Cíl práce: Termotolerantní druhy bakterií rodu Campylobacter jsou významná agens způsobující alimentární infekce člověka na celém světě. Cílem této studie bylo prověřit výskyt devíti předpokládaných genů virulence u kampylobakterů izolovaných od pacientů a z potravin (drůbeží maso, vepřová játra), stanovit rezistenci izolátů k osmi antibiotikům a detekovat u izolátů čtyři geny rezistence k antibiotikům. Materiál a metody: Výskyt genů virulence cdtA, cdtB, cdtC, virB11, ciaB, wlaN, iam, dnaJ a racR byl detekován pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) u 94 humánních izolátů a 123 izolátů kampylobakterů z potravin. Fenotypová rezistence izolátů k vybraným antibiotikům byla testována mikrodiluční metodou u 82 humánních izolátů a 91 izolátů z potravin. Izoláty se stanoveným antibiogramem byly testovány na výskyt genů blaOXA-61, tet(O), aph-3-1 a cmeB pomocí specifických primerů metodou PCR. Výsledky: Prevalence sledovaných genů virulence, zejména dnaJ, racR, ciaB a genů toxigenity cdtA, cdtB, cdtC, byla podstatně vyšší u izolátů C. jejuni od pacientů i z potravin v porovnání s izoláty C. coli. Jedinou výjimkou byl gen iam, který byl identifikován pouze u C. coli. Testované izoláty C. jejuni i C. coli byly vysoce rezistentní k chinolonovým antibiotikům. Izoláty C. coli byly navíc více rezistentní k erytromycinu a streptomycinu, v případě izolátů z vepřových jater také k tetracyklinu. U obou druhů kampylobakterů byla zaznamenána vysoká prevalence genů rezistence k antibiotikům blaOXA-61 a tet(O). Závěr: Předkládaná studie je první prací, která hodnotí výskyt genů virulence a rezistence u termotolerantních kampylobakterů izolovaných od pacientů a z potravin v České republice. Rovněž je vyhodnocena rezistence izolátů k osmi vybraným antibiotikům. Prevalence genů zodpovědných za virulenci i rezistenci k antibiotikům se u jednotlivých druhů termotolerantních kampylobakterů liší.

Objective: Thermotolerant species of the genus Campy-lobacter are the important agents causing human foodborne infections throughout the world. The aims of this study were to evaluate the presence of nine putative virulence genes in Campylobacter spp. isolated from patients and from foods (poultry meat, pork liver), to determine the resistance of Campylobacter isolates to eight antibiotic agents and to detect four resistance genes. Matherial and methods: The presence of the virulence genes cdtA, cdtB, cdtC, virB11, ciaB, wlaN, iam, dnaJ and racR was detected by polymerase chain reaction (PCR) in 94 Campylobacter spp. isolates from humans and 123 campylobacters from foods. The phenotypic resistance to selected antimicrobial agents was tested with microdilution method in 82 human isolates and 91 food isolates. The isolates with antibiograms were tested for the presence of blaOXA-61, tet(O), aph-3-1 and cmeB genes by PCR with specific primers. Results: In both human and food C. jejuni isolates the preva-lence of the studied virulence genes, especially dnaJ, racR, ciaB genes and the toxigenic genes cdtA, cdtB, cdtC, was considerably higher than in C. coli isolates. The only exception was the iam gene identified in only C. coli. The tested isolates of both C. jejuni and C. coli were highly resistant to quinolone antibiotics. Additionally, C. coli was also more resistant to erythromycin, streptomycin and, in case of isolates from pork liver, to tetracycline. High prevalence rates of genes encoding antibiotic resistance was noted for the blaOXA-61 and tet(O) genes in both Campylobacter species. Conclusions: The presented study is the first to assess the presence of genes for virulence and resistance to antibiotics in thermotolerant Campylobacter spp. isolated from humans and foods in the Czech Republic. The resistance of Campylobacter isolates to eight antibiotic agents was also assessed. The prevalence of genes responsible for virulence and resistance is rather varied in thermotolerant Campylobacter spp.

