A novel Gram-stain-negative, strictly aerobic, rod-shaped, light-yellow-pigmented, and chemo-organoheterotrophic bacterium, designated DF-77T, was isolated from dense mats of filamentous algae collected in March 2004 at Okinawa in Japan. The microorganism grew at 0-2.0% NaCl concentrations (w/v), pH 6.0-9.0, and 20-30 °C. The 16S rRNA gene sequence-based phylogenetic tree demonstrated that the strain DF-77T is a novel member of the family Flavobacteriaceae and was greatly related to Flagellimonas nanhaiensis SM1704T with sequence similarity of 95.5%. The main fatty acids were iso-C15:1 G, iso-C15:0, and iso-C17:0 3-OH, and the only isoprenoid quinone was menaquinone-6. The dominant polar lipids were phosphatidylethanolamine, two unidentified aminolipids, an unidentified phosphoaminolipid, and four unidentified lipids. The genome size of strain DF-77T was 3.60 Mbp with a DNA G + C content of 47.5%. The average nucleotide identity (ANI) value between the genomes of strain DF-77T and its closely related species was 69.8-70.7%. The digital DNA - DNA hybridization (dDDH) value of strain DF-77T with the strain of F. nanhaiensis SM1704T was 16.8%. The genome of the strain DF-77T revealed that it encoded several genes involved in bio-macromolecule degradation, indicating a high potential for producing industrially useful enzymes. Consequently, the strain is described as a new species in the genus Flagellimonas, for which the name Flagellimonas algarum sp. nov., is proposed with the type strain DF-77T (= KCTC 72791T = NBRC 114251T).

• MeSH
• DNA bakterií genetika   chemie   MeSH
• Flavobacteriaceae * klasifikace   izolace a purifikace   genetika   MeSH
• fosfolipidy analýza   MeSH
• fylogeneze MeSH
• genom bakteriální MeSH
• hybridizace nukleových kyselin MeSH
• mastné kyseliny analýza   MeSH
• RNA ribozomální 16S genetika   MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH
• vitamin K 2 analýza   analogy a deriváty   MeSH
• zastoupení bazí MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Japonsko MeSH

Corynebacterium (C.) durum je součástí rezidentní flóry dutiny ústní. Jeho podíl na etiologii infekčních onemocnění je nejednoznačný. S vyšším počtem imunoalterovaných pacientů je nutné s ním počítat jako s potenciálním oportunním patogenem. Nejčastěji je izolováno ze sputa, bronchoalveolární lavážní tekutiny, ale také z krve, zejména u imunosuprimovaných pacientů s pneumonií. V tom případě je nutné bakterii přesně identifikovat a nález správně interpretovat. Dříve velmi využívaný komerční test pro určení korynebakterií (API Coryne, BioMerieux) nelze použít pro všechna korynebakteria včetně C. durum. Tento druh není obsažen v databázi biotypových čísel. Lze provést porovnání biotypového čísla s údaji v literatuře. K přesnému odlišení od jiných korynebakterií je nutná chemotaxonomická a proteomická analýzy (MALDI-TOF MS), nebo sekvenace genu 16S rRNA. Klíčový je polyfázový přístup využívající poznatky z jednotlivých laboratorních vyšetření.

Corynebaterium (C.) durum is a part of the resident human oral microbiota. Its role in the aetiology of infectious diseases is ambiguous. With the increasing number of immunocompromised patients, it must be considered a potential opportunistic pathogen. It is isolated from the sputum, bronchoalveolar-lavage fluid, as well as blood, especially from immunocompromised patients with pneumonia. In that case, the critical steps involve a correct identification of Corynebacterium to the species level and right interpretation of the findings. The previously widely used commercial test for the identification of Corynebacteria (API Coryne, BioMerieux) is not suitable for all species, including C. durum, as its biotype number is not included in the database. But the obtained result can be compared with the available literature data. Chemotaxonomic and proteomic analysis (matrix-assisted laser desorption/ ionization – time of flight, MALDI-TOF MS) or 16S rRNA sequencing allow for accurate differentiation from the other Corynebacteria species. Nevertheless, these methods are not routinely used in clinical laboratories. A polyphasic approach to the taxonomy based on the data from combined laboratory tests is crucial.

Článek se zaměřuje na rutinně nekultivovatelné treponemové infekce, které i nadále představují celosvětový problém. Pojednává o současných poznatcích v oblasti molekulární genetiky a zdůrazňuje důležitost implementace aktuálních výzkumů do dermatovenerologie. Soustředí se na využití metody PCR v diagnostice a propojení klinické medicínské praxe s vědeckými poznatky v oblasti molekulární genetiky u treponemových infekcí.

