Juxtaglomerular cell tumor (JxGCT) is a rare type of renal neoplasm demonstrating morphologic overlap with some mesenchymal tumors such as glomus tumor (GT) and solitary fibrous tumor (SFT). Its oncogenic drivers remain elusive, and only a few cases have been analyzed with modern molecular techniques. In prior studies, loss of chromosomes 9 and 11 appeared to be recurrent. Recently, whole-genome analysis identified alterations involving genes of MAPK-RAS pathway in a subset, but no major pathogenic alterations have been discovered in prior whole transcriptome analyses. Considering the limited understanding of the molecular features of JxGCTs, we sought to assess a collaborative series with a multiomic approach to further define the molecular characteristics of this entity. Fifteen tumors morphologically compatible with JxGCTs were evaluated using immunohistochemistry for renin, single-nucleotide polymorphism array (SNP), low-pass whole-genome sequencing, and RNA sequencing (fusion assay). In addition, methylation analysis comparing JxGCT, GT, and SFT was performed. All cases tested with renin (n=11) showed positive staining. Multiple chromosomal abnormalities were identified in all cases analyzed (n=8), with gains of chromosomes 1p, 10, 17, and 19 and losses of chromosomes 9, 11, and 21 being recurrent. A pathogenic HRAS mutation was identified in one case as part of the SNP array analysis. Thirteen tumors were analyzed by RNA sequencing, with 2 revealing in-frame gene fusions: TFG::GPR128 (interpreted as stochastic) and NAB2::STAT6 . The latter, originally diagnosed as JxGCT, was reclassified as SFT and excluded from the series. No fusions were detected in the remaining 11 cases; of note, no case harbored NOTCH fusions previously described in GT. Genomic methylation analysis showed that JxGCT, GT, and SFT form separate clusters, confirming that JxGCT represents a distinct entity (ie, different from GT). The results of our study show that JxGCTs are a distinct tumor type with a recurrent pattern of chromosomal imbalances that may play a role in oncogenesis, with MAPK-RAS pathway activation being likely a driver in a relatively small subset.

• MeSH
• dospělí MeSH
• epigeneze genetická MeSH
• epigenomika MeSH
• fúze genů * MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genomika MeSH
• imunohistochemie MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• juxtaglomerulární aparát patologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• metylace DNA MeSH
• nádorové biomarkery * genetika   MeSH
• nádory ledvin * genetika   patologie   chemie   MeSH
• sekvenování celého genomu MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• multicentrická studie MeSH

The aim of this study is to evaluate opportunistic pathogenic bacteria of the genus Pseudomonas in anthropogenically impacted bathing waters, primarily focusing on bathing ponds. The findings include the detection of these bacteria, their susceptibility to selected antibiotics, and the determination of the Exotoxin A (exoA) gene using PCR method. P. aeruginosa was present in most samples, albeit in low concentrations (1-14 CFU/100 mL). The presence of P. otitidis, which is associated with ear infection, in this type of bathing water, was not rare (up to 90 CFU/100 mL). This species would not be detected by the standard methods, including tests on acetamid medium, used for P. aeruginosa in water. The isolated strains of P. otitidis lack the exoA gene and exhibited higher resistance to meropenem compared to P. aeruginosa.

• MeSH
• ADP-ribosatransferasy genetika   MeSH
• antibakteriální látky * farmakologie   MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• bakteriální proteiny genetika   MeSH
• bakteriální toxiny genetika   MeSH
• exotoxin A z Pseudomonas aeruginosa MeSH
• exotoxiny genetika   MeSH
• faktory virulence genetika   MeSH
• mikrobiální testy citlivosti * MeSH
• mikrobiologie vody * MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• Pseudomonas * genetika   izolace a purifikace   klasifikace   účinky léků   MeSH
• rybníky * mikrobiologie   MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

