Sekvenování DNA patří již řadu let ke standardním postupům při molekulárně-genetických analýzách biologického materiálu. V medicíně nachází široké uplatnění, zejména v oblasti diagnostiky dědičných chorob a nádorových onemocnění, přičemž rozvoj DNA diagnostiky byl významně podpořen zveřejněním sekvence lidského genomu v roce 2001. V posledních několika letech dochází k rychlému technologickému rozvoji nových sekvenačních technologií, který umožnil vznik sekvenátorů nové generace („tzv. New Generation Sequencing“). Nové technologie založené na principu masivního paralelního sekvenování (např. Roche/454, Illumina Genome Analyzer IIx, Life Technologies SOLiD 3 a další) umožňují zásadní navýšení kapacity sekvenátorů a výrazné snížení ceny. Tento významný technologický pokrok umožnil rozvoj celogenomového sekvenování včetně analýz individuálních lidských genomů a nastartoval rozvoj personální genomiky. První osekvenované individuální lidské genomy patřily významným genetikům J. C. Venterovi (2007) a J. D. Watsonovi (2008), avšak rychle následovaly sekvenační analýzy dalších jedinců z různých etnik, které přinesly podstatné informace o interpersonálních rozdílech ve struktuře genomů (byly např. charakterizovány nukleotidové polymorfismy, delece a amplifikace úseků DNA). První významné aplikovatelné výsledky již přineslo sekvenování genomů nádorových buněk, např. akutní myeloidní leukémie. Ačkoli v současné době ještě nejsme schopni interpretovat význam všech detekovaných variant genomu, znamená možnost sekvenování individuálních lidských genomů zásadní zlom v DNA diagnostice i celé medicíně.

DNA sequencing has become a standard method widely used in molecular genetic analysis of biological materials. Its use in medicine is widespread, especially in diagnostics of inherited disorders and cancer related diseases. Development of DNA diagnostics has been strongly accelerated by publication of the human genome sequence in 2001. During the last few years one can observe rapid development of novel sequencing technologies, which have led to the introduction of so called „New Generation Sequencing“. These new technologies based on principles of massive parallel sequencing (e.g. Roche/454, Illumina Genome Analyzer IIx, Life Technologies SOLiD 3 and others) enable a massive increase of sequencing capacity and in parallel also a fundamental decrease of costs. This major technological breakthrough allowed development of the whole-genome sequencing including analyses of individual human genomes. It also started the era of personal genomics. The first sequenced individual human genomes belonged to famous geneticists J. C. Venter (2007) and J. D. Watson (2008), but they were rapidly followed by sequencing analyses of other individuals from various ethnic groups. These studies brought substantial information about interpersonal differences in genome structure (through characterization of nucleotide polymorphisms, DNA deletions and amplifications etc.). Sequencing of cancer cell genomes, e.g. acute myeloid leukemia has already brought first important clinically relevant results. Although currently we are still unable to interpret the relevance of all detected genome variants, it is obvious, that the possibility to sequence individual human genomes represents a fundamental breakthrough not only in DNA diagnostics but also in clinical medicine.

• MeSH
• Genome, Human MeSH
• Genomics methods   MeSH
• Humans MeSH
• Sequence Analysis, DNA MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

Neuromuskulární onemocnění (NMD) jsou klinicky a geneticky heterogenní skupinou onemocnění. V současné době je identifikováno 608 genů asociovaných s různými typy NMD. Většina těchto onemocnění se řadí mezi vzácná s velmi nízkou prevalencí. Pokrok v identifikaci genů asociovaných s NMD lze připsat technologickému vývoji v oblasti sekvenování nové generace (NGS) a cenové dostupnosti tohoto metodického přístupu. Z hlediska šíře analyzované DNA je možné aplikace NGS rozdělit na analýzu (a) vybraného souboru genů, (b) exomu a (c) genomu. Identifikace patogenních variant vede k výraznému posunu v chápání etiopatogeneze onemocnění, umožňuje predikci průběhu onemocnění, event. jeho cílenou léčbu, která může být specifická pro jednotlivé typy NMD nebo dokonce pro jednotlivé patogenní sekvenční varianty.