• MeSH
• antibakteriální látky klasifikace   terapeutické užití   MeSH
• antibiotická rezistence MeSH
• bakteriální geny MeSH
• Campylobacter * izolace a purifikace   klasifikace   patogenita   MeSH
• kontaminace potravin MeSH
• lidé MeSH
• nemoci přenášené potravou diagnóza   etiologie   MeSH
• prevalence MeSH
• virulence * MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Rapidly growing mycobacteria (RGM) inhabit soil and water but certain strains represent a health risk for human and animals. Both clinical and soil RGM may be under selection pressure for resistance to tetracycline (TET) antibiotics, since tetracyclines are administrated to humans and farm animals, and TET residues enter soil through manuring; however, resistance to TET and the presence of TET-resistance genes have been assessed only in clinical isolates. We were therefore interested in comparing soil and clinical RGM in terms of TET resistance and the presence of TET-resistance genes. We used 44 RGM from grasslands with different exposure to animal manure, and 38 clinical RGM from Czech hospitals. There was no difference between the clinical and soil isolates in TET resistance, with >50% resistant isolates in both groups. otr(A), otr(B), tet(K), tet(L) or tet(M) were not detected in any soil or clinical isolate. In contrast, most isolates harbored tet(V) and tap, both encoding mycobacterial efflux pumps, including species where these genes have never been evidenced before. The phylogeny of tet(V) correlated with isolates' BOX-PCR profiles, suggesting that this gene evolved along with mycobacterial genomes as a part of the intrinsic resistome. In certain cases, tet(V) and/or tap were found in TET-sensitive isolates, or inversely, were not found in resistant strains. Concluding, intrinsic efflux pumps may be more important for TET resistance than horizontally transferred genes in both soil and clinical RGM. Their simple presence, however, does not attest to resistance, and therefore their diversity, function and expression merit further research.

• MeSH
• antibakteriální látky farmakologie   MeSH
• bakteriální geny MeSH
• biologický transport genetika   MeSH
• DNA fingerprinting MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• Mycobacteriaceae účinky léků   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• půdní mikrobiologie MeSH
• rezistence na tetracyklin genetika   MeSH
• RNA ribozomální 16S genetika   MeSH
• tetracyklin farmakologie   MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Homocystein je neesenciální aminokyselina obsahující thiolovou funkční skupinu. Tato látka vzniká v organismu při zpracování methioninu a může být přeměněna v transsulfurační cestě na cystein, glutathion, taurin a anorganický sulfát, nebo může být v remetylační cestě recyklována zpět na methionin. Na přeměnách těchto metabolitů se podílí řada enzymů, pro správnou činnost enzymů jsou potřebné vitaminy B2, B6, B12 a kyselina listová. Zvýšená koncentrace homocysteinu v plazmě, tzv. mírná hyperhomocysteinémie, je prokázaná u aterosklerózy, některých komplikací těhotenství a u Alzheimerovy nemoci. V tomto souhrnu uvádíme přehled genů, jejichž produkty se metabolismu homocysteinu přímo či nepřímo účastní, dále přehled mutací a polymorfismů ve vybraných genech. V práci shrnujeme současné názory na patogenezi mírné hyperhomocysteinémie a na její souvislost s lidskými onemocněními. Poslední část práce je věnována léčbě hyperhomocysteinémie pomocí vitaminů a současným názorům na dávkování a účinnost této léčby.

Homocysteine is a non-essential sulfur containing amino acid that is formed during methionine catabolism. Homocysteine may be either converted to cysteine, glutathione, taurine or inorganic sulfate in the transsulfuration pathway, or recycled back to methionine in the remethylation pathway. The interconversions between these metabolites are catalyzed by several enzymes, many of them requiring vitamins such as B2, B6, B12 or folate for their function. Mild hyperhomocysteinemia was shown to be associated with arteriosclerosis, some complications of pregnancy and Alzheimer disease. In this review, we summarize the data on the enzymes that are involved directly or indirectly in methionine metabolism, followed by an overview of mutations and polymorphisms in corresponding genes. We review the current opinion on pathogenesis in mild hyperhomocysteinemia and on its association with human disease. The last part of this paper focuses on the therapy of hyperhomocysteinemia using vitamins, their dosage, and treatment efficiency.

