S příchodem nových monokomponentních venofarmak obsahujících flavonoid diosmin vznikla potřeba zodpovědět otázku terapeutické ekvivalence široce užívané mikronizované purifikované flavonoidní frakce (MPFF) obsažené v přípravku Detralex a zaváděných venofarmak monokomponentních.Experimentální práce dokládají, že každá z dvou dominantních složek, tj. diosmin i hesperidin, má svůj specifický a nezaměnitelný farmakodynamický efekt. Doložen je i vzájemný synergistický efekt např. v antiexudativním působení. Klinické práce byly prováděny vesměs s MPFF, v této formě byl jednoznačně doložen efekt. Naopak výsledky prací dokládajících účinek samotného diosminu jsou rozporuplné. Vzájemné srovnání pak v žádné ze studií nepotvrdilo ekvivalenci MPFF a diosminu monokomponentního. Tuto skutečnost jednoznačně odráží i platné doporučené postupy, kdy užití MPFF při chronické žilní nemoci je jednoznačně doporučeno (evidence 1 se sílou důkazů B), naopak pro monokomponentní diosmin je konstatováno, že léčba může být zvážena (2C). Lze uzavřít, že experimentální i klinické práce dokládají, že pouze komplex biologicky aktivních flavonoidů – mikronizovaná purifikovaná flavonoidní frakce – má doklad o účinku a je doporučen platnými léčebnými postupy.

With the advent of novel monocomponent venoactive drugs containing the flavonoid diosmin, the need has arisen to answer the question of therapeutic equivalence of the widely used micronized purified flavonoid fraction (MPFF) contained in Detralex and of the currently introduced monocomponent venoactive drugs. Experimental work provides evidence that each of the two dominant components, i.e. diosmin and hesperidin, has its specific and distinctive pharmacodynamic effect. There is also evidence of a mutual synergistic effect, e.g. in antiexudative action. Clinical studies have been carried out with MPFF for the most part, and effect has clearly been established in this particular form. Conversely, the results of studies documenting the effect of diosmin alone have been conflicting. Mutual comparisons failed to confirm equivalence of MPFF and monocomponent diosmin in any of the studies. This fact is clearly reflected in the relevant guidelines where the use of MPFF in chronic venous disease is recommended unequivocally (level of evidence 1 and strength of evidence B) while, in the case of monocomponent diosmin, it is stated that treatment can be considered (2C). It can be concluded that both experimental and clinical studies document that only a complex of biologically active flavonoids - a micronized purified flavonoid fraction - has evidence of effect and is recommended by relevant guidelines.

• Klíčová slova
• mikronizovaná purifikovaná flavonoidní frakce, DETRALEX,
• MeSH
• diosmin farmakologie   terapeutické užití   MeSH
• fixní kombinace léků MeSH
• hesperidin farmakologie   terapeutické užití   MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé MeSH
• žilní insuficience * farmakoterapie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Cíl práce: Cílem práce je Multiple-locus variable number tandem repeat analýza (MLVA) souboru kmenů B. pertussis ze sbírky Národní referenční laboratoře pro pertusi a difterii (NRL/DIPE) Státního zdravotního ústavu (SZÚ) Praha. Jedná se o kmeny získané ze vzorků klinického materiálu převážně na území ČR v téměř padesátiletém období 1967–2015 (červen). Je porovnávána genetická diverzita a zastoupení detekovaných MLVA typů (MT) ve třech obdobích lišících se vakcinační strategií a trendem výskytu pertuse. Na podkladě získaných výsledků je posouzena vhodnost použití metody MLVA pro analýzu epidemických výskytů B. pertussis v ČR. Materiál a metodiky: Vzorky DNA extrahované z kmenů B. pertussis studovaného souboru byly analyzovány metodou MLVA podle standardizovaného postupu. Data byla zpracová­na pomocí algoritmu eBURST, pro statistické zpracování byl zvolen výpočet Simpsonova indexu diverzity (DI). Data byla zpracována pro celý soubor a též odděleně pro skupiny kmenů z tří období: 1967–1980, 1990–2007 a 2008–2015 (červen). Výsledky: V souboru bylo detekováno 14 různých MT, z toho 3 dosud nezjištěné. Nejčetnější byly v celém souboru MT27 a MT29. MT29 převládal v období 1967–1980, MT27 v obdobích 1990–2007 a 2008–2015 (červen). Hodnota DI byla nejnižší (0,49) pro období 2008–2015 (červen), pro dvě předchozí období byly hodnoty vyšší a vzájemně srovnatelné (0,667 pro období 1967–1980 a 0,654 pro období 1990–2007). Závěr: MLVA analýzou souboru kmenů B. pertussis izolovaných z klinického materiálu na území ČR v období 1967–2015 (červen) byl prokázán pokles genetické diverzity ve studované populaci a změny v zastoupení a četnosti jednotlivých MT. Tyto změny lze charakterizovat jako po­stupný nárůst výskytu celosvětově rozšířených MT v České republice na úkor MT regionálně unikátních. Převažujícím MT, stejně jako ve většině geografických oblastí s dlouhodobě proočkovanou populací, je MT27. Výsledky MLVA analýzy souboru 136 kmenů B. pertussis mohou být podkladem pro účelné využití metody k molekulárně epidemiologickému zpracování souborů menšího rozsahu.

