• MeSH
• elektrokardiografie metody   přístrojové vybavení   MeSH
• počítače využití   MeSH
• srdce - funkce síní MeSH
• srdeční síně MeSH

V práci jsou analyzovány výsledky prospektivní studie souboru nemocných vyšetřených scintimamografií (SMM). Cílem bylo zhodnocení diagnostického přínosu scintimamografie v detekci malignich lézí prsu a určení postavení tohoto vyšetření v diagnostickém algoritmu. SMM byla prováděna po i.v. aplikaci 740 MBq 99mTc-MIBI na scintilační kameře. Soubor tvořilo 303 nemocných s 308 suspektními nebo neurčitými mamografickými nálezy. Histologický a/nebo cytologický bylo potvrzeno 85 maligních a 223 benigních lézí. Senzitivita, specificita a diagnostická přesnost SMM v detekci maligních lézí v celém souboru byla 92 %, 91 %, resp. 91 %, v detekci hmatných lézí 96 %, 84 %, resp. 90 % a v detekci nehmatných lézí 86 %, 93 %, resp. 92 %. Rozdíly v detekci hmatných a nehmatných lézí nebyly statisticky signifikantní. Na základě analýzy výsledku byla navržena inkorporace SMM do vyšetřovacího algoritmu prsních lézí. Největší cenu má zařazení SMM jako „second-line" testu u nemocných s hmatnou prsní lézí nebo lézí větší než 1 cm, která vykazuje neurčitý mamograficky nález s nižším podezřením na malignitu. SMM lze dále doporučit u žen s obtížně hodnotitelnými mamografickými nálezy pro hutnou prsní tkáň a silikonové implantáty a v případech podezření na recidívu karcinomu prsu po chirurgické léčbě nebo rádioterapii.

The paper presents an analysis of the results of a prospective study in a group of patients examined by scintimammography (SMM). The aim of the study was to evaluate a diagnostic contribution of scintimammography in the detection of malignant lesions of the breast and to determine position of this examination in the diagnostic algorithm. SMM was performed after i.v. administration of 740 MBq 99mTc-MIBI using the gamma camera. The cohort included 303 patients with 308 suspected or uncertain mammographic findings. Histology and/or cytology confirmed 85 malignant and 223 benign lesions. The sensitivity, specificity and accuracy of SMM in the detection of malignant lesions in the whole group proved to 92%, 91% and 91%, respectively, the detection of palpable lesions being 96%, 84% and 90%, respectively and the detection of non-palpable lesions being 86%, 93% and 92%, respectively. The differences in the detection of palpable and non-palpable lesions were not statistically significant. Based on analysis of the results of our group the authors recommend SMM to be included into the examination algorithm of breast lesions. SMM proved to be most valuable as a second-line test in patients with palpable breast lesion or a lesion larger than one cm, which displays an uncertain mammographic finding with less suspected maUgnity. SMM may also be recommended in women with indeterminate mammographic findings due to a dense mammary tissue and silicon implants as well as suspected relapses of breast cancer after surgical treatment or radiotherapy.

• MeSH
• algoritmy MeSH
• falešně negativní reakce MeSH
• falešně pozitivní reakce MeSH
• lidé MeSH
• mamografie MeSH
• nádory prsu MeSH
• radioisotopová scintigrafie metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH

• Klíčová slova
• diagnostická kritéria, diseminace v prostoru, diseminace v čase,
• MeSH
• algoritmy MeSH
• časná diagnóza MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• roztroušená skleróza * diagnóza   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• lidé MeSH