TFE3 rearrangements characterize histogenetically, topographically, and biologically diverse neoplasms. Besides being a universal defining feature in alveolar soft part sarcoma (ASPS) and clear cell stromal tumor of the lung, TFE3 fusions have been reported in subsets of renal cell carcinoma, perivascular epithelioid cell tumor (PEComa), epithelioid hemangioendothelioma and ossifying fibromyxoid tumors. TFE3 -related neoplasms are rare in the head and neck and may pose diagnostic challenges. We herein describe 22 TFE3 fusion neoplasms affecting 11 males and 11 females aged 4 to 79 years (median, 25) and involving different head and neck sites: sinonasal cavities (n = 8), tongue (n = 4), oral cavity/oropharynx (n = 3), salivary glands (n = 2), orbit (n = 2), and soft tissue or unspecified sites (n = 3). Based on morphology and myomelanocytic immunophenotype, 10 tumors qualified as ASPS, 7 as PEComas (3 melanotic; all sinonasal), and 5 showed intermediate (indeterminate) histology overlapping with ASPS and PEComa. Immunohistochemistry for TFE3 was homogeneously strongly positive in all cases. Targeted RNA sequencing/FISH testing confirmed TFE3 fusions in 14 of 16 successfully tested cases (88%). ASPSCR1 was the most frequent fusion partner in ASPS (4 of 5 cases); one ASPS had a rare VCP::TFE3 fusion. The 6 successfully tested PEComas had known fusion partners as reported in renal cell carcinoma and PEComas ( NONO, PRCC, SFPQ , and PSPC1 ). The indeterminate tumors harbored ASPSCR1::TFE3 (n = 2) and U2AF2::TFE3 (n = 1) fusions, respectively. This large series devoted to TFE3-positive head and neck tumors illustrates the recently proposed morphologic overlap in the spectrum of TFE3 -associated mesenchymal neoplasms. While all PEComas were sinonasal, ASPS was never sinonasal and occurred in diverse head and neck sites with a predilection for the tongue. The indeterminate (PEComa-like) category is molecularly more akin to ASPS but shows different age, sex, and anatomic distribution compared with classic ASPS. We report VCP as a novel fusion partner in ASPS and PSPC1 as a novel TFE3 fusion partner in PEComa (detected in one PEComa). Future studies should shed light on the most appropriate terminological subtyping of these highly overlapping tumors.

• MeSH
• alveolární sarkom měkkých tkání * genetika   patologie   MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• fenotyp MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genová přestavba * MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• imunohistochemie MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• nádorové biomarkery * genetika   analýza   MeSH
• nádory hlavy a krku * genetika   patologie   chemie   MeSH
• nádory z perivaskulárních epiteloidních buněk * genetika   patologie   chemie   MeSH
• předškolní dítě MeSH
• senioři MeSH
• transkripční faktory BHLH-Zip * genetika   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• předškolní dítě MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

In 2019, Pantoea piersonii was initially isolated from the interior surfaces of the International Space Station. This microorganism is a species within the genus Pantoea in the family Erwiniaceae, belonging to the order Enterobacterales. Recent literature has documented four cases of its isolation. Despite initial predictions suggesting the non-pathogenicity of P. piersonii strains, evidence from observed cases indicates potential pathogenicity. According to documented evidence in the literature, this microorganism is capable of causing severe and life-threatening conditions, including sepsis. Traditional tests, as well as automated systems, may fail to provide complete differentiation due to these similarities. While MALDI-TOF MS is a valuable tool for identification in clinical diagnostic microbiology, sequencing may be necessary for precise identification. To determine the antibiotic susceptibility profile, various methods can be utilized, including minimum inhibitory concentration determination, disk diffusion testing (Kirby-Bauer test), genotypic resistance assays (PCR and sequencing), and automated systems. The literature reports a limited number of cases associating P. piersonii with human infection. This study contributes to this body of knowledge by reporting a novel case in which P. piersonii was isolated from a tissue sample for the first time. In this case report, the patient achieved recovery following the administration of appropriate antibiotic treatment based on the diagnosis. It underscores the need for precise identification and understanding of its pathogenicity.