Aim: To perform multiple-locus variable number tandem repeat analysis (MLVA) of B. pertussis strains from the collection of the National Reference Laboratory for Diphtheria and Pertussis (NRL/DIPE), National Institute of Public Health (NIPH), Prague. The study strains were isolated from clinical specimens collected mostly in the Czech Republic over a nearly 50-year period from 1967 to 2015 (June). The isolates from three periods characterized by different vaccination strategies and trends in pertussis are compared for genetic diversity and distribution of MLVA types (MT). Based on the results obtained, the suitability for use of MLVA in the analysis of epidemic outbreaks of B. pertussis in the Czech Republic is considered. Material and methods: DNA samples extracted from B. pertussis strains included in the present study were examined by MLVA using the standard protocol. Data were processed by means of the eBURST algorithm and the calculation of the Simpson diversity index (DI) was used for the statistical analysis. Data were analyzed as a whole and also separately for strains from the three periods: 1967–1980, 1990–2007, and 2008–2015 (June). Results: Fourteen different MT were detected in the study strains, with three of them not being reported before. The most common MTs were MT27 and MT29. MT29 was predominant in 1967–1980 while MT27 was the most prevalent in 1990–2007 and 2008–2015 (June). The DI was the lowest (0.49) in 2008–2015 (June), and comparably higher DIs were calculated for the two previous periods (i.e. 0.667 for 1967–1980 and 0.654 for 1990–2007). Conclusion: MLVA revealed a decrease in genetic diversity and shifts in MT distribution of B. pertussis strains isolated from clinical specimens in the Czech Republic from 1967 to 2015 (June). These shifts in the Czech Republic can be characterized as a progressive increase in global MTs at the expense of the locally unique ones. The most common MT, similarly to other geographical areas with long-term high vaccination coverage, is MT27. The results of MLVA of 136 B. pertussis strains can provide a background for using this method in molecular epidemiological analysis of smaller groups of strains.

• MeSH
• acelulární vakcíny imunologie   MeSH
• bakteriální geny genetika   MeSH
• Bordetella pertussis * genetika   MeSH
• časové faktory MeSH
• DNA bakterií genetika   MeSH
• genetická variace genetika   MeSH
• hromadná vakcinace MeSH
• lidé MeSH
• minisatelitní repetice * genetika   MeSH
• multilokusová sekvenční typizace * MeSH
• pertuse epidemiologie   mikrobiologie   prevence a kontrola   MeSH
• pertusová vakcína imunologie   MeSH
• tandemové repetitivní sekvence genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH
• Československo MeSH

Cíl studie: Zavedení nové techniky, kapalinové chromatografie ve spojení s tandemovou hmotnostní spektrometrií do rutinního stanovení hladiny celkového homocysteinu v plazmě. Materiál a metoda: Metodou kapalinové chromatografie ve spojení s tandemovou hmotnostní spektrometrií byly analyzovány vzorky pacientů zaslané do laboratoří Onkologického Centra J. G. Mendela. Výsledky: V pozitivním multiple reaction monitoring módu byl monitorován ion vzniklý rozpadem fragmentu m/z 135,9 → 89,8 pro homocystein a m/z 140 → 90 pro interní standard, homocystein-d4. Vyvinutá LC/MS/MS metoda má následující parametry: retenční čas homocysteinu i homocystinu-d8 1,4 minuty, mez stanovitelnosti 0,5 μmol/l, mez detekce 0,1 μmol/l. Opakovatelnost byla stanovena v sérii 20 měření analýzou 2 kontrolních vzorků, na hladině 8,3 μmol/l byl variační koeficient 0,12 %, na hladině 18,2 μmol/l byla hodnota variačního koeficientu 0,71 %. Závěr: Byla zavedena vysoce selektivní, specifická a časově nenáročná technika vhodná pro rutinní stanovení hladiny celkového homocysteinu v plazmě.

Objective: To develop a new LC/MS/MS - based method for routine measurement of total homocysteine in plasma. Material and Method: Patient samples from laboratories of Cancer Centre of J. G. Mendel were analyzed by liquid chromatography with tandem mass spectrometry. Results: Ion transitions m/z 135.9 → 89.8 for homocysteine and m/z 140 → 90 for internal standard – homocysteine-d4 were monitored in the positive multiple reaction-monitoring mode. Our newly developed LC/MS/MS method has the following characteristics: retention time of homocysteine and homocystine-d8 is 1.4 min, limit of quantitation 0.5 μmol/l and limit of detection 0.1 μmol/l. Repeatability was determined by analyzing 2 plasma samples, the variation coefficients obtained were 0.12 % at concentration of 8.3 μmol/l and 0.71 % at concentration of 18.2 μmol/l. Conclusion: The selective, specific and rapid method suitable for routine determination of total homocysteine in plasma was developed.

• MeSH
• chromatografie kapalinová metody   využití   MeSH
• homocystein krev   MeSH
• krevní plazma fyziologie   MeSH
• lidé MeSH
• tandemová hmotnostní spektrometrie metody   využití   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Reference genomes of important cereals, including barley, emmer wheat and bread wheat, were released recently. Their comparison with genome size estimates obtained by flow cytometry indicated that the assemblies represent not more than 88-98% of the complete genome. This work is aimed at identifying the missing parts in two cereal genomes and proposing techniques to make the assemblies more complete. We focused on tandemly organised repetitive sequences, known to be underrepresented in genome assemblies generated from short-read sequence data. Our study found arrays of three tandem repeats with unit sizes of 1242 to 2726 bp present in the bread wheat reference genome generated from short reads. However, this and another wheat genome assembly employing long PacBio reads failed in integrating correctly the 2726-bp repeat in the pseudomolecule context. This suggests that tandem repeats of this size, frequently incorporated in unassigned scaffolds, may contribute to shrinking of pseudomolecules without reducing size of the entire assembly. We demonstrate how this missing information may be added to the pseudomolecules with the aid of nanopore sequencing of individual BAC clones and optical mapping. Using the latter technique, we identified and localised a 470-kb long array of 45S ribosomal DNA absent from the reference genome of barley.

