Protože exprese hormonálních receptorů v karcinomech mléčné žlázy u části případů neodráží jejich aktuální funkční stav a neposkytuje pevný základ pro predikci odezvy nádorových buněk na hormonální terapii, byla provedena analýza vztahu mezi expresí estrogenovych i progesteronových receptorů, proliferační aktivitou nádoru a expresí „estrogen receptor related" proteinu p29. Cílem bylo nalézt způsob interpretace výsledků imunohistochemických vyšetření z hlediska funkčního stavu estrogeny zprostředkované regulační kaskády. Na základě této analýzy byl navržen algoritmus pro vyhodnocení funkčnosti estrogenovych receptorů v karcinomech mléčné žlázy.

Hormone receptor expression in breast cancer is not always a reliable reflection of their functional ability. This limitation affords a less valid prediction of tumor cell response to hormone treatment. For explanation of this phenomenon, the relationship between estrogen and progesterone receptor expression versus proliferative activity and the estrogen receptor related protein p29 expression was examined. Additional aim was to provide clues for interpretation of immunohistochemical findings from the point of view of the functional status of the estrogen receptor regulatory cascade. The results made possible establishment of a new diagnostic algorithm for evaluation of the estrogen receptor functional ability in breast cancer.

• MeSH
• imunohistochemie MeSH
• karcinom MeSH
• lidé MeSH
• nádory prsu MeSH
• proliferační antigen buněčného jádra izolace a purifikace   MeSH
• proteiny přístrojové vybavení   MeSH
• receptory pro estrogeny izolace a purifikace   MeSH
• receptory progesteronu izolace a purifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

V současné klinické praxi cílenou terapii žaludečního adenokarcinomu představuje použití anti-HER2 monoklonální protilátky trastuzumabu u nádorů s imunohistochemickým skóre 3+ a zároveň s prokázanou amplifikací genu HER2 in situ hybridizací. Na základě současných poznatků o molekulární biologii adenokarcinomu žaludku, roli nádorového mikroprostředí a jeho cévním zásobení se jako slibné možnosti dalšího vývoje cílené terapie jeví zejména ovlivnění PD-1/PD-L1 a inhibice VEGFR2. Studie efektivity nových postupů cílené terapie, stejně jako zavádění metodik prediktivní diagnostiky, jsou však komplikovány nedostatečnou subtypizací nádorů ve studovaných souborech.

Anti-HER2 monoclonal antibody trastuzumab remains the only targeted therapy of gastric carcinoma based on histopathological predictive diagnostics used in current routine clinical practice. In the Czech Republic only the adenocarcinomas with HER2 immunohistochemical score of 3+, together with HER2 amplification detected with in situ hybridization are indicated for treatment with trastuzumab. There has been recent progress in our understanding of the molecular biology of gastric cancer, the role of its tumor microenvironment and vascular supply points to PD-1/PD-L1 and VEGFR2 as possible future targets of targeted therapy. Unfortunately, the interpretation of the results of pharmacological studies, as well as establishing new algorithms of predictive diagnostics are complicated by insufficient molecular stratification of tumors enrolled in the study groups.

• MeSH
• adenokarcinom klasifikace   MeSH
• antigeny CD274 MeSH
• antigeny CD279 MeSH
• cílená molekulární terapie MeSH
• geny erbB-2 MeSH
• imunohistochemie MeSH
• lidé MeSH
• nádory žaludku * diagnóza   farmakoterapie   klasifikace   MeSH
• prediktivní hodnota testů * MeSH
• protinádorové látky imunologicky aktivní MeSH
• receptor 2 pro vaskulární endoteliální růstový faktor antagonisté a inhibitory   terapeutické užití   MeSH
• trastuzumab terapeutické užití   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