• MeSH
• antibakteriální látky * farmakologie   terapeutické užití   MeSH
• enterobakteriální infekce * mikrobiologie   diagnóza   farmakoterapie   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiální testy citlivosti * MeSH
• Pantoea * izolace a purifikace   genetika   patogenita   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH

Stenotrophomonas maltophilia, Achromobacter xylosoxidans, and Burkholderia cenocepacia are considered emerging pathogens classified as a public health problem due to extensive antimicrobial resistance. Therefore, the discovery of new therapeutic strategies has become crucial. This study aimed to evaluate the antimicrobial activity of gallic acid and methyl gallate against non-fermenting bacteria. The study included five clinical isolates of Stenotrophomonas maltophilia, Achromobacter xylosoxidans, and Burkholderia cenocepacia. The minimum inhibitory concentrations of gallic acid and methyl gallate were determined by the broth microdilution method. Growth curves, metabolic activity, and biofilm formation of each bacterial strain in the presence or absence of phenolic compounds were performed. Finally, the therapeutic efficacy of the compounds was evaluated using an in vivo model. Gallic acid and methyl gallate showed antibacterial activity against bacterial strains in a concentration range of 64 to 256 μg/mL, both compounds reduced bacterial growth and metabolic activity of the strains, even at subinhibitory concentrations. Only, methyl gallate exhibited activity to inhibit the formation of bacterial biofilms. Moreover, gallic acid and methyl gallate increased larval survival by up to 60% compared to 30% survival of untreated larvae in a bacterial infection model in Galleria mellonella. Our results highlight the potential of gallic acid and methyl gallate as therapeutic alternatives for infections by emerging non-fermentative bacteria.

• MeSH
• antibakteriální látky * farmakologie   MeSH
• biofilmy * účinky léků   MeSH
• kyselina gallová * farmakologie   analogy a deriváty   MeSH
• larva mikrobiologie   účinky léků   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiální testy citlivosti * MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Úvod: Shigelóza je vysoce nakažlivé průjmové onemocnění s potenciálně velmi závažným průběhem. I s ohledem na třetinový nárůst případů v roce 2023 ve srovnání s rokem předchozím jsme si stanovili za cíl podat přehled aktuálních informací o onemocnění a analyzovat data nahlášených případů shigelózy v České republice (ČR). Metody: Zpracovali jsme narativní rešerši odborné literatury v českém a anglickém jazyce, zejména cílenou na evropské studie od roku 2018. Dále jsme provedli analýzu dat hlášených pod kódem diagnózy A03 v národním systému pro hlášení infekčních nemocí (ISIN) v letech 2018–2023. Soustředili jsme se na hlavní epidemiologické ukazatele, zejména pohlaví, věk, geografickou distribuci, sezonnost a hospitalizace. Použity byly programy Excel (verze 2016), STATA (verze 17) a Datawrapper GmbH. Výsledky: Celkem bylo nahlášeno 681 případů onemocnění shigelózou s průměrnou roční incidencí 1/100 000 obyvatel: do roku 2021 byla incidence mírně vyšší u žen, od roku 2022 evidujeme trend opačný. V pandemických letech byl zaznamenán významný pokles případů. V letech 2022 a 2023 byl počet případů mírně vyšší než v období před pandemií. Nejvíce případů evidujeme v ČR každoročně v měsících srpen až prosinec. Ze všech sérotypů shigel byla nejčastěji detekována S. sonnei (80 %), následovaná S. flexneri (15 %). Incidence na 100 000 obyvatel byla nejvyšší u osob ve věku 5–9 let: 2,6 (chlapci 2,4 a dívky 2,8), dále 1–4 roky: 2,4 (chlapci 2,2, dívky 2,6) a osob ve věku 25–34 let: 1,8 (muži 1,8 a ženy 1,7). Podle krajů byla průměrná roční specifická incidence nejvyšší v krajích Moravskoslezském, Olomouckém a v hlavním městě Praze. Hospitalizováno bylo 27 % případů, nejvíce ve věkových skupinách 25–34 a 5–9 let (shodně 17,9 %). Proporce hospitalizovaných případů v rámci jednotlivých věkových skupin byla nejvyšší ve věkové skupině 75+ let (69 %), dále věkových skupinách 1–4 roky, 5–9 let a 65–74let (32–37 %). V souvislosti s onemocněním bylo vykázáno jedno úmrtí muže ve věku 52 let. V rámci epidemického výskytu bylo nahlášeno 11 % případů. Importováno bylo 39 % nahlášených případů. Závěr: V ČR je shigelóza spíše málo zastoupeným gastrointestinálním onemocněním, přičemž téměř 40 % případů tvoří importované nákazy. V současnosti je hrozbou pro veřejné zdraví především globální šíření multirezistentních kmenů podpořené narůstajícím cestovním ruchem a volnými sexuálními praktikami. Rizikovými skupinami zůstávají děti, imunokompromitované osoby (včetně seniorů) a muži mající sex s muži. Očkování není v Evropě dostupné. Stěžejním je nadále dodržování základních hygienických pravidel, zejména v kolektivech a při práci s potravinami. Důraz by měl být dále kladen na zdravotní edukaci osob, včetně poučení před vycestováním do zahraničí. Důkladná anamnéza, včasné trasování, dohled a racionální volba eventuální antibiotické terapie jsou zásadní. V ČR musí být všechny suspektní kmeny zaslány do NRL ke konfirmaci. Celogenomovou sekvenaci a testy citlivosti na antibiotika je vhodné provádět u všech izolátů.