Neuromuscular diseases (NMDs) are a clinically and genetically heterogeneous group of diseases. Currently, 608 genes associated with different types of NMD have been identified. Most of these diseases are rare with a very low prevalence. Advance in the identification of genes associated with NMD can be attributed to technological development in an area of next generation sequencing (NGS) and the affordability of this methodical approach. NGS applications can be divided into analysis of (a) a selected set of genes, (b) an exom, and (c) a genome. The identification of pathogenic variants leads to a significant shift in the understanding of the etiopathogenesis of the disease, allows the prediction of the course of the disease, or its targeted treatment, which may be specific for individual types of NMD or even for particular pathogenic sequence variants.

• MeSH
• Humans MeSH
• Neuromuscular Diseases diagnosis   MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing * MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Publication type
• Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
• Review MeSH

Streptococcus pneumoniae (pneumokok) je grampozitivní kok vyvolávající jak neinvazivní, tak invazivní infekční onemocnění. Onemocnění vyvolaná pneumokokem mohou být preventabilní očkováním. Invazivní pneumokoková onemocnění (IPO) musí splňovat mezinárodní definici případu, jsou hlášena na národní i mezinárodní úrovni a v řadě zemí, včetně České republiky, jsou sledována v programu surveillance. Důležitou součástí surveillance IPO je sledování vyskytujících se sérotypů, hodnocení četnosti jednotlivých sérotypů v čase a v relaci k probíhajícím vakcinačním programům. Ve světe i v České republice je u pneumokoků stále častěji prováděna metoda celogenomové sekvenace (whole genome sequencing, WGS), která umožňuje určování sérotypu pneumokoků ze sekvenačních dat, dále přesnou analýzu jejich genetických vztahů a studium genů obsažených v jejich genomu. Celogenomová sekvenace umožňuje získávat spolehlivá a mezinárodně srovnatelná sekvenační data, která lze snadno sdílet. Sekvenační data jsou analyzována pomocí bioinformatických nástrojů, které vyžadují znalosti z oblasti přírodních věd s důrazem na genetiku a znalosti z oblasti bioinformatiky. V publikaci jsou představeny některé možnosti analýzy pneumokoka, kterými jsou sérotypizace, multilokusová sekvenační typizace (MLST), ribozomální MLST (rMLST), core genome MLST (cgMLST), whole genome MLST (wgMLST), single nucleotide polymorphism (SNP) analýza, určení Global Pneumococcal Sequence Cluster (GPSC), stanovení genů virulence a genů antibiotické rezistence. U metody WGS je prezentována strategie její aplikace v Evropě a realizace v praxi. Analýza pneumokoků metodou WGS představuje zlepšení v provádění surveillance IPO, kdy je sérotyp určován molekulárně geneticky, jsou prováděny další podrobnější typizace, získaná data lze snadno mezinárodně porovnávat a lze lépe hodnotit účinnost vakcinačních programů.

Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) is a Gram-positive coccus causing both non-invasive and invasive infectious diseases. Pneumococcal diseases are vaccine preventable. Invasive pneumococcal diseases (IPD) meeting the international case definition are reported nationally and internationally and are subject to surveillance programmes in many countries, including the Czech Republic. An important part of IPD surveillance is the monitoring of causative serotypes and their frequency over time and in relation to ongoing vaccination programmes. In the world and in the Czech Republic, whole genome sequencing (WGS) is increasingly used for pneumococci, which allows for serotyping from sequencing data, precise analysis of their genetic relationships, and the study of genes present in their genome. Whole-genome sequencing enables the generation of reliable and internationally comparable data that can be easily shared. Sequencing data are analysed using bioinformatics tools that require knowledge in the field of natural sciences with an emphasis on genetics and expertise in bioinformatics. This publication presents some options for pneumococcal analysis, i.e., serotyping, multilocus sequence typing (MLST), ribosomal MLST (rMLST), core genome MLST (cgMLST), whole genome MLST (wgMLST), single nucleotide polymorphism (SNP) analysis, assignment to Global Pneumococcal Sequence Cluster (GPSC), and identification of virulence genes and antibiotic resistance genes. The WGS strategies and applications for Europe and WGS implementation in practice are presented. WGS analysis of pneumococci allows for improved IPD surveillance, thanks to molecular serotyping, more detailed typing, generation of internationally comparable data, and improved evaluation of the effectiveness of vaccination programmes.

