invasive pathogens
Dotaz
Zobrazit nápovědu
- MeSH
- antifungální látky aplikace a dávkování MeSH
- dermatomykózy farmakoterapie MeSH
- Fusarium patogenita MeSH
- lidé MeSH
- mykotické infekce centrálního nervového systému farmakoterapie MeSH
- mykózy farmakoterapie MeSH
- myokarditida farmakoterapie mikrobiologie MeSH
- oční infekce mykotické farmakoterapie MeSH
- osteomyelitida farmakoterapie mikrobiologie MeSH
- sinusitida farmakoterapie mikrobiologie MeSH
- zygomykóza farmakoterapie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Cíl práce: Vyvinutí rozšířené polymerázové řetězové reakce (PCR), která umožňuje bezkultivační diagnostiku meningokokové, homofilové a pneumokokové etiologie u závažných onemocnění. Materiál a metody: Metoda PCR byla optimalizována na kmenech Nesseria meningitidis, HaemophiJus influenzae b a Streptococcus pneumoniae. Detekce patogenů z klinického materiálu byla hodnocena na 230 vzorcích od pacientů se závažným onemocněním. Výsledky: Z celkového množství 230 vzorků byly u 103 vzorků (44,7 %) zjištěny pozitivní výsledky PCK. U likvoru bylo procento pozitivity vyšší (57,0 %) než procento pozitivity séra (33,8 %) či krve (33,3 %). Závěr. Metodou PCR lze prokázat bakteriální deoxyribonukleovou kyselinu v klinickém materiálu i po zahájení léčby antibiotiky. Výsledky PCR jsou k dispozici dříve než výsledky kultivace. PCR metoda ve spojení s multilokusovou sekvenční typizací (MLST) umožňuje klonální analýzu etiologických agens i v případě, že nebyla získána kultivací.
Objectives: Development of extended polymerase chain reaction (PCR) for non-culture detection of Nesseria meningitidis, Haemophilus influenzae and Streptococcus pneumonie from invasive infections. Materials and methods: A method of PCR was optimalised on strains of Nesseria meningitidis, Haemophilus influenzae b and Streptococcus pneumonic. Detection of pathogens was evaluated on 230 samples from patiens with invasive infection. Results: Positive results of PCR were found in 103 samples of 230 (44.7 %). The percentage of positivity was higher in CSF samples (57.0 %) than in serum (33.8 %) or blood (33.3 %) samples. Conclusion: PCR method enables etiological diagnostics in cases, where antibiotic treatment was started. PCR results are available earlier than the results of cultivation. Multilocus sequence typing (MLST) of PCR products enables clonal analysis of etiological agents even in cases with negative results of cultivation.
- MeSH
- bakteriální infekce diagnóza epidemiologie MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- Haemophilus influenzae typu B patogenita MeSH
- lidé MeSH
- meningitida bakteriální diagnóza MeSH
- mikrobiologické techniky metody MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- Streptococcus pneumoniae patogenita MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Political action can reduce introductions of diseases caused by invasive forest pathogens (IPs) and public support is important for effective prevention. The public's awareness of IP problems and the acceptability of policies aiming to combat these pathogens were surveyed in nine European countries (N = 3469). Although awareness of specific diseases (e.g., ash dieback) varied, problem awareness and policy acceptability were similar across countries. The public was positive towards policies for informational measures and stricter standards for plant production, but less positive towards restricting public access to protected areas. Multilevel models, including individual and country level variables, revealed that media exposure was positively associated with awareness of IP problems, and strengthened the link between problem awareness and policy acceptability. Results suggest that learning about IPs through the media and recognizing the associated problems increase policy acceptability. Overall, the study elaborates on the anthropogenic dimension of diseases caused by IPs.
