Candidate genes
Dotaz
Zobrazit nápovědu
Je uveden přehled kandidátních genů proteinů zúčastněných v metabolismu glukózy, lipidů a dalších metabolitů (transportérů glukózy, inzulinového receptoru, proinzulinu, glukokinázy, amylinu, syntázy glykogenu). Jednou z hlavních příčin urychlené aterogeneze u pacientů s diabetes mellitus II. typu (NIDDM) jsou výrazné, geneticky podmíněné, odchylky v metabolismu lipidů, lipoproteinů a apolipoproteinů. Na metabolické dyshomeo- stáze mnohočetného metabolického syndromu se v procesu aterogeneze dále podílejí: izoformy apolipoproteinu E4, izoformy apolipoproteinu A-IV-1/1, hyperurikémie, zvýšené hladiny plazminogen aktivátoru inhibitoru 1 (PAI-1), hyperfibrinogenémie, hyperhomocysteinémie a další metabolity (cytokiny, endotelin aj.). Pacienti s větší genetickou citlivostí manifestují diabetes dříve, v plném rozsahu a v mladším věku umírají, především na kardiovaskulární choroby, ale i pro vyšší incidenci nádorových onemocnění.
The author presents a review on candidate genes of proteins involved in the metabolism of glukose, lipids and other metabolites (glucose carriers, insulin receptors, proinsulin, glucokinase, amyline, glycogen synthase). One of the main causes of enhanced atherogenesis in patients with type II diabetes (NIDDM) are marked genetically conditioned deviations of the lipid, lipoprotein and apolipoprotein metabolism. In the metabolic dyshomeostasis of multiple metabolic syndrome participate in the process of atherogenesis also: isoforms of apolipoprotein E4, isoforms of apolipoprotein A-IV-1/1, hyperuricaemia, raised levels of the plasminogen activator inhibitor 1 (PAI-1), hyperfibrinogenaemia, hyperhomocysteinaemia and other metabolites (cytokines, endothelin etc.). Patients with a greated genetic sensitivity manifest diabetes sooner and more intensely and die at a younger age in particular from cardiovascular disease, but also on account of a higher incidence of tumours diseases.
- MeSH
- dítě MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- geny fyziologie genetika MeSH
- hyperkineze etiologie genetika klasifikace MeSH
- lidé MeSH
- polymorfismus genetický genetika MeSH
- psychomotorické poruchy etiologie genetika klasifikace MeSH
- receptory dopaminové genetika klasifikace MeSH
- receptory interleukinu-6 genetika účinky léků MeSH
- výzkumný projekt MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- srovnávací studie MeSH
In Saccharomyces cerevisiae, the Yap family of basic leucine zipper (bZip) proteins contains eight members. The Yap family proteins are implicated in a variety of stress responses; among these proteins, Yap1 acts as a major regulator of oxidative stress responses. However, the functional roles of the remaining Yap family members are poorly understood. To elucidate the function of Yap2, we mined candidate target genes of Yap2 by proteomic analysis. Among the identified genes, FRM2 was previously identified as a target gene of Yap2, which confirmed the validity of our screening method. YNL134C and YDL124W were also identified as candidate Yap2 target genes. These genes were upregulated in strains overexpressing Yap2 and possess Yap2 target sequences in their promoter regions. Furthermore, chromatin immunoprecipitation assays showed that YNL134C and YDL124W have Yap2 binding motif. These data will help to elucidate the functional role of Yap2.
- MeSH
- alkoholoxidoreduktasy biosyntéza genetika MeSH
- chromatinová imunoprecipitace MeSH
- DNA fungální genetika MeSH
- geny hub * MeSH
- oxidoreduktasy biosyntéza genetika MeSH
- promotorové oblasti (genetika) MeSH
- proteomika metody MeSH
- regulace genové exprese u hub * MeSH
- Saccharomyces cerevisiae - proteiny biosyntéza genetika metabolismus MeSH
- Saccharomyces cerevisiae genetika metabolismus MeSH
- transkripční faktory metabolismus MeSH
- vazba proteinů MeSH
- vazebná místa MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Autori prezentujú výsledky analýzy kandidátnych génov pre autozomálne recesívnu proximálnu spinálnu svalovú atrofiu (typ I, II a III) v súbore 38 slovenských pacientov. Delécie v exónoch 7 SMNtel génu identifikovali u 86,8 % (33/38) pacientov, nezávisle od typu ich ochorenia. Delécie zasahujúce i exóny 5 a 6 NAIP génu identifikovali u 42,9 % (9/21) pacientov s typom I, 12,5 % (1/8) s typom II a u zadných (0/9) s typom III spinálnei svalovej atrofie. U jedného pacienta identifikovali hybridný SMNcentel gén, ktorý pravdepodobne vznikol dôsledkom intrachromozomálnej delécie, prípadne nehomologickéj rekombinácie. U pacientov bez identifikovaných delécií v kandidátnych génoch autori pomocou SSCP analýzy vyhfadávali prípadné ďalšie mutácie vo všetkých exónoch a promótorovej oblasti ktorá im v niektorých diagnosticky sporných prípadov pomohla vylúčiť väzbu ochorenia na 5q oblasť, a tým u nich vylúčiť diagnózu spinálnej svalovej atrofie. Autori vykonávajú i prenatálnu diagnostiku tohoto ochorenia - výsledky ich práce teda slúžia nielen na vedecké, ale i praktické účely.
The authors present the results of analysis of autosomal recessive spinal muscular atrophy (type I, II and III) candidate genes in a sample of 38 Slovak patients. They identified deletions within exon 7 of the SMNtel gene in 86.8% (33/38) patients, independent on the disease type. Deletions involving also exons 5 and 6 of the NAIP gene were identified in 42.9% (9/21) of type 1,12.5% (1/18) of type II, and in none (0/9) of type III spinal muscular atrophy patients. In one type I patient, the hybrid SMNcen-tel gene was identified, probably created by either intrachromosomal deletion or unequal recombination. In patients without deletion within the SMN and NAIP they screened for other mutations in all exons and the promoter region of the SMN gene, using SSCP analysis. In these patients an analysis of Agl-CA and C212 polymorphic markers was performed, which in some diagnostically controversial cases helped to exclude the linkage of their disease to the 5q region, and in this way to exclude spinal muscular atrophy as their clinical diagnosis. The authors also perform prenatal diagnosis of the disease - results of their work have both, the scientific and practical applications.
Maturity-onset diabetes of the young (MODY) je specifická monogenní forma diabetes mellitus (DM), patří do skupiny geneticky podmíněných defektů b-buněk pankreatu a tvoří asi 5 % všech případů DM. MODY je charakterizováno autozomálně dominantní dědičností, časným nástupem onemocnění (do 25 let věku), zhoršenou funkceschopností pankreatických b-buněk a variabilitou přidružených klinických projevů. MODY je geneticky heterogenní onemocnění. Dosud bylo identifikováno sedm různých genů, jejichž mutace způsobují onemocnění MODY: gen pro hepatocytární nukleární faktor-4 alfa (HNF-4a) [MODY 1] na chromozomu 20q; gen pro glukokinázu (GCK) [MODY 2] na chromozomu 7p; gen pro hepatocytární nukleární faktor-1 alfa (HNF-1a) [MODY 3] na chromozomu 12q; gen pro inzulínový promotorový faktor-1 (IPF-1) [MODY 4] na chromozomu 13q; gen pro hepatocytární nukleární faktor-1 beta (HNF-1b) [MODY 5] na chromozomu 17cen-q; gen pro neurogenní diferenciační protein (NeuroD1) [MODY-6] na chromozomu 2q32; a gen pro transkripční faktor islet-1 (Isl-1) [MODY-7] na chromozomu 5q. Každý podtyp MODY (MODY 1-7) má vlastní specifické klinické projevy. Nicméně existují pacienti s MODY, u kterých dosud nebyl zodpovědný genetický defekt nalezen. Molekulárně genetické testování pacientů umožňuje stanovení příslušného podtypu MODY a predikci dalšího průběhu onemocnění a přispívá k volbě optimálního léčebného postupu.
Maturity-onset diabetes of the young (MODY) is a specific monogenic form of diabetes mellitus (DM) and it comprises about 5 % of all cases of DM. MODY is characterized by autosomal dominant inheritance, by early age of onset (< 25 years), by pancreatic b-cell dysfunction and by variable additional clinical features. MODY is a genetically heterogeneous disease. To date, seven different genes have been identified whose mutations cause MODY: gene for hepatocyte nuclear factor-4 alpha (HNF-4a) [MODY 10] on chromosome 20q; for glucokinase (GCK) [MODY 2] on chromosome 7p; for hepatocyte nuclear factor-1 alpha (HNF-1a) [MODY 3] on chromosome 12q; for insulin promoter factor-1 (IPF-1) [MODY 4] on chromosome 13q; for hepatocyte nuclear factor-1b (HNF-1b) [MODY 5] on chromosome 17cen-q; for neurogenic differentiation protein (NeuroD1) [ MODY-6] on chromosome 2q32; and for the transcription factor islet-1 (Isl-1) [MODY-7] on chromosome 5q. Each subtype of MODY (MODY 1-7) has its own specific clinical phenotype. However, there are other patients with MODY in whom the responsible genetic defect is still unknown. Molecular genetic testing in patients with diabetes offers the possibility of making an exact diagnosis of MODY, allows prediction of the future clinical course and contributes to therapeutical decisions.
Diabetes mellitus 2. typu (DM2) je heterogenní onemocnění, na jehož rozvoji se podílejí genetické faktory i vnější prostředí. Přes značné úsilí, které je mapování genetického pozadí DM2 věnováno, nejsou genetické příčiny nejběžnějších forem diabetu objasněny. V posledních letech je věnována velká pozornost dvěma kandidátním genům, u nichž jsou opakovaně popisované asociace s DM2. Jde o gen PPARγ2 (peroxisome proliferator-activated receptor) a KCNJ11 (potassium channel inwardly rectifying). Rodina jaderných receptorů, známých jako receptory aktivované peroxizómovými proliferátory, hraje důležitou úlohu v regulaci energetického metabolizmu a adipogeneze. Gen KCNJ11 kóduje podjednotku draselných kanálů pankreatických beta buněk. Tyto kanály se přímo účastní regulace inzulínové sekrece. Práce shrnuje současné poznatky o zapojení těchto genů a jejich polymorfizmů do složitých metabolických dějů, zvláštní pozornost je věnována metabolizmu glycidovému.
Type 2 DM represents a multifactorial disease – both genetic and environmental factors are implicated in the etiology. In spite of an enormous effort, unraveling the genetics of type 2 DM has proved problematic. A polygenic inheritance is proposed for most cases. More than 250 candidate genes have been studied and increasing attention is being directed at two of them: the PPARγ2 gene (peroxisome proliferator-activated receptor gama2) and KCNJ11 (potassium channel inwardly rectifying). The PPARγ2 is a member of the nuclear hormone receptor subfamily of transcription factors. It plays a key role in regulation of adipocyte differentiation and energy balance. The KCNJ11 gene codes for a pore-forming subunit of the inwardly rectifying ATP sensitive K+ channel, which is involved in the direct regulation of insulin secretion. Here, recent knowledge regarding involvement of these two genes in complex metabolic pathways is summarized. In the whole review, we focus on the glucose homeostasis.
- MeSH
- alely MeSH
- diabetes mellitus 2. typu etiologie genetika metabolismus MeSH
- draslíkové kanály fyziologie genetika MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- genotyp MeSH
- geny MeSH
- inzulinová rezistence genetika MeSH
- lidé MeSH
- obezita genetika MeSH
- polymorfismus genetický MeSH
- přehledová literatura jako téma MeSH
- proliferátory peroxizomů metabolismus MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Transdifferentiation of fibroblasts into induced neuronal cells (iNs) by the neuron-specific transcription factors Brn2, Myt1l, and Ascl1 is a paradigmatic example of inter-lineage conversion across epigenetically distant cells. Despite tremendous progress regarding the transcriptional hierarchy underlying transdifferentiation, the enablers of the concomitant epigenome resetting remain to be elucidated. Here, we investigated the role of KMT2A and KMT2B, two histone H3 lysine 4 methylases with cardinal roles in development, through individual and combined inactivation. We found that Kmt2b, whose human homolog's mutations cause dystonia, is selectively required for iN conversion through suppression of the alternative myocyte program and induction of neuronal maturation genes. The identification of KMT2B-vulnerable targets allowed us, in turn, to expose, in a cohort of 225 patients, 45 unique variants in 39 KMT2B targets, which represent promising candidates to dissect the molecular bases of dystonia.