• MeSH
• Molecular Biology methods   MeSH
• Multilocus Sequence Typing classification   methods   MeSH
• Pneumococcal Infections microbiology   MeSH
• Whole Genome Sequencing * methods   standards   MeSH
• Serogroup MeSH
• Serotyping classification   methods   MeSH
• Streptococcus pneumoniae * genetics   isolation & purification   MeSH
• Bacterial Typing Techniques classification   MeSH
• Publication type
• Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
• Review MeSH

V posledním desetiletí došlo k dramatickému rozvoji molekulárně genetických metod. Zejména sekvenování nové generace – NGS se stalo finančně i technicky běžně dostupným vyšetřením, takže se začíná dostávat do klinické praxe mnoha specializací, onkologii nevyjímaje. Aplikace těchto metod a jejich správné používání je cestou k personalizované onkologii, tedy terapii pacienta na základě výskytu konkrétních genetických aberaci, kterou jsou prokázány v jeho nádorovém onemocnění, a to nezávisle na histopatologickém typu nádoru. Tento princip je v onkologii zcela nový a přináší řadu otázek a problémů. Samotná interpretace výsledků molekulárně genetických vyšetření je velmi náročná, a proto vznikají nové multidisciplinární týmy tzv. molekulární tumor boardy. Aktuálně probíhá celosvětová standardizace těchto boardů. Také doporučení ohledně indikace NGS vyšetření u onkologických pacientů se postupně nastavují, a to na celoevropské úrovni v podobě ESMO doporučení, tak na úrovni národní. Personalizovaná onkologie je budoucností tohoto oboru, která povede k nejlepší léčebné odpověď a minimalizaci nežádoucích účinků.

Molecular genetic methods have evolved dramatically in the last decade. In particular, sequencing of the new generation - NGS has become a financially and technically available examination. Thus, it begins to be used in the clinical practice of many specializations, including oncology. The proper use of these methods is a way to personalized oncology – treatment of the patient based on the occurrence of specific genetic aberrations, which are confirmed in his cancer, regardless of the histopathological type of tumor. This principle is completely new in oncology and raises number of questions and problems. The interpretation of the results of molecular genetic examinations is very complex and demanding, and therefore new multidisciplinary teams, so-called molecular tumor boards, are being created. The worldwide standardization of these boards is currently underway. Recommendations regarding the indication of NGS examinations in oncology patients are also being set.At the European level in the form of ESMO recommendations and at the national level also. Personalized oncology is the future of this field, which will lead to the best treatment response and minimize side effects.

• MeSH
• Molecular Diagnostic Techniques MeSH
• Genetic Techniques MeSH
• Precision Medicine MeSH
• Humans MeSH
• Neoplasms * diagnosis   therapy   MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing * methods   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Publication type
• Review MeSH

Syndrom náhlého úmrtí kojence je definován jako náhlá a neočekávaná smrt kojence, kterou neobjasní detailní anamnéza, ohledání místa úmrtí ani pitva. Přestože mají tato úmrtí společný patogenetický mechanismus, ani recentní genetické analýzy založené na sekvenování nové generace jednotnou genetickou příčinu neodhalily. Přibližně u 10 % těchto kojenců lze vystopovat dominantní vliv patogenní varianty v jednom z řady kandidátních genů. Jedná se především o geny kódující iontové kanály v srdci, jejichž poruchy způsobují vrozené arytmické syndromy, například syndrom dlouhého QT intervalu nebo katechola-minergní polymorfní komorovou tachykardii. Jejich dědičnost je zpravidla autosomálně dominantní a existuje tedy zvýšené riziko onemocnění a náhlého úmrtí u prvostupňových příbuzných. Proto je v současné době doporučeno kardiologické vyšetření prvostupňových příbuzných zemřelého a genetické vyšetření post mortem zaměřené právě na vrozené arytmické syndromy. Mezi další kandidátní geny patří například geny pro sodíkové iontové kanály v respiračních kosterních svalech a v mozku, pro mineralokortikoidní receptor a geny kódující enzymy, které se podílejí na adrenální steroidogenezi. Interpretace molekulárně genetického vyšetření post mortem musí být velmi opatrná. Pouze skutečně patogenní nálezy, a to vždy v korelaci s klinickým nálezem u příbuzných, lze využít pro genetické poradenství v rodině.