Introduction: Shigellosis is a highly contagious diarrheal disease, which could potentially be very serious. Considering the onethird increase in cases in 2023 compared to the previous year, we aimed to provide an update on the disease and to analyse data on reported cases of shigellosis in the Czech Republic (CZ). Methods: We conducted a narrative search of the literature in Czech and English, particularly targeting European studies from 2018 onwards. We also analysed data reported under the diagnosis code A03 to the National Infectious Disease Reporting System (ISIN) in 2018–2023. We focused on the main epidemiological indicators, i.e. gender, age, geographical distribution, seasonality, and hospitalizations. Excel (version 2016), STATA (version 17), and Datawrapper GmbH were used. Results: A total of 681 shigellosis cases were reported with an average annual incidence of 1/100,000 population: until 2021, the incidence was slightly higher in women, while from 2022 onwards, the trend was reversed. A significant decrease in cases was recorded in the pandemic years. In 2022 and 2023, the number of cases was slightly higher than in the pre-pandemic period. Most cases were detected in CZ in August and December each year. Of all shigella serotypes, S. sonnei was the most frequently detected (80%), followed by S. flexneri (15%). The incidence per 100.000 population was highest among children aged 5–9 years: 2.6 (boys 2.4 and girls 2.8), followed by 1–4-year-olds: 2.4 (2.2 and 2.6, respectively) and persons aged 25–34 years: 1.8 (males 1.8 and females 1.7). Within individual age group, the average annual specific incidence rates were highest in the Moravian-Silesian and Olomouc regions and the capital city Prague. Hospitalizations accounted for 27% of cases, with the highest numbers in the 25–34 and 5–9 age groups (both 17.9%). The proportion of hospitalized cases was highest in the age groups 75+ (69%), 1–4, 5–9, and 65–74 (32–37%). A 52-year-old man was reported to have die in relation to the disease. Eleven percent of cases were reported in outbreak settings. Thirty-nine percent of reported cases were imported. Conclusions: In CZ, shigellosis is a relatively rare gastrointestinal disease, with nearly 40% of cases being imported. At present, the threat to public health is posed mainly by the global spread of multi-resistant strains linked to increasing tourism and free sexual practices. Children, immunocompromised persons (including the elderly), and men who have sex with men remain risk groups. Vaccination is not available in Europe. Compliance with basic hygiene rules, especially in collectives and when working with food, is still a key concern. Emphasis should also be placed on the health education, including instructions before traveling abroad. A thorough medical history, early tracing, surveillance, and rational choice of antibiotic therapy if appropriate are essential. In CZ, all suspected strains shall be sent to the NRL for confirmation. Whole genome sequencing and antibiotic susceptibility testing should be performed on all isolates.