• MeSH
• Alzheimerova nemoc MeSH
• homocystein enzymologie   genetika   metabolismus   MeSH
• kardiovaskulární nemoci MeSH
• komplikace těhotenství MeSH
• vitamin B komplex aplikace a dávkování   terapeutické užití   MeSH
• vrozené poruchy metabolismu diagnóza   genetika   terapie   MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Úvod: Kolistin je rezervním antibiotikem používaným pro léčbu infekcí, způsobených multirezistentními gramnegativními patogeny. Plazmidově vázaná kolistinová rezistence mediovaná geny mcr představuje zvýšené riziko šíření a její výskyt by měl být monitorován. Cílem této práce je diskutovat možné metody detekce a jejich spolehlivost pro vyhledávání tohoto typu rezistence. Materiál a metody: Spolehlivost diskové difuzní metody, Rapid Polymyxin NP testu a dvou typů gradientových testů pro vyhledávání rezistence ke kolistinu mediované geny mcr byla evaluována na 16 humánních a dvou referenčních kmenech Escherichia coli (ke kolistinu citlivé a rezistentní s chromozomální mutací nebo nesoucí gen mcr-1). Referenční metodou pro stanovení rezistence ke kolistinu byla mikrodiluční metoda. Výsledky: Pro cílené vyhledávání kmenů rezistentních ke kolistinu je vhodné použít selektivní médium s přídavkem kolistinu. U získaných izolátů je nutné vždy suspektní kolistinovou rezistenci konfirmovat spolehlivou metodou. Porovnávané gradientové metody i Rapid Polymyxin NP test vykazovaly 100% shodu s referenční mikrodiluční metodou. Při použití diskové difuzní metody byl jednoznačně a správně vyhodnocen výsledek pouze v 11 % a 33 % případů při použití 10μg a 50μg disku. Jedná se tedy o metodu nevhodnou pro vyhledávání kolistinové rezistence. Závěr: Prospektivní prevalenční studie střevního nosičství u hospitalizovaných pacientů a cestovatelů v České republice prozatím nenaznačují rozšíření kmenů s plazmidově kódovanou rezistencí ke kolistinu mediovanou geny mcr. Nicméně vysoká prevalence kmenů nesoucích geny mcr ve výrobcích ze syrového masa představuje riziko expozice pro jejich konzumenty. Při rutinním mikrobiologickém vyšetření nelze předpokládat, že ke kolistinu rezistentní kmeny nesoucí geny mcr budou odhaleny bez cíleného vyhledávání s použitím spolehlivých, ale nákladných metod. Vhodnou alternativní metodou pro aktivní vyhledávání rezistence ke kolistinu je selektivní kultivace na půdách s kolistinem s ověřením rezistence u zachycených izolátů.

Background: Colistin is a last-resort antibiotic used for the treatment of infections caused by multidrug-resistant Gram-negative pathogens. The emergence of plasmid-borne colistin resistance mediated by the mcr genes poses a risk of its spread and its occurrence should be monitored. The aim of this study was to discuss possible detection methods and their reliability in screening for this type of resistance. Material and methods: The reliability of the disk diffusion method, Rapid Polymyxin NP test and two types of gradient tests for the screening of mcr-mediated colistin resistance was evaluated on 16 human and two reference isolates of Escherichia coli (colistin-susceptible and colistin-resistant with chromosomally-mediated resistance or harboring the mcr-1 gene). Broth microdilution was the reference method used for the determination of colistin resistance. Results: Targeted screening for colistin-resistant strains is best performed with a selective agar medium supplemented with colistin. In cultured isolates, suspected colistin resistance should always be confirmed by reliable methods. There was 100 percent agreement between both the gradient methods and the Rapid Polymyxin NP test and the reference broth microdilution method. When using the disk diffusion method with 10μg and 50μg disks, only 11 % and 33 % of results were correct, respectively. Therefore, disk diffusion is inappropriate for colistin resistance screening. Conclusion: Prospective prevalence studies of intestinal carriage of colistin-resistant Enterobacterales among Czech hospitalized patients and travelers do not yet indicate the spread of strains with mcr-mediated plasmid-borne colistin resistance. However, the high prevalence of strains carrying the mcr genes in raw meat products poses a risk of exposure for their consumers. The detection of mcr- harbouring colistin-resistant strains cannot be expected during routine microbiological testing, without using reliable but expensive methods. A suitable alternative method for active monitoring of colistin resistance is the use of selective agar media with colistin followed by verification of the resistance in the obtained isolates.