Diagnostický algoritmus svalových dystrofií se v uplynulé dekádě výrazně změnil, a to zejména díky rozvoji a zvýšení dostupnosti molekulárně genetických a zobrazovacích metod. Aktuálně, kromě podrobně odebrané anamnézy, detailního klinického vyšetření, biochemického a elektrofyziologického testování, přibylo vyšetření svalů magnetickou rezonancí a nové metody molekulárně genetického vyšetření, naopak svalová biopsie přestala být nezbytnou metodou v diagnostice hereditárních myopatií. Rutinní provádění MRI u pacientů se svalovými dystrofiemi umožnilo odhalení a popsání vzorců svalového postižení (pattern of recognition) charakteristických pro určité klinické jednotky. Molekulárně genetická vyšetření pak, jako jediná, umožňují stanovení definitivní diagnózy na základě detekce kauzální mutace. Pro lepší orientaci v běžné ambulantní praxi popisuje článek hlavní kroky vedoucí k odhalení jednotlivých typů svalových dystrofií s ohledem na úroveň dnešních znalostí a zkušeností.

The diagnostics algorithm of muscular dystrophies has changed significantly over the past decade, mainly due to the development and increase of availability of molecular genetics and imaging methods. The golden standard of detailed medical history, attentive clinical examination, biochemical and electrophysiological testing now includes also magnetic resonance imaging and targeted or more extensive molecular genetic examinations, while muscle biopsy ceased to be the first choice method in the diagnostic process of hereditary myopathies. Routine MRI performance in patients with muscle. dystrophies allowed the detection and description of patterns of recognition characteristic for certain clinical units. Molecular genetic examinations as the only one allow definitive diagnosis to be determined by causal mutation detection. For better orientation in common outpatient practice, the article describes the crucial steps leading to the discovery of individual types of muscular dystrophy with respect to the level of today's knowledge and experience.

• MeSH
• biopsie MeSH
• diferenciální diagnóza MeSH
• elektromyografie metody   MeSH
• fenotyp MeSH
• genetické testování metody   MeSH
• kosterní svaly diagnostické zobrazování   MeSH
• kreatinkinasa krev   MeSH
• lidé MeSH
• magnetická rezonanční tomografie MeSH
• nemoci svalů diagnostické zobrazování   diagnóza   metabolismus   MeSH
• svalové dystrofie * diagnostické zobrazování   diagnóza   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Současné léčebné algoritmy metastazujícího renálního karcinomu jsou postaveny na sekvenčním použití léků. Je proto vhodné mít k dispozici před zahájením léčby prognostické i prediktivní markery, tak aby mohl být zvolen správný lék pro konkrétního pacienta s konkrétním typem nádoru ledvin. O potenciálních biomarkerech pojednává následující článek.

Current treatment algorithms for metastatic renal cell carcinoma are based on the sequential use of drugs. It is therefore advisable to have prognostic and predictive markers available before starting treatment so that the right drug can be chosen for a particular patient with a particular type of kidney tumor. The following article discusses potential biomarkers.

• MeSH
• antigeny CD274 MeSH
• interleukin-6 MeSH
• karcinom z renálních buněk * genetika   krev   patologie   MeSH
• kvalita života MeSH
• lidé MeSH
• metastázy nádorů MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádorový supresorový protein VHL genetika   MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• prognóza MeSH
• tumor burden MeSH
• vaskulární endoteliální růstové faktory MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

This paper presents an adaBoost approach for schizophrenia relapse prediction. The data for the adaBoost are extracted from patients answers to Early Warning Signs questionnaires sent regularly via mobile phone messages. The performance of the adaBoost algorithm is confronted with current ITAREPS system with sensitivity 0.65 and specificity 0.73. AdaBoost has the same sensitivity 0.65 but higher specificity 0.84 and is then ready to became the part of the ITAREPS care program.

• MeSH
• adherence pacienta MeSH
• algoritmy MeSH
• časové faktory MeSH
• chování MeSH
• diagnóza počítačová metody   MeSH
• hospitalizace MeSH
• konzultace na dálku metody   MeSH
• lidé MeSH
• posílání textových zpráv MeSH
• recidiva MeSH
• rozvoj plánování metody   MeSH
• schizofrenie (psychologie) MeSH
• schizofrenie diagnóza   prevence a kontrola   MeSH
• software MeSH
• systémy pro podporu klinického rozhodování MeSH
• telemedicína metody   MeSH
• znovupřijetí pacienta MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Karcinom prsu je nejčastější zhoubné onemocnění u žen v rozvinutých zemích. Základem histopatologického vyšetření je stanovení správné morfologické diagnózy. S nástupem nových terapeutických možností totiž začíná hrát stále důležitější roli molekulární profil nádoru.