BACKGROUND: High frequency oscillations (HFOs) are emerging as potentially clinically important biomarkers for localizing seizure generating regions in epileptic brain. These events, however, are too frequent, and occur on too small a time scale to be identified quickly or reliably by human reviewers. Many of the deficiencies of the HFO detection algorithms published to date are addressed by the CS algorithm presented here. NEW METHOD: The algorithm employs novel methods for: 1) normalization; 2) storage of parameters to model human expertise; 3) differentiating highly localized oscillations from filtering phenomena; and 4) defining temporal extents of detected events. RESULTS: Receiver-operator characteristic curves demonstrate very low false positive rates with concomitantly high true positive rates over a large range of detector thresholds. The temporal resolution is shown to be +/-∼5ms for event boundaries. Computational efficiency is sufficient for use in a clinical setting. COMPARISON WITH EXISTING METHODS: The algorithm performance is directly compared to two established algorithms by Staba (2002) and Gardner (2007). Comparison with all published algorithms is beyond the scope of this work, but the features of all are discussed. All code and example data sets are freely available. CONCLUSIONS: The algorithm is shown to have high sensitivity and specificity for HFOs, be robust to common forms of artifact in EEG, and have performance adequate for use in a clinical setting.

• MeSH
• algoritmy * MeSH
• artefakty MeSH
• časové faktory MeSH
• elektroencefalografie metody   MeSH
• epilepsie diagnóza   patofyziologie   MeSH
• falešně pozitivní reakce MeSH
• hlodavci MeSH
• lidé MeSH
• mozek fyziologie   patofyziologie   MeSH
• počítačové zpracování signálu MeSH
• psi MeSH
• ROC křivka MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• psi MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Cíle: zhodnotit senzitivitu a specifitu vyšetření DNA Borrelia burgdorferi (B. burgdorferi) v séru a v synoviální tekutině nemocných s Lymeskou artritidou (LA). Zhodnotit výskyt DNA B. burgdorferi v séru a v synoviální tekutině nemocných s nediferencovanou artritidou (NA). Metody: vyšetřili jsme celkem 102 sér a 37 synoviálních tekutin nemocných s různými revmatologickými diagnózami. První soubor celkem 17 krevních a sérologických vzorků a 9 synoviálních tekutin představovaly klinické vzorky nemocných s definitivní diagnózou LA. Druhý soubor představovaly klinické vzorky nemocných s NA (13 krví, 10 synoviálních tekutin). Třetí soubor obsahoval 72 krevních vzorků a 18 synoviálních tekutin nemocných s jinými definitivními revmatologickými diagnózami. Ve všech vzorcích byla detekována přítomnost DNA B. burgdorferi metodou PCR – polymerázová řetězová reakce a současně byla vyšetřena imunoreaktivita proti B. burgdorferi metodou ELISA – Enzyme linked immunosorbent assay a Western blotem. Přítomnost DNA B. burgdorferi v klinických vzorcích nemocných s LA byla statisticky porovnána s výskytem v druhých dvou souborech a byla zhodnocena senzitivita a specifita tohoto vyšetření pro stanovení diagnózy LA. Výskyt DNA B. burgdorferi ve vzorcích nemocných s NA byl porovnán s výskytem ve třetím souboru a bylo hodnoceno, zda rozdíl mezi soubory dosahuje statistického významu. Výsledky: V souboru 17 nemocných s LA jsme v krvi prokázali DNA B. burgdorferi u 5 nemocných. Senzitivita nálezu v krvi odpovídala 29,41 %. V dostupné synoviální tekutině 9 pacientů tohoto souboru jsme prokázali DNA u 4 nemocných. Senzitivita odpovídala 44,44 % u pacientů s LA nebyly nalezeny rozdíly mezi pozitivními nálezy plasmidové a genomové DNA (48 % a 48 %). Specifita vyšetření byla 40 % v krvi a 65 % v synoviální tekutině. V souboru 13 nemocných s NA jsme prokázali DNA v krvi u 2 nemocných (15,38 %). V 10 dostupných synoviálních tekutinách byla DNA nalezena u 4 nemocných (40 %). Z uvedeného vyplývá, že nebyl přítomen statisticky významný rozdíl mezi nálezy DNA v synoviální tekutině u nemocných s NA a LA (44,44 % proti 40 %).V souboru 72 nemocných s jinými revmatickými chorobami jsme prokázali DNA v krvi u 13 pacientů (18,06 %), z 18 dostupných synoviálních tekutin bylo DNA přítomno u 3 pacientů (16,67 %). Výskyt DNA v synoviální tekutině nemocných s NA byl významně vyšší oproti nemocným s jinými definitivními revmatickými diagnózami (40 % proti 16,67 %). Závěr: vyšetření DNA B. burgdorferi u nemocných s LA vykazovalo v našem souboru nízkou senzitivitu v krvi (29,41 %) a střední senzitivitu v synoviální tekutině (44,44 %). Negativní nález DNA nevylučuje LA. Specifita vyšetření byla v krvi i v synoviální tekutině nízká (40 % v krvi a 65 % v synoviální tekutině). Statisticky nevýznamný rozdíl mezi výskytem DNA v synoviální tekutině nemocných s LA a NA (44,44 % proti 40 %) svědčil pro malý význam tohoto vyšetření v diferenciální diagnóze těchto chorob. Nízká specifita pozitivních nálezů u nemocných s LA oproti kontrolním souborům svědčila rovněž pro malý význam izolovaného nálezu DNA v diferenciální diagnostice LA a jiných revmatických chorob. Nález DNA B. burgdorferi v klinickém vzorku poskytuje pouze doplňující a nikoliv určující diagnostickou informaci pokud je použito výsledků běžné neexperimentální laboratoře.