Multiple myeloma (MM) is a still lethal plasma cell malignancy. Epigenetic mechanisms, such as DNA methylation are increasingly recognized as potent modulators of tumor cell survival and drug resistance. However, within the complex approach to the diagnostics, the contribution of DNA methylation has been discovered as important, druggable targets but have not been investigated in MM so far. Therefore, we aim to assess the impact of these modulations for MM pathogenesis and drug resistance. Specifically, we investigate the impact of DNA methylation pattern of prognostically important tumor-suppressor genes for MM. We will focus on the contribution of specific miRNA29 to methylation pattern and function of tumor suppressor genes. We will try to therapeutically modify (5 ́-Aza-2 ́-deoxycytidne) methylation patterns. Experiments will be performed also in a MM tumor-microenvironment model to mirror a possible in vivo relevance. Investigation of the usage of tumor-specific DNA methyltransferases and their possible therapeutic targeting are expected to open new avenues to combat MM.

Mnohočetný myelom (MM) vzniká jako důsledek vícestupňového transformačního procesu plazmatických buněk doprovázený častými genetickými změnami. Biochemické změny, jež jsou podstatou epigenetických procesů, zahrnují metylace DNA a posttranslační modifikace proteinů. Nejvíce studovanou epigenetickou modifikací je metylace DNA, ale v rámci komplexního přístupu v diagnostice a léčbě tohoto onemocnění se zdá být prospěšnější poznání vzájemných interakcí a návazností mezi metylacemi DNA a jinými epigenetickými změnami, jako jsou miRNA nebo metylace histonových proteinů. V našem návrhu bychom se chtěli zaměřit na přínos uvedených změn k hlubšímu pochopení patogeneze onemocnění a také na detekci metylace v důsledku vazby transkripčních faktorů na specifická místa DNA v promotorových oblastech prognosticky významných tumor-supresorových genů u mnohočetného myelomu.

• Klíčová slova
• DNA methylation, hydroxymetylace, hydroxymethylation, mnohočetný myelom, multiple myeloma, metylace DNA, modifikace histonů, Metyltransferazy DNA, miRNA-29, Demetylace DNA, geny TET, DNA methyltransferases, Histone modifications, miRNA-29, Demethylation DNA, TET gene family,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Bacterial genes responsible for resistance to antibiotic agents (ARG) are spread from livestock to soil through application of manure, threatening environmental and human health. We investigated the mechanisms of ARG dissemination and persistence to disentangle i) the influence of nutrients and microorganisms on the soil tetracycline (TET) resistome, and ii) the role of indigenous soil microbiota in preventing ARG spread. We analysed short-term (7 days) and persistent (84 days) effects of manure on the resistome of three antibiotic-free pasture soils. Four microcosm treatments were evaluated: control, mineral nutrient fertilization, and deposition of a layer of fresh manure onto soil or γ-irradiated soil. We quantified five TET-resistance genes, isolated 135 TET-resistant bacteria and sequenced both culturable TET-resistant and whole bacterial communities. Manure amendments, but not nutrient addition, increased the abundance of TET-r genes such as tet(Y). Such changes persisted with time, in contrast with the TET-resistant bacterial composition, which partially recovered after manure amendments. Manured γ-irradiated soils showed significantly lower nutrient content and higher TET-r gene abundance than non-irradiated soils, suggesting that native soil bacteria are essential for the fertilization effect of manure on soil as well as control the dissemination of potentially risky TET-r genes.

• MeSH
• antibakteriální látky farmakologie   MeSH
• Bacteria účinky léků   genetika   MeSH
• bakteriální geny genetika   MeSH
• hnůj mikrobiologie   MeSH
• půdní mikrobiologie * MeSH
• rezistence na tetracyklin genetika   MeSH
• skot MeSH
• tetracyklin farmakologie   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• skot MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Fertilizing soils with animal excrements from farms with common antibiotic use represents a risk of disseminating antibiotic resistance genes into the environment. In the case of tetracycline antibiotics, it is not clear, however, whether the presence of antibiotic residues further enhances the gene occurrence in manured soils. We established a microcosm experiment in which 3 farm soils that had no recent history of fertilization with animal excrements were amended on a weekly basis (9 times) with excrements from either an oxytetracycline-treated or an untreated cow. Throughout the study, the concentration of oxytetracycline in excrements from the treated cow was above 500 μg g(-1)dw, whereas no oxytetracycline was detected in excrements from the healthy cow. Both excrements contained tetracycline resistance (TC-r) genes tet(L), tet(M), tet(V), tet(Z), tet(Q) and tet(W). The excrements from the treated cow also contained the tet(B) gene, and a higher abundance of tet(Z), tet(Q) and tet(W). Three weeks after the last excrement addition, the individual TC-r genes differed in their persistence in soil: tet(Q) and tet(B) were not detectable while tet(L), tet(M), tet(Z) and tet(W) were found in all 3 soils. There were, however, no significant differences in the total number, nor in the abundance, of TC-r genes between soil samples amended with each excrement type. The oxytetracycline-rich and the oxytetracycline-free excrement therefore contributed equally to the increase of tetracycline resistome in soil. Our results indicate that other mechanisms than OTC-selection pressure may be involved in the maintenance of TC-r genes in manured soils.