Sudden infant death syndrome is defined as sudden and unexpected death of an infant that remains unexplained after thorough investigation of the scene of death, medical history and autopsy. Although a common final pathogenic pathway of these deaths is assumed, even recent studies based on next generation sequencing failed to reveal a single genetic cause. Predominant role of a pathogenic variant in one of the candidate genes may be traced in approximately 10% of these infants. The candidate genes include genes encoding ion channels in the heart that lead to inherited primary arrhythmia syndromes (cardiac channelopathies), for example long QT syndrome and catecholaminergic polymorphic ventricular tachycardia. Their inheritance is mostly autosomal dominant with an increased risk of the disease associated with sudden death for first-degree relatives. Therefore a thorough cardiological examination of first-degree relatives and post-mortem molecular testing of the cardiac channelopathies are recommended. Other candidate genes include genes for sodium channels in the respiratory skeletal muscles and brain or genes encoding mineralocorticoid receptor or enzymes involved in adrenal steroidogenesis. Results of post-mortem genetic testing, especially in cases of sudden infant death syndrome, must be interpreted with caution. Only strictly assessed pathogenic variants may be used for genetic counseling in the family, always in correlation with clinical findings.

• MeSH
• Genetic Predisposition to Disease MeSH
• Infant MeSH
• Humans MeSH
• Sudden Infant Death * genetics   MeSH
• Arrhythmias, Cardiac genetics   MeSH
• Heart Defects, Congenital genetics   MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing methods   MeSH
• Check Tag
• Infant MeSH
• Humans MeSH
• Publication type
• Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
• Review MeSH

Východiska: Nádorový genom dětských pacientů se vyznačuje řadou charakteristik, které jej značně odlišují od malignit dospělého věku. Mezi tyto charakteristiky patří nízká mutační nálož, významná role epigenetických změn a také četnost výskytu fúzních genů jakožto řídicích prvků kancerogeneze. Fúzní geny vznikají v důsledku několika typů chromozomálních přestaveb, jako jsou translokace, delece, inzerce či inverze, a mohou mít celou řadu funkčních dopadů. Ačkoli byly v minulosti studovány především v kontextu hematologických malignit, jejich význam v diagnostice a terapii solidních nádorů neustále narůstá. Materiál a metody: U 250 pacientů se solidními nádory z Kliniky dětské onkologie Fakultní nemocnice Brno byla provedena analýza fúzních genů metodou cíleného RNA sekvenování. Sekvenační knihovny byly připraveny s pomocí sady TruSight RNA Pan-Cancer Panel (Illumina, USA), který pokrývá 1385 klinicky relevantních genů. Sekvenace knihoven proběhla s využitím NextSeq Mid Output Kit (150 cyklů) na platformě NextSeq 500 (Illumina, USA). Sekvenační čtení byla namapována na referenční genom hg38 s pomocí STAR aligneru s parametry nastavenými tak, aby umožnily detekci fúzních genů. Pro vyhledání fúzních genů byly použity nástroje Arriba a STARfusion a identifikované fúzní geny byly manuálně ověřeny v softwaru IGV. Výsledky: Klinicky relevantní fúzní geny byly identifikovány u 25 % pacientů. Největší podíl identifikovaných fúzí tvořily fúze asociované se sarkomy, jako jsou EWSR1-FLI1, PAX3-FOXO1 nebo SS18-SSX1/2. Druhou největší skupinu představovaly fúze typické pro nádory CNS, zejména KIAA1549-BRAF či jiné fúze aktivující Ras/MAPK signalizaci. U pacientky s renálním karcinomem byla identifikována dosud nepopsaná fúze DVL3-TFE3. Celkem 33 % identifikovaných fúzních genů bylo terapeuticky cílitelných a u 2/3 pacientů s terapeuticky cílitelnou fúzí byla nasazena odpovídající léčba. Závěr: Analýza fúzních genů má velký přínos v diagnostice, prognostické stratifikaci a terapeutickém plánování pediatrických onkologických pacientů. Použití vysokokapacitních přístupů, jako je RNA sekvenování, umožňuje identifikaci nových fúzních genů a tím také hlubší porozumění komplexním změnám doprovázejícím vznik a rozvoj nádorových onemocnění.