The article deals with routinely uncultivable treponemal infections that continue to be a global problem. The current knowledge in the field of molecular genetics is presented and the importance of implementing current research into dermatovenerology is emphasized. The article focuses on the use of the PCR method in diagnosis as well as on linking clinical medical practice with scientific knowledge in the field of molecular genetics in treponemal infections.

• MeSH
• frambézie diagnóza   mikrobiologie   patologie   MeSH
• infekce bakteriemi rodu Treponema * diagnóza   MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• syfilis kožní diagnóza   farmakoterapie   mikrobiologie   MeSH
• techniky typizace bakterií * metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Three closely related, aerobic, Gram-stain-negative, motile, rod-shaped bacterial strains (PS-2T, PS-17, and PS-19) were isolated from the skin of freshwater pufferfish (Tetraodon cutcutia). Colonies are pinkish-colored. The optimum growth occurred at 28-30 °C, and the pH was 6.5-7. The major cellular fatty acids were C16:1 ω7c, iso-C15.0, C17:1 ω8c, C18:1 ω7c, and C16:0. The predominant polar lipids were phosphatidylglycerol, phosphatidylethanolamine, and amino lipids. The genome size of strain PS-2T is 4.8 Mbp, and the G + C content was 46.0%. The major fraction of genes were associated with biological processes (45.64%), followed by molecular function (29.86%) and cellular components (24.49%). The unique genes identified in strain PS-2T secreted cyanophycinase, UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase, methyltransferase, kynureninase, ADA regulatory protein, biphenyl degradation, thermostable carboxypeptidase 1, tetrathionate respiration, etc. In addition, alanine and glutamate racemases were present. The 16S rRNA gene sequences shared 98.83-99.24% similarity with the closely related type strains of Shewanella. The ANI and AAI of strain PS-2T with reference type strains of the genus Shewanella were below 95-96%, and the corresponding dDDH values were below 70%. A phylogenetic tree based on 16S rRNA gene sequences and genome-wide core genes revealed that strain PS-2T clustered with Shewanella oneidensis LMG 19005T in both phylogenetic trees. Based on the polyphasic analysis, the new isolates (PS-2T, PS-17, and PS-19) represent a novel species of Shewanella, for which Shewanella cutis sp. nov. is proposed. The type strain is PS-2T (= TBRC 15838T = NBRC 115342T).

• MeSH
• DNA bakterií * genetika   MeSH
• fosfolipidy analýza   MeSH
• fylogeneze * MeSH
• genom bakteriální * MeSH
• genomika MeSH
• kůže mikrobiologie   MeSH
• mastné kyseliny * analýza   MeSH
• RNA ribozomální 16S * genetika   MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• Shewanella * genetika   izolace a purifikace   klasifikace   MeSH
• sladká voda mikrobiologie   MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH
• Tetraodontiformes * mikrobiologie   MeSH
• zastoupení bazí * MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Cíl práce: Cílem práce je zhodnotit výskyt methicilin-rezistentních kmenů Staphylococcus aureus (MRSA) ve Fakultní nemocnici Olomouc (FNOL) za období 10 let (2013-2022). Materiál a metody: Data byla získána z laboratorního informačního systému ENVIS LIMS (DS Soft, Česká republika, Olomouc) Ústavu mikrobiologie FNOL za období 1. 1. 2013 – 31. 12. 2022. K identifikaci byly použity standardní mikrobiologické postupy s využitím systému MALDI-TOF MS (Biotyper Microflex, Bruker Daltonics). Citlivost k antibiotikům byla stanovena standardní diluční mikrometodou podle kritérií EUCAST. Všechny kmeny Staphylococcus aureus byly testovány na rezistenci k methicilinu pomocí selektivně diagnostické chromogenní půdy (Colorex/TM/MRSA, TRIOS) a imunochromatografického testu na průkaz PBP2a (PBP2a SA Culture Colony Test, AlereTM ). Pozitivní výsledky byly potvrzeny detekcí genu mecA. U izolátů z roku 2022 byla provedena molekulárně-biologická typizace pro stanovení klonality/příbuznosti kmenů pomocí pulzní gelové elektroforézy (PFGE). Výsledky: Prevalence MRSA ve FNOL nevykazuje rostoucí trend a pohybuje se mezi 3-6 %. Nejvyšší prevalence MRSA byla zachycena u materiálů z krevního řečiště (6 %), dále z dolních cest dýchacích (5 %), sekretů z ran a punktátů (5 %). Z jednotlivých oddělení FNOL byla nejvyšší prevalence MRSA na Oddělení geriatrie a II. interní klinice. Profil antibiotické rezistence u souboru izolátů MRSA byl následující: erytromycin 89 %, klindamycin 86 %, ciprofloxacin 80 %, tetracyklin 18 %, gentamicin 13 %, kotrimoxazol 7 %, tigecyklin 1 %. Rezistence k antibiotikům volby v případě závažné infekce způsobené kmenem MRSA (vankomycin, ceftarolin, linezolid) byla 0-1 %. Genetická analýza dvaceti tří izolátů MRSA z roku 2022 pomocí PFGE odhalila jednu pětici, dvě trojice a dvě dvojice se shodným restrikčním profilem. Závěr: Prevalence MRSA ve FNOL je stále nízká, a proto se lze v iniciální terapii infekcí s pravděpodobnou etiologií Staphylococcus aureus spolehnout na oxacilin, případně kombinované aminopeniciliny (amoxicilin/kys. klavulanová, ampicilin/sulbaktam) nebo cefazolin.

POZOR! při kopírování abstrakt kontrolovat slova na konci řádků originálu!!!

• MeSH
• antibiotická rezistence MeSH
• epidemický výskyt choroby MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí * epidemiologie   mikrobiologie   terapie   MeSH
• lidé MeSH
• methicilin rezistentní Staphylococcus aureus * MeSH
• mikrobiologie trendy   MeSH
• sběr dat metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

The MBT Pathfinder is an automated colony-picking robot designed for efficient sample preparation in matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry. This article presents results from three key experiments evaluating the instrument's performance in conjunction with MALDI Biotyper instrument. The method comparison experiment assessed its clinical performance, demonstrating comparable results with gram-positive, gram-negative, and anaerobic bacteria (scores larger than 2.00) and superior performance over simple direct yeast transfer (score: 1.80) when compared to samples prepared manually. The repeatability experiment confirmed consistent performance over multiple days and labs (average log score: 2.12, std. deviation: 0.59). The challenge panel experiment showcased its consistent and accurate performance across various samples and settings, yielding average scores between 1.76 and 2.19. These findings underline the MBT Pathfinder as a reliable and efficient tool for MALDI-TOF mass spectrometry sample preparation in clinical and research applications.

• MeSH
• Bacteria * klasifikace   izolace a purifikace   MeSH
• laboratorní automatizace * metody   MeSH
• lidé MeSH
• odběr biologického vzorku metody   MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• robotika * MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice * metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• hodnotící studie MeSH

OBJECTIVES: Small extracellular vesicles (EVs) contain various signaling molecules, thus playing a crucial role in cell-to-cell communication and emerging as a promising source of biomarkers. However, the lack of standardized procedures impedes their translation to clinical practice. Thus, we compared different approaches for high-throughput analysis of small EVs transcriptome. METHODS: Small EVs were isolated from 150 μL of serum. Quality and quantity were assessed by dynamic light scattering, transmission electron microscopy, and Western blot. Comparison of RNA extraction efficiency was performed, and expression of selected genes was analyzed by RT-qPCR. Whole transcriptome analysis was done using microarrays. RESULTS: Obtained data confirmed the suitability of size exclusion chromatography for isolation of small EVs. Analyses of gene expression showed the best results in case of samples isolated by Monarch Total RNA Miniprep Kit. Totally, 7,182 transcripts were identified to be deregulated between colorectal cancer patients and healthy controls. The majority of them were non-coding RNAs with more than 70 % being lncRNAs, while protein-coding genes represented the second most common gene biotype. CONCLUSIONS: We have optimized the protocol for isolation of small EVs and their RNA from low volume of sera and confirmed the suitability of Clariom D Pico Assays for transcriptome profiling.

• MeSH
• extracelulární vezikuly * genetika   metabolismus   MeSH
• gelová chromatografie MeSH
• lidé MeSH
• RNA MeSH
• stanovení celkové genové exprese * metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

