Autochthonous isolates
Dotaz
Zobrazit nápovědu
Kultivar Aglianico je velmi stará odrůda červeného vína pocházející z regionu Campania v jižní Italii. Do nedávna bylo víno vyráběno fermentací pomocí kvasinek vyskytujících se na hroznech a ve sklepě. Mikroflora ulpívající na hroznech je složena především z kvasinek se slabými fermetačními a oxidačními schopnostmi, které nepatří do skupiny Saccharomyces. Naproti tomu většina kmenú kvasinek přítomných ve sklepě patří mezi sacharomycety. Úkolem této práce bylo vybrat nové kombinace kmenů kvasinek izolovaných z přirozeně se vyskytující mikroflory hroznů Aglianico a vinného sklepa lokalizovaného v irpinské oblasti a tyto kombinace kvasinek využít ke zlepšení organoleptických a sensorických vlastností takto připravených vín. Kvasinky izolované z hroznů i sklepa byly charakterizovány po stránce morfologické, biochemické a technické. Tyto kvasinky patří zejména mezi rody Saccharomyces, Hanseniaspora, Kloeckera, Rhodotorula, Metschnikowia and Candida. Mezi těmito kvasinkami měly nejlepší vlastnosti při přípravě vína dva kmeny (AGSW15 a FLOSW4), identifikované jako H. uvarum a S. cerevisiae na základě sekvenční analýzy úseku D1/D2 26S rDNA. Tyto kvasinky, použité při poloprovozní fermentaci, úspěšně dominovaly v průběhu alkoholické fermentace a ve zlepšení organoleptických vlastností potvrzených technikou SPME-GC/MS. Dosažené výsledky podporují použití vybraných kmenů kvasinek k zahájení fermentace umožňující zachovat zvláštnosti charakteristické pro toto typicky regionální víno.
Aglianico cultivar is an ancient red grape variety native of Campania region of the Southern of Italy. Until a few decades ago, wine was produced by natural fermentation carried out by autochthonous yeasts present on the grapes and in the cellar. The grapes epiphytic microflora is prevalently composed of apiculate yeasts with a poor fermentative power and by oxidative yeasts, belonging to nonSaccharomyces group. On the other hand, most of the yeast strains present in the cellar belong to Saccharomyces “sensu stricto”. The aim of this work was the selection of new combinations of yeast strains isolated from the autochthonous microflora of Aglianico grapes and wine cellar, located in the Irpinian area, and their use in winemaking process to improve the organoleptic and sensory peculiarities of the wine obtained. The yeasts isolated from grapes and cellar were characterized by morphological, biochemical, and technological analysis. They belonged mainly to the genus Saccharomyces, Hanseniaspora, Kloeckera, Rhodotorula, Metschnikowia and Candida. Among these yeasts the two strains (AGSW15 and FLOSW4) that showed the best winemaking performance were selected and identified as H. uvarum and S. cerevisiae by 26S rDNA D1/D2 region sequence analysis. These yeasts, when utilized in cellar for semi-industrial-scale fermentations, successfully dominate the alcoholic fermentation and contributed to the improvement of the wine organoleptic qualities as assessed by the flavor profile obtained through the SPME-GC/MS technique. These results clearly suggest the utilization of these selected strains in autochthonous fermentation starter to preserve the peculiarities of this typical regional wine.
Tato studie se zaobírá posouzením technologických vlastností a probiotického potenciálu původních bakterií St. thermophilus R4 a R14 izolovaných z tradičního alžírského fermentovaného mléka nazývaného “Raib”. Výsledky ukazují, že tyto lokální kmeny produkují kyselinu rychleji, mají dobrou proteolytickou aktivitu, produkují exopolysacharidy a jsou dobrými antagonisty. Výsledky probiotických vlastností ukazují, že tyto kmeny jsou schopné přežít v pH 2.5 a v 0.3 % žlučové kyselině s dobrou adherence na epiteliální buňky. Dále vykazují dobrou viabilitu v simulovaném gastrointestinálním prostředí. Výsledky “cross-streak” testu prokázaly nepřítomnost antagonistické aktivity a potvrdil kompatibilitu mezi těmito kmeny a komerčními Lb. delbrueckii subsp bulgaricus. Testované kmeny vykazují in vitro žádoucí probiotické vlastnosti a jsou vhodnými kandidáty pro jejich použití jako probiotika v potravinářském průmyslu. Keywords: probiotika, Streptococcus thermophilus, tradiční potraviny
This study aimed to assessing the technological traits and probiotic potential of autochthonous St. thermophilus R4 and R14 isolated from Algerian traditional fermented milk cold “Raib”. The results showed that these local strains were fastest acid producing, have good proteolytic activity, have the ability to produce exopolysaccharides and exhibited good antagonistic activity. The results of the probiotic properties showed that these strains were able to survive at pH 2.5 and 0.3 % bile with a good adherence to epithelial cells. These strains showed a good viable count in simulated gastrointestinal juice. The results of cross-streak test showed the absence of antagonistic activity and confirmed the compatibility between these strains and a commercial Lb. delbrueckii subsp bulgaricus. The tested strains were found in vitro possess desirable probiotic properties and they are good candidates for their application as probiotic starter in the food industry. For the Algerian yogurt industry, potential St. thermophilus strains able to be used as starter in combination with other local Lb. delbrueckii subsp bulgaricus may be found.