• MeSH
• bacilární dyzentérie * epidemiologie   přenos   MeSH
• cestování MeSH
• hlášení nemocí statistika a číselné údaje   MeSH
• klinická studie jako téma metody   MeSH
• lidé MeSH
• sběr dat statistika a číselné údaje   MeSH
• sexuální chování MeSH
• Shigella patogenita   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Cíl: Těhotenství se nepovažuje za stav zvyšující náchylnost organismu k infekci SARS-CoV-2 (severe-acute-respiratory-syndrome-related coronavirus 2), avšak v případě nákazy v graviditě se zvyšuje riziko závažnějšího průběhu nemoci covid-19. Ve většině případů ovšem bývá průběh infekce v graviditě mírný nebo bezpříznakový. Hlavním cílem studie u těhotných žen s covidem-19 (coronavirové onemocnění) bylo dokázat, že způsob porodu se nemění a závažné komplikace jak porodnické, tak neonatologické se kvůli tomuto onemocnění nevyskytují častěji. Metody: Do retrospektivní, observační, multicentrické studie byly zařazeny pacientky s pozitivním testem na covid-19, které byly přijaty a následně porodily v období od 15. března 2020 do 15. března 2021. Data z porodnických oddělení pěti center v České republice během pandemie covidu-19 byla analyzována ve vztahu k metodě a době porodu, symptomům covidu-19 a potenciálním komplikacím s ohledem na demografii a komorbidity těhotných žen. Infekce koronavirem byla u pacientek potvrzena pomocí PCR (polymerázové řetězové reakce). Statistická analýza byla hodnocena pomocí programu Excel. Výsledky: Během sledovaného období bylo ve studijních centrech detekováno 236 těhotných žen s covidem-19. Většina pacientek byla asymptomatická (59,7 %). U symptomatických pacientek byly nejčastějšími příznaky kašel (52,6 %), nachlazení (43,2 %) a horečka (37,9 %) a covidová pneumonie byla diagnostikována u 8 pacientek. Porod byl proveden vaginálně u 52,5 % pacientek, těhotenství bylo ukončeno císařským řezem v 44,5 %, per VEX (vakuumextrakce) v 2,1 % a per forcipem v 0,8 % případů. Průměrný týden gravidity v době porodu byl 38 a předčasný porod byl proveden u 19,1 % pacientek. Výsledky tyto studie u těhotných žen s covidem-19 prokázaly, že způsob porodu se nezměnil a výskyt větších komplikací jak porodnických, tak neonatologických nebyl ve většině případů zaznamenán. Dva prezentované závažné průběhy covidu-19 u těhotných žen však vedly k předčasnému ukončení těhotenství. Jediným přidruženým rizikovým faktorem byla obezita pacientky. Závěry: Ačkoli je covid-19 onemocnění, které je u těhotných žen většinou asymptomatické nebo má pouze mírné příznaky podobné chřipce, je spojeno se zvýšenou nemocností a úmrtností ve srovnání s těhotnými ženami bez covidu-19. Výzvou do budoucna je možnost segregace pacientek do nízko a vysoce rizikových skupin na základě prokázaných rizikových faktorů a důsledné očkování těhotných žen nebo žen plánujících početí. V kritických případech je nutné správné načasování předčasného ukončení těhotenství a včasná indikace počátku zrání plic plodu.