• MeSH
• antibakteriální látky analýza   MeSH
• bakteriální geny MeSH
• hnůj analýza   mikrobiologie   MeSH
• látky znečišťující půdu analýza   MeSH
• oxytetracyklin analýza   MeSH
• půda chemie   MeSH
• půdní mikrobiologie * MeSH
• rezistence na tetracyklin genetika   MeSH
• skot MeSH
• zemědělství MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• skot MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

An occurrence of resistance to tetracycline (TET) and erythromycin (ERY) was ascertained in 82 isolates of Enterococcus spp. of animal and environmental origin. Using E test, 33 isolates were resistant to TET and three isolates to ERY. Using polymerase chain reaction (PCR; single and multiplex), the TET determinants tet(M) and tet(L) were detected in 35 and 13 isolates, respectively. Twelve isolates carried both tet(M) and tet(L) genes. Eight isolates possessed ermB gene associated with ERY resistance. Multiplex PCR was shown to be a suitable method for simultaneous determination of all three resistance determinants that occurred most frequently in bacteria isolated from poultry. This study also demonstrates that gastrointestinal tract of broilers may be a reservoir of enterococci with acquired resistance to both TET and ERY that can be transferred to humans via food chain.

• MeSH
• antibakteriální látky farmakologie   MeSH
• bakteriální geny účinky léků   MeSH
• DNA bakterií analýza   MeSH
• drůbež mikrobiologie   MeSH
• Enterococcus účinky léků   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• gastrointestinální trakt mikrobiologie   MeSH
• makrolidy farmakologie   MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH
• mnohočetná bakteriální léková rezistence genetika   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• tetracyklin farmakologie   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

The study is designated to determine sensitivity and specifity of K-ras mutations examined in pancreatic juice of patients with malignant and nonmalignant pancreatic and hepatobilliar diseases. DNA isolation will be carried out by phenol-chloroform extraction.RFLP will be used for analysation of PCR products.

Stanovením mutací onkogenu K-ras z DNA izolované z buněk získaných laváží duc. pancreaticus u pacientů s ben. i mal. onemocněními pankreatu a biliárního systému hledat míru senzitivity této gen. změny pro jednotlivé diagnozy. Izolace DNA bude provedena fenol-chloroformovou extrakcí. Produkty PCR reakcí budou analyzovány pomocí metody RFLP.

• MeSH
• geny erbB-2 MeSH
• geny ras MeSH
• mutace MeSH
• nádory slinivky břišní diagnóza   MeSH
• nádory žlučových cest diagnóza   MeSH
• nemoci slinivky břišní diagnóza   MeSH
• regulace genové exprese u nádorů MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• biologie
• gastroenterologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The susceptibility toward antibiotics was determined by disc and MIC methods in Lactobacillus and, for comparison, in Escherichia coli strains isolated from cloacal swabs of broiler chickens derived from various farms in Slovakia. The occurrence of acquired tetracycline resistance in E. coli and lactobacilli isolated from the same sample was similar. The presence of tet(M), tet(S), tet(L) and ermB genes was demonstrated in lactobacilli while the tet(M) gene was not detected in E. coli.

• MeSH
• antibakteriální látky farmakologie   MeSH
• bakteriální geny MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• Escherichia coli izolace a purifikace   účinky léků   MeSH
• financování organizované MeSH
• kloaka mikrobiologie   MeSH
• kur domácí MeSH
• Lactobacillus izolace a purifikace   účinky léků   MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Geografické názvy
• Slovenská republika MeSH