• MeSH
• chromozomy rostlin genetika   MeSH
• genom rostlinný * MeSH
• ječmen (rod) genetika   MeSH
• pšenice genetika   MeSH
• tandemové repetitivní sekvence * MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Cíl: Cílem studie bylo zjistit, zda se liší vzorec mozkové aktivace (VMA) vyšetřené pomocí funkčního zobrazení magnetickou rezonancí (fMR) v průběhu motorické úlohy u nemocných s roztroušenou sklerózou mozkomíšní (RS) a u zdravých subjektů (ZS) a zda je možné ovlivnit klinické funkce a VMA pomocí neurorehabilitace (NRHB) a aerobního tréninku (AT). Metody: Dvanáct nemocných s RS a pět ZS bylo vyšetřeno dvakrát - na začátku a na konci dvouměsíčního experimentu, během nějž polovina nemocných podstoupila NRHB a polovina AT. Vyšetřeny byly vybrané klinické parametry a fMR (motorická úloha: jednoduchý pohyb každou rukou zvlášť a sekvenční pohyb obou rukou). Výsledky: U nemocných s RS po NRHB došlo ke zlepšení posturálních funkcí (p = 0,008), množství změn v porovnání se skupinou, která prováděla AT, bylo signifikantně vyšší (p = 0,009). Vyšetření fMR na začátku experimentu ukazuje statisticky signifikantní rozdíl (p = 0,01) mezi RS a ZS v rozsahu aktivované oblasti v kontralaterální primární motorické oblasti ruky, která vykonala pohyb jako druhá v páru. Tento rozdíl v rozsahu aktivace mezi ZS a RS se po absolvování obou terapeutických programů zmenšil, a po terapii již nebyl signifikantní. Pokud chápeme tento aktivační vzorec jako projev fyziologické interhemisferální spolupráce, pak v této souvislosti dochází u RS k "návratu k normě". Závěr: Námi uvažovaný VMA při pohybu prováděném jednou a následně druhou rukou u RS a ZS liší. Dále ukázala, že NRHB a AT ovlivňují klinické projevy onemocnění i vzorec mozkové aktivity. Závěry je nutno dále ověřit.

Aim: The aim of the study was to find out whether there is a difference in the pattern of brain activation (PBA) examined by means of functional magnetic resonance (fMRI) during a motor task in patients with multiple sclerosis (MS) and healthy probands (HP); and if it is possible to influence clinical functions and PBA by means of neurorehabilitation (NRHB) and aerobic training (AT). Methods: Twelve MS patients and five HP were examined twice - at the beginning and at the end of the two-month experiment. In its course, one half of the patients underwent NRHB and one half AT. We examined chosen clinical parameters and fMRI (motor task: a simple movement of each hand separately and a tandem movement of both hands). Results: There was an improvement in postural functions (p = 0.008) in MS patients after the NRHB. The number of changes after NRHB was significantly higher (p = 0.009) in comparison to the group which underwent AT. The fMRI examination at the beginning of the experiment shows a statistically significant difference (p = 0.01) between MS and HP in the extent of the activated area in the collateral primary motor cortex hand, which carried out the movement as the second of the pair. This difference in the extent of activation between HP and MS reduced after both therapeutic programs and it was not significant after the therapy. If we understand this activation pattern as a manifestation of normal interhemispheric cooperation, then in this sense we can think of "recovery to normal". Conclusion: This pilot study signals that the by us considered PBA during the movement carried out by both hands differs in MS and HP. Further, it turned out that NRHB and AT influence the clinical manifestation of the disease as well as the pattern of brain activity. The results need further verification.

• MeSH
• centrální nervový systém patofyziologie   MeSH
• financování organizované MeSH
• fyzioterapie (techniky) využití   MeSH
• lidé MeSH
• magnetická rezonanční tomografie metody   využití   MeSH
• medicína založená na důkazech trendy   MeSH
• neuroplasticita MeSH
• pilotní projekty MeSH
• pohybová aktivita MeSH
• rehabilitace metody   MeSH
• roztroušená skleróza diagnóza   rehabilitace   MeSH
• statistika jako téma MeSH
• velký mozek fyziologie   patofyziologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Allele frequencies for 17 short tandem repeats (STRs) autosomal loci (D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, CSF1PO, FGA, PentaD, PentaE, TH01, TPOX, vWA) were studied in an extensive sample (max. N=1411) of unrelated individuals originating from the Czech Republic. Population and forensic parameters were estimated. Except for FGA and Penta E loci, no deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium were detected. A comparative analysis with published data revealed significant differences in allele frequencies for some loci from the Polish population and three Hungarian populations (Ashkenazim population and Romany populations from Debrecen and Baranya County, respectively). A combination of these 17 STR loci provides a powerful tool for forensic identification in the native Czech population.