Objective: Pregnancy is not considered a condition that increases the body‘s susceptibility to SARS-CoV-2 (severe-acute-respiratory-syndrome-related coronavirus-2) infection, but in the case of infection in pregnancy, there is an increased risk of a more severe course of COVID-19 (coronavirus disease-19). However, the course of infection in pregnancy is mild or asymptomatic in most cases. The main objective of the study in pregnant women with COVID-19 was to prove that the delivery method is not changed, and serious complications do not occur more frequently due to this disease. Methods: In a retrospective, observational, multicentric study, the pregnant women positively tested to COVID-19 were admitted and subsequently gave birth in the period from 15 March 2020 to 15 March 2021. Data from the delivery departments of five centers in the Czech Republic during COVID-19 pandemic were analyzed in relation to the delivery method and time, COVID-19 symptoms and potential complications with respect to demographics and comorbidities of pregnant women. COVID-19 positivity was confirmed with PCR (polymerase-chain reaction). The Excel program was used during statistical analysis. Results: During the observed study period, 236 pregnant women with COVID-19 were detected at study centers. Most of the patients were asymptomatic (59.7%). In symptomatic patients, most common symptoms were cough (52.6 %), cold (43.2%) and fever (37.9%), and COVID-19 pneumonia was diagnosed in 8 patients. The delivery was performed vaginally in 52.5% patients, the pregnancy was terminated by C-section (cesarean section) in 44.5%, per VEX (vacuum extractor) in 2.1% and per forcipem in 0.8% cases. The average week of pregnancy at the time of delivery was 38 (29–41) and preterm delivery was performed in 19.1% patients. The study results in pregnant women with COVID-19 demonstrated that the method of delivery was not changed and major delivery and neonatological complications did not develop in most cases. However, two presented serious courses of COVID-19 in pregnant women led to premature terminations of pregnancies. The only associated risk factor was the patient‘s obesity. Conclusions: Although COVID-19 is a disease that is mostly asymptomatic in pregnant women or with only mild flu-like symptoms, it is associated with increased morbidity and mortality compared to pregnant women without COVID-19. The challenge for the future is the possibility of segregating patients into lowand high-risk groups based on proven risk factors, and consistent vaccination of pregnant women or women planning conception. In critical cases, the correct timing of premature termination of pregnancy and early indication of the beginning of fetal lung maturation is necessary.

• MeSH
• COVID-19 * komplikace   mortalita   MeSH
• diagnostické zobrazování metody   MeSH
• komplikace porodu * mikrobiologie   MeSH
• komplikace těhotenství * mikrobiologie   MeSH
• lidé MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• rizikové faktory MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Infectious diseases, including bacterial, fungal, and viral, have once again gained urgency in the drug development pipeline after the recent COVID-19 pandemic. Tuberculosis (TB) is an old infectious disease for which eradication has not yet been successful. Novel agents are required to have potential activity against both drug-sensitive and drug-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis (Mtb), the causative agent of TB. In this study, we present a series of 2-phenyl-N-(pyridin-2-yl)acetamides in an attempt to investigate their possible antimycobacterial activity, cytotoxicity on the HepG2 liver cancer cell line, and-as complementary testing-their antibacterial and antifungal properties against a panel of clinically important pathogens. This screening resulted in one compound with promising antimycobacterial activity-compound 12, MICMtb H37Ra = 15.625 μg/mL (56.26 μM). Compounds 17, 24, and 26 were further screened for their antiproliferative activity against human epithelial kidney cancer cell line A498, human prostate cancer cell line PC-3, and human glioblastoma cell line U-87MG, where they were found to possess interesting activity worth further exploration in the future.