- MeSH
- buněčná diferenciace genetika MeSH
- dystonie genetika MeSH
- embryo savčí cytologie MeSH
- epigeneze genetická MeSH
- fibroblasty cytologie MeSH
- genetické asociační studie * MeSH
- histonlysin-N-methyltransferasa metabolismus MeSH
- histony metabolismus MeSH
- lidé MeSH
- lysin metabolismus MeSH
- metylace MeSH
- myši knockoutované MeSH
- neurony metabolismus patologie MeSH
- protoonkogenní protein MLL metabolismus MeSH
- transdiferenciace buněk * genetika MeSH
- transkriptom genetika MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Obezita je výsledkem interakcí mezi geny a vnějšími faktory. Míra heritability běžné obezity je 40–70 %. Nejen náchylnost k obezitě, ale např. i úspěšnost hmotnostních redukčních režimů je do značné míry dána genetickou výbavou každého člověka. Článek podává přehled současných znalostí o genetickém pozadí běžných forem obezity. Velkým přínosem pro poznání genetické determinace obezity jsou celogenomové asociační studie (GWAS), které identifikovaly asociaci 32 variant genů s body mass indexem (BMI) a 14 variant s distribucí tělesného tuku. GWAS tak díky objevu nových rizikových genů obezity přispívají i k postupnému objasňování složitých regulací energetické rovnováhy. Přesto však nalezené varianty zdaleka nevysvětlují heritabilitu obezity, kdy se zřejmě uplatňují i další mechanismy – vzájemné interakce genů, interakce genů s prostředím, vzácné varianty či polymorfismy typu copy number variants nebo epigenetické modifikace a mikroRNA – ovlivňující transkripci genů. Přehledně zde prezentujeme také naše práce týkající se studia genetického pozadí obezity u dětí a dospělých včetně několika studií, kdy jsme hodnotili vliv vybraných rizikových variant na úspěšnost hmotnostního redukčního režimu.
Common obesity is a result of interaction between genes and environmental/lifestyle factors, with heritability estimates 40–70%. Not only the susceptibility to obesity but also the success of weight management depends on the genetic background of each individual. This paper summarizes the up-to-date knowledge on genetic causes of common obesities. Introduction of genome-wide association studies (GWAS) led to an identification of a total of 32 variants associated with obesity/BMI and 14 with body fat distribution. Further, a great progress in revealing the mechanisms regulating the energy balance was also noted. However, the proportion of explained variance for BMI is still low, suggesting other mechanisms such as gene-gene and gene-environment interactions, rare gene variants, copy number variants polymorphisms, or epigenetic modifications and microRNAs regulating gene transcription. In summary, we present results of our studies on obesity risk variants in Czech adults, children and adolescents including those evaluating the influence of selected gene variants on the outcomes of weight management.
- MeSH
- beta-3-adrenergní receptory genetika MeSH
- dvojčata MeSH
- genetické asociační studie MeSH
- genom MeSH
- genotyp MeSH
- index tělesné hmotnosti MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus genetika MeSH
- lidé MeSH
- mitochondriální proteiny genetika MeSH
- neurokinin B MeSH
- neuropeptidy genetika MeSH
- obezita * genetika MeSH
- PPAR alfa genetika MeSH
- PPAR gama genetika MeSH
- proteiny genetika MeSH
- receptor melanokortinový typ 4 genetika MeSH
- redukční dieta metody MeSH
- vazebná místa MeSH
- výzkum MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