Aims: to evaluate sensitivity and specificity of Borrelia burgdorferi (B. burgdorferi) DNA detection in sera and synovial fluid from patients with Lyme arthritis (LA). To evaluate presence of B. burgdorferi DNA in serum and synovial fluid from patients with undifferentiated arthritis (UA). Methods: we examined 102 serum and 37 synovial fluid samples from patients with various rheumatic diseases. First group consisted of 17 blood and serum samples and 9 synovial fluid samples from patients with definite diagnosis of LA. In the second group there were 13 blood and 10 synovial fluid samples from patients with UA. Third group consisted of 72 blood samples and 18 synovial fluids from patients with other established rheumatological diagnoses. DNA of B. burgdorferi was analyzed by PCR. Antibodies against B. burgdorferi were examined by ELISA and Western blotting. Sensitivity and specificity of the PCR B. burgdorferi DNA detection for the diagnosis of LA was calculated. Results: We found B. burgdorferi DNA in the blood samples from 5 patients from the group of 17 patients with LA. Sensitivity of this examination was 29.4%. In the synovial fluid we demonstrated DNA in 4 of 9 patients, which corresponds to a sensitivity of 44.4%. There were no differences between positive plasmid and genomic DNA in LA patients (48% and 48%). Specificity of this examination was 40% for blood and 65% for synovial fluid. In the blood from group of 13 patients with UA we found B. burgdorferi DNA in 2 of them (15.4%). In the synovial fluid we demonstrated this DNA in 4 of 10 patients (40%). Abovementioned data showed no statistically significant difference between DNA in synovial fluid from patients with UA and LA (44% vs. 40%). In the blood from the group of 72 patients with other rheumatic diseases we found DNA in 13 patients (18.1%). In the synovial fluid we demonstrated DNA in 3 of 18 patients (16.7%). Presence of the B. burgdorferi DNA in synovial fluid from patients with UA was significantly higher in contrast to patients with other established rheumatic diagnosis (40% vs. 16.7%). Conclusion: the evaluation of B. burgdorferi DNA in patients with LA showed low sensitivity in the blood (29.4%) and medium sensitivity in the synovial fluid (44.4%). Negative DNA finding does not exclude the diagnosis of LA. Specificity of this evaluation in the blood and synovial fluid is low (40% for blood and 65% for synovial fluid). Statistically insignificant difference between the presence of DNA in synovial fluid from patients with LA and UA (44.4% vs. 40%) revealed low value for this evaluation in differential diagnosis of these diseases. Low specificity of positive findings in the patients with LA in contrast to control groups showed also low implication of isolated DNA finding with regard to differential diagnosis of LA and other rheumatic diseases. Presence of B. burgdorferi DNA in the clinical sample represents only additional and not major diagnostic information when the analysis is performed in a general non-experimental laboratory.

• MeSH
• artritida diagnóza   etiologie   MeSH
• Borrelia burgdorferi genetika   MeSH
• DNA bakterií krev   MeSH
• ELISA MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• lidé MeSH
• lymeská nemoc diagnóza   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• synoviální tekutina chemie   MeSH
• western blotting MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

OBJECTIVE: The early, simple and reliable detection of pulmonary arterial hypertension (PAH) in SSc (DETECT) study described a new algorithm for early detection of PAH in patients with SSc. The aim of this retrospective, single-centre, cross-sectional study was to apply a modified DETECT calculator in patients with SSc in the East Bohemian region, Czech Republic, to assess the risk of PAH and to compare these results with PAH screening based on the European Society of Cardiology/European Respiratory Society (ESC/ERS) 2009 guidelines. METHODS: Sixty patients were recruited with a diagnosis of SSc (according to ACR criteria), aged 27-78 years. A modified DETECT algorithm using the modified parameter of (1.4 × right ventricle diameter)(2) in place of right atrium area was applied to all patients. Right heart catheterization (RHC) was performed in all patients with an estimated (by echocardiography) increased systolic pulmonary artery pressure ≥50 mm Hg in accordance with the ESC/ERS guidelines; however, RHC was not performed in patients solely recommended for RHC using the modified DETECT algorithm. RESULTS: Using the modified DETECT calculator, 24/58 (41.4%) patients were recommended for RHC, compared with 14/58 (24.1%) when applying the ESC/ERS 2009 guidelines. PAH was diagnosed in 7/58 (12.1%) patients. During follow-up, PAH was diagnosed in six patients. Of these, four were modified DETECT score-positive for 2 years and all for 1 year before PAH diagnosis. CONCLUSION: The modified DETECT algorithm detects all patients with PAH diagnosed according to ECS/ERS 2009 guidelines and RHC. Data of the 2-year follow-up indicate a possible positive predictive role for the modified DETECT calculator.

• MeSH
• algoritmy * MeSH
• časná diagnóza * MeSH
• centra terciární péče * MeSH
• dospělí MeSH
• echokardiografie MeSH
• incidence MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• následné studie MeSH
• plicní hypertenze diagnóza   epidemiologie   etiologie   MeSH
• průřezové studie MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• senioři MeSH
• srdeční katetrizace MeSH
• systémová sklerodermie komplikace   diagnóza   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Diagnostický algoritmus svalových dystrofií se v uplynulé dekádě výrazně změnil, a to zejména díky rozvoji a zvýšení dostupnosti molekulárně genetických a zobrazovacích metod. Aktuálně, kromě podrobně odebrané anamnézy, detailního klinického vyšetření, biochemického a elektrofyziologického testování, přibylo vyšetření svalů magnetickou rezonancí a nové metody molekulárně genetického vyšetření, naopak svalová biopsie přestala být nezbytnou metodou v diagnostice hereditárních myopatií. Rutinní provádění MRI u pacientů se svalovými dystrofiemi umožnilo odhalení a popsání vzorců svalového postižení (pattern of recognition) charakteristických pro určité klinické jednotky. Molekulárně genetická vyšetření pak, jako jediná, umožňují stanovení definitivní diagnózy na základě detekce kauzální mutace. Pro lepší orientaci v běžné ambulantní praxi popisuje článek hlavní kroky vedoucí k odhalení jednotlivých typů svalových dystrofií s ohledem na úroveň dnešních znalostí a zkušeností.