• MeSH
• acetamidy * chemie   farmakologie   MeSH
• antifungální látky farmakologie   chemie   chemická syntéza   MeSH
• antituberkulotika farmakologie   chemie   MeSH
• buňky Hep G2 MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiální testy citlivosti * MeSH
• Mycobacterium tuberculosis * účinky léků   MeSH
• nádorové buněčné linie MeSH
• proliferace buněk * účinky léků   MeSH
• protinádorové látky farmakologie   chemie   MeSH
• pyridiny chemie   farmakologie   MeSH
• SARS-CoV-2 účinky léků   MeSH
• vztahy mezi strukturou a aktivitou MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Pleiotropic variants (i.e. genetic polymorphisms influencing more than one phenotype) are often associated with cancer risk. A scan of pleiotropic variants was successfully conducted 10 years ago in relation to pancreatic ductal adenocarcinoma susceptibility. However, in the last decade, genetic association studies performed on several human traits have greatly increased the number of known pleiotropic variants. Based on the hypothesis that variants already associated with a least one trait have a higher probability of association with other traits, 61 052 variants reported to be associated by at least one genome-wide association study with at least one human trait were tested in the present study consisting of two phases (discovery and validation), comprising a total of 16 055 pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) cases and 212 149 controls. The meta-analysis of the two phases showed two loci (10q21.1-rs4948550 (P = 6.52 × 10-5) and 7q36.3-rs288762 (P = 3.03 × 10-5) potentially associated with PDAC risk. 10q21.1-rs4948550 shows a high degree of pleiotropy and it is also associated with colorectal cancer risk while 7q36.3-rs288762 is situated 28,558 base pairs upstream of the Sonic Hedgehog (SHH) gene, which is involved in the cell-differentiation process and PDAC etiopathogenesis. In conclusion, none of the single nucleotide polymorphisms (SNPs) showed a formally statistically significant association after correction for multiple testing. However, given their pleiotropic nature and association with various human traits including colorectal cancer, the two SNPs showing the best associations with PDAC risk merit further investigation through fine mapping and ad hoc functional studies.

• MeSH
• celogenomová asociační studie * MeSH
• duktální karcinom slinivky břišní * genetika   MeSH
• genetická pleiotropie * MeSH
• genetická predispozice k nemoci * MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus * MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 10 genetika   MeSH
• lidské chromozomy, pár 7 genetika   MeSH
• nádory slinivky břišní * genetika   MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• metaanalýza MeSH

OBJECTIVES: While the reported incidence of non-tuberculous mycobacterial (NTM) infections is increasing, the true prevalence remains uncertain due to limitations in diagnostics and surveillance. The emergence of rare and novel species underscores the need for characterization to improve surveillance, detection, and management. METHODS: We performed whole-genome sequencing (WGS) and/or targeted deep-sequencing using the Deeplex Myc-TB assay on all NTM isolates collected in Slovakia and the Czech Republic between the years 2019 to 2023 that were unidentifiable at the species level by the routine diagnostic line probe assays (LPA) GenoType CM/AS and NTM-DR. Minimal inhibitory concentrations against amikacin, ciprofloxacin, moxifloxacin, clarithromycin, and linezolid were determined, and clinical data were collected. RESULTS: Twenty-eight cultures from different patients were included, of which 9 (32.1%) met the clinically relevant NTM disease criteria. The majority of those had pulmonary involvement, while two children presented with lymphadenitis. Antimycobacterial resistance rates were low. In total, 15 different NTM species were identified, predominantly rare NTM like M. neoaurum, M. kumamotonense and M. arupense. Notably, clinically relevant M. chimaera variants were also identified with WGS and Deeplex-Myc TB, which, unlike other M. chimaera strains, appeared to be undetectable by LPA assays. Deeplex detected four mixed infections that were missed by WGS analysis. In contrast, WGS identified two novel species, M. celatum and M. branderi, which were not detected by Deeplex-Myc TB. Importantly, one of these novel species strains was associated with clinically relevant pulmonary disease. DISCUSSION: Our study demonstrates the clinical relevance of uncommon NTM and the effectiveness of targeted deep-sequencing combined with WGS in identifying rare and novel NTM species.

• MeSH
• antibakteriální látky * farmakologie   MeSH
• atypické mykobakteriální infekce * mikrobiologie   diagnóza   MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• genotyp MeSH
• klinická relevance MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiální testy citlivosti * MeSH
• mladiství MeSH
• netuberkulózní mykobakterie * účinky léků   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• předškolní dítě MeSH
• sekvenování celého genomu * MeSH
• senioři MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• předškolní dítě MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH
• Slovenská republika MeSH