Background: Pediatric cancer genome significantly differs from the genome of adult malignancies and is characterized by low tumor mutational burden, the great importance of epigenetic changes, and also the frequent occurrence of fusion genes. Fusion genes arise as a result of several types of chromosomal rearrangements, such as translocations, deletions, insertions, or inversions, and can have a variety of functional impacts. In the past, they were studied mainly in the context of hematological malignancies; however, their importance in the diagnostics and therapy of solid tumors is increasing. Materials and methods: In 250 patients with solid tumors from the Department of Pediatric Oncology of University Hospital Brno, an analysis of fusion genes was performed using targeted RNA sequencing. Sequencing libraries were prepared using the TruSight RNA Pan-Cancer Panel (Illumina), which covers 1 385 clinically relevant genes, and sequenced using the NextSeq Mid Output Kit (150 cycles) on the NextSeq 500 platform (Illumina). Sequencing reads were mapped to hg38 using the STAR aligner with parameters set to allow fusion genes detection. Arriba and STARfusion tools were used to search for fusion genes, which were subsequently manually verified in the IGV software. Results: Clinically relevant fusion genes were identified in 25% of patients. The largest proportion of fusions identified were fusions associated with sarcomas, such as EWSR1-FLI1, PAX3-FOXO1, or SS18-SSX1/2. The second-largest group was represented by CNS tumor fusions, especially KIAA1549-BRAF or other Ras/MAPK-associated fusions. A previously undescribed DVL3-TFE3 fusion was identified in a renal carcinoma patient. 33% of the identified fusion genes were therapeutically targetable, and 2/3 of patients received corresponding treatment. Conclusion: The analysis of fusion genes is of great benefit in the diagnostics, prognostic stratification, and therapeutic planning of pediatric cancer patients. The use of high-throughput approaches such as RNA sequencing enables the identification of novel fusion genes as well as a deeper understanding of the complex changes that are involved in the development of the disease.

• MeSH
• Child MeSH
• Oncogene Proteins, Fusion analysis   genetics   MeSH
• Clinical Studies as Topic MeSH
• Humans MeSH
• Neoplasms * diagnosis   genetics   MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing * methods   MeSH
• Check Tag
• Child MeSH
• Humans MeSH

Východiska: MikroRNA (miRNA) jsou krátké nekódující RNA podílející se na posttranskripční regulaci genové exprese. Jsou esenciálními regulátory fyziologických procesů, podílejí se na patogenezi mnoha onemocnění a jejich deregulace byla prokázána u řady nádorových onemocnění vč. karcinomu rekta. Cirkulující miRNA přítomné v krevní plazmě by mohly být vhodnými kandidáty na neinvaziní prediktivní biomarkery odpovědi na neoadjuvantní chemoradioterapii u pacientů s lokálně pokročilým karcinomem rekta. Předkládaná pilotní studie se zabývá využitím sekvenování nové generace k analýze cirkulujících miRNA. Materiál a metody: K analýze miRNA expresních profilů byly použity vzorky RNA izolované z krevní plazmy pacientů odebrané v době TNM restagingu po neoadjuvantní chemoradioterapii, a párové vzorky RNA z plazmy odebrané před zahájením neoadjuvantní chemoradioterapie. K přípravě sekvenčních knihoven bylo využito kitu, který do knihoven implementuje univerzální molekulární index, jenž napomáhá citlivějšímu oddělení biologického šumu při analýze dat. Sekvenční data byla zpracována multidimenzionálními biostatistickými přístupy. Závěr: Byl stanoven expresní profil miRNA u pacientů s karcinomem rekta, který umožňoval odlišit pacienty s různou léčebnou odpovědí na neoadjuvantní chemoradioterapii.