Breast carcinoma is the most common malignancy in women in the developed world. The basis of histopathological examination is determining a correct morphological diagnosis. With the emergence of new therapeutic possibilities, the tumour's molecular profile plays an increasingly important role.

• Klíčová slova
• molekulární profil nádoru, protein HER-2/neu, HER2 pozitivita,
• MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční metody   MeSH
• imunochemie metody   MeSH
• lidé MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• protein BRCA2 diagnostické užití   genetika   MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH

OBJECTIVES: The objective of this study was to assess the robustness of a novel test bolus (TB)-based computed tomographic angiography (CTA) contrast-enhancement-prediction (CEP) algorithm by retrospectively quantifying the systematic and random errors between the predicted and true enhancements. MATERIALS AND METHODS: All local institutional review boards approved this retrospective study, in which a total of 72 (3 × 24) anonymized cardiac CTA examinations were collected from 3 hospitals. All patients (46 men; median age, 62 years [range, 31-81 years]) underwent a TB scan and a cardiac CTA according to local scan and injection protocols. For each patient, a shorter TB signal and TB signals with lower temporal resolution were derived from the original TB signal. The CEP algorithm predicted the enhancement in the descending aorta (DAo) on the basis of the TB signals in the DAo, the injection protocols and kilovolt settings, as well as population-averaged blood circulation characteristics. The true enhancement was extracted with a region of interest along the DAo centerline. For each patient, the errors in timing and amplitude were calculated; differences between the hospitals were assessed using the 1-way analysis of variance (P < 0.05) and variations between the TB signals were assessed using the within-subject standard deviation. RESULTS: No significant differences were found between the 3 hospitals for any of the TB signals. With errors in the amplitude and timing of 0.3% ± 15.6% and -0.2 ± 2.0 seconds, respectively, no clinically relevant systematic errors existed. Shorter- and coarser-time-sampled TB signals introduced a within-subject standard deviation of 4.0% and 0.5 seconds, respectively. CONCLUSIONS: This TB-based CEP algorithm has no systematic errors in the timing and amplitude of predicted enhancements and is robust against coarser-time-sampled and incomplete TB scans.

• MeSH
• algoritmy * MeSH
• dospělí MeSH
• jopamidol analogy a deriváty   diagnostické užití   MeSH
• kontrastní látky diagnostické užití   MeSH
• koronární angiografie metody   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• nemoci koronárních tepen radiografie   MeSH
• počítačová rentgenová tomografie metody   MeSH
• počítačové zpracování obrazu metody   MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• vylepšení rentgenového snímku metody   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• hodnotící studie MeSH

We present a noninvasive Web-based app to help exclude or diagnose myelodysplastic syndrome (MDS), a bone marrow (BM) disorder with cytopenias and leukemic risk, diagnosed by BM examination. A sample of 502 MDS patients from the European MDS (EUMDS) registry (n > 2600) was combined with 502 controls (all BM proven). Gradient-boosted models (GBMs) were used to predict/exclude MDS using demographic, clinical, and laboratory variables. Area under the receiver operating characteristic curve (AUC), sensitivity, and specificity were used to evaluate the models, and performance was validated using 100 times fivefold cross-validation. Model stability was assessed by repeating its fit using different randomly chosen groups of 502 EUMDS cases. AUC was 0.96 (95% confidence interval, 0.95-0.97). MDS is predicted/excluded accurately in 86% of patients with unexplained anemia. A GBM score (range, 0-1) of less than 0.68 (GBM < 0.68) resulted in a negative predictive value of 0.94, that is, MDS was excluded. GBM ≥ 0.82 provided a positive predictive value of 0.88, that is, MDS. The diagnosis of the remaining patients (0.68 ≤ GBM < 0.82) is indeterminate. The discriminating variables: age, sex, hemoglobin, white blood cells, platelets, mean corpuscular volume, neutrophils, monocytes, glucose, and creatinine. A Web-based app was developed; physicians could use it to exclude or predict MDS noninvasively in most patients without a BM examination. Future work will add peripheral blood cytogenetics/genetics, EUMDS-based prospective validation, and prognostication.