BACKGROUND: Human dirofilariasis is a zoonotic infection that continues to spread to previously unaffected areas of Europe. In the South Moravian Region of the Czech Republic (CR), imported as well as autochthonous canine infections were recorded in the last decade, and parasite DNA was detected in mosquitoes of Aedes vexans. In the present paper, human Dirofilaria infections are reported from the country for the first time. CASE PRESENTATION: The samples from five patients with suspected tissue helminthiases were investigated. In particular cases, nematodes were isolated from various tissues including skin of lower leg, soft tissues of finger, subcutaneous tissue of hypogastrium, lymph node and peritoneum. The diagnosis was based on light microscopic morphology and/or DNA analysis of the worms. In addition, ELISA examination of patients' sera for anti-filaria IgG antibodies was performed. CONCLUSIONS: In the CR, five cases of human dirofilariasis caused by Dirofilaria repens were recorded during 2010-2014 (species determination for three of them was confirmed besides morphological also by DNA analysis). At least, three of the cases were of autochthonous origin (the patients are Czech citizens residing in South Moravian Region who have never travelled abroad). The findings confirm the natural setting of D. repens in South Moravian Region of the CR. Dirofilariasis should be therefore considered as endemic in this area where it may represent a significant risk factor for public health.
- MeSH
- Dirofilaria repens genetika izolace a purifikace metabolismus MeSH
- dirofilarióza diagnóza parazitologie patologie MeSH
- DNA helmintů genetika metabolismus MeSH
- dospělí MeSH
- ELISA MeSH
- imunoglobulin G krev MeSH
- kůže parazitologie patologie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mladý dospělý MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- protilátky helmintové krev MeSH
- RNA ribozomální 5S genetika metabolismus MeSH
- subkutánní tkáň parazitologie patologie MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mladý dospělý MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Technosols or technogenic substrates contaminated by potentially toxic elements as a result of iron mining causes not only contamination of the surrounding ecosystem but may also lead to changes of the extent, abundance, structure and activity of soil microbial community. Microbial biomass were significantly inhibited mainly by exceeding limits of potentially toxic metals as arsenic (in the range of 343-511 mg/kg), copper (in the range of 7980-9227 mg/kg), manganese (in the range of 2417-2670 mg/kg), alkaline and strong alkaline pH conditions and minimal contents of organic nutrients. All of the 14 bacterial isolates, belonged to 4 bacterial phyla, Actinobacteria, Firmicutes; β- and γ-Proteobacteria. Thirteen genera and 20 species of microscopic filamentous fungi were recovered. The most frequently found species belonged to genera Aspergillus (A. clavatus, A. niger, A. flavus, A. versicolor, Aspergillus sp.) with the dominating A. niger in all samples, and Penicillium (P. canescens, P. chrysogenum, P. spinulosum, Penicillium sp.). Fungal plant pathogens occurred in all surface samples. These included Bjerkandera adustata, Bionectria ochloleuca with anamorph state Clonostachys pseudochloleuca, Lewia infectoria, Phoma macrostoma and Rhizoctonia sp.
Transportní izolátor slouží k izolaci a přepravě pacienta s vysoce virulentní nákazou. Musí zajišťovat bezpečnost transportního týmu a úplnou izolaci infekčně nemocného od okolí. Podmínkou úspěšné přepravy je existence spolehlivého transportního izolátoru, který je schopen zabezpečit jak žádoucí bezpečnost, tak základní fyziologické funkce a péči o pacienta během přepravy. V současnosti jsou vyvíjeny přepravní boxy s otevřeným systémem za použití HEPA filtrů. Tyto systémy pracují s průtoky vzduchu kolem 120 l/min. Velkou výměnu vzduchu s okolím nepokryje HEPA filtr se 100% účinností a vzrůstá proto riziko, že infekční agens unikne mimo transportní izolátor. Proto byl navržen a v našem sledování ověřen zcela uzavřený systém ventilace transportního izolátoru, který přináší řadu výhod pacientovi a zvyšuje bezpečnost transportního týmu. Systém umožňuje uzavřenou vnitřní cirkulaci vzduchu s přívodem O2 s absorpcí CO2 v natronovém vápně a řadou dalších úprav vnitřního mikroklimatu. Systém spolehlivě splňuje fyziologické a bezpečností požadavky. V testech prokázal schopnost zabezpečit fyziologické funkce v řádu hodin.
