genotype Dotaz Zobrazit nápovědu
Genotypizace viru hepatitidy C /HCV)má význam zejména pro stanovení schématu léčby pacientů s chronickou VHC a pro prognózu úspěšnosti léčby. U souboru 62 sér pozitivních na HCV RNA v testu Cobas Amplicor HCV 2.0 (CA) byl zjišťován genotyp HCV metodou reverzní hybridizace (Versant HCV Genotype Assay (LiPA) Bayer), modifikovanou tím způsobem, že jako výchozí amplifikovaný materiál pro reakci byl použit přímo produkt CA. Z 57 vzorků (92 %) reaktivních v reverzní hybridizaci byl u 56 určen genotyp. U jednoho vzorku neodpovídal profil žádnému určitému genotypu, pět vzorků bylo nereaktivních a jeden nebyl v tomto uspořádání testován. U dvou z těchto 5 nereaktivních a u jednoho netestovaného séra byl určen genotyp reverzní hybridizací vycházející z nested PCR. Lze shrnout, že produkt získaný po jednostupňové amplifikaci HCV RNA v testu CA je pro většinu vzorků vhodným výchozím materiálem pro genotypizaci reverzní hybridizací. Pro laboratoře používající k detekci HCV RNA v séru Cobas Amplicor HCV 2.0 by tento postup vedl ke zjednodušení genotypizace a k časové a materiálové úspoře. U sér s nižší koncentrací viru, která nejsou typizovatelná touto kombinací metod, lze vycházet z nested PCR. Čtyřicet osm vybraných vzorků bylo typizováno vedle reverzní hybridizace také sérologicky soupravou Murex HCV Serotyping 1–6 Assay (Abbot Murex). Typ byl určen u 37 ze 48 testovaných sér (77 %) včetně všech tří sér negativních v reverzní hybridizaci. Přestože je sérologická typizace méně citlivá, může být významná při typizaci některých sér s nízkou hladinou HCV RNA a sér neobsahujících již detekovatelnou virovou NK, která nejsou typizovatelná reverzní hybridizací. U 33 sér, jež byla genotypovatelná oběma metodami, byly tyto metody ve vzájemné shodě. Pouze ve dvou případech zjistila sérologická metoda přítomnost jednoho typu viru navíc (smíšený genotyp) oproti reverzní hybridizaci.
Genotyping of hepatitis C virus (HCV) is of relevance to scheduling the treatment of patients with chronic hepatitis C (VHC), making their prognosis and monitoring the treatment efficacy. A set of 62 sera testing HCV RNA positive in Cobas Amplicor HCV 2.0 test (CA) were genotyped using Versant HCV Genotype Assay (LiPA) Bayer, i.e. the reverse hybridization method, with the CA amplified product being directly used in the assay. Fifty-six out of 57 samples reactive in reverse hybridization (92 %) were genotyped. One sample showed a profile differing from any genotype, five samples were not reactive and one sample was not tested within this study design. Two out of five non-reactive sera and one non-tested serum could be genotyped by nested PCR based reverse hybridization. It can be concluded that the CA product resulting from one-step HCV RNA amplification is suitable for use in genotyping by reverse hybridization. The CA product based genotyping procedure is easier to perform, less time-consuming and less costly. The nested PCR based procedure could be used for typing of sera with lower HCV concentrations nontypeable with the combination of CA and Versant HCV Genotype Assay. Forty-eight selected samples were typed not only by reverse hybridization but also by a serological kit Murex HCV Serotyping 1–6 Assay (Abbot Murex). Thirty-seven (77 %) of these sera, including all of three sera negative in reverse hybridization, appeared typeable by this kit. Although less sensitive, serotyping may be of relevance to typing of sera with low HCV levels or not containing detectable viral NA which are nontypeable by reverse hybridization. Thirty-three sera appeared genotypeable by both of the methods tested with the results being in good agreement. In two cases only the serotyping method revealed one more type of virus (mixed genotype) compared to the reverse hybridization.
