Cíl studie: Tato práce sleduje pacienty s akutním koronárním syndromem a k diagnostice akutního infarktu myokardu (AIM) využívá zcela nové technologie proteinových biočipů. Snahou je nejenom ohodnotit tuto novou možnost laboratorní diagnostiky AIM, ale také srovnání méně známých kardiomarkerů se standardními markery a posouzení jejich vztahu ke klinickým parametrům. Materiál a metody: Do studie bylo celkem zařazeno 44 pacientů s diagnózou AIM a krevní odběry byly prováděny v den přijetí, za 24 hodin a poté čtvrtý nebo pátý den hospitalizace. Z kardiomarkerů byl testován panel Cardiac Array (cTnI, CK MB, myoglobin, CAIII, FABP a GPBB) na biočipovém analyzátoru The Evidence InvestigatorTM od firmy Randox (Randox Laboratories Ltd., Velká Británie). Výsledky: Naše práce potvrdila těsný vztah FABP a GPBB k AIM a na základě jejich dynamiky je můžeme považovat za časné kardiomarkery. Zároveň jsme zjistili, že FABP má, stejně jako standardní marker CKMB nebo TnI, také prognostický význam - vyšší hodnoty jsou spojené se systolickou dysfunkcí. Také jsme poukázali na možnost využití biočipového analyzátoru při diagnostice AIM, kdy za poměrně krátký časový úsek získáme výsledky několika analytů najednou, které nám tak podají širší informace o probíhajícím AIM. Závěr: Metoda proteinových biočipů představuje v diagnostice AIM nový efektivní přístup, který ale jistě ke svému rozšíření vyžaduje řadu dalších studií.

Objective: This study observes patients with acute coronary syndromes. To the diagnosis of acute myocardial infarction (AIM) we use the new proteins biochip technologies. The aim of this study is to evaluate the new strategy of laboratory diagnostic method and to confront the less known's cardio markers with the standard markers and with the clinical parameters. Material and methods: This study contains 44 patients with AIM and the blood samples were taken in the time of the admission, 24 hours later and then the fourth or fifth day of hospitalization. We tested the cardiac panel Cardiac Array (cTnI, CK MB, myoglobin, CAIII, FABP and GPBB) on the biochip analyser The Evidence InvestigatorTM from Randox (Randox Laboratories Ltd., United Kingdom). Results: Our study confirms the close relationship between FABP and GPBB to AIM and we can consider these markers as early markers in the diagnosis of AIM. FABP has, as the standard markers CKMB or TnI, the prognostic value too (the higher values are associated with the systolic dysfunction). This study employs a new strategy of the biochip analyser in the diagnosis of AIM (in the same time we have the concentrations of more parameters and complex information about AIM). Conclusion: This method presents new interesting multianalytes approach to the diagnosis of the AIM. But this method requires a lot of further studies to verify this technology.

• MeSH
• Acute Disease MeSH
• Biomarkers * analysis   blood   MeSH
• Protein Array Analysis * methods   instrumentation   utilization   MeSH
• DNA Probes MeSH
• Ventricular Dysfunction, Left diagnosis   MeSH
• Glycogen Phosphorylase analysis   MeSH
• Myocardial Infarction diagnosis   MeSH
• Myocardial Ischemia * diagnosis   MeSH
• Carbonic Anhydrases diagnostic use   MeSH
• Creatine Kinase diagnostic use   MeSH
• Middle Aged MeSH
• Humans MeSH
• Myoglobin analysis   MeSH
• Fatty Acid-Binding Proteins analysis   MeSH
• Aged, 80 and over MeSH
• Aged MeSH
• Troponin analysis   MeSH
• Check Tag
• Middle Aged MeSH
• Humans MeSH
• Male MeSH
• Aged, 80 and over MeSH
• Aged MeSH
• Female MeSH
• Publication type
• Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH

• Keywords
• genomický experiment, zpracování dat, mikročip, sekvenování,
• MeSH
• Protein Array Analysis methods   trends   utilization   MeSH
• Databases, Genetic trends   utilization   MeSH
• Financing, Organized MeSH
• Genetic Techniques trends   utilization   MeSH
• Genetic Research MeSH
• Genomics methods   trends   MeSH
• Internet MeSH
• Humans MeSH
• Evidence-Based Medicine methods   trends   MeSH
• Meta-Analysis as Topic MeSH
• Microarray Analysis methods   trends   MeSH
• Proteomics methods   trends   MeSH
• Statistics as Topic MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

Cílem studie je sledování CK MB izoenzymu kreatinkinázy (CK MB mass), myoglobinu (MYO), BB izoenzymu glykogenfosforylázy (GPBB), srdečního typu proteinu vázajícího mastné kyseliny (H-FABP), karboanhydrázy III (CAIII) a srdečního troponinu I (cTnI) u pacientů s akutním infarktem myokardu v průběhu 5 dnů a prověření citlivosti nové technologie proteinových biočipů použitých k jejich stanovení (systém Evidence Investigator™ firmy Randox (Randox Laboratories Ltd., Velká Británie). H-FABP byl výrazně zvýšen u většiny pacientů již při prvním odběru (maximální hladina H-FABP 78,9 µg/l, ± 62,9 µg/l, vs. normální hodnota 1,8 µg/l, ± 0,6 µg/l, P < 0,00001) a měl nejvyšší senzitivitu při vyhledávání přítomnosti nekrózy. CKMB mass a cTnI dosáhly vrcholu při druhém odběru (maximální hodnota CKMB mass 30,6 µg/l, ± 25,59 µg/l oproti normální hodnotě, P < 0,00001 a cTnI 20,0 µg/l, ± 17,6 µg/l vs. normální hodnota, P < 0,00001). Hladina GPBB byla zvýšena v časné fázi AIM s pozvolným poklesem při druhém a třetím odběru, stejně jako hodnota CAIII. Jsou zde měřeny a srovnávány nové parametry jako GPBB, H-FABP nebo CA III, které mají vztah k akutnímu infarktu myokardu nebo zvyšují specificitu standardně stanovovaných kardiomarkerů při akutním infarktu myokardu (poměr MYO/CA III se osvědčil k diagnostice reinfarktu).

The aim of the study was the monitoring of plasma levels of isoenzyme of creatine kinase (CKMB mass), myoglobin (MYO), BB isoenzyme of glycogen phosphorylase (GPBB), heart-type fatty acid binding protein (H-FABP), carbonic anhydrase III (CA III), and cardiac troponin I (cTnI) in patients with acute myocardial infarction during 5 days as well as screening of the sensitivity of the new technology of the protein biochip microarray that was used to assess plasma levels of these markers (System Evidence Investigator™, Randox Laboratories Ltd., Great Britain). The plasma level of H-FABP was markedly elevated in major part of patients in the first measurement (the peak of plasma H-FABP 78,9 µg/l, ± 62,9 µg/l, vs. normal value 1,8 µg/l, ± 0,6 µg/l, P < 0,0001) and has the highest sensitivity for the determination of the necrosis. The peak of plasma CKMB mass and cTnI was elevated throughout the time of the second measurement (the peak of plasma CK MB mass 30,6 µg/l, ± 25,59 µg/l, vs. normal value, P < 0,0001 and cTnI 20,0 µg/l, ± 17,6 µg/l vs. normal value, P < 0,0001). The plasma GPBB level was increased during the first measurement and the GPBB level slow decreased to the normal value. The CAIII plasma level had the same course as the GPBB plasma level. In conclusion, we established new parameters (GPBB, H-FABP or CA III) that have relation to the acute myocardial infarction and increase the specificity of standard markers of through the acute myocardial infarction (and for MYO/CA III in the diagnosis of the re-infarction).