The transport isolator is used for the isolation and transportation of a patient with highly virulent infection. It must ensure transport team safety and complete isolation of the infected patient from the surrounding environment. A successful outcome of the transportation depends on the availability of a transport isolator that enables the maintenance of vital functions and safe in-transport care. Transport isolators with an open system of ventilation using HEPA filters have been developed, having an air flow of about 120 litres per minute. Nevertheless, a HEPA filter cannot fully cope with a large air exchange and poses a risk of the infectious agent escaping outside the isolator. Therefore, a completely closed system of ventilation for a transport isolator has been designed and tested: it provides a range of benefits to the patient and increases transport team safety. The system enables closed air ventilation with oxygen supply and carbon dioxide absorption in soda lime and provides micro-climate control options. It reliably meets physiological and safety requirements. When tested, the system proved effective in maintaining vital functions in a matter of hours.
- Klíčová slova
- uzavřený systém ventilace, pacient s vysoce virulentní infekcí,
- MeSH
- dospělí MeSH
- infekční nemoci přenos MeSH
- izolace pacientů metody přístrojové vybavení využití MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- pohyb vzduchu MeSH
- přenos infekční nemoci prevence a kontrola MeSH
- transport pacientů metody využití MeSH
- vzduch MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
Závěrečná zpráva o řešení grantu Agentury pro zdravotnický výzkum MZ ČR
Nestr.
Giardióza je globálně rozšířená parazitární nákaza, kterou vyvolává bičíkovec Giardia intestinalis. Toto průjmovité onemocnění, byť není fatální, významně přispívá k malnutrici zejména u dětí třetího světa. V rozvinutých zemích se vyskytují importované, ale i autochtonní případy nákazy. V České republice giardióza představuje nejčastější střevní protozoární nákazu s víc jak 200 případy ročně. V poslední době narůstá počet případů, zejména u cestovatelů po návratu z Indie, které neodpovídají na běžné dávkování metronidazolu. Tento projekt má za cíl vytvořit biobanku klinických izolátů giardií a testovat in vitro jejich citlivost k metronidazolu (MTZ), nejběžnějšímu léku proti giardióze, shromáždit izoláty k MTZ citlivé a rezistentní, charakterizovat jejich karyotypy a genotypy a s pomocí celogenomové sekvenace se pokusit identifikovat mezi nimi rozdíly, které by mohly sloužit jako základ pro PCR diagnostiku případů giardiózy rezistentních k MTZ.; Giardiasis is a globally distributed parasitic disease caused by a protozoan flagellate Giardia intestinalis. The diarrhoeal infection, although not fatal, contributes significantly to malnutrition mainly in children in developing world. In developed countries, imported, but also autochthonous cases occur. In the Czech Republic, giardiasis represents the most common intestinal protozoan infection with more than 200 cases reported every year. Recently, number of cases refractory to currently recommended doses of metronidazole is increasing mainly in travelers returning from India. In this project we intend to establish a biobank of clinical isolates of Giardia intestinalis and test them in vitro for sensitivity to metronidazole (MTZ), the most commonly used drug for treatment of the infection, to collect isolates sensitive and resistant to MTZ, characterize their karyotypes and genotypes and, with the aid of whole genome sequencing, try to identify differences that could be used for PCR-based diagnostics of MTZ-resistant giardiasis.
- MeSH
- banky biologického materiálu MeSH
- genotyp MeSH
- genotypizační techniky MeSH
- Giardia lamblia izolace a purifikace MeSH
- giardiáza diagnóza MeSH
- karyotyp MeSH
- léková rezistence MeSH
- metronidazol terapeutické užití MeSH
- nemoci střev diagnóza MeSH
- parazitické testy citlivosti MeSH
- sekvenování celého genomu MeSH
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- parazitologie
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR
V roce 2015 a 2016 jsme opakovaně detegovali neuroinvazivní linii 2 viru West Nile (WNV-2) v komárech Culex modestus a Cx. pipiens v oblasti rybníků Lednicko-valtického areálu. Tato linie je geneticky shodná s WNV, který byl na daném území poprvé zachycen při rozsáhlém monitorování v roce 2013 a také s kmeny WNV cirkulujícími v současnosti v jižní a střední Evropě. Opakovaný záchyt WNV v komárech naznačuje setrvalý výskyt viru v dané lokalitě a současně varuje infekcionisty a epidemiology před možnými lidskými případy nebo dokonce epidemií západonilské horečky v tomto regionu.