• MeSH
• algoritmy MeSH
• laboratoře MeSH
• lidé MeSH
• myelodysplastické syndromy * diagnóza   MeSH
• nemoci kostní dřeně * MeSH
• vyšetřování kostní dřeně MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Cieľom multicentrickej, otvorenej, observačnej štúdie PREDICTIVE® bolo posúdiť u diabetikov 1. aj 2. typu bezpečnosť a efektivitu inzulínu detemir v podmienkach bežnej klinickej praxe. Výsledky z Európskej kohorty štúdie PREDICTIVE® po 3 mesiacoch liečby inzulínom detemir ukázali, že inzulín detemir je účinný preparát umožňujúci náhradu bazálnej sekrécie inzulínu. Jeho podávanie bolo spojené s minimálnym výskytom nežiaducich účinkov (hlavne ťažkých hypoglykémií) a tiež s nízkou intraindividuálnou variabilitou glykémií nalačno, a teda aj predvídateľnejším terapeutickým účinkom. Európska kohorta štúdie PREDICTIVE® potvrdila výsledky klinických randomizovaných štúdií, že liečba inzulínom detemir nevedie k zvýšeniu telesnej hmotnosti. U mnohých diabetikov 1. aj 2. typu v tejto štúdii došlo dokonca k redukcii telesnej hmotnosti. Šesťmesačná liečba inzulínom detemir v tejto štúdii poskytla dôkaz o dlhodobejšej účinnosti a bezpečnosti tohto inzulínu. Výsledky štúdie TITRATE® ukázali, že pacientom riadená titrácia inzulínu detemir podávaného raz denne na dosiahnutie cieľových hodnôt glykémie nalačno u diabetikov 2. typu predtým neliečených inzulínom je účinná a bezpečná.

The aim of the multicenter, open-label, observational study PREDICTIVE® was to assess safety and efficacy of insulin detemir in both type 1 and 2 diabetes patients in actual clinical practice. The results of the European cohort of PREDICTIVE® after three-month therapy with insulin detemir found it to be an efficacious product allowing substitution of basal insulin secretion. Its administration was associated with a minimal occurrence of adverse events (especially major hypoglycemic episodes) together with a low within-patient fasting glucose variability and more predictable therapeutic effect. The European cohort of the PREDICTIVE® study confirmed the results of clinical randomised trials, that the therapy with insulin detemir does not cause body weight gain. Moreover, body weight reduction in type 1 and 2 diabetes patients was observed within this study. Results from the six-month insulin detemir therapy provide evidence on the long term safety and efficacy of this insulin. Results of the TITRATE® study showed, that lowering the fasting glucose target using a self-directed titration algorithm with once-daily detemir is safe and efficacious.

MOTIVATION: G-quadruplex is a DNA or RNA form in which four guanine-rich regions are held together by base pairing between guanine nucleotides in coordination with potassium ions. G-quadruplexes are increasingly seen as a biologically important component of genomes. Their detection in vivo is problematic; however, sequencing and spectrometric techniques exist for their in vitro detection. We previously devised the pqsfinder algorithm for PQS identification, implemented it in C++ and published as an R/Bioconductor package. We looked for ways to optimize pqsfinder for faster and user-friendly sequence analysis. RESULTS: We identified two weak points where pqsfinder could be optimized. We modified the internals of the recursive algorithm to avoid matching and scoring many sub-optimal PQS conformations that are later discarded. To accommodate the needs of a broader range of users, we created a website for submission of sequence analysis jobs that does not require knowledge of R to use pqsfinder. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: https://pqsfinder.fi.muni.cz, https://bioconductor.org/packages/pqsfinder. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.

• MeSH
• algoritmy MeSH
• G-kvadruplexy * MeSH
• genom MeSH
• RNA MeSH
• software MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH