Doporučené postupy klinické péče o nosiče patogenních variant v klinicky relevantních genech predisponujících ke vzniku Lynchova syndromu a karcinomu kolorekta definují kroky primární a sekundární prevence, která by měla být osobám ve vysokém riziku vzniku dědičných nádorů v ČR poskytnuta. Tvorba doporučených postupů byla organizována pracovní skupinou onkogenetiky Společnosti lékařské genetiky a genomiky při České lékařské společnosti J. E. Purkyně ve spolupráci se zástupci onkologie, onkogynekologie a gastroenterologie. Doporučené postupy vycházejí z aktuálních doporučení National Comprehensive Cancer Network (NCCN), Evropské společnosti pro klinickou onkologii (ESMO) a zohledňují kapacitní možnosti našeho zdravotnictví.

The guidelines for clinical practice for carriers of pathogenic variants in clinically relevant genes predisposing to Lynch syndrome and colorectal cancer define the steps of primary and secondary prevention that should be provided to the individuals at high risk of developing hereditary cancer in the Czech Republic. The drafting of the guidelines was organized by the Oncogenetics Working Group of the Society for Medical Genetics and Genomics of J. E. Purkyně Czech Medical Society, in cooperation with representatives of oncology, oncogynecology, and gastroenterology. The guidelines are based on the current recommendations of the National Comprehensive Cancer Network (NCCN), European Society of Medical Oncology (ESMO) and take into account the capacity of the Czech healthcare system.

• MeSH
• adhezní molekula epiteliálních buněk genetika   MeSH
• dědičné nepolypózní kolorektální nádory genetika   MeSH
• genetická predispozice k nemoci * genetika   MeSH
• kolorektální nádory * genetika   MeSH
• mismatch repair endonukleáza PMS2 genetika   MeSH
• MutL homolog 1 genetika   MeSH
• směrnice pro lékařskou praxi jako téma MeSH
• zárodečné mutace genetika   MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

BACKGROUND: Monoallelic germline pathogenic variants (GPVs) in five Fanconi anemia (FA) genes (BRCA1/FANCS, BRCA2/FANCD1, PALB2/FANCN, BRIP1/FANCJ, and RAD51C/FANCO) confer an increased risk of breast (BC) and/or ovarian (OC) cancer, but the role of GPVs in 17 other FA genes remains unclear. METHODS: Here, we investigated the association of germline variants in FANCG/XRCC9 with BC and OC risk. RESULTS: The frequency of truncating GPVs in FANCG did not differ between BC (20/10,204; 0.20%) and OC (8/2966; 0.27%) patients compared to controls (6/3250; 0.18%). In addition, only one out of five tumor samples showed loss-of-heterozygosity of the wild-type FANCG allele. Finally, none of the nine functionally tested rare recurrent missense FANCG variants impaired DNA repair activities (FANCD2 monoubiquitination and FANCD2 foci formation) upon DNA damage, in contrast to all tested FANCG truncations. CONCLUSION: Our study suggests that heterozygous germline FANCG variants are unlikely to contribute to the development of BC or OC.

• MeSH
• dospělí MeSH
• genetická predispozice k nemoci * MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• nádory prsu * genetika   MeSH
• nádory vaječníků * genetika   MeSH
• oprava DNA genetika   MeSH
• protein FANCG * genetika   MeSH
• senioři MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• zárodečné mutace * MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Doporučené postupy klinické péče o nosiče patogenních variant v klinicky relevantních nádorových predispozičních genech definují kroky primární a sekundární prevence, která by měla být těmto osobám ve vysokém riziku vzniku dědičných nádorů v ČR poskytnuta. Tvorba doporučení byla organizována pracovní skupinou onkogenetiky Společnosti lékařské genetiky a genomiky (SLG ČLS JEP) ve spolupráci se zástupci onkologie a onkogynekologie. Doporučené postupy vycházejí z aktuálních doporučení National Comprehensive Cancer Network (NCCN), European Society of Medical Oncology (ESMO) a zohledňují kapacitní možnosti našeho zdravotnictví.

The Guidelines for Clinical Practice for carriers of pathogenic variants in clinically relevant cancer predisposition genes define the steps of primary and secondary prevention that should be provided to these individuals at high risk of developing hereditary cancer in the Czech Republic. The drafting of the guidelines was organized by the Oncogenetics Working Group of the Society for Medical Genetics and Genomics of J. E. Purkyně Czech Medical Society (SLG ČLS JEP) in cooperation with the representatives of oncology and oncogynecology. The guidelines are based on the current recommendations of the National Comprehensive Cancer Network (NCCN), European Society of Medical Oncology (ESMO) and take into account the capacity of the Czech healthcare system.

• MeSH
• ATM protein genetika   MeSH
• checkpoint kinasa 2 genetika   MeSH
• genetická predispozice k nemoci * MeSH
• geny BRCA1 MeSH
• geny BRCA2 MeSH
• nádory prostaty diagnóza   genetika   prevence a kontrola   MeSH
• nádory prsu diagnóza   genetika   prevence a kontrola   MeSH
• nádory slinivky břišní diagnóza   genetika   prevence a kontrola   MeSH
• nádory vaječníků diagnóza   genetika   prevence a kontrola   MeSH
• primární prevence metody   MeSH
• protein FANCN genetika   MeSH
• sekundární prevence metody   MeSH
• směrnice pro lékařskou praxi jako téma MeSH
• zárodečné mutace MeSH

Germline CHEK2 pathogenic variants confer an increased risk of female breast cancer (FBC). Here we describe a recurrent germline intronic variant c.1009-118_1009-87delinsC, which showed a splice acceptor shift in RNA analysis, introducing a premature stop codon (p.Tyr337PhefsTer37). The variant was found in 21/10,204 (0.21%) Czech FBC patients compared to 1/3250 (0.03%) controls (p = 0.04) and in 4/3639 (0.11%) FBC patients from an independent German dataset. In addition, we found this variant in 5/2966 (0.17%) Czech (but none of the 443 German) ovarian cancer patients, three of whom developed early-onset tumors. Based on these observations, we classified this variant as likely pathogenic.

• MeSH
• checkpoint kinasa 2 * genetika   MeSH
• dospělí MeSH
• genetická predispozice k nemoci * genetika   MeSH
• introny * genetika   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• nádory prsu * genetika   MeSH
• nádory vaječníků genetika   MeSH
• prekurzory RNA genetika   MeSH
• sestřih RNA * genetika   MeSH
• zárodečné mutace * MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH
• Německo MeSH

Ciele: Analýza prenatálnych vzoriek za obdobie 2015–2020. Porovnanie miery detekcie klinicky relevantných variant cytogenetickou analýzou karyotypu a cytogenomickými metódami MLPA (Multiplex Ligation-Depent Probe Amplification) a mikročipmi (CMA – chromosomal microarray). Súbor a metodika: Analyzovaných bolo 1 029 prenatálnych vzoriek cytogenetickým hodnotením karyotypu (n = 1 029), cytogenomickými metódami MLPA (n = 144) a CMA (n = 111). Všetky nebalansované zmeny boli potvrdené metódou MLPA alebo CMA. Výsledky: Z analyzovaného súboru plodov, po odčítaní aneuploidií – 107 (10,40 %, n = 1 029), bolo analýzou karyotypu zachytených 22 štruktúrnych aberácií (2,39 %, n = 922) – deväť nebalansovaných zmien (0,98 %), 10 balansovaných zmien (1,08 %), jeden prípad nejasnej mozaiky (0,09 %), jeden prípad prítomnosti marker chromozómu (0,09 %) a jeden prípad diskordancie pohlavia (0,09 %). U 255 vzoriek s fyziologickým karyotypom indikovaných k cytogenomickému vyšetreniu bolo zachytených celkom osem (7,21 %, n = 111) patologických variant metódou CMA. Metódou MLPA bolo z týchto ôsmich patogénnych variant zachytených päť (3,47 %, n = 144). Celkový záchyt patogénnych variant metódami MLPA a CMA vrátane konfirmačných vyšetrení patologického karyotypu je 14 (5,14 %) a 17 (6,25 %) (n = 272). Záchyt patologických variant v skupine s izolovanými poruchami bol nižší než v skupine s mnohopočetnými poruchami (5,08 vs. 21,42 %). Záver: Potvrdila sa vyššia úspešnosť záchytu patologických variant so zmenou v počte kópií, metódou CMA než MLPA.

Objective: Analysis of prenatal samples from 2015 to 2020. Comparison detection rates of clinically relevant variants by cytogenetic karyotype analysis and cytogenomic MLPA (Multiplex Ligation-Depent Probe Amplification) and microarray methods (CMA – chromosomal microarray). Material and method: 1,029 prenatal samples were analyzed by cytogenetic karyotyping (N = 1,029), cytogenomic methods – MLPA (N = 144) and CMA (N = 111). All unbalanced changes were confirmed by MLPA or CMA. Results: From the analyzed set of fetuses, after subtraction of aneuploidies – 107 (10.40%, N = 1,029), 22 structural aberrations (2.39%, N = 922) – nine unbalanced changes (0.98%), 10 balanced changes (1.08%), one case of unclear mosaicism (0.09%), one case of presence of a marker chromosome (0.09%) and one case of sex discordance (0.09%) – were detected by karyotype analysis. A total of eight (7.21%, N = 111) pathological variants were detected by CMA in 255 samples with physiological karyotype indicated for cytogenomic examination. Five (3.47%, N = 144) of eight pathogenic variants were detected by MLPA method. The total capture of pathogenic variants by MLPA and CMA methods was 14 (5.14%) and 17 (6.25%) (N = 272), including confirmatory pathological karyotype testing. Detection of pathological variants in the isolated disorders group was lower than in the multiple disorders group (5.08 vs. 21.42%). Conclusion: A higher success rate for the detection of pathological copy number variation variants by the microarray method than by the MLPA method was confirmed.

• MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé MeSH
• mikročipová analýza metody   MeSH
• mozaicismus MeSH
• multiplexová polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• plod MeSH
• prenatální diagnóza * MeSH
• těhotenství MeSH
• variabilita počtu kopií segmentů DNA MeSH
• vrozené vady * diagnóza   genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• těhotenství MeSH
• ženské pohlaví MeSH

Cíl: Cílem studie byla analýza výsledků provádění screeningu vrozených vad (VV) a geneticky podmíněných onemocnění (GPO) plodu v Centru fetální medicíny (CFM) Porodnicko-gynekologické kliniky (PGK) Fakultní nemocnice Olomouc (FNOL). Soubor a metodika: Prospektivní kohortová studie. V období od 1. 1. 2020 do 31. 12. 2021 bylo provedeno celkem 14 160 zdravotních služeb u 4 916 těhotných žen. V rámci screeningu VV a GPO plodu byla u 501 těhotných žen zjištěna abnormalita vyžadující další klinický management, u 170 z nich byla diagnostikována VV plodu a ve 20 případech bylo při laboratorním genetickém vyšetření diagnostikováno i GPO. Všechny diagnostikované VV a GPO plodu byly odeslány/ hlášeny podle platné metodiky Národního zdravotního informačního systému (NZIS) do Národního registru reprodukčního zdraví (NRRZ) do Modulu VV. Výsledky: Zvýšené vypočtené individuální riziko geneticky podmíněného onemocnění plodu bylo diagnostikováno v I. trimestru těhotenství u 10,7 % plodů (319/ 2 968) a ve II. trimestru u 0,9 % plodů (27/ 2 948). Hodnota šíjového projasnění > 3,5 mm byla při ultrazvukovém vyšetření v I. trimestru těhotenství diagnostikována u 0,9 % plodů (26/ 2 968). V rámci screeningu VV a GPO plodu byla u 501 těhotných žen zjištěna abnormalita vyžadující další klinický management, u 72,1 % žen (361/ 501) bylo zvýšené riziko geneticky podmíněného onemocnění plodu a bylo indikováno diagnostické vyšetření z genetického materiálu plodu získaného invazivním odběrem choriových klků nebo plodové vody. Celkem 31,3 % z nich (113/ 361) invazivní výkon odmítlo a 2,5 % (9/ 361) se k plánovanému výkonu nedostavilo, invazivní výkon byl proveden u 66,2 % (239/ 361). Závěr: Porovnání výsledků provádění screeningu VV a GPO plodu v CFM PGK FNOL s jinými specializovanými pracovišti v ČR je v současné době obtížně proveditelné, ale informace z NRRZ by v budoucnu mohly objektivní a transparentní porovnání umožnit.

Objective: The aim of the study was to analyze the results of the screening for congenital defects (CD) and genetic diseases (GD) of the fetus in the Fetal Medicine Centre at the Department of Obstetrics and Gynecology, University Hospital in Olomouc. Materials and methods: Prospective cohort study. In the period from 1 January 2020 to 31 December 2021, a total of 14,460 health services were performed on 4,916 pregnant women. Within the screening of CD and GD of the fetus, 501 pregnant women were found to have an abnormality requiring further clinical management, 170 of them were diagnosed with a CD of the fetus and in 20 cases a GD of the fetus was diagnosed by a laboratory genetic examination. All diagnosed fetal CD and GD were sent/ reported according to the valid methodology of the National health information system (NHIS) to the National register of reproductive health (NRRH) to the CD Module. Results: An increased calculated individual risk of genetic fetal disease was diagnosed in the first trimester of pregnancy in 10.7% of fetuses (319/ 2,968), and in the second trimester in 0.9% of fetuses (27/ 2,948). Nuchal translucency (NT) > 3.5 mm was diagnosed in 0.9% of fetuses by ultrasound examination in the first trimester of pregnancy (26/ 2,968). In fetal CD and GD screening, 501 pregnant women were found to have an abnormality requiring further clinical management, 72.1% of women (361/ 501) had an increased risk of genetic fetal disease, and diagnostic examination of the fetal genetic material obtained by invasive procedure (chorionic villus sampling or amniocentesis) was indicated. A total of 31.3% of them (113/ 361) refused the invasive procedure and 2.5% (9/ 361) did not attend the planned procedure; the invasive procedure was performed in 66.2% (239/ 361). Conclusion: Comparing the results of CD and GD fetal screening in our medical facility with other specialized medical facilities in the Czech Republic is currently difficult to do, but information from the NRRH could allow objective and transparent comparisons in the future.

• MeSH
• genetické nemoci vrozené MeSH
• lidé MeSH
• prenatální diagnóza MeSH
• registrace MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• těhotenství MeSH
• vrozené vady * MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• těhotenství MeSH
• ženské pohlaví MeSH

AIMS: The aim of this retrospective study was to determine the detection rate of the pathogenic copy number variants (CNVs) in a cohort of 33 foetuses - 32 with CHD (congenital heart defects) and 1 with kidney defect, after exclusion of common aneuploidies (trisomy 13, 18, 21, and monosomy X) by karyotyping, Multiplex ligation - dependent probe amplification (MLPA) and chromosomal microarray analysis (CMA). We also assess the effectivity of MLPA as a method of the first tier for quick and inexpensive detection of mutations, causing congenital malformations in foetuses. METHODS: MLPA with probe mixes P070, P036 - Telomere 3 and 5, P245 - microdeletions, P250 - DiGeorge syndrome, and P311 - CHD (Congenital heart defects) was performed in 33 samples of amniotic fluid and chorionic villi. CMA was performed in 10 relevant cases. RESULTS: Pathogenic CNVs were found in 5 samples: microdeletions in region 22q11.2 (≈2 Mb) in two foetuses, one distal microdeletion of the 22q11.2 region containing genes LZTR1, CRKL, AIFM3 and SNAP29 (≈416 kb) in the foetus with bilateral renal agenesis, 8p23.1 (3.8 Mb) microdeletion syndrome and microdeletion in area 9q34.3 (1.7 Mb, Kleefstra syndrome). MLPA as an initial screening method revealed unambiguously pathogenic CNVs in 15.2 % of samples. CONCLUSION: Our study suggests that MLPA and CMA are a reliable and high-resolution technology and should be used as the first-tier test for prenatal diagnosis of congenital heart disease. Determination of the cause of the abnormality is crucial for genetic counselling and further management of the pregnancy.

• MeSH
• lidé MeSH
• pilotní projekty MeSH
• plod MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• těhotenství MeSH
• transkripční faktory genetika   MeSH
• variabilita počtu kopií segmentů DNA * genetika   MeSH
• vrozené srdeční vady * diagnóza   genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• těhotenství MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 9 MeSH
• novorozenec MeSH
• trizomie * diagnóza   genetika   patologie   MeSH
• výsledek terapie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• novorozenec MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

Souhrn: Prezentujeme kazuistiku pacienta se somatickou retardací a abnormálním vzhledem vlasů, který trpěl opakovanými epizodami vodnatého hlenovitého průjmu, postihem jaterních funkcí a neprospíváním. U pacienta byly pozorovány těžké průběhy infekcí včetně hepatitidy neznámého původu komplikované selháním jater ve 4 měsících, bronchopneumonie ve 4 letech a septického šoku ve věku 8 let. Ezofagogastroduodenoskopie a koloskopie byly provedeny ve 4 letech, k vyloučení zánětlivého onemocnění střev (IBD). Histologicky však byly patrné pouze známky nespecifické kolitidy. Imunologické vyšetření odhalilo snížený počet naivních CD4+ lymfocytů a sníženou T-lymfoproliferativní odpověď na mitogeny. K vyšetření vzorku DNA pacienta bylo použito masivní paralelní sekvenování (nazývané také sekvenování nové generace, next generation sequencing -NGS) zaměřené na panel genů souvisejících s primárními imunodeficiencemi. NGS analýza odhalila dvě heterozygotní varianty v genu TTC37. Nonsense varianta p.Arg1201* a missense varianta p.Leu1505Ser v exonu 34, resp. 42, byly vyhodnoceny jako patogenní na základě predikce in silico a jejich vzácného výskytu v obecné populaci. Vzhledem k tomu, že obě mutace již byly popsány u pacientů s trichohepatoenterickým syndromem (THES) a klinické známky u našeho pacienta byly v souladu s touto dia gnózou, považujeme naše zjištění za příčinné. THES je v dětství často život ohrožujícím onemocněním, zejména u pacientů, u kterých se rozvine onemocnění jater nebo trpí závažným průběhem infekčních onemocnění. THES může mít podobný klinický obraz jako zánětlivé onemocnění střev s velmi časným začátkem (very early-onset inflammatory bowel disease - VEO-IBD) a je často do této skupiny přiřazován. IBD jsou obecně považována za polygenní onemocnění, nicméně u některých dětí s VEO-IBD je známo, že jejich onemocnění má monogenní etiologii, tak jako je tomu u THES. Cílený NGS je účinným nástrojem pro jednoznačné stanovení diagnózy u pacientů s VEO-IBD.

Summary: We report a patient with somatic retardation and woolly hair appearance who suffered from recurring episodes of watery mucous diarrhea, impaired liver functions, and failure to thrive. He manifested with severe infection courses, including hepatitis of unknown origin complicated by liver failure at 4 months, bronchopneumonia at 4 years, and life-threatening sepsis with septic shock at 8 years of age. Esophagogastroduodenoscopy and colonoscopy were performed at 4 years to rule out inflammatory bowel disease (IBD), and only signs of nonspecific colitis were evident. Immunology workup revealed slight reduction in CD4+ naive subsets and impaired T cell response to mitogens. Massive parallel sequencing (also termed next-generation sequencing - NGS) targeting a panel of primary immunodeficiency-related genes was used to examine the patient's DNA. NGS analysis revealed two heterozygous variants in the TTC37 gene. Nonsense p.Arg1201* and missense p.Leu1505Ser variants in exons 34 and 42, respectively, were evaluated as pathogenic based on in silico predictions, their rare occurrence in the general population, and the fact that both mutations had already been described in patients with trichohepatoenteric syndrome (THES). As clinical features in our patient were in accordance with this diagnosis, we consider our findings as causative. THES could be a life-threatening condition, particularly in children who develop liver disease or severe infection courses. THES can have a similar clinical presentation as does very early-onset inflammatory bowel disease (VEO-IBD) and is often assigned to this group. Although IBD is generally regarded as a polygenic disease, some children with VEO-IBD are known also to have diseases with monogenic etiologies, as in THES. Targeted NGS is an efficient tool for establishing an accurate dia gnosis in VEO-IBD patients.

• Klíčová slova
• trichohepatoenterický syndrom,
• MeSH
• dítě MeSH
• idiopatické střevní záněty diagnóza   MeSH
• lidé MeSH
• mutace genetika   MeSH
• výsledek terapie MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování * metody   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

Background: Autism spectrum disorders (ASD) and intellectual disabilities (ID) are heterogeneous and complex developmental diseases with significant genetic backgrounds and overlaps of genetic susceptibility loci. Copy number variants (CNVs) are known to be frequent causes of these impairments. However, the clinical heterogeneity of both disorders causes the diagnostic efficacy of CNV analysis to be modest. This could be resolved by stratifying patients according to their clinical features. Aim: First, we sought to assess the significance of particular clinical features for the detection of pathogenic CNVs in separate groups of ID and ASD patients and determine whether and how these groups differ from each other in the significance of these variables. Second, we aimed to create a statistical model showing how particular clinical features affect the probability of pathogenic CNV findings. Method: We tested a cohort of 204 patients with ID (N = 90) and ASD (N = 114) for the presence of pathogenic CNVs. We stratified both groups according to their clinical features. Fisher's exact test was used to determine the significance of these variables for pathogenic CNV findings. Logistic regression was used to create a statistical model of pathogenic CNV findings. Results: The frequency of pathogenic CNV was significantly higher in the ID group than in the ASD group: 18 (19.78%) versus 8 (7%) (p < 0.004). Microcephaly showed a significant association with pathogenic findings in ID patients (p < 0.01) according to Fisher's exact test, whereas epilepsy showed a significant association with pathogenic findings in ASD patients (p < 0.01). The probability of pathogenic CNV findings when epilepsy occurred in ASD patients was more than two times higher than if epilepsy co-occurred with ID (29.6%/14.0%). Facial dysmorphism was a significant variable for detecting pathogenic CNVs in both groups (ID p = 0.05, ASD p = 0.01). However, dysmorphism increased the probability of pathogenic CNV detection in the ID group nearly twofold compared to the ASD group (44.4%/23.7%). The presence of macrocephaly in the ASD group showed a 25% probability of pathogenic CNV findings by logistic regression, but this was insignificant according to Fisher's exact test. The probability of detecting pathogenic CNVs decreases up to 1% in the absence of dysmorphism, macrocephaly, and epilepsy in the ASD group. Conclusion: Dysmorphism, microcephaly, and epilepsy increase the probability of pathogenic CNV findings in ID and ASD patients. The significance of each feature as a predictor for pathogenic CNV detection differs depending on whether the patient has only ASD or ID. The probability of pathogenic CNV findings without dysmorphism, macrocephaly, or epilepsy in ASD patients is low. Therefore the efficacy of CNV analysis is limited in these patients.

• Publikační typ
• časopisecké články MeSH