Určování krevního systému AB0 stále patří k základním laboratorním úkolům nejen v tzv. forenzních případech. Pokud jsou však analyzované vzorky nějakým způsobem degradované, může při jejich zpracování docházet k nejrůznějším problémům. Zdálo se, že analýzy DNA jsou schopné tyto problémy vyřešit, avšak i při použití těchto metod může někdy docházet ke komplikacím. Pro určení krevního systému AB0 na molekulárně genetické úrovni byla použita polymerázová řetězová reakce k amplifikaci určitého úseku genu pro glykosyltransferázu. DNA byla izolována z uměle vytvořených krevních stop, jež byly vystaveny umělé tepelné degradaci po různá časová období. U vzorků s genotypem B0 byl v některých případech překvapivě zjištěn aberantní genotyp B00, jehož struktura byla potvrzena sekvenční analýzou. Není nám známá skutečnost, že by byl tento jev již někdy pozorován a popsán. Příčina výskytu tohoto jevu tak zůstává nejasná.
The AB0 blood group system typing remains one of the basic laboratory tasks in a forensic practice. However, problems arise when the analysed samples are seriously degraded. The DNA analysis promised to solve this but an unexpected complication was encountered. For the AB0 blood group system typing a Polymerase Chain Reaction method was used to amplify glycosyltransferase gene, when DNA had been isolated from artificially created blood stains, followed by their subsequent artificial thermal degradation. In the B0 genotype an aberrant genotype was suprisingly found and its structure was confirmed by sequencing. This meant that a newly formed B00 (not the original BO) genotype was present. Such a finding, to our best knowledge, had not been observed yet and we were unable to find any references in the professional literature. The explanation of this result thus remains unclear.
Východisko. Ateroskleróza i osteoporóza se často vyskytují společně, zvláště u starších osob; většinou jsou považovány za dvě nezávislé choroby. Teprve nedávno se objevily epidemiologické údaje svědčící o jejich některých možných souvislostech; jsou studovány různé faktory (genetické, hormonální, biochemické a další) k vysvětlení tohoto vztahu. Mezi genetickými faktory byla největší pozornost věnována apolipoproteinu E; podle některých autorů mají nositelé alely E4 vyšší riziko rozvoje osteoporózy. Dále jsou studovány možný nepříznivý vliv plazmatických lipoproteinů a účinek tkáňové ischemie na kostní metabolizmus. Cíl studie. Ověřit hypotézu, že existuje souvislost mezi kostní denzitou, genotypem apolipoproteinu E a plazma- tickou koncentrací lipidů. Metody. Vyšetřené osoby - skupina 18 homozygotů apolipoproteinu E 2/2 a 4/4; soubor 130 postmenopauzálních žen. Vyšetření - kostní denzita (metodou dvouenergetické rtg denzitometrie - DEXA); koncentrace celkového a HDL cholesterolu a triglyceridů; u homozygotů apolipoproteinu E též biochemické ukazatele kostní remodelace. Výsledky. Nebyly zjištěny statisticky významné rozdíly v průměrných hodnotách kostní denzity ani ukazatelů kostní remodelace mezi homozygoty apolipoproteinu E2/2 a E4/4. Zjistili jsme negativní korelaci mezi kostní denzitou v oblasti bederní páteře a koncentrací cholesterolu i triglyceridů (r=0,20-0,39) u postmenopauzálních žen i homozygotů apolipoproteinu E. Závěr. Neprokázali jsme souvislost mezi genotypem apolipoproteinu E a kostní denzitou nebo ukazateli kostní remodelace. U homozygotů apolipoproteinu E i u postmenopauzálních žen byl patrný negativní vztah mezi plazma- tickou koncentrací lipidů a kostní denzitou v oblasti bederní páteře. Tento nález podporuje hypotézu o nepříznivém vlivu hyperlipidémie na kostní metabolizmus.
Background. Both atherosclerosis and osteoporosis often appear together, especially in the elderly; usually they are regarded as independent entities. Only recently epidemiological evidence occurred suggesting possible associ - ations between these diseases. Several groups of factors (genetic, hormonal and biochemical) have been studied to account for this association. Among the genetic factors, apolipoprotein E has been studied most extensively; some results indicate that carriers of E4 allele are at increased risk of osteoporosis. A possible influence of plasma lipoproteins and of tissue ischaemia on bone metabolism has also been studied. Aim of the study. To test the hypothesis that there is an association between apolipoprotein E, plasma lipid concentrations and bone mineral density. Methods. We examined 18 apolipoprotein E2/2 and E4/4 homozygotes and 130 postmenopausal women. Bone mineral density and plasma triglycerides, total and HDL cholesterol were determined in both groups; in apolipoprotein E homozygotes biochemical markers of bone turnover were also measured. Results. No significant differences in bone mineral density and bone remodelling were found between the E2/2 and E4/4 homozygotes. A negative correlation between lumbar spine bone mineral density and cholesterol and triglyceride concentrations (r=0.20-0.39) was observed both in postmenopausal women and apolipoprotein E homozygotes. Conclusion. We didn’t observe any association of apolipoprotein E genotype with bone mineral density and biochemical markers of bone metabolism. A negative association between plasma lipid concentrations and bone mineral density supports the hypothesis of harmful effect of hyperlipidaemia on bone metabolism.
- MeSH
- apolipoproteiny E krev MeSH
- cholesterol krev MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- hyperlipoproteinemie genetika MeSH
- kostní denzita MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- osteoporóza genetika MeSH
- postmenopauza MeSH
- triglyceridy krev MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- srovnávací studie MeSH
S cílem zjistit možnou korelaci mezi genotypem a f enotypem pacientů s diagnózou Duchennovy svalové dystrofie (DMD) byly mapovány delece exonů v genu pro dystrofiu pomocí vícenásobné polymerázové řetězové reakce (PCR). U všech pozitivních pacientů byly zjištěné delece lokalizovány v distáhií oblasti genu, mezi exonem 43 a 60. Současně byl sledován celkový khnický obraz pacientů. Výsledky naznačují, že rozsah delece není rozhodující pro progresi onemocnění. Příčinou rozdílného průběhu onemocnení u jednotlivých pacientů je spíše různý vliv delece na translační čtecí rámec transkriptu.
Exon deletions were mapped in patients diagnosed for Duchenne's muscular dystrophy using multiplex polymerase Chain reaction (PCR) to find a possible genotype - phenotype correlation. In all positive cases, deletions were located in the distal part of the dystrophin gene, between exons 43 and 60. Our results suggest that the deletion extent is not decisive for the disease progression. The different disease progression is rather caused by a different impact of a given deletion on a reading frame.
Infekce Helicobacter pylori je hlavním vyvolavatelem chronické gastritidy. Přestože většina infekcí probíhá asymptomaticky, přibližně 10 % případů se projeví žaludeční nebo duodenální vřed, karcinom, nebo MALT-lymfom. Závažnost onemocnění je dána mj. geneticky kódovanými faktory virulence mikroba. Cílem studie bylo pomocí detekce a genotypizace známých genových sekvencí určit vztah genotypu izolovaných kmenů H. pylori ke gastroskopické diagnóze onemocnění. U 69 kmenů získaných od pacientů s indikovanou gastroskopií jsme pomocí hybridizačních sond po amplifikaci PCR detekovali tyto geny, alely a subtypy. cagA, vacA si a, vacA slb, vacA s2, vacA mJ a vacA in2. Výsledky: v souboru bylo 46 kmenů cagA+ (67 %). Gen cagA byl častěji nalezen u kmenů získaných od pacientů s vředovou chorobou duodena (89 %) a žaludku (69 %). V populaci všech kmenů převládal výskyt alely vacA s1 (77-100 %). Výskyt typu sJa alely genu vacAbyl vyšší u vředové choroby (vřed duodena 79 %, vřed žaludku 77 %) než u zánětů (gastritis 67 %, bulbitis 62 %). Výskyt alely typu m2 vacAm byl výrazně vyšší u vředu žaludku (85 %) než u ostatních skupin diagnóz (54-67 %).
A Helicobacter pylori infection is the chief cause of chronic gastritis. Although the vast majority of infections are asymptomatic, some 10% of the cases present gastric or duodenal ulcers, carcinoma or MALT lymphoma. The severity of the disease depends e.g. on genetically coded virulence factors of the microbe. The purpose of the study was to use the detection and genotyping of known gene sequences for the determination of the relationship of the genotype of isolated H. pylori strains to the gastroscopic diagnosis of the disease. In 69 strains obtained from patients, in whom gastroscopy was indicated, we detected, using hybridization probes after PCR amplication, the following genes, alleles and subtypes: cagA, vacA sJa, vacA sJb, vacA s2, vacA ml and vacA m2. Results: in our set we had 46 strains cagA+ (67%). The gene cagA was found more often in strains obtained from patients with duodenal (89%) and gastric ulcers (69%). In the population of all the strains predominated the alleles vacA si (77 to 100%). The incidence of the allele type sJa of the gene vacA was higher in patients presenting with ulcers (duodenal - 79%, gastric - 77%) than in patients presenting with inflammations (gastritis 67%, bulbitis 62%). The incidence of type m2 vac Am allele was substantially higher in gastric ulcers (85%) than in all the other diagnoses (54 to 67%).
- MeSH
- DNA analýza izolace a purifikace MeSH
- dospělí MeSH
- gastritida etiologie patologie MeSH
- genetické markery MeSH
- genotyp MeSH
- Helicobacter pylori genetika patogenita MeSH
- infekce vyvolané Helicobacter pylori patologie MeSH
- lidé MeSH
- žaludeční vředy etiologie genetika patologie MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
Human Molecular Genetics series
2nd ed. xvi, 295 s., obr.
- Konspekt
- Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
- NLK Obory
- genetika, lékařská genetika
- MeSH
- fenotyp MeSH
- fibrinogen fyziologie genetika chemie MeSH
- genotyp MeSH
- koagulopatie diagnóza genetika terapie MeSH
- krvácení diagnóza etiologie farmakoterapie MeSH
- lidé MeSH
- mutace genetika MeSH
- trombóza diagnóza etiologie farmakoterapie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Slovenská republika MeSH
Komplexrií vyšetřování svalových dystrofií pomocí klinických, bioptických a molekulárně genetických diagnostických metod se v naší zemi dosud provádělo pouze ve velmi omezeném rozsahu. Naše skupina (kliiiiků, patologů a genetiků) vyšetřila od roku 1992 do roku 2000 přibližně 240 pacientů suspektních ze svalové dystrofie. Většina pacientů pochází z jihomoravského a severomoravského regionu. Pacienti byli k vyšetření odesíláni zeiména z kUnik a oddělení neurologie a dětské neurologie, dále z odděleni klinické genetiky a méně často z interních klinik a oddělení. Vyšetřovaní pacienti byli podle závěrečné diagnózy rozděleni do skupin pacientů s dystrofinopatií (DMD a BMD), přenašeček dystrofinopatií, pacientů s kongenitální svalovou dystrofií s deficitem merosinu a pacientů s Emery-Dreifussovou svalovou dystrofií, včetně přenašeček tohoto onemocnění. Někteří členové rodin, v nichž se vyskytla dystrofinopatie, byli následně vyšetřeni metodami segregační analýzy. Pacienti DMD/BMD mohou být pomoci molekulárně genetických metod zachyceni ve vysokém procentu. Metoda vyšetření mRŇA pomocí RT PCR a PTT z biopsie dovoluje detegovat delece, duplikace, ale i bodové mutace dystrofinového genu, a tím má vyšší diagnostický rozsah než vyšetření DNA lymfocytů periferní krve metodou multiplex PCR, které zachytí 65 % všech mutací, prakticky jenom delece. Imunofenotypizace dystrofinu se uplatní zejména v odhalování DMD. Deficit sarkolemové reaktivity v karboxytermmální a střední doméně (Dys 1 a Dys 2) jednoznačně signalizuje defektní dystrofiu. Naproti tomu menší deficity dystrofinu u BMD (a též u přenašeček) nemusejí být v biopsii zachyceny. V těchto případech je nutné doplnit vyšetření imunoblotingem nebo analýzou genotypu. Vyšetřování