• Keywords
• kardiomarkery,
• MeSH
• Biomarkers blood   MeSH
• Protein Array Analysis methods   instrumentation   utilization   MeSH
• Financing, Organized MeSH
• Myocardial Infarction blood   MeSH
• Humans MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• MeSH
• Blood Group Antigens genetics   immunology   blood   MeSH
• Protein Array Analysis methods   utilization   MeSH
• Molecular Diagnostic Techniques methods   trends   utilization   MeSH
• European Union MeSH
• Financing, Organized MeSH
• Genetic Markers physiology   genetics   immunology   MeSH
• Genetic Techniques trends   utilization   MeSH
• Genetic Research MeSH
• Hematologic Tests methods   trends   utilization   MeSH
• Humans MeSH
• International Agencies history   organization & administration   utilization   MeSH
• Polymerase Chain Reaction methods   utilization   MeSH
• Polymorphism, Genetic MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

Cíl sdělení: Byly sledovány analytické a klinické vlastnosti technologie proteinových biočipů pro imunochemická stanovení kardiálních markerů a jejich možné využití v diagnostice infarktu myokardu. Metodika: Stanovení hladiny kardiálních markerů (CKMB, MYO, GPBB, H-FABP, CAIII a cTnI) bylo provedeno systémem Evidence Investigator (Randox). Pro jednotlivé kardiální markery stanovené panelem Cardiac Array byly hodnoceny analytické parametry testu. Kardiální markery byly stanoveny ve vzorcích sér 28 pacientů (21 mužů, 7 žen, věk 47–86 let) s diagnózou akutního infarktu myokardu. Výsledky a závěry: Mezilehlá přesnost pro všechny analyty, kromě myoglobinu, je ve shodě s výrobcem (CV < 10%). H-FABP i GPBB jsou časnými markery akutního infarktu myokardu, přičemž H-FABP má pravděpodobně vyšší diagnostickou senzitivitu než myoglobin. Dá se očekávat, že stanovení kardiálních markerů proteinovými biočipy do budoucna najde své uplatnění v biochemické diagnostice poškození myokardu.

Objective: The analytical and clinical performance of protein biochip technology of immunochemical analysis of cardiac markers and their use in diagnosis of acute myocardial infarction were evaluated. Method: Determination of concentration of cardiac markers (CKMB, MYO, GPBB, H-FABP, CAIII and cTnI) was performed by system Evidence Investigator (Randox). Analytical parameters of Cardiac array were tested. Markers of myocardial injury were determined in group of the 28 patients (21 men, 7 women, age 47–86 years) with acute myocardial infarction diagnosis. Results and conclusions: Reproducibility of all tests agree with data of producer (CV < 10%), except myoglobin assay. New substances H-FABP and GPBB are promising early markers of acute myocardial infarction and diagnostic sensitivity of H-FABP would be better than myoglobin test. In future, determination of new cardiac markers by protein biochips technology probably will be used in cardiologic diagnosis.

• MeSH
• Biomarkers blood   MeSH
• Protein Array Analysis instrumentation   utilization   MeSH
• Financing, Organized MeSH
• Glycogen Phosphorylase blood   MeSH
• Myocardial Infarction blood   MeSH
• Carbonic Anhydrase III blood   MeSH
• Humans MeSH
• Necrosis blood   MeSH
• Fatty Acid-Binding Proteins blood   MeSH
• Serum MeSH
• Troponin blood   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• MeSH
• Biomarkers blood   MeSH
• Protein Array Analysis methods   trends   utilization   MeSH
• Molecular Diagnostic Techniques methods   trends   utilization   MeSH
• DNA analysis   genetics   immunology   MeSH
• Genetic Services trends   utilization   MeSH
• Humans MeSH
• Environmental Monitoring methods   MeSH
• Food Industry methods   trends   MeSH
• Quality Control MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• MeSH
• Protein Array Analysis methods   instrumentation   utilization   MeSH
• Enzyme-Linked Immunosorbent Assay methods   instrumentation   utilization   MeSH
• Financing, Organized MeSH
• Humans MeSH
• Mycotoxins isolation & purification   adverse effects   toxicity   MeSH
• Surface Plasmon Resonance methods   utilization   MeSH
• Chromatography, High Pressure Liquid methods   utilization   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

Bude studována exprese pomocí DNA microarrays u leukémií, vhodných kontrolních buněk a pro in vitro populace. Změny budou korelovány s epigenetickými charakteristikami chromatinu na úrovni jeho modifikací (metylace, acetylace histonů, metylace DNA). Strukturální charakteristiky chromatinu budou zkoumány v místech se změnami exprese pomocí fluorescenční in situ hybridizace, spektrální mikroskopie a imunoFISH. Budou testovány protinádorové látky s úzkým spektrem účinku na úrovni exprese. Využitím pokročilých metod vizualizace jaderných stuktur a moderní konfokální mikroskopie bude studován mechanismus vzniku a progrese leukémií. Cílem bude navrhnout vhodné markry pro diagnostiku. Domníváme se, že studium genů měnících expresi a epigenetických mechanismůstojících za těmito změnami nám umožní navrhnout cílové molekuly pro léčbu.; Using DNA microarrays, gene expression will be studied in leukemia, in control cell populations and in cell cultures. Changes will be correlated to epigenetic characteristics of chromatin at the level of its modifications (methylation, acetylation). Structural characteristics of chromatin at sites with altered expression will be studied using fluorescence in situ hybridization (FISH), spectral microscopy and immunoFISH. Drugs with narrow spectrum of genes with altered expression wil be studied. Using advanced techniques of gene or protein visualization and top level confocal microscopy, the mechanisms of the induction and progression of leukemia will be investigated with the goal to suggest appropriate markers for diagnostics. We hope that our study ofgene expression in parallel to epigenetics will allow us to propose target molecules of effective therapy.

• MeSH
• Protein Array Analysis methods   utilization   MeSH
• Histone Deacetylases analysis   MeSH
• In Situ Hybridization, Fluorescence methods   utilization   MeSH
• Histone Deacetylase Inhibitors MeSH
• Intracellular Signaling Peptides and Proteins analysis   MeSH
• Leukemia diagnosis   MeSH
• Chromatin Assembly and Disassembly MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NML Fields
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• radiologie, nukleární medicína a zobrazovací metody
• biologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Východisko: Expresní microarrays představují vhodnou technologi i pro studium patologických procesů na genomické úrovni. Pro identifikace odlišně exprimovaných genů u pacientů s CML jsme použili plastikové microarrays, které kombinují hlavní přednosti nylonových membrán a skleněných microarrays. Pacienti a Metody. Leukocyty byly izolovány z periferní krve 6 pacientů s chronickou myeloidní leukemií v době stanovení diagnózy. U všech pacientů byl detekován BCR/ABL fúzní gen. Pro detekci expresních profilů byly použity Atlas Human Plastic 8K Microarrays (Clontech) s 8 327 genovými sondami. mRNA byla izolována z 45µg celkové RNA pomocí magnetických částic. Výsledky. Většina genů u pacientů vykazovala stejnou expresi jako kontrolní vzorek. U některých genů bylo možné detekovat podobné změny v expresi u všech (či většiny) pacientů např. zvýšená exprese: lactotransferrin, proteoglycan 2, elastase 2, MMP 9, defensin alpha 1,3,4, peptidoglycan recognition protein, cathepsin G, myeloperoxidase, proteinase 3; snížená exprese: CD68 antigen, cathepsin B, H factor, integrin-alpha X, interleukin 8, preB cell colony enhancing factor. Závěr. Naše studie odhalila variabilitu v expresi mnoha genů, ale i přesto jsme identifikovali skupinu genů s podobnými změnami v aktivitě. Tyto geny by mohly být asociovány s rozvojem onemocnění a budou podrobněji studovány.

Background: Expression microarrays provide a powerful technology for studying disease processes on a genomic scale. We used plastic microarrays for identification of differentially expressed genes in chronic myeloid leukemia patients. Plastic arrays combine the best properties of glass and nylon arrays.Patients and Methods: Leukocytes were isolated from peripheral blood of 6 CML patients at diagnosis. All patients were BCR/ABL fusion gene positive. For gene expression profiling we used Atlas Human Plastic 8K Microarrays (Clontech) with 8 327 gene probes. mRNA was isolated from 45µg of total RNA using magnetic bead method. Results: Majority of the patient genes showed the same transcription activity as in the control sample. In a few genes it was possible to observe similar significant changes of gene expression in all (most) patients e.g.up-regulation: lactotransferrin, proteoglycan 2, elastase 2, MMP9, defensin alpha 1,3,4, peptidoglycan recognition protein, cathepsin G, myeloperoxidase, proteinase 3; down-regulation: CD68 antigen, cathepsin B, H factor, integrin-alpha X, interleukin 8, preB cell colony enhancing factor. Conclusions: Although the study revealed variability of gene expression in many genes, we identified a number of genes with the similar expression regulation. The genes may be associated with the disease process and will be analysed in detail.

• MeSH
• Leukemia, Myelogenous, Chronic, BCR-ABL Positive diagnosis   etiology   genetics   MeSH
• Protein Array Analysis methods   instrumentation   utilization   MeSH
• Gene Expression genetics   drug effects   MeSH
• Financing, Organized MeSH
• Genetic Research MeSH
• Hematologic Neoplasms diagnosis   etiology   genetics   MeSH
• Interleukins genetics   immunology   isolation & purification   MeSH
• Cathepsins genetics   immunology   isolation & purification   MeSH
• Medical Oncology methods   trends   MeSH
• Humans MeSH
• RNA diagnostic use   genetics   isolation & purification   MeSH
• Oligonucleotide Array Sequence Analysis methods   utilization   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

V poslední době se v experimentální praxi stále ve větší míře uplatňují metody využívající mikročipové expresní analýzy. Většina expresních analýz v medicínském výzkumu vychází z bioptických vzorků, které obsahují řadu různých typů buněk. Majoritní populace buněk je určující pro celkovou informaci o genové expresi a znemožňuje tak rozlišení specifické genové exprese jednotlivých typů buněk. Mezi metody, které umožňují selekci přesně definovaných populací buněk patří laserová a mechanická mikrodisekce. Současné čipy vyžadují mikrogramová množství značené nukleové kyseliny, přičemž vstupní množství RNA ze selektovaných buněk se může pohybovat pouze v nanogramovém až pikogramovém řádu. Tento problém je možno řešit různými způsoby amplifikace RNA, mezi které patří dvojitá lineární amplifikace RNA nebo metody využívající kombinovanou PCR s linearní amplifikací. V tomto krátkém přehledu poskytujeme jednak informace, se kterými jsme se setkali jednak během naší současné analýzy genové exprese v mikrodisekovaných buňkách mléčné žlázy, a také náš optimalizovaný postup. Celý projekt sestával z časově náročného sběru čerstvě zmražené tkáně, optimalizace přípravy kryofiezů pro mikrodisekci, izolace a amplifikace RNA, hybridizace na mikročipy, analýzy dat a konečně verifikace vybraných výsledků pomocí imunohistochemie. V současné době je vlastní práce v oponentním řízení v zahraničním časopise, a nemůžeme proto poskytnou detailnější informace o získaných výsledcích.

The DNA microarray is a powerful, high throughput technique for assessing gene expression on a systemwide genomic scale. Most expression profiling studies of solid tumors have used biopsy samples containing large numbers of contaminating stromal and other cell types, thereby complicating any precise delineation of gene expression in nontumor versus tumor cell types. Combining microdissection, RNA amplification protocols, microarray technologies and our knowledge of the human genome sequence, it is possible to isolate pure populations of cells or even a single cell and interrogate the expression of thousands of sequences for the purpose of more precisely defining the biology of the tumor cell. In this short overview, we provide informations on selected problems which we had to solve during our microarray analysis of microdissected normal and tumour cells of mammary gland. We provide our optimized procedure as well. The whole project consisted of the long-term collection of snap-frozen tissues, optimalization of staining of cryosections for laser capture microdissection, isolation and amplification of RNA, hybridization onto chips, data analysis and finally verification of the results by immunohistochemistry. Our work is currently reviewed by an international journal and we can’t provide detailed information on particular achievements yet.

• MeSH
• Protein Array Analysis methods   instrumentation   utilization   MeSH
• Gene Expression genetics   MeSH
• Financing, Organized MeSH
• Immunohistochemistry utilization   MeSH
• Lasers utilization   MeSH
• Humans MeSH
• Microdissection methods   instrumentation   utilization   MeSH
• Mammary Glands, Human cytology   MeSH
• Specimen Handling methods   trends   MeSH
• Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction methods   instrumentation   utilization   MeSH
• RNA diagnostic use   genetics   isolation & purification   MeSH
• Nucleic Acid Amplification Techniques methods   instrumentation   utilization   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Publication type
• Review MeSH