- MeSH
- lesy * MeSH
- postup * MeSH
- průzkumy a dotazníky MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Geografické názvy
- Evropa MeSH
Přestože PCR detekce mykotických patogenů v klinických vzorcích se na stránkách odborných časopisů objevuje již více než dvacet let, je použití této metody pro rutinní diagnostiku invazivní aspergilózy stále diskutabilní. A to i přesto, že metody molekulární biologie již našly své stálé místo v mnoha odvětvích moderní mikrobiologie. Genotypizace bakteriálních kmenů rezistentních na antibiotika, molekulární epidemiologie, ale i rutinní detekce, např. virových infekcí z nejrůznějších klinických materiálů je v dnešní době zcela běžnou praxí. Ve všech těchto oblastech znamenalo zavedení metody PCR diagnostiky zrychlení, zfpřesnění a zjednodušení celého procesu. Tento přehledový článek má za cíl ukázat, v čem je detekce původců mykotických infekcí jiná a proč se ji dosud nepodařilo zavést do rutinní praxe.
PCR detection of fungal pathogens in clinical samples has been discussed in journals for more than two decades. However, its use for diagnosing invasive aspergillosis is still controversial, despite the fact that molecular methods are routinely used in various fields of modern microbiology. These are e. g. genotyping of bacterial strains resistant to antibiotics, molecular epidemiology or routine detection of viral infections in clinical material. PCR methods have made the diagnostic apphcations faster, simpler and more accurate. This review deals with issues related to molecular methods for diagnosing invasive fungal infections and the main factors limiting their use in everyday clinical practice.
Authors examined the results of surgical treatment for 123 breast age patients with Acute Paraproctitis (AP) being cured for the last 10 years. Was offered the less invasive, less traumatic, defensive way of fistulectomy at AP treatment in breast fed infants, reducing possible relapse up to minimum. The suggested approach provides full desquamation and removal of fistula channel epithelium lining rests, and therefore the rectum sphincter is not damaged and there is no much damage in mucus. Examining with scanning electron microscopy (SEM) of micro drainages used for micro sanitation in the form of nylon line with knots, has found that their use contributes to removal from the fistula cavity not only detritus, fibrin and desquamated cells, but pathogen content in the form of microorganisms such as sticks, and structures fungi. It was determined that it is necessary to use not only antibacterial and anti fungous therapy. The advantage of the new operational way over the traditional approach is prevention of wound reinfection. Of the 52 breast patients, 51 obtained results of treatment were quite good in the near and distant periods of illness. Application of minimally invasive fistulocriptoectomy at AP infants maximizes the improvement of the results of surgical treatment, and allows to minimize complications.
- Klíčová slova
- fistulektomie,
- MeSH
- absces chirurgie patologie MeSH
- akutní nemoc MeSH
- anální kanál chirurgie patologie MeSH
- chirurgie trávicího traktu * metody přístrojové vybavení statistika a číselné údaje MeSH
- design vybavení MeSH
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- mikroskopie elektronová rastrovací MeSH
- miniinvazivní chirurgické výkony metody MeSH
- novorozenec MeSH
- pooperační komplikace MeSH
- proktitida diagnóza chirurgie patologie MeSH
- recidiva MeSH
- rektální píštěl * diagnóza chirurgie patologie MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- výsledek terapie MeSH
- Check Tag
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- novorozenec MeSH
AIM: The aim of the study is to evaluate faecal calprotectin (f-CP) in children ≤3 years of age with acute gastroenteritis (AG) as an early predictor of bacterial inflammation. METHODS: We prospectively analysed f-CP levels and diagnostic workup in 107 consecutive children (66 AG, 41 controls). RESULTS: Children with bacterial AG (BAG) was found to have higher diarrheal frequency (p < 0.01), fever (p < 0.01), erythrocyte sedimentation rate (p < 0.001), white blood count (p < 0.01) and C-reactive protein (CRP) (p < 0.001) compared with viral AG (VAG). Vomiting was frequent in VAG (p < 0.001). f-CP negatively correlated with age in controls (r = -0.5998). BAG demonstrated significantly higher f-CP levels [median, 219 μg/g, interquartile range (IQR): 119-350.2] compared with VAG (49.3 μg/g, IQR: 8.8-131.1) as well as controls (26.5 μg/g, IQR: 14.9-55.1) (p < 0.001). VAG and control f-CP levels were similar. f-CP was the best-rated marker of BAG with a diagnostic accuracy of 92%. Receiver-operator characteristic analysis revealed an area under curve of 0.95 for identifying BAG; sensitivity and specificity of f-CP were 93% and 88%, respectively, at an adjusted cut-off point of 103.9 μg/g faeces. Combined f-CP and CRP yield improved diagnostic accuracy of 94% for BAG. CONCLUSION: f-CP facilitates early discrimination between bacterial and viral causes of AG in young children. Combining f-CP with CRP increases the diagnostic power of diagnosing BAG.
- MeSH
- akutní nemoc MeSH
- bakteriální infekce diagnóza MeSH
- biologické markery metabolismus MeSH
- diferenciální diagnóza MeSH
- feces chemie MeSH
- gastroenteritida diagnóza mikrobiologie virologie MeSH
- kojenec MeSH
- leukocytární L1-antigenní komplex metabolismus MeSH
- lidé MeSH
- předškolní dítě MeSH
- prospektivní studie MeSH
- průjem etiologie MeSH
- ROC křivka MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- studie případů a kontrol MeSH
- virové nemoci diagnóza MeSH
- Check Tag
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- předškolní dítě MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
OBJECTIVES: Emerging invasive fungal infections (IFI) have become a notable challenge. Apart from the more frequently described fusariosis, lomentosporiosis, mucormycosis, scedosporiosis, and certain dematiaceae or yeasts, little is known about extremely rare IFI. METHODS: Extremely rare IFI collected in the FungiScopeⓇ registry were grouped as Dematiaceae, Hypocreales, Saccharomycetales, Eurotiales, Dermatomycetes, Agaricales, and Mucorales. RESULTS: Between 2003 and June 2019, 186 extremely rare IFI were documented in FungiScopeⓇ. Dematiaceae (35.5%), Hypocreales (23.1%), Mucorales (11.8%), and Saccharomycetales (11.3%) caused most IFI. Most patients had an underlying malignancy (38.7%) with acute leukemia accounting for 50% of cancers. Dissemination was observed in 26.9% of the patients. Complete or partial clinical response rate was 68.3%, being highest in Eurotiales (82.4%) and in Agaricales (80.0%). Overall mortality rate was 29.3%, ranging from 11.8% in Eurotiales to 50.0% in Mucorales. CONCLUSIONS: Physicians are confronted with a complex variety of fungal pathogens, for which treatment recommendations are lacking and successful outcome might be incidental. Through an international consortium of physicians and scientists, these cases of extremely rare IFI can be collected to further investigate their epidemiology and eventually identify effective treatment regimens.
Cíl: Analýza potenciálních genů virulence metodou sekvenace celého genomu (WGS) u invazivních a neinvazivních izolátů Neisseria meningitidis příbuzných epidemiologicky a/nebo klinicky z období 2005–2021. Materiál a metody: Pro analýzu bylo vybráno 79 izolátů ze tří různých kategorií: z případů invazivního meningokokového onemocnění (IMO) a od jejich zdravých kontaktů; z různého klinického materiálu téhož případu IMO; z různého klinického materiálu téhož případu IMO a od jejich zdravých kontaktů. Metodou WGS byly analyzovány sekvenční změny v genech potenciálních faktorů virulence N. meningitidis, jednalo se o více než 250 lokusů. Výsledky: Četnost sekvenčních změn v potenciálních genech virulence N. meningitidis byla u studovaných invazivních a neinvazivních izolátů značně variabilní. Nejvyšší míra genetické variability byla pozorována u genů pilu, především pilE a pglA. V naší studii byly detekovány změny v genu opacitního proteinu opaA u více než poloviny studovaných izolátů, u MenC izolátů dosahovala četnost změn genu opaA téměř 70 %. Zvýšená četnost změn byla pozorována i v genech, které jsou zodpovědné za produkci kapsule, především genech kapsulárního regionu D+D’. Závěry: Získané výsledky podporují hypotézu, že v patogenitě N. meningitidis se uplatňují i genetické mechanismy, které jsou séroskupinově specifické. Tyto výsledky přispívají k rozšíření vědeckého poznání, které je nezbytné pro vývoj nových účinných vakcín proti IMO.
Aim: Whole genome sequencing (WGS) analysis of candidate virulence genes of epidemiologically and/or clinically related invasive and non-invasive isolates of Neisseria meningitidis from 2005–2021. Material and Methods: Seventy-nine isolates were selected for analysis from three different categories: cases of invasive meningococcal disease (IMD) and their healthy contacts, different clinical specimens from the same IMD case, and different clinical specimens from the same IMD case and their healthy contacts. WGS was used to analyse sequence variability in candidate N. meningitidis virulence factor genes, with more than 250 loci studied. Results: The frequency of sequence changes in the candidate N. meningitidis virulence factor genes of invasive and non-invasive isolates varied widely. The highest level of variability was observed in the pilus genes, especially pilE and pglA. Our study detected variability in the opacity protein A (opaA) gene in more than half of the isolates analysed, with the frequency of opaA gene changes reaching almost 70% in MenC isolates. Higher frequency of changes were also observed in the genes for capsule production, especially in those of the D+D’ capsular region. Conclusions: The results obtained support the hypothesis that serogroup-specific genetic mechanisms are also involved in the pathogenicity of N. meningitidis. These data add to the body of knowledge necessary for the development of new effective IMD vaccines.
- MeSH
- faktory virulence MeSH
- lidé MeSH
- meningokokové infekce epidemiologie MeSH
- Neisseria meningitidis * genetika izolace a purifikace MeSH
- sekvenování celého genomu * MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
V průběhu posledních dvou dekád došlo k významnému nárůstu invazivních mykotických infekcí, paralelně s tím, jak došlo k nárůstu počtu imunosuprimovaných nemocných v populaci. Mortalita a morbidita hlubokých mykóz je stále velmi vysoká a jejich terapie je často velmi obtížná. Vedle nárůstu případů těchto infekcí došlo také v jejich epidemiologii k významným změnám. Jako původci invazivních infekcí se stále častěji uplatňují non-albicans kmeny kandid, ale především aspergily a v posledních letech také jiné vláknité houby. Nová antimykotika dostupná v současné době nebo právě na trh přicházející, jakými jsou triazoly druhé generace a echinokandiny, mají značný potenciál rozšířit naše léčebné možnosti a zlepšit výsledky léčby invazivních mykóz. Předkládaná práce shrnuje dostupné informace o současném využití jednotlivých antimykotik v léčbě invazivních mykotických infekcí.
The frequency of invasive fungal infections has significantly increased over the last two decades with the rise in at-risk populations of patients. The morbidity and mortality of deep fungal infections are high and management of these infections is difficult. The epidemiology of invasive fungal pathogens has also changed. Non-albicans Candida, Aspergillus spp. and moulds other than Aspergillus have become increasingly recognised causes of invasive diseases. Recently developed antifungal agents, such as second-generation triazoles and echinocandins, provide the potential to improve management options and therapeutic outcomes of these infections. This article reviews the role of available antifungal agents in the management of invasive fungal infections.
- MeSH
- antifungální látky klasifikace terapeutické užití MeSH
- aspergilóza klasifikace krev terapie MeSH
- kandidóza klasifikace krev terapie MeSH
- kryptokokóza klasifikace terapie MeSH
- lidé MeSH
- mykózy krev mikrobiologie terapie MeSH
- směrnice pro lékařskou praxi jako téma MeSH
- zygomykóza klasifikace terapie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- MeSH
- Aphanomyces genetika růst a vývoj MeSH
- DNA fungální chemie genetika MeSH
- infekce mikrobiologie veterinární MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- řeky MeSH
- severní raci mikrobiologie MeSH
- zachování přírodních zdrojů MeSH
- zavlečené druhy MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Maďarsko MeSH