pacientů s klinicky diagnostikovanou svalovou dystrofií by mělo většinou začít vyšetřením biopsie, z níž je možno odhadnout přítomnost a stupeň strukturálních změn, a aplikací protilátek proti DGC případně odhalit patřičný deficit. Imunohistochemické vyšetření je možné doplnit imunoblotingem a tak navést další molekulárně genetické vyšetření DNA či mRNA. Svalovou biopsii je možno v případě deficitu merosinu a emerinu nahradit méně invazivními metodami, jako kožní biopsií nebo výtěrem z bukální sliznice. Při deficitech proteinů DGC je nutno při interpretaci nálezů respektovat možnost sekundární alterace jiných složek, a tak imunohistochemie sama o sobě nemusí být dostatečně informativní. Identifikace a bližší diagnostické zařazení pacientů s deficitem merosinu, sarkoglykanů, emerinu, kalpainu a dalších je možné díky možnosti použití protilátek, které jsou na trhu. Detekce těchto pacientů v naší zemi teprve čeká na jejich soustavné vyhledávání opřené o aplikaci metod popsaných a diskutovaných v tomto sdělení.
Complex diagnosis of muscular dystrophies including clinical, bioptical and molecular genetic approaches has been provided in a limited extent in this country. Our group of neurologists, pathologists and geneticists has examined approximately 240 patients suspected of having muscular dystrophies, mostly coming from Southern and Northern Moravia. The patients were sent to the examination most often firom departments of neurology and clinical genetics, and less firequently fi:om departments of internal medicine. According to the final diagnosis, the patients were divided into groups: with dystrophinopathies and carriers of dystrophinopathies (DMD/BMD), merosin deficient form of congenital muscular dystrophy, and Emery-Dreifuss muscular dystrophy including the carriers of this disease. Some relatives of patients with dystrophinopathies were also examined using the methods of segregation analysis. High proportion of the DMD/BMD patients can be detected by the methods of molecular genetics. Analysis of mRNA using RT PCR and PTT enables the detection of deletions, dupUcations, and point mutations in dystrophin gene and encompasses a larger diagnostic scope in comparison with examinations of DNA level by the multiplex PCR method from the peripheral blood which enables only deletion detections. Immunophenotyping of the dystrophin protein plays an important role especially using antibodies against carboxyterminal (DYS2) and rod domain (DYSl) of dystrophin. Deficient sarcolemmal expression of DYS2 and DYSl reveales unambiguously a pathological dystrophin. On the other hand, less pronounced deficiencies in dystrophin expression in BMD patients and DMD/BMD carriers may not always be detected in muscle biopsies. In this case, it is necessary to supplement the examination by Western blotting and genotype analysis. The examination of patients with clinically diagnosed muscular dystrophy shoidd start with á muscle biopsy which enables the estimation of presence and degree of structural changes. Application of antibodies against the components of DGC and emerin may reveal a deficiency in expression of these proteins. Immunohistochemical examination completed by Western blotting leads to the subsequent molecular genetic analysis of DNA or mRNA. Secondary deficiencies in expression of other DGC proteins are often revealed in muscle biopsies of dystrophinopathies and this fact must be taken into account in the evaluation of immunohistochemical findings. There is a possibility of replacement of invasive muscle biopsy by skin biopsy or buccal mucosal smears in cases of merosin and emerin deficiencies. Commercially available antibodies against merosin, emerin, calpain and sarcoglycans enable extensive identification and detailed classification of muscular dystrophies. Screening of the patients based on the application of methods described and discussed in this report is the task of the forthcoming period.