• MeSH
• DNA fingerprinting MeSH
• frekvence genu MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• populační genetika MeSH
• tandemové repetitivní sekvence MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Among alternative splicing events in the human transcriptome, tandem NAGNAG acceptor splice sites represent an appreciable proportion. Both proximal and distal NAG can be used to produce two splicing isoforms differing by three nucleotides. In some cases, the upstream exon can be alternatively spliced as well, which further increases the number of possible transcripts. In this study, we showed that NAG choice in tandem splice site depends considerably not only on the concerned acceptor, but also on the upstream donor splice site sequence. Using an extensive set of experiments with systematically modified two-exonic minigene systems of AFAP1L2 or CSTD gene, we recognized the third and fifth intronic upstream donor splice site position and the tandem acceptor splice site region spanning from -10 to +2, including NAGNAG itself, as the main drivers. In addition, competition between different branch points and their composition were also shown to play a significant role in NAG choice. All these nucleotide effects appeared almost additive, which explained the high variability in proximal versus distal NAG usage.

• MeSH
• alternativní sestřih genetika   MeSH
• exony genetika   MeSH
• HeLa buňky MeSH
• introny genetika   MeSH
• lidé MeSH
• místa sestřihu RNA genetika   MeSH
• nádorové buněčné linie MeSH
• nukleotidy genetika   MeSH
• tandemové repetitivní sekvence genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• Klíčová slova
• liguid-liguid extrakce, kyselá hydrolýza, LC-MS/MS,
• MeSH
• benzodiazepiny izolace a purifikace   moč   MeSH
• biotransformace fyziologie   účinky léků   MeSH
• chemické techniky analytické metody   MeSH
• chromatografie kapalinová MeSH
• hydrolýza účinky léků   MeSH
• lidé MeSH
• plošný screening MeSH
• statistika jako téma MeSH
• tandemová hmotnostní spektrometrie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Hyperhomocysteinemia is a common occurrence in many neurodegenerative diseases, including tauopathies. We developed and validated a simple and sensitive liquid chromatography-tandem mass spectrometry method for the analysis of homocysteine (Hcy) in rat plasma. Hcy was analyzed using ultra-performance liquid chromatography on a C8 column with detection by positive ESI tandem mass spectrometry. For optimal retention and separation, we used ion-pair reagent-heptafluorobutyric acid. The method utilizes heavy labeled internal standard and does not require any derivatization or extraction step. The procedure was validated in compliance with the European Medicines Agency guideline. The limit of detection was 0.15 µmol/L and the limit of quantification was 0.5 µmol/L. The method showed excellent linearity with regression coefficients higher than 0.99. The accuracy was in the range of 93-98%. The inter-day precision (n = 5 days), expressed as % relative standard deviation, was in the range 3-8%. Using this method, we analyzed plasma samples from two transgenic lines of the rat model for tauopathies.

• MeSH
• chromatografie kapalinová metody   MeSH
• homocystein krev   MeSH
• krysa rodu rattus MeSH
• limita detekce MeSH
• lineární modely MeSH
• potkani inbrední SHR MeSH
• potkani transgenní MeSH
• potkani Wistar MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• stabilita léku MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• tandemová hmotnostní spektrometrie metody   MeSH
• tauopatie krev   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• krysa rodu rattus MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

In recent years, mass spectrometry (MS) has become the dominant technology in lipidomic analysis. It is widely used in diagnosis and research of lipid metabolism disorders including those characterized by impairment of lysosomal functions and storage of nondegraded-degraded substrates. These rare diseases, which include sphingolipidoses, have severe and often fatal clinical consequences. Modern MS methods have contributed significantly to achieve a definitive diagnosis, which is essential in clinical practice to begin properly targeted patient care. Here we summarize MS and tandem MS methods used for qualitative and quantitative analysis of sphingolipids (SL) relative to the diagnostic process for sphingolipidoses and studies focusing on alterations in cell functions due to these disorders. This review covers the following topics: Tandem MS is sensitive and robust in determining the composition of sphingolipid classes in various biological materials. Its ability to establish SL metabolomic profiles using MS bench-top analyzers, significantly benefits the first stages of a diagnosis as well as metabolic studies of these disorders. It can thus contribute to a better understanding of the biological significance of SL.

• MeSH
• lidé MeSH
• sfingolipidózy diagnóza   MeSH
• sfingolipidy analýza   chemie   fyziologie   MeSH
• tandemová hmotnostní spektrometrie metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• přehledy MeSH