Background: MicroRNAs (miRNA) are short non-coding RNAs involved in post-transcriptional regulation of gene expression. MiRNAs are essential regulators of both physiological processes as of pathogeneses of many diseases, and their dysregulation was observed in many malignancies including rectal cancer. Circulating miRNAs presented in blood plasma could be potential candidates for non-invasive predictive biomarkers of the response of patients with locally advanced rectal cancer to chemoradiotherapy. Presented study aims to evaluate the potential of next-generation sequencing in the analysis of circulating miRNAs. Material and methods: MiRNA expression profiles were done using samples of RNA isolated from blood plasma collected during TNM restaging and paired samples collected before initiation of neoadjuvant chemoradiotherapy. Sequencing libraries were prepared using kit which implements universal molecular indices that help to sensitively filter biological bias during data analysis. Sequencing data were processed by multidimensional biostatistical approaches. Conclusion: We identified specific miRNA profile enabling to distinguish the patients accordingly to their response to chemoradiotherapy.

• MeSH
• Circulating MicroRNA blood   MeSH
• Humans MeSH
• Biomarkers, Tumor blood   MeSH
• Rectal Neoplasms * diagnosis   therapy   MeSH
• Neoadjuvant Therapy MeSH
• Pilot Projects MeSH
• Predictive Value of Tests MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing * MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Publication type
• Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH

Agenezízubů rozumíme vrozený stav, kdy v dentici chybí jeden nebo více zubů. Tato porucha může mít celou řadu příčin - od působení lokálních změn v období zakládání zubních zárodků až po vliv především genetických faktorů. Polymorfizmus v genu, který kóduje protein zapojený do odontogeneze, může mít za následek poruchu jeho funkce, což může vývoj zubu negativně ovlivnit a v konečném důsledku úplně zastavit. Mezi nejvíce studovaně geny spojené se vznikem zubních agenezí patří geny pro PAX9, MSX1, AXIN2, WNTlOa a EDA. Cílem této studie bylo najít možný vztah mezi polymorřizmy v genu pro PAX9 a agenezí zubů na vzorku české populace. Analýza spočívala v DNA sekvenaci vybraných oblastí genu pro PAX9 a v následném porovnání výsledných sekvencí s referenční sekvencí z intemetové databáze GenBank (NCBI). z výsledků námi provedené studie na české populaci se jeví jako nejvýznamnější inzerce 99-101insC (rs138135767, rsl 1373281) se současnou záměnou 272C>G (rs4904155; heterozygotní i homozygotní) v exonu 1 a varianty -54A>G (rsl 2882923), -41 A>G (rsl 2883049) a 605C>T (Gly203Gly, rs61754301) v exonu 3, které budou dále studovány proye//ch možný vliv na ageneze zubů v české populaci.

Under the term tooth agenesis we understand congenital absence of one or more teeth in the dentition. This disorder can have a variety of causes - from the influence of local causes during the formation of tooth germs primarily to the influence of genetic factors. Polymorphism in a gene, that encodes a protein involved in odontogenesis, may cause its malfunction, which may adversely affect the tooth development and eventually stop it completely. Among the most studied genes associated with the dental agenesis belong PAX9, MSX1, AXIN2, WNTlOa and EDA genes. The aim of this study was to examine the possible relationship between the PAX9 gene polymorphisms and tooth agenesis in Czech population. The analysis was based on DNA sequencing of selected regions of the PAX9 gene and consequent comparison of obtained sequences with the reference sequence from GenBank online database (NCBI). The most important results of our study on Czech population seem to be insertion 99-101insC (rs138135767, rs11373281) with simultaneous substitution 272C>G (rs4904155; heterozygous and homozygous) in exon 1 and variants -54A>G (rs 12882923), -41A>G (rs 12883049) and 605C>T (Gly203Gly, rs61754301) in exon 3, that will be studied further for their possible effect on tooth agenesis in Czech population.

• Keywords
• ageneze zubů, PAX9, sekvenace,
• MeSH
• Tooth Abnormalities MeSH
• Anodontia * genetics   MeSH
• Gene Expression physiology   MeSH
• Humans MeSH
• Odontogenesis physiology   MeSH
• Polymorphism, Genetic MeSH
• Sequence Analysis, DNA * methods   utilization   MeSH
• PAX9 Transcription Factor MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Publication type
• Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
• Geographicals
• Czech Republic MeSH

We will use massive parallel sequencing (MPS – targeted as well as whole exome) for elucidation of causes of severe childhood epilepsies and epileptic encephalopathies. This approach is not yet available in the Czech Republic. A large cohort of patients with unknown cause of non-lesional epilepsy is available at our Centre for epilepsies. We will focus on epileptic encephalopathies, severe childhood epilepsies and familial epileptic syndromes and syndromes with epilepsy. We also have enough experience and equipment for data processing and filtering from MPS in other neurological disorders. In selected patients a panel of all (about 100) relevant known genes yet related to monogenic early childhood epilepsies and epileptic encephalopathies will be examined by the HaloPlex MPS method. About 50 patients per year will be tested. Results will be interpreted by experienced epileptologists according to clinical data and family history. The results will improve our understanding of the aethiology of epilepsies and improve Czech healthcare including personalized therapy.

Epilepsie jsou heterogenní skupinou onemocnění. Příčinou jsou strukturální vývojové vady mozku, metabolická onemocnění a v poslední době výrazně přibylo objevů řady genů, jejichž mutace způsobují epilepsie. V projektu budou využity metody molekulární genetiky - masivní paralelní sekvenování včetně exomového sekvenování – pro objasnění příčin dětských epilepsií a epileptických encefalopatií. Takové možnosti dosud nejsou v ČR dostupné. V projektu bude pomocí metody HaloPlex připraven panel genů, jejichž poruchy jsou spojeny s epilepsiemi dětského věku (již více než 100 genů). Cílem je vyšetřit cca. 100-150 pacientů (převážně z našeho Centra pro epilepsie) s těžkou epilepsií, kteří nemají objasněnou etiologii a mají negativní MRI mozku. Výsledky genetického testování budou interpretovány se zkušeným epileptologem v kontextu klinických příznaků a rodinné anamnézy. V naší laboratoři již máme velmi dobré zkušenosti s využitím sekvenování nové generace u geneticky heterogenního onemocnění (dědičné neuropatie). Výsledky budou mít velký význam pro klinickou praxi a zlepší péči o pacienty.

• MeSH
• Child MeSH
• Epilepsy diagnosis   MeSH
• Mutation MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing MeSH
• Check Tag
• Child MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• neurologie
• genetika, lékařská genetika
• pediatrie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Dvě studie – TAX 327 a SWOG 9916 – jako první prokázaly evidentní benefit v přežití u pacientů s meta­statickým kastračně rezistentním karcinomem prostaty (mCRCP) léčených chemoterapií založenou na docetaxelu, který se stal standardním lékem pro I. linii léčby. V posledních letech studie fáze III s cabazitaxelem, abirateronem, sipuleucelem-T, alpharadinem, enzalutamidem prokázaly benefit v prodloužení přežití v II. linii léčby kastračně refrakterního karcinomu prostaty za dobré kvality života a tolerovatelné toxicity. Je potřeba řady klinických studií a běžných klinických zkušeností, které ukáží správné pořadí jednotlivých preparátů.

Two studies – TAX 327 and SWOG 9916 – have demonstrated for the first time the benefit in survival in patients with metastatic castrate resistant prostate cancer (mCRPC) treated with chemotherapy based on docetaxel, which is currently considered the standard agent for the first line treatment. III phase studies testing cabazitaxel, abirateron, sipuleucel-T, alpharadin, and enzalutamid as the second line treatment of castrate resistant prostate cancer have recently demonstrated benefit of prolonged survival while maintaining good quality of life and tolerable toxicity. More clinical studies and clinical experience are required to further reveal the correct sequencing of the individual agents.

• Keywords
• kastračně rezistentní karcinom prostaty, cabazitaxel, sipuleucel T, cabazitaxel, alpharadin, enzalutamid,
• MeSH
• Abiraterone Acetate MeSH
• Survival Analysis MeSH
• Androstenols therapeutic use   MeSH
• Androgen Receptor Antagonists therapeutic use   MeSH
• Antineoplastic Agents therapeutic use   MeSH
• Docetaxel MeSH
• Clinical Trials, Phase III as Topic MeSH
• Quality of Life MeSH
• Humans MeSH
• Neoplasm Metastasis * drug therapy   MeSH
• Prostatic Neoplasms * drug therapy   MeSH
• Randomized Controlled Trials as Topic MeSH
• Taxoids therapeutic use   MeSH
• Vinblastine therapeutic use   MeSH
• Treatment Outcome MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Male * MeSH