Here we report repeated detection of lineage 2 West Nile virus (WNV-2) from Culex modestus and Cx. pipiens mosquitoes collected at fishponds in the Lednice-Valtice Area during the mosquito seasons 2015 and 2016. The WNV strains recovered share genetic homology with WNV strains isolated during an extensive monitoring in 2013 as well as with strains circulating in southern and central Europe at the same time. Repeated detection of WNV indicates its establishment in the area and also warns infection specialists and epidemiologists about possible emergence of human cases or even outbreaks of West Nile fever in the region.
- MeSH
- arboviry izolace a purifikace MeSH
- Culex parazitologie patogenita MeSH
- hmyz - vektory MeSH
- lidé MeSH
- moskyti - kontrola metody MeSH
- virus západního Nilu * patogenita MeSH
- zoonózy MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Od roku 1986 nebyl v České republice hlášen žádný případ onemocnění cholerou. V letošním roce k nám byly importovány dva případy tohoto epidemiologicky závažného onemocnění. V únoru byl v Nemocnici v Pardubicích hospitalizován se středně těžkou gastroenteritidou 241etý muž, který se vrátil z měsíčního pobytu v Indii. Původcem bylo Vibrio cholerae Ol El Tor, sérotyp Oeawa s produkcí cholerového enterotoxinu. V březnu bylo V. cholerae El Tor, sérotyp Inaba izolováno z průjmové stohce 291etého muže z Klatov, který se vrátil z Thajska. U tohoto pacienta byl průběh onemocnění mírnější, kmen cholerový enterotoxin neprodukoval. V obou případech byla provedena příslušná hygienická opatření, k přenosu nákazy nedošlo. Do třetice byl letos poslán do SZU CEM ke konfirmaci kmen Vibrio cholerae v září. V tomto případě se jednalo o V. cholerae non 01/non 0139, které bylo opakovaně izolováno ze tří hemokultur od 631etého pacienta ve Strakonicích. Muž s jaterním onemocněním měl v anamnéze pití vody ze zaplavené studny. V České republice to je první záchyt tohoto patogena z hemokultury.
Since 1986 no cholera case was reported in the Czech Republic. In 2002 two cases of this epidemiologically serious disease were imported to the country. In February the hospital in Pardubice admitted a 24-year-old man, recentiy returned from a month in India, with fairly severe gastroenteritis. The agent was Vibrio choierae 01 El Tor, serotype Ogawa, producing a cholera enterotoxin. In March V.choJerae, serotype Inaba, was isolated from diarhoeal stools of a 29-year-old man from Klatovy upon his return from Thailand. In this patient the disease took a milder course, as the cholera strain produced no cholera enterotoxin. In both instances all the necessary hygienic steps were taken and the infecton did not spread. Finally, in September a strain of Vibrio choierae was sent for confirmation to the State Health Institute, Centre of Epidemiology and Microbiology. In this instance the agent was V. choierae non 01/non 0139, repeatedly isolated in three haemocultures of a 63-year-old patient from Strakonice. In his case history the man, who presented with a hepatic disorder, reported drinking water from a flooded well. This is the first time this pathogen was detected in this country in a haemoculture.
- MeSH
- lidé MeSH
- přenos infekční nemoci MeSH
- Vibrio cholerae diagnóza etiologie izolace a purifikace klasifikace MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
The Soqotra archipelago is one of the most isolated landmasses in the world, situated at the mouth of the Gulf of Aden between the Horn of Africa and southern Arabia. The main island of Soqotra lies not far from the proposed southern migration route of anatomically modern humans out of Africa approximately 60,000 years ago (kya), suggesting the island may harbor traces of that first dispersal. Nothing is known about the timing and origin of the first Soqotri settlers. The oldest historical visitors to the island in the 15th century reported only the presence of an ancient population. We collected samples throughout the island and analyzed mitochondrial DNA and Y-chromosomal variation. We found little African influence among the indigenous people of the island. Although the island population likely experienced founder effects, links to the Arabian Peninsula or southwestern Asia can still be found. In comparison with datasets from neighboring regions, the Soqotri population shows evidence of long-term isolation and autochthonous evolution of several mitochondrial haplogroups. Specifically, we identified two high-frequency founder lineages that have not been detected in any other populations and classified them as a new R0a1a1 subclade. Recent expansion of the novel lineages is consistent with a Holocene settlement of the island approximately 6 kya.
- MeSH
- antropologie fyzická MeSH
- efekt zakladatele MeSH
- fylogeneze MeSH
- genetická variace MeSH
- haplotypy MeSH
- lidé MeSH
- lidský chromozom Y MeSH
- mitochondriální DNA chemie MeSH
- rasové skupiny genetika MeSH
- sociální izolace MeSH
- zeměpis MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S. MeSH
- Geografické názvy
- Afrika MeSH
- Arábie MeSH
