genotype-phenotype
Dotaz
Zobrazit nápovědu
S cílem zjistit možnou korelaci mezi genotypem a f enotypem pacientů s diagnózou Duchennovy svalové dystrofie (DMD) byly mapovány delece exonů v genu pro dystrofiu pomocí vícenásobné polymerázové řetězové reakce (PCR). U všech pozitivních pacientů byly zjištěné delece lokalizovány v distáhií oblasti genu, mezi exonem 43 a 60. Současně byl sledován celkový khnický obraz pacientů. Výsledky naznačují, že rozsah delece není rozhodující pro progresi onemocnění. Příčinou rozdílného průběhu onemocnení u jednotlivých pacientů je spíše různý vliv delece na translační čtecí rámec transkriptu.
Exon deletions were mapped in patients diagnosed for Duchenne's muscular dystrophy using multiplex polymerase Chain reaction (PCR) to find a possible genotype - phenotype correlation. In all positive cases, deletions were located in the distal part of the dystrophin gene, between exons 43 and 60. Our results suggest that the deletion extent is not decisive for the disease progression. The different disease progression is rather caused by a different impact of a given deletion on a reading frame.
Cílem práce bylo srovnání efektu léčby a výskytu sexuálních dysfunkcí u 50 pacientů déledobě léčených paroxetinem podle výsledků genotypizace a fenotypizace CYP2D6. Nebyly shledány rozdíly v efektu léčby a vedlejších účinků mezi EM a PM. Signifikatní byl vyšší výskyt sexuálních dysfunkcí (p = 0,034) u pacientů s fenotypem PM.
The aim of study was comparison of distribution of therapeutic efficacy and side effects including sexual dysfunction in long term paroxetine treatment within 50 patients genotyped and phenotyped to determine their CYP2D6 metabolic status. No variation in therapeutic efficacy and common adverse effects between subjects classified as PM and those marked as EM was found. A significantly higher rate of sexual dysfunction (p = 0.034) was recorded among patients with a PM phenotype.
- MeSH
- chromozomální delece MeSH
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- Fallotova tetralogie diagnóza genetika MeSH
- fenotyp MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- hypoparatyreóza diagnóza genetika MeSH
- lidé MeSH
- lidské chromozomy, pár 22 MeSH
- syndromy imunologické nedostatečnosti diagnóza genetika MeSH
- vrozené srdeční vady diagnóza genetika MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- srovnávací studie MeSH
Bardet-Biedl syndrome (BBS) is a recessive genetic disease causing multiple organ anomalies. Most patients carry mutations in genes encoding for the subunits of the BBSome, an octameric ciliary transport complex, or accessory proteins involved in the BBSome assembly or function. BBS proteins have been extensively studied using in vitro, cellular, and animal models. However, the molecular functions of particular BBS proteins and the etiology of the BBS symptoms are still largely elusive. In this study, we applied a meta-analysis approach to study the genotype-phenotype association in humans using our database of all reported BBS patients. The analysis revealed that the identity of the causative gene and the character of the mutation partially predict the clinical outcome of the disease. Besides their potential use for clinical prognosis, our analysis revealed functional differences of particular BBS genes in humans. Core BBSome subunits BBS2, BBS7, and BBS9 manifest as more critical for the function and development of kidneys than peripheral subunits BBS1, BBS4, and BBS8/TTC8, suggesting that incomplete BBSome retains residual function at least in the kidney.
- MeSH
- ADP-ribosylační faktory genetika MeSH
- Bardetův-Biedlův syndrom diagnóza genetika MeSH
- fenotyp * MeSH
- genetická predispozice k nemoci * MeSH
- genetické asociační studie * metody MeSH
- genotyp * MeSH
- kognitivní dysfunkce genetika MeSH
- ledviny abnormality MeSH
- lidé MeSH
- mutace MeSH
- nemoci ledvin vrozené genetika MeSH
- penetrance MeSH
- proteiny genetika MeSH
- vrozené vady genetika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- metaanalýza MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
AIM: The primary goal was to determine the yield of next-generation sequencing (NGS) epilepsy gene panels used for epilepsy etiology diagnosing using a multidisciplinary approach and to demonstrate the importance of genotype-phenotype correlations. The secondary goal was to evaluate the application of precision medicine in selected patients. METHODS: This single-center retrospective study included a total of 175 patients (95 males and 80 females) aged 0-19 years. They were examined between 2015 and 2020 using an NGS epilepsy gene panel (270 genes). A bioinformatic analysis was performed including copy number variation identification. Thorough genotype-phenotype correlation was performed. RESULTS: Out of 175 patients, described pathogenic variants or novel variants with clear pathogenic impact were identified in 30 patients (17.14%). Genotype-phenotype correlations and parental DNA analysis were performed, and genetic diagnosis was confirmed on the basis of the results in another 16 out of 175 patients (9.14%). The diagnostic yield of our study increased from 30 to 46 patients (by 53.33%) by the precise genotype-phenotype correlation. INTERPRETATION: We emphasize a complex genotype-phenotype correlation and a multidisciplinary approach in evaluating the results of the NGS epilepsy gene panel, which enables the most accurate genetic diagnosis and correct interpretation of results.
- MeSH
- epilepsie * diagnóza genetika MeSH
- fenotyp MeSH
- genetické asociační studie MeSH
- genetické testování metody MeSH
- lidé MeSH
- mutace MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- variabilita počtu kopií segmentů DNA * MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Human Molecular Genetics series
2nd ed. xvi, 295 s., obr.
