistence a fenotypové konvergence.

Objective: To assess the efficacy of the disk diffusion lest in epidemiologital typing of hospital strains of the Acinetohacter calcoaceticus Acinelohacter haumannii complex. Methods: The antibiotics for typing were selected from 18 drugs according to the distribufion characteristics and correlation in 103 epidemiologically unrelated strains. Sets of inhibition zone diameters, i.e. quantitative antibiograms, were compared using cluster analysis with Euclidian distance as the criterion of similarity. To evaluate the discriminatory power of the quantitative anfibiogram and other phenotypic and genotypic markers, discrimination indices (D) were calculated from the data obtained with 57 epidemiologically unrelated strains. Stability and epidemiologic concordance were tested in nine groups of epidemiologically related A. baumannii isolates (n = 46). Results: Eleven antibiotics were selected for typing: ampicillin+sulbactam, piperacillin, ceftazidime, imipenem, co-trimoxazole, ofloxacinin, gentamicin, tobramycin, amikacin, netilmicin and tetracycline. The reproducibility of the quantitative antibiograms was 97 % at the Euaclidian distance lower than or equal to 8. Compared to ribotyping and biotyping, the discriminatory power of quantitative anfibiogram typing was highest for the multiresistant strains of A. haumannii (D = 0,95). Numerical analysis of the antibiograms of 46 mulfiresistant A. baumannii isolates yielded eight disfinct clusters which correlated with the epidemiological data and genotypic properfies of the isolates. Each of seven clusters grouped c only epidemiologically related isolates, while one cluster united the isolates belonging to two genetically and epidemiologically distinct grouptps, and two isolates remained unclustered due to their instability in resistance. Conclusion: The similarity analysis of quantitative anfibiograms is a suitable tool for typing multiresistant strains of A. haumannii, having a high discriminatory power and potenfial for differenfiating strains with similar genotypes. Limits to the method are given by the instability of the resistance markers and phenotypic convergence.

• MeSH
• Acinetobacter fyziologie   izolace a purifikace   účinky léků   MeSH
• antibakteriální látky MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiální testy citlivosti metody   statistika a číselné údaje   MeSH
• mnohočetná léková rezistence fyziologie   MeSH
• molekulární epidemiologie MeSH
• shluková analýza MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• antibiotická rezistence MeSH
• hodnocení léčiv MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH

• Konspekt
• Farmacie. Farmakologie
• NLK Obory
• farmacie a farmakologie

• MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH

• Konspekt
• Farmacie. Farmakologie
• NLK Obory
• farmacie a farmakologie

• MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH

• Konspekt
• Farmacie. Farmakologie
• NLK Obory
• farmacie a farmakologie

• MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH

• Konspekt
• Farmacie. Farmakologie
• NLK Obory
• farmacie a farmakologie