The diagnostics algorithm of muscular dystrophies has changed significantly over the past decade, mainly due to the development and increase of availability of molecular genetics and imaging methods. The golden standard of detailed medical history, attentive clinical examination, biochemical and electrophysiological testing now includes also magnetic resonance imaging and targeted or more extensive molecular genetic examinations, while muscle biopsy ceased to be the first choice method in the diagnostic process of hereditary myopathies. Routine MRI performance in patients with muscle. dystrophies allowed the detection and description of patterns of recognition characteristic for certain clinical units. Molecular genetic examinations as the only one allow definitive diagnosis to be determined by causal mutation detection. For better orientation in common outpatient practice, the article describes the crucial steps leading to the discovery of individual types of muscular dystrophy with respect to the level of today's knowledge and experience.

• MeSH
• biopsie MeSH
• diferenciální diagnóza MeSH
• elektromyografie metody   MeSH
• fenotyp MeSH
• genetické testování metody   MeSH
• kosterní svaly diagnostické zobrazování   MeSH
• kreatinkinasa krev   MeSH
• lidé MeSH
• magnetická rezonanční tomografie MeSH
• nemoci svalů diagnostické zobrazování   diagnóza   metabolismus   MeSH
• svalové dystrofie * diagnostické zobrazování   diagnóza   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

• MeSH
• algoritmy MeSH
• diagnostické techniky a postupy přístrojové vybavení   využití   MeSH
• financování organizované MeSH
• kožní manifestace MeSH
• kožní nemoci diagnóza   MeSH
• lidé MeSH
• počítačové zpracování obrazu využití   MeSH
• statistika jako téma metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

MOTIVATION: G-quadruplex is a DNA or RNA form in which four guanine-rich regions are held together by base pairing between guanine nucleotides in coordination with potassium ions. G-quadruplexes are increasingly seen as a biologically important component of genomes. Their detection in vivo is problematic; however, sequencing and spectrometric techniques exist for their in vitro detection. We previously devised the pqsfinder algorithm for PQS identification, implemented it in C++ and published as an R/Bioconductor package. We looked for ways to optimize pqsfinder for faster and user-friendly sequence analysis. RESULTS: We identified two weak points where pqsfinder could be optimized. We modified the internals of the recursive algorithm to avoid matching and scoring many sub-optimal PQS conformations that are later discarded. To accommodate the needs of a broader range of users, we created a website for submission of sequence analysis jobs that does not require knowledge of R to use pqsfinder. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: https://pqsfinder.fi.muni.cz, https://bioconductor.org/packages/pqsfinder. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.

• MeSH
• algoritmy MeSH
• G-kvadruplexy * MeSH
• genom MeSH
• RNA MeSH
• software MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

The classification of bioimages plays an important role in several biological studies, such as subcellular localisation, phenotype identification and other types of histopathological examinations. The objective of the present study was to develop a computer-aided bioimage classification method for the classification of bioimages across nine diverse benchmark datasets. A novel algorithm was developed, which systematically fused the features extracted from nine different convolution neural network architectures. A systematic fusion of features boosts the performance of a classifier but at the cost of the high dimensionality of the fused feature set. Therefore, non-discriminatory and redundant features need to be removed from a high-dimensional fused feature set to improve the classification performance and reduce the time complexity. To achieve this aim, a method based on analysis of variance and evolutionary feature selection was developed to select an optimal set of discriminatory features from the fused feature set. The proposed method was evaluated on nine different benchmark datasets. The experimental results showed that the proposed method achieved superior performance, with a significant reduction in the dimensionality of the fused feature set for most bioimage datasets. The performance of the proposed feature selection method was better than that of some of the most recent and classical methods used for feature selection. Thus, the proposed method was desirable because of its superior performance and high compression ratio, which significantly reduced the computational complexity.

• MeSH
• algoritmy * MeSH
• neuronové sítě * MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH