Mutation testing
Dotaz
Zobrazit nápovědu
sv.
- MeSH
- genetika MeSH
- látky znečišťující životní prostředí MeSH
- toxikologie MeSH
- Publikační typ
- periodika MeSH
European journal of pediatrics, ISSN 0340-6199 vol. 159, suppl. 3, December 2000
S170-S245, A7 s. : tab., grafy ; 30 cm
U pacientů s NSCLC lze některé mutace genu kódujícího receptor EGFR využít jakožto prediktivní markery léčebné odpovědi na inhibitory tyrosinkinázy (TKI) EGFR. Indikátory dobré léčebné odpovědi na tuto léčbu jsou především deleční mutace v exonu 19 a bodové mutace v exonu 21 (L858R a L861Q), zatímco mutace v exonu 20, především substituční mutace T790M a pravděpodobně i inzerční mutace v tomto exonu, jsou spojené s rezistencí k této léčbě. K rutinnímu testování mutací je v komerčních kitech nejčastěji využívána metoda RT-PCR (real-time polymerase chain reaction), jejímiž výhodami jsou snadná proveditelnost, krátké časy odezvy a vysoká senzitivita záchytu mutací na pozadí nemutovaného genu. Nevýhodami pak jsou vyšší cena a vyšetření pouze mutací v testu zahrnutých.
Several mutations of the EGFR gene in patients with NSCLC can be used as predictive markers for response to treatment with EGFR tyrosine kinase inhibitors. Good response to this treatment is indicated particularly by exon 19 deletion mutations and exon 21 point mutations (L858R and L861Q), while exon 20 mutations, mainly the substitution mutation T790M, and probably also insertion mutation in this exon are associated with resistance to this therapy. The commercial kits for routine mutation testing are mostly employing the method of RT-PCR (real- -time polymerase chain reaction) that has the advantages of feasible practicability, short response times and high sensitivity for mutation detection against the backdrop of non-mutated gene. Its disadvantages are higher cost and the possibility to test only for the mutations included in the test.
- Klíčová slova
- NSCLC, inhibitory tyrosinkinázy,
- MeSH
- biomarkery farmakologické MeSH
- diagnostické techniky molekulární využití MeSH
- erbB receptory genetika MeSH
- genetické testování trendy využití MeSH
- inhibitory proteinkinas MeSH
- lidé MeSH
- mutační analýza DNA využití MeSH
- nemalobuněčný karcinom plic diagnóza genetika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
sv.
Laboratoře zabývající se analýzou lidského genomu, ať dědičnými či nedědičnými poruchami, používají obdobné metodické a technologické přístupy. Genetické odchylky však identifikují v různém rozsahu – vyhledávají běžně se vyskytující mutace, populačně vzácnější mutace, mutace s rodinným výskytem nebo identifikují dosud neznámé genetické změny. Kromě spektra mutací se DNA laboratoře vzájemně liší také v ročním počtu vyšetřených vzorků. Při porovnávání je rovněž třeba brát v úvahu, že klinické požadavky mohou zabírat velice široké indikační pole nebo mohou být naopak velmi specifické. Údaje uvedené v tabulkách jsou z roku 2004 a ukazují „záchytnost“ tj. počet pozitivních nálezů ve srovnání s počtem vzorků zaslaných k vyšetření. Vedle skupiny diagnóz, které vyšetřuje velký počet laboratoří, a které patří metodicky k nejjednodušším, existuje i velký počet vyšetření, která jsou prováděna jen jednou laboratoří uvedenou v databázi CZDDNAL http://www.uhkt.cz/lab_a_vysetreni/nr_lab_dna_diag/dna_lab_db. Údaje o počtu vyšetření jsou hodnocena z různých hledisek, na prvním místě z hlediska nabídky pokrývající v různé míře požadavky zákazníků, pracovní a finanční náročnosti a v neposlední řadě pak účelností takových vyšetření.
Laboratories dealing with human genome, both inherited and acquired changes, dispose with similar methods and technology. The spectrum of genetic tests is relatively broad and the number of mutations or variants tested differs substantially. Also the number of examinations carried out in individual laboratories varies. Data presented in the tables come from the year 2004 and indicate the number of examinations requested and number of positive results. Many laboratories mentioned in the registry CZDDNAL (http://www.uhkt.cz/lab_a_vysetreni/nr_lab_dna_diag/dna_lab_db.) perform the same tests but there is also a great number of tests carried out by only one laboratory. Reasons of the request, cost-effectiveness and clinical utility of genetic testing is being discussed.
V současné době prudce narůstá množství identifikovaných genů, které jsou-li poškozeny nebo je-li změněna jejich funkce či regulační vztahy způsobují dědičnou predispozici k určitému onemocnění. Molekulárně genetická diagnostika je nyní dostupnou součástí vyšetření u řady geneticky podmíněných chorob. Laboratorní metody umožňují detekci široké škály mutací, které lze obecně definovat jako odchylky od specifické DNA sekvence ve srovnání s referenční sekvencí zveřejněnou v genové databázi. V některých případech je však obtížné rozlišit, zda je detekovaná sekvenční varianta hledanou onemocnění způsobující mutací nebo zda se jedná o neutrální (polymorfní) variantu nemající vztah k onemocnění jedince. Dědičné formy komplexních onemocnění, jako jsou například hereditární formy nádorových onemocnění, jsou z hlediska interpretace závažnosti mutace velmi problematickou skupinou. Další analýzy na DNA a na proteinové úrovni s využitím bioinformatiky však mohou míru patogenity sekvenčních variant nejasného významu odhalit. Určení konkrétní příčiny genetické predispozice k onemocnění a míra patogenity za onemocnění odpovědné mutace má význam pro včasný záchyt jedinců ve velkém riziku onemocnění, pro cílená preventivní a léčebná opatření a umožňuje v závažných případech prenatální nebo případně také preimplantační diagnostiku.
Molecular genetic diagnostics is available for increasing number of genetically determined diseases. Awide spectrum of mutations can be detected by laboratory methods. A mutation can be defined as a change in a specific DNA sequence when compared with the reference sequence published in the gene database. However, in some cases it is difficult to distinguish if the detected sequence variant is a causal mutation or a neutral (polymorphic) variation without any effect on phenotype. The interpretation of rare sequence variants of unknown significance detected in disease-causing genes becomes an increasingly important problem. Further analysis on DNA and on protein levels with the use of bioinformatics are needed to reveal the effect of rare sequence variants. Inherited complex disorders, for example rare hereditary forms of cancer diseases, represent a challenge tomolecular geneticists. The identification of exact causal mutation directly responsible for the development of the disease and for the assessment of disease risk resulting from this genetic variation has further implications. Predictive genetic diagnostics allows identify relatives at high risk of genetically determined disease and use of targeted preventive and therapeutic approaches. In severe cases it allows also prenatal or pre-implantation diagnostics.
Prehled: Osteogenesis imperfecta je celosvetove rozšírené onemocnení pojivové tkáne vyznacující se rozsáhlou klinickou heterogenitou. Hlavním klinickým příznakem je zvýšená fragilita kostí zpusobená defektní produkcí kolagenu typu I, který je kódován geny COL1A1 a COL1A2. Z klinického, radiologického a genetického hlediska rozlišujeme 11 forem onemocnení, pricemž pouze první ctyri typy vznikají v dusledku mutací genu kolagenu typ I. Závažnost onemocnení se pohybuje od lehkých forem po letální typy onemocnení. Cíle a metody: Cílem studie je molekulárne-genetická analýza genu COL1A1 25 ceských pacientu postižených onemocnením osteogenesis imperfecta, konkrétne I-IV typem, a následné porovnání klinického obrazu jedincu se shodnými zmenami DNA. Výsledky: Mutace genu COL1A1 byly identifikovány u 3 z 25 ceských OI pacientu. Jedná se o nepríbuzné jedince s diagnózou osteogenesis imperfecta typ IA, III a IVB. Záver: Identifikace mutacního spektra prostrednictvím molekulárne genetických analýz dalších pacientu a jejich príbuzných je nezbytná nejen pro stanovení vztahu mezi genotypem a fenotypem postižených jedincu, ale zároven pro porovnání frekvence výskytu identifikovaných mutací ceské populace s dalšími populacemi.
Background: Osteogenesis imperfecta is a worldwide widespread disorder of connective tissue characterized by extensive clinical heterogeneity. The main clinical feature is increased bone fragility due to defective collagen type I production which is encoded by two genes – COL1A1 and COL1A2. Based on clinical, radiological and genetic features there is described 11 forms of the disease. Only the first four types result from the collagen type I mutations. Severity of the disorder ranges from mild to lethal forms. Objectives and Methods: The aim of this study is the molecular-genetic analysis of COL1A1 gene of 25 Czech patients suffering from the disease named osteogenesis imperfecta, specifically type I-IV, and comparison of clinical pictures of individuals with the same identified mutations. Results: COL1A1 gene mutations were identified in three of twenty-five Czech OI patients. These individuals come from unrelated families and are affected by osteogenesis imperfecta type IA, III and IVB. Conclusion: Further molecular-genetic analyses of other patients and their relatives are important for detection of the biggest mutational spectrum necessary for determination of possible genotype phenotype relationship of affected individuals and for comparison the Czech population with others countries.
- Klíčová slova
- COL1A2,
- MeSH
- bisfosfonáty MeSH
- diagnostické techniky a postupy MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- fraktury kostí MeSH
- genetická predispozice k nemoci MeSH
- kalcitonin MeSH
- kolagen typu I MeSH
- kosti a kostní tkáň patofyziologie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladý dospělý MeSH
- molekulární biologie MeSH
- mutace MeSH
- mutační analýza DNA MeSH
- osteogenesis imperfecta * genetika klasifikace MeSH
- příznaky a symptomy MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladý dospělý MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
Pheochromocytomas (PHEOs) and paragangliomas (PGLs) are rare, catecholamine-producing tumors that are usually sporadic. However, about 30% of these tumors have been identified as being of inherited origin. To date, nine genes have been confirmed as participating in PHEO or PGL tumorigenesis. Germline mutations were found in 100% of syndromic cases and in about 90% of patients with positive familial history. In nonsyndromic patients with apparently sporadic tumors, genetic mutations have been found in up to 27%, and genetic testing is now recommended for all patients with PHEOs and PGLs. Patients with syndromic lesions, a positive family history, or both should be tested for the appertaining gene. Recent discoveries have shown that the order of tested genes in nonsyndromic, nonfamilial cases can be based on histologic evaluation, location, and the biochemical phenotype of PHEOs and PGLs--the "rule of three." Identification of a gene mutation may lead to early diagnosis and treatment, regular surveillance, and a better prognosis for patients and their relatives.
- MeSH
- asymptomatické nemoci mortalita MeSH
- časná detekce nádoru MeSH
- dospělí MeSH
- feochromocytom diagnóza genetika mortalita terapie MeSH
- genetické testování MeSH
- katecholaminy genetika MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- míra přežití MeSH
- mnohočetná endokrinní neoplazie typ 2A diagnóza genetika mortalita terapie MeSH
- nádory nadledvin diagnóza genetika mortalita terapie MeSH
- sukcinátdehydrogenasa genetika MeSH
- výsledek terapie MeSH
- zárodečné mutace MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- přehledy MeSH
- Research Support, N.I.H., Extramural MeSH