The taxonomic position of three actinobacterial strains, BCCO 10_0061T, BCCO 10_0798T, and BCCO 10_0856T, recovered from bare soil in the Sokolov Coal Basin, Czech Republic, was established using a polyphasic approach. The multilocus sequence analysis based on 100 single-copy genes positioned BCCO 10_0061T in the same cluster as Lentzea waywayandensis, strain BCCO 10_0798T in the same cluster as Lentzea flaviverrucosa, Lentzea californiensis, Lentzea violacea, and Lentzea albidocapillata, and strain BCCO 10_0856T clustered together with Lentzea kentuckyensis and Lentzea alba. Morphological and chemotaxonomic characteristics of these strains support their assignment to the genus Lentzea. In all three strains, MK-9(H4) accounted for more than 80 % of the isoprenoid quinone. The diagnostic diamino acid in the cell-wall peptidoglycan was meso-diaminopimelic acid. The whole-cell sugars were rhamnose, ribose, mannose, glucose, and galactose. The major fatty acids (>10 %) were iso-C15 : 0, anteiso-C15 : 0, iso-C16 : 0, and C16 : 0. The polar lipids were diphosphatidylglycerol, methyl-phosphatidylethanolamine, phosphatidylethanolamine, hydroxy-phosphatidylethanolamine, phosphatidylglycerol, and phosphatidylinositol. The genomic DNA G+C content of strains (mol%) was 68.8 for BCCO 10_0061T, 69.2 for BCCO 10_0798T, and 68.5 for BCCO 10_0856T. The combination of digital DNA-DNA hybridization results, average nucleotide identity values and phenotypic characteristics of BCCO 10_0061T, BCCO 10_0798T, and BCCO 10_0856T distinguishes them from their closely related strains. Bioinformatic analysis of the genome sequences of the strains revealed several biosynthetic gene clusters (BGCs) with identities >50 % to already known clusters, including BGCs for geosmin, coelichelin, ε-poly-l-lysine, and erythromycin-like BGCs. Most of the identified BGCs showed low similarity to known BGCs (<50 %) suggesting their genetic potential for the biosynthesis of novel secondary metabolites. Based on the above results, each strain represents a novel species of the genus Lentzea, for which we propose the name Lentzea sokolovensis sp. nov. for BCCO 10_0061T (=DSM 116175T), Lentzea kristufekii sp. nov. for BCCO 10_0798T (=DSM 116176T), and Lentzea miocenica sp. nov. for BCCO 10_0856T (=DSM 116177T).

• MeSH
• Actinobacteria * MeSH
• Actinomycetales * MeSH
• Bacteria MeSH
• DNA bakterií genetika   MeSH
• fosfatidylethanolaminy MeSH
• fylogeneze MeSH
• mastné kyseliny chemie   MeSH
• RNA ribozomální 16S genetika   MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH
• uhlí MeSH
• zastoupení bazí MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Streptococcus pneumoniae (pneumokok) je grampozitivní kok vyvolávající jak neinvazivní, tak invazivní infekční onemocnění. Onemocnění vyvolaná pneumokokem mohou být preventabilní očkováním. Invazivní pneumokoková onemocnění (IPO) musí splňovat mezinárodní definici případu, jsou hlášena na národní i mezinárodní úrovni a v řadě zemí, včetně České republiky, jsou sledována v programu surveillance. Důležitou součástí surveillance IPO je sledování vyskytujících se sérotypů, hodnocení četnosti jednotlivých sérotypů v čase a v relaci k probíhajícím vakcinačním programům. Ve světe i v České republice je u pneumokoků stále častěji prováděna metoda celogenomové sekvenace (whole genome sequencing, WGS), která umožňuje určování sérotypu pneumokoků ze sekvenačních dat, dále přesnou analýzu jejich genetických vztahů a studium genů obsažených v jejich genomu. Celogenomová sekvenace umožňuje získávat spolehlivá a mezinárodně srovnatelná sekvenační data, která lze snadno sdílet. Sekvenační data jsou analyzována pomocí bioinformatických nástrojů, které vyžadují znalosti z oblasti přírodních věd s důrazem na genetiku a znalosti z oblasti bioinformatiky. V publikaci jsou představeny některé možnosti analýzy pneumokoka, kterými jsou sérotypizace, multilokusová sekvenační typizace (MLST), ribozomální MLST (rMLST), core genome MLST (cgMLST), whole genome MLST (wgMLST), single nucleotide polymorphism (SNP) analýza, určení Global Pneumococcal Sequence Cluster (GPSC), stanovení genů virulence a genů antibiotické rezistence. U metody WGS je prezentována strategie její aplikace v Evropě a realizace v praxi. Analýza pneumokoků metodou WGS představuje zlepšení v provádění surveillance IPO, kdy je sérotyp určován molekulárně geneticky, jsou prováděny další podrobnější typizace, získaná data lze snadno mezinárodně porovnávat a lze lépe hodnotit účinnost vakcinačních programů.

Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) is a Gram-positive coccus causing both non-invasive and invasive infectious diseases. Pneumococcal diseases are vaccine preventable. Invasive pneumococcal diseases (IPD) meeting the international case definition are reported nationally and internationally and are subject to surveillance programmes in many countries, including the Czech Republic. An important part of IPD surveillance is the monitoring of causative serotypes and their frequency over time and in relation to ongoing vaccination programmes. In the world and in the Czech Republic, whole genome sequencing (WGS) is increasingly used for pneumococci, which allows for serotyping from sequencing data, precise analysis of their genetic relationships, and the study of genes present in their genome. Whole-genome sequencing enables the generation of reliable and internationally comparable data that can be easily shared. Sequencing data are analysed using bioinformatics tools that require knowledge in the field of natural sciences with an emphasis on genetics and expertise in bioinformatics. This publication presents some options for pneumococcal analysis, i.e., serotyping, multilocus sequence typing (MLST), ribosomal MLST (rMLST), core genome MLST (cgMLST), whole genome MLST (wgMLST), single nucleotide polymorphism (SNP) analysis, assignment to Global Pneumococcal Sequence Cluster (GPSC), and identification of virulence genes and antibiotic resistance genes. The WGS strategies and applications for Europe and WGS implementation in practice are presented. WGS analysis of pneumococci allows for improved IPD surveillance, thanks to molecular serotyping, more detailed typing, generation of internationally comparable data, and improved evaluation of the effectiveness of vaccination programmes.

• MeSH
• molekulární biologie metody   MeSH
• multilokusová sekvenční typizace klasifikace   metody   MeSH
• pneumokokové infekce mikrobiologie   MeSH
• sekvenování celého genomu * metody   normy   MeSH
• séroskupina MeSH
• sérotypizace klasifikace   metody   MeSH
• Streptococcus pneumoniae * genetika   izolace a purifikace   MeSH
• techniky typizace bakterií klasifikace   MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

Úvod a cíl: Cílem sdělení je vytvořit přehled poznatků týkajících se vztahu ortodontické léčby ke vzniku gingiválních recesů. Jsou shrnuty výsledky dostupných studií publikovaných od roku 1973. Názory mnohých autorů se liší a lze říci, že vznik gingiválních recesů je multifaktoriální; jako rizikové faktory vzniku jsou uváděny dehiscence alveolární kosti, fenotyp gingivy, tenký biotyp kosti alveolárního výběžku, tvar symfýzy, malpozice zubů, artikulace chrupu, nevhodná technika provádění ústní hygieny, tah slizničních řas a mnohé další. Metodika: Pro zpracování tohoto článku byly využity vědecké databáze PubMed, Science Direct, Google Scholar, Embase a Web of Science, do vyhledávání byla zadána klíčová slova gingivální recesus, ortodontická léčba, protruze řezáků, symfýza, biotyp gingivy. Shrnuta byla důležitá fakta a výsledky jednotlivých studií. Závěr: Problematika recesů je komplexní a multifaktoriální. Důležité je správné sestavení léčebného plánu s ohledem na stav parodontu, fenotyp gingivy, biotyp kosti alveolárního výběžku, obličejového skeletu (tvar symfýzy), provádění adekvátní dentální hygieny i pravidelné kontroly v retenční fázi léčby, aby se předešlo případným komplikacím při používání fixních retainerů.

Introduction, aim: This article provides an overview of current knowledge on the relationship between orthodontic treatment and the emergence of gingival recession. It summarises the results of available studies published since 1973. The views of various authors are different. Gingival recession is multifactorial in origin, with the following cited as risk factors: dehiscence of the alveolar bone, gingival phenotype, thin biotype of the bone of the alveolar process, the shape of symphysis, dental malposition, the articulation of the dentition, inappropriate oral hygiene technique, tension of the mucosal folds and many others. Methodology: The scientific databases PubMed, Science Direct, Google Scholar, Embase, and Web of Science were used for the research. Key words (gingival recession, orthodontic treatment, incisor protrusion, symphysis, gingival biotype) were entered into the search and articles were studied. Important facts and results of individual studies were written down. Conclusion: The issue of recessions is complex and multifactorial. It is important to correctly assemble a treatment plan with regard to the condition of the periodontium, gingival phenotype, bone biotype of the alveolar process, facial skeleton (shape of the symphysis), level of dental hygiene as well as regular check-ups in the retention phase of treatment in order to avoid possible complications of fixed retainers.

• Klíčová slova
• biotyp gingivy,
• MeSH
• hluboký skus * MeSH
• lidé MeSH
• ortodoncie metody   MeSH
• ústup